cmalign - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

cmalign - একটি covariance মডেলে ক্রম সারিবদ্ধ করুন

সাইনোপিসিস

cmalign
[বিকল্প]

বর্ণনাঃ

cmalign RNA ক্রমগুলিকে সারিবদ্ধ করে কোভেরিয়েন্স মডেল (সিএম) ইন .
নতুন প্রান্তিককরণ আউটপুট হয় stdout স্টকহোম বিন্যাসে, কিন্তু একটি ফাইলে পুনঃনির্দেশিত করা যেতে পারে
সাথে -o বিকল্প।

উভয় ক্ষেত্রেই or (কিন্তু উভয় নয়) '-' (ড্যাশ) হতে পারে, যার অর্থ এটি পড়া
থেকে ইনপুট stdin একটি ফাইলের পরিবর্তে।

সিকোয়েন্স ফাইল FASTA বা Genbank ফর্ম্যাটে হতে হবে।

cmalign বর্ণনা অনুযায়ী ডিফল্টভাবে প্রান্তিককরণ ত্বরান্বিত করতে একটি HMM ব্যান্ডিং কৌশল ব্যবহার করে
জন্য নীচে --হব্যান্ডেড বিকল্প এইচএমএম ব্যান্ডিং এর সাথে বন্ধ করা যেতে পারে --ব্যান্ডবিহীন বিকল্প।

গতানুগতিক, cmalign সর্বোচ্চ প্রত্যাশিত নির্ভুলতার সাথে প্রান্তিককরণ গণনা করে
এইচএমএম থেকে প্রাপ্ত সীমাবদ্ধতার (ব্যান্ড) সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ, এর একটি ব্যান্ডেড সংস্করণ ব্যবহার করে
ডারবিন/হোমস সর্বোত্তম নির্ভুলতা অ্যালগরিদম। এই আচরণ সঙ্গে পরিবর্তন করা যেতে পারে --সাইক or
-- নমুনা অপশন।

cmalign সঠিকভাবে কাটা ক্রম সারিবদ্ধ করার জন্য বিশেষ যত্ন নেয়, যেখানে কিছু নিউক্লিওটাইড
প্রকৃত পূর্ণ দৈর্ঘ্যের জৈবিক অনুক্রমের শুরু থেকে (5') এবং/অথবা শেষ (3') হল
ইনপুট সিকোয়েন্সে উপস্থিত নয় (দেখুন ডিএল কোলবে এবং এসআর এডি, বায়োইনফরমেটিক্স, 25:1236-1243,
2009)। এই আচরণ ডিফল্টরূপে চালু আছে, কিন্তু এর সাথে বন্ধ করা যেতে পারে -- না. অতীতে
সংস্করণ cmalign দ্য --উপ অপশন যথাযথভাবে কাটা হ্যান্ডেল প্রয়োজন ছিল
ক্রম দ্য --উপ বিকল্প এই সংস্করণে এখনও উপলব্ধ, কিন্তু নতুন ডিফল্ট পদ্ধতি
ছেঁটে যাওয়া সিকোয়েন্সগুলি পরিচালনার জন্য প্রায় সাব পদ্ধতির তুলনায় ভাল বা উচ্চতর হওয়া উচিত
সব ক্ষেত্রে।

সার্জারির --মাপালি বিকল্পটি নির্মাণের জন্য ব্যবহৃত নির্দিষ্ট প্রশিক্ষণ প্রান্তিককরণ অন্তর্ভুক্ত করার অনুমতি দেয়
ফাইল থেকে CM এর আউটপুট প্রান্তিককরণের মধ্যে cmalign

ইজেল ব্যবহার করে একই CM দ্বারা তৈরি দুটি বা ততোধিক প্রান্তিককরণ একত্রিত করা সম্ভব
মিনিঅ্যাপ esl-alimerge (ইনফার্নালের easel/miniapps/ সাবডিরেক্টরিতে অন্তর্ভুক্ত)। আগে
সংস্করণ cmalign সারিবদ্ধকরণগুলিকে একত্রিত করার বিকল্পগুলি অন্তর্ভুক্ত করে কিন্তু সেগুলিকে অবমূল্যায়ন করা হয়েছিল৷
উন্নয়ন esl-alimerge, যা উল্লেখযোগ্যভাবে বেশি মেমরি দক্ষ।

গতানুগতিক, cmalign stdout এ প্রান্তিককরণ আউটপুট করবে। প্রান্তিককরণ পুনর্নির্দেশ করা যেতে পারে
একটি আউটপুট ফাইলে সাথে -o বিকল্প সঙ্গে -ও, প্রতিটি প্রান্তিককৃত তথ্য
স্কোর এবং মডেল সারিবদ্ধ সীমানা সহ ক্রম stdout এ মুদ্রিত হবে (আরো
নীচে এই বিষয়ে)।

আউটপুট প্রান্তিককরণ ডিফল্টরূপে স্টকহোম বিন্যাসে হবে। এটি Pfam এ পরিবর্তন করা যেতে পারে,
সারিবদ্ধ FASTA (AFA), A2M, Clustal, বা Phylip বিন্যাস ব্যবহার করে --আউটফরম্যাট বিকল্প,
কোথায় পছন্দসই বিন্যাসের নাম। একটি বিশেষ ক্ষেত্রে, যদি আউটপুট প্রান্তিককরণ
এর চেয়ে বড় (10,000 ক্রম বা 10,000,000 মোট নিউক্লিওটাইডের বেশি)
আউটপুট বিন্যাস হবে Pfam বিন্যাস, প্রতিটি ক্রম একটি একক লাইনে প্রদর্শিত হবে, এর জন্য
মেমরি দক্ষতার কারণ। এর চেয়ে বড় প্রান্তিককরণের জন্য, ব্যবহার করে --লিভড বাধ্য করা হবে
ইন্টারলিভড স্টকহোম ফরম্যাট, কিন্তু ব্যবহারকারীর সচেতন হওয়া উচিত যে এর জন্য অনেক প্রয়োজন হতে পারে
স্মৃতি. --লিভড শুধুমাত্র 100,000 ক্রম বা 100,000,000 পর্যন্ত প্রান্তিককরণের জন্য কাজ করবে
মোট নিউক্লিওটাইড।

আউটপুট সারিবদ্ধ বিন্যাস স্টকহোম বা Pfam হলে, আউটপুট প্রান্তিককরণ হবে
পরবর্তী সম্ভাব্যতা সহ টীকা যা প্রতিটি প্রান্তিককৃতের আত্মবিশ্বাসের স্তর অনুমান করে
নিউক্লিওটাইড এই টীকাটি "#=GR দিয়ে শুরু হওয়া লাইন হিসাবে উপস্থিত হয় পিপি", প্রতি এক
অনুক্রম, প্রতিটি অবিলম্বে সংশ্লিষ্ট সারিবদ্ধ অনুক্রমের নীচে " "
PP লাইনের অক্ষরগুলির 12টি সম্ভাব্য মান রয়েছে: "0-9", "*", বা "."। যদি "।", অবস্থান
অনুক্রমের একটি ফাঁকের সাথে মিলে যায়। "0" এর একটি মান এর পরবর্তী সম্ভাব্যতা নির্দেশ করে
0.0 এবং 0.05 এর মধ্যে, "1" 0.05 এবং 0.15 এর মধ্যে নির্দেশ করে, "2" 0.15 এবং এর মধ্যে নির্দেশ করে
0.25 এবং "9" পর্যন্ত যা 0.85 এবং 0.95 এর মধ্যে নির্দেশ করে। "*" এর মান একটি নির্দেশ করে
0.95 এবং 1.0 এর মধ্যে পরবর্তী সম্ভাব্যতা। উচ্চতর পশ্চাৎপদ সম্ভাবনার সাথে মিল রয়েছে
বৃহত্তর আত্মবিশ্বাসের জন্য যে সারিবদ্ধ নিউক্লিওটাইডের অন্তর্গত যেখানে এটি প্রদর্শিত হয়
প্রান্তিককরণ সঙ্গে --বন্ধহীন, উত্তর সম্ভাবনার গণনা সব বিবেচনা করে
টার্গেট সিকোয়েন্সের সম্ভাব্য সারিবদ্ধকরণ CM এর সাথে। ছাড়া --ব্যান্ডবিহীন (অর্থাৎ ডিফল্ট
মোড), গণনা শুধুমাত্র HMM ব্যান্ডের মধ্যে সম্ভাব্য প্রান্তিককরণ বিবেচনা করে। আরও,
পশ্চাদবর্তী সম্ভাবনাগুলি প্রান্তিককরণের ছেদন মোডে শর্তসাপেক্ষ। জন্য
উদাহরণ, যদি সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্টটি 5' কাটা হয়, তাহলে "9" এর একটি PP মান এর মধ্যে নির্দেশ করে
0.85 এবং 0.95 সমস্ত 5' ছেঁটে দেওয়া প্রান্তিককরণে প্রদত্ত নিউক্লিওটাইড অন্তর্ভুক্ত
অবস্থান পোস্টেরিয়র টীকাটি দিয়ে বন্ধ করা যেতে পারে --সমস্যা নেই বিকল্প। যদি --ছোট
সক্রিয় আছে, পোস্টেরিয়র টীকাও ব্যবহার করে বন্ধ করতে হবে --সমস্যা নেই.

সারণী আউটপুট যে stdout প্রিন্ট করা হয় যদি -o একটি লাইন অন্তর্ভুক্ত বিকল্প ব্যবহার করা হয়
প্রতি ক্রম এবং লাইন প্রতি বারোটি ক্ষেত্র: "idx": ইনপুটে অনুক্রমের সূচক
ফাইল, "seq নাম": অনুক্রমের নাম; "দৈর্ঘ্য": অনুক্রমের দৈর্ঘ্য; "সেমি থেকে" এবং
"সেমি থেকে": প্রান্তিককরণের মডেলের শুরু এবং শেষ অবস্থান; "trunc": "না" যদি অনুক্রম হয়
ছেঁটে ফেলা হয় না, "5'" যদি ক্রমটির শুরু 5' কাটা হয়, "3'" শেষ হয়
ক্রমটি কাটা হয়, এবং "5'&3'" যদি শুরু এবং শেষ উভয়ই কাটা হয়;
"বিট এসসি": প্রান্তিককরণের বিট স্কোর, "অ্যাভিজি পিপি" এর গড় পরবর্তী সম্ভাব্যতা
প্রান্তিককরণে সমস্ত সারিবদ্ধ নিউক্লিওটাইড; "ব্যান্ড ক্যালক", "সারিবদ্ধকরণ" এবং "মোট": সময়
এইচএমএম ব্যান্ড গণনা, প্রান্তিককরণ গণনা এবং সম্পূর্ণ করার জন্য প্রয়োজনীয় সেকেন্ডে
ক্রম প্রক্রিয়াকরণ, যথাক্রমে; "মেম (এমবি)": সমস্ত গতিশীলের এমবি আকার
ক্রম সারিবদ্ধ করার জন্য প্রয়োজনীয় প্রোগ্রামিং ম্যাট্রিক্স। এই ট্যাবুলার ডেটা সংরক্ষণ করা যেতে পারে
নথিতে সাথে --sfile বিকল্প।

বিকল্প

-h সাহায্য; কমান্ড লাইন ব্যবহার এবং উপলব্ধ বিকল্পগুলির একটি সংক্ষিপ্ত অনুস্মারক মুদ্রণ করুন।

-o স্টকহোম বিন্যাসে একটি ফাইলে প্রান্তিককরণ সংরক্ষণ করুন . ডিফল্ট এটা লিখতে হয়
স্ট্যান্ডার্ড আউটপুটে।

-g টার্গেটের সাথে ক্যোয়ারী মডেলের গ্লোবাল অ্যালাইনমেন্টের জন্য মডেলটি কনফিগার করুন
ক্রম ডিফল্টরূপে, মডেলটি স্থানীয় প্রান্তিককরণের জন্য কনফিগার করা হয়। স্থানীয়
প্রান্তিককরণে "স্থানীয় প্রান্ত" নামে বড় সন্নিবেশ এবং মুছে ফেলা থাকতে পারে
গঠন স্বাভাবিক indels থেকে ভিন্নভাবে জরিমানা করা হবে. এই হিসাবে টীকা করা হয়
আউটপুট প্রান্তিককরণের RF লাইনে "~" কলাম। দ্য -g বিকল্প ব্যবহার করা যেতে পারে
এই স্থানীয় প্রান্তগুলিকে অনুমতি না দিন। দ্য -g বিকল্প প্রয়োজন হয় যদি --উপ বিকল্প এছাড়াও
ব্যবহার করা হয়েছে।

বিকল্প জন্য কন্ট্রোলিং দ্য শ্রেণীবিন্যাস অ্যালগরিথ

--অপটাক
Durbin/Holmes সর্বোত্তম নির্ভুলতা অ্যালগরিদম ব্যবহার করে ক্রম সারিবদ্ধ করুন। এই হল
ডিফল্ট. সর্বোত্তম নির্ভুলতা প্রান্তিককরণ HMM ব্যান্ড দ্বারা সীমাবদ্ধ হবে
ত্বরণ যদি না --ব্যান্ডবিহীন বিকল্প সক্রিয় করা হয়। সর্বোত্তম নির্ভুলতা
অ্যালগরিদম সারিবদ্ধকরণ নির্ধারণ করে যা এর পিছনের সম্ভাব্যতাকে সর্বাধিক করে
এর মধ্যে সারিবদ্ধ নিউক্লিওটাইডগুলি। পোস্টেরিয়র সম্ভাব্যতা ব্যবহার করে নির্ধারিত হয়
(সম্ভবত HMM ব্যান্ডেড) ভিতরের এবং বাইরের অ্যালগরিদমের রূপগুলি।

--সাইক ক্রম সারিবদ্ধ করার জন্য ডারবিন/হোমস সর্বোত্তম নির্ভুলতা প্রান্তিককরণ ব্যবহার করবেন না,
পরিবর্তে CYK অ্যালগরিদম ব্যবহার করুন যা সর্বোত্তমভাবে স্কোরিং নির্ধারণ করে (সর্বোচ্চ
সম্ভাবনা) মডেলের সাথে ক্রমটির প্রান্তিককরণ, HMM ব্যান্ডগুলি দেওয়া (যদি না
--ব্যান্ডবিহীন এছাড়াও সক্ষম)।

-- নমুনা
প্রান্তিককরণের পোস্টেরিয়র ডিস্ট্রিবিউশন থেকে একটি প্রান্তিককরণের নমুনা। পশ্চাৎপদ
বিতরণ একটি HMM ব্যান্ডেড ব্যবহার করে নির্ধারিত হয় (যদি না --ব্যান্ডবিহীন) এর বৈকল্পিক
ভিতরে অ্যালগরিদম.

--বীজ
সঙ্গে র্যান্ডম সংখ্যা জেনারেটর বীজ , একটি পূর্ণসংখ্যা >= 0। এই বিকল্পটি শুধুমাত্র করতে পারে
এর সাথে একত্রে ব্যবহার করা হবে -- নমুনা। If অশূন্য, এর স্টোকাস্টিক নমুনা
প্রান্তিককরণ পুনরুত্পাদনযোগ্য হবে; একই কমান্ড একই ফলাফল দেবে। যদি
হল 0, এলোমেলো সংখ্যা জেনারেটরকে ইচ্ছামত বীজ দেওয়া হয়, এবং স্টোকাস্টিক
স্যাম্পলিং একই কমান্ডের রান থেকে রানে পরিবর্তিত হতে পারে। ডিফল্ট বীজ হল 181।

-- না
কাটা প্রান্তিককরণ অ্যালগরিদম বন্ধ করুন। ইনপুট ফাইলের সব সিকোয়েন্স হবে
পূর্ণ দৈর্ঘ্য বলে ধরে নেওয়া হয়, যদি না --উপ এছাড়াও ব্যবহার করা হয়, যে ক্ষেত্রে প্রোগ্রাম করতে পারে
এখনও কাটা ক্রমগুলি পরিচালনা করে তবে তাদের জন্য একটি বিকল্প কৌশল ব্যবহার করবে৷
প্রান্তিককরণ

--উপ সাব মডেল নির্মাণ এবং প্রান্তিককরণ পদ্ধতি চালু করুন। প্রতিটি ক্রম জন্য, একটি
HMM প্রথমে মডেলের শুরু এবং সমাপ্তি ঐক্যমত কলামের পূর্বাভাস দিতে ব্যবহৃত হয় এবং একটি নতুন
সাব CM তৈরি করা হয়েছে যে শুধুমাত্র মডেল সম্মতি কলাম শুরু থেকে শেষ পর্যন্ত। দ্য
ক্রম তারপর এই সাব CM সারিবদ্ধ করা হয়. সাব অ্যালাইনমেন্ট হল এর চেয়ে পুরানো পদ্ধতি
সারিবদ্ধ ক্রমগুলির জন্য ডিফল্ট একটি যা সম্ভবত কাটা হয়েছে। গতানুগতিক, cmalign
বিশেষ DP অ্যালগরিদম ব্যবহার করে ছেঁটে যাওয়া সিকোয়েন্সগুলি পরিচালনা করতে যা আরও বেশি হওয়া উচিত
বেশিরভাগ ক্ষেত্রে উপ পদ্ধতির চেয়ে সঠিক। --উপ এখনও একটি বিকল্প হিসাবে অন্তর্ভুক্ত করা হয়
প্রধানত এই ডিফল্ট ছেঁটে যাওয়া সিকোয়েন্স হ্যান্ডলিংয়ের বিরুদ্ধে পরীক্ষার জন্য। এই "সাব সিএম"
পদ্ধতিটি ওয়েইনবার্গ এবং রুজো দ্বারা বর্ণিত "সাব সিএম" এর মতো নয়।

বিকল্প জন্য কন্ট্রোলিং গতি এবং স্মৃতি যোগ্যতা

--হব্যান্ডেড
এই বিকল্পটি ডিফল্টরূপে চালু আছে। দূরে অঞ্চলগুলি ছাঁটাই করে প্রান্তিককরণ ত্বরান্বিত করুন
CM DP ম্যাট্রিক্সের যেগুলিকে HMM দ্বারা নগণ্য বলে গণ্য করা হয়। প্রথমত, প্রতিটি ক্রম হয়
ফরওয়ার্ড এবং ব্যাকওয়ার্ড এইচএমএম ব্যবহার করে সিএম থেকে প্রাপ্ত একটি সিএম প্ল্যানের সাথে 9 এইচএমএম স্কোর করা হয়েছে
প্রতিটি নিউক্লিওটাইড প্রতিটির সাথে সারিবদ্ধ করে এমন উত্তরের সম্ভাব্যতা গণনা করার জন্য অ্যালগরিদম
এইচএমএম অবস্থা। এই উত্তরোত্তর সম্ভাবনাগুলি সীমাবদ্ধতা অর্জন করতে ব্যবহৃত হয়
(ব্যান্ড) CM DP ম্যাট্রিক্সে। অবশেষে, টার্গেট সিকোয়েন্স সিএম-এর সাথে সারিবদ্ধ করা হয়
ব্যান্ডেড ডিপি ম্যাট্রিক্স ব্যবহার করে, যার সময় ব্যান্ডের বাইরের কোষগুলি উপেক্ষা করা হয়।
সাধারণত বেশিরভাগ পূর্ণ ডিপি ম্যাট্রিক্স ব্যান্ডের বাইরে থাকে (প্রায়শই 95% এর বেশি),
এই কৌশলটি দ্রুত করা কারণ কম ডিপি গণনা প্রয়োজন, এবং আরও অনেক কিছু
মেমরি দক্ষ কারণ ব্যান্ডের মধ্যে শুধুমাত্র কোষ বরাদ্দ করা প্রয়োজন।

গুরুত্বপূর্ণভাবে, এইচএমএম ব্যান্ডিং সর্বোত্তমভাবে নির্ধারণের গ্যারান্টি প্রদান করে
সঠিক বা সর্বোত্তম প্রান্তিককরণ, যা মিস করা হবে যদি এটি ব্যান্ডের বাইরে থাকে।
টাউ প্যারামিটার হল সম্ভাব্য ভরের পরিমাণ যা সময় নগণ্য বলে বিবেচিত হয়
এইচএমএম ব্যান্ড গণনা; টাউ-এর নিম্ন মানগুলি বৃহত্তর গতির ফলন দেয় তবে আরও বেশি
সর্বোত্তম প্রান্তিককরণ মিস করার সম্ভাবনা। ডিফল্ট টাউ হল 1E-7, নির্ধারিত
অভিজ্ঞতাগতভাবে সংবেদনশীলতা এবং গতির মধ্যে একটি ভাল ট্রেডঅফ হিসাবে, যদিও এই মানটি হতে পারে
সঙ্গে পরিবর্তন করা হবে --তাউ বিকল্প সাথে ত্বরণের মাত্রা বৃদ্ধি পায়
পরিবারের দৈর্ঘ্য এবং প্রাথমিক ক্রম সংরক্ষণ স্তর উভয়. উদাহরণ স্বরূপ,
1E-7 এর ডিফল্ট টাউ সহ, tRNA মডেল (এর সাথে নিম্ন প্রাথমিক ক্রম সংরক্ষণ
প্রায় 75 নিউক্লিওটাইডের দৈর্ঘ্য) প্রায় 10X ত্বরণ দেখায়, এবং SSU ব্যাকটেরিয়া rRNA
মডেল (প্রায় 1500 নিউক্লিওটাইডের দৈর্ঘ্য সহ উচ্চ প্রাথমিক ক্রম সংরক্ষণ)
প্রায় 700X দেখান। এইচএমএম ব্যান্ডিং এর সাথে বন্ধ করা যেতে পারে --ব্যান্ডবিহীন বিকল্প।

--তাউ
HMM ব্যান্ড গণনার সময় ব্যবহৃত টেল লস সম্ভাব্যতা সেট করুন . এই
HMM পশ্চাৎভাগ সম্ভাব্যতার মধ্যে সম্ভাব্য ভরের পরিমাণ যা হল
নগণ্য বিবেচিত। ডিফল্ট মান হল 1E-7। সাধারণভাবে, উচ্চ মান হবে
বৃহত্তর ত্বরণের ফলে, কিন্তু সর্বোত্তম অনুপস্থিত সম্ভাবনা বৃদ্ধি
HMM ব্যান্ডের কারণে প্রান্তিককরণ।

--mxsize
সর্বোচ্চ অনুমোদিত মোট ডিপি ম্যাট্রিক্স আকার সেট করুন মেগাবাইট ডিফল্টরূপে এই
আকার 1028 Mb। এটি বেশিরভাগ প্রান্তিককরণের জন্য যথেষ্ট বড় হওয়া উচিত,
তবে যদি তা না হয় cmalign এইচএমএম ব্যান্ডগুলিকে পুনরাবৃত্তিমূলকভাবে শক্ত করার চেষ্টা করবে
tau পরামিতি উত্থাপন এবং পুনরায় গণনা করে প্রান্তিককরণ সীমাবদ্ধ করতে ব্যবহার করে
ব্যান্ড যতক্ষণ না মোট ম্যাট্রিক্স আকারের নিচে নেমে আসে মেগাবাইট বা সর্বোচ্চ
অনুমোদিত tau মান (ডিফল্টরূপে 0.05, কিন্তু এর সাথে পরিবর্তনযোগ্য --ম্যাক্সটাউ) উপনিত. এ
ব্যান্ড শক্ত করার প্রতিটি পুনরাবৃত্তি, টাউকে 2.0 দ্বারা গুণ করা হয়। ব্যান্ড শক্ত করা
সঙ্গে কৌশল বন্ধ করা যেতে পারে --স্থির করা বিকল্প সর্বোচ্চ টাউ হলে
পৌঁছেছে এবং প্রয়োজনীয় ম্যাট্রিক্স আকার এখনও ছাড়িয়ে গেছে অথবা যদি HMM ব্যান্ডিং না হয়
ব্যবহৃত হচ্ছে এবং প্রয়োজনীয় ম্যাট্রিক্সের আকার ছাড়িয়ে গেছে তারপর cmalign প্রস্থান করবে
অকালে এবং একটি ত্রুটি বার্তা রিপোর্ট করুন যে ম্যাট্রিক্স তার সর্বোচ্চ অতিক্রম করেছে
অনুমোদিত আকার। এই ক্ষেত্রে, দ --mxsize আকার সীমা বাড়াতে ব্যবহার করা যেতে পারে বা
সর্বোচ্চ টাউ দিয়ে উত্থাপিত হতে পারে --ম্যাক্সটাউ। সীমা সাধারণত অতিক্রম করা হবে
যখন --ব্যান্ডবিহীন বিকল্পটি ছাড়া ব্যবহার করা হয় --ছোট বিকল্প, কিন্তু এখনও ঘটতে পারে
কখন --ব্যান্ডবিহীন ব্যবহার করা হয় না উল্লেখ্য যে যদি cmalign মধ্যে চালানো হচ্ছে বহু
একটি মাল্টিকোর মেশিনে থ্রেড তারপর প্রতিটি থ্রেড আপ একটি বরাদ্দ ম্যাট্রিক্স থাকতে পারে
আকারে যে কোন সময়ে এম.বি.

--স্থির করা
এর ব্যাখ্যায় বর্ণিত এইচএমএম ব্যান্ড শক্ত করার কৌশলটি বন্ধ করুন
--mxsize উপরের বিকল্প।

--ম্যাক্সটাউ
ব্যান্ড শক্ত করার সময় টাউ-এর জন্য সর্বাধিক অনুমোদিত মান সেট করুন, এতে বর্ণিত
এর ব্যাখ্যা --mxsize উপরে . ডিফল্টরূপে এই মান 0.05।

--ব্যান্ডবিহীন
HMM ব্যান্ডিং বন্ধ করে। প্রত্যাবর্তিত প্রান্তিককরণ বিশ্বব্যাপী হবে নিশ্চিত করা হয়
সর্বোত্তমভাবে সঠিক একটি (ডিফল্টরূপে) বা বিশ্বব্যাপী সর্বোত্তমভাবে স্কোরিং একটি (যদি --সাইক
সক্রিয় করা হয়). দ্য --ছোট এই বিকল্পের সাথে একত্রে বিকল্পটি সুপারিশ করা হয়,
কারণ HMM ব্যান্ডিং ছাড়া স্ট্যান্ডার্ড সারিবদ্ধকরণের জন্য অনেক মেমরির প্রয়োজন হয় (দেখুন
--ছোট ).

--ছোট
এসআর এডি, বিএমসি-তে বর্ণিত ডিভাইড অ্যান্ড কনক্যুয়ার সিওয়াইকে অ্যালাইনমেন্ট অ্যালগরিদম ব্যবহার করুন
বায়োইনফরমেটিক্স 3:18, 2002 --ব্যান্ডবিহীন বিকল্পের সাথে একত্রে ব্যবহার করা আবশ্যক
এই অপশন. এছাড়াও, যখনই এটি সুপারিশ করা হয় --ব্যান্ডবিহীন যে ব্যবহার করা হয় --ছোট is
এইচএমএম ব্যান্ডিং ছাড়াই স্ট্যান্ডার্ড সিএম সারিবদ্ধকরণের জন্য অনেক কিছুর প্রয়োজন হয় বলেও ব্যবহৃত হয়
মেমরি, বিশেষ করে বড় আরএনএর জন্য। --ছোট ব্যবহারিক মধ্যে CM প্রান্তিককরণ অনুমতি দেয়
মেমরি সীমা, প্রান্তিককরণের জন্য প্রয়োজনীয় মেমরি হ্রাস করে LSU rRNA, বৃহত্তম
পরিচিত RNA, 150 Gb থেকে 300 Mb-এর কম। এই বিকল্পটি শুধুমাত্র ব্যবহার করা যেতে পারে
সঙ্গে সমন্বয় --বন্ধহীন, --ছাড়া, এবং --সাইক

ঐচ্ছিক আউটপুট নথি পত্র

--sfile
ফাইলে প্রতি-ক্রম প্রান্তিককরণ স্কোর এবং সময় তথ্য ডাম্প করুন . এর বিন্যাস
এই ফাইলটি উপরে বর্ণিত হয়েছে (এটি ট্যাবুলারের মতো একই বিন্যাসে একই ডেটা
stdout আউটপুট যখন -o বিকল্প ব্যবহার করা হয়)।

--tfile
একটি ফাইলে প্রতিটি পৃথক সিকোয়েন্সের জন্য ট্যাবুলার সিকোয়েন্স ট্রেসব্যাকগুলি ডাম্প করুন .
প্রাথমিকভাবে ডিবাগিং জন্য দরকারী.

--ফাইল
ফাইলে তথ্য সন্নিবেশ প্রতি ক্রম ডাম্প . ফাইলের ফরম্যাট হল
ফাইলের শীর্ষে অন্তর্ভুক্ত "#"-প্রিফিক্সড মন্তব্য লাইন দ্বারা বর্ণিত . সার্জারির
তথ্য সন্নিবেশ বৈধ এমনকি যখন --সঙ্গত বিকল্প ব্যবহার করা হয়।

--elfile
ডাম্প পার-সিকোয়েন্স EL স্টেট (স্থানীয় শেষ) ফাইলে তথ্য সন্নিবেশ করান . বিন্যাস
ফাইলটির উপরের অংশে অন্তর্ভুক্ত "#"-প্রিফিক্সড মন্তব্য লাইন দ্বারা বর্ণনা করা হয়েছে
ফাইল . EL সন্নিবেশ তথ্য বৈধ এমনকি যখন --সঙ্গত বিকল্প হয়
ব্যবহার করা হয়েছে।

অন্যান্য বিকল্প

--মাপালি
ফাইল থেকে প্রান্তিককরণ পড়ে মডেল তৈরি করতে ব্যবহৃত এটিকে একক হিসাবে সারিবদ্ধ করে
মুখ্যমন্ত্রীর আপত্তি; যেমন প্রান্তিককরণ স্থির রাখা হয়। এটি আপনাকে অনুমতি দেয়
একটি মডেলের সাথে ক্রম সারিবদ্ধ করুন cmalign এবং একটি বিদ্যমান প্রেক্ষাপটে তাদের দেখুন
বিশ্বস্ত একাধিক প্রান্তিককরণ। সিএম তৈরি করা হয়েছিল এমন সারিবদ্ধকরণ ফাইল হতে হবে
থেকে প্রোগ্রামটি যাচাই করে যে ফাইলের চেকসাম ফাইলটির সাথে মেলে
মুখ্যমন্ত্রী নির্মাণ করতে ব্যবহৃত. এই এক অনুরূপ বিকল্প বলা হয়েছে --থালি in
এর পূর্ববর্তী সংস্করণ cmalign

--mapstr
সঙ্গে সমন্বয় ব্যবহার করা আবশ্যক --মাপালি . কাঠামোগত তথ্য প্রচার করুন
যে কোনো সিউডোকনটের জন্য আউটপুট প্রান্তিককরণে। একটি অনুরূপ বিকল্প
এই এক বলা হয় --withstr এর পূর্ববর্তী সংস্করণগুলিতে cmalign

-- তথ্য
ইনপুট যে জাহির বিন্যাসে আছে . Babelfish ফরম্যাট চালাবেন না
অটোডিকশন এটি প্রোগ্রামের নির্ভরযোগ্যতা কিছুটা বাড়ায়, কারণ
Babelfish ভুল করতে পারে; বিশেষভাবে অনুপস্থিত, উচ্চ-এর জন্য প্রস্তাবিত
ইনফার্নালের থ্রুপুট রান। গ্রহণযোগ্য ফর্ম্যাটগুলি হল: FASTA, GENBANK, এবং DDBJ৷
কেস-সংবেদনশীল।

--আউটফরম্যাট
আউটপুট প্রান্তিককরণ বিন্যাস হিসাবে উল্লেখ করুন . গ্রহণযোগ্য ফর্ম্যাটগুলি হল: Pfam, AFA,
A2M, Clustal, এবং Phylip. এএফএ সারিবদ্ধ ফাস্তা। শুধুমাত্র Pfam এবং স্টকহোম প্রান্তিককরণ
বিন্যাসে ঐক্যমত্য কাঠামোর টীকা এবং পরবর্তী সম্ভাব্যতা অন্তর্ভুক্ত থাকবে
সারিবদ্ধ অবশিষ্টাংশের টীকা।

--dnaout
সারিবদ্ধকরণগুলিকে আরএনএ-এর পরিবর্তে ডিএনএ সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট হিসাবে আউটপুট করুন।

--সমস্যা নেই
পোস্টেরিয়র সম্ভাব্যতার সাথে আউটপুট প্রান্তিককরণ টীকা করবেন না।

--সঙ্গত
আউটপুট প্রান্তিককরণে শুধুমাত্র মিল কলাম অন্তর্ভুক্ত করুন, কোনো সন্নিবেশ অন্তর্ভুক্ত করবেন না
ঐকমত্য মডেলের সাথে সম্পর্কিত। খুব বড় তৈরি করার সময় এই বিকল্পটি কার্যকর হতে পারে
সারিবদ্ধকরণের জন্য প্রচুর মেমরি এবং ডিস্কের স্থান প্রয়োজন, যার বেশিরভাগই প্রয়োজনীয়
শুধুমাত্র সন্নিবেশ কলামগুলি মোকাবেলা করার জন্য যা বেশিরভাগ সিকোয়েন্সে ফাঁক রয়েছে।

--লিভড
একটি নির্দিষ্ট প্রস্থের ইন্টারলিভড স্টকহোম বিন্যাসে প্রান্তিককরণ আউটপুট করুন যা হতে পারে
পরীক্ষার জন্য আরও সুবিধাজনক। এটি ছিল এর ডিফল্ট আউটপুট সারিবদ্ধ বিন্যাস
এর পূর্ববর্তী সংস্করণ cmalign মনে রাখবেন যে cmalign এই যখন আরো মেমরি প্রয়োজন
বিকল্প ব্যবহার করা হয়। এই কারনে, --লিভড পর্যন্ত সারিবদ্ধকরণের জন্য শুধুমাত্র কাজ করবে
100,000 সিকোয়েন্স বা মোট 100,000,000 সারিবদ্ধ নিউক্লিওটাইড।

--প্রত্যাবর্তন
ফাইল করার জন্য কোন লেখকের তথ্য ছাড়া আউটপুট সারিবদ্ধকরণের একটি অতিরিক্ত অনুলিপি সংরক্ষণ করুন
.

-- ভারবোস
ট্যাবুলার স্কোর আউটপুটে অতিরিক্ত তথ্য আউটপুট করুন (আউটপুট যদি stdout এ -o
ব্যবহৃত হয়, বা if --sfile ব্যবহৃত হয়). এই প্রধানত পরীক্ষার জন্য দরকারী এবং
ডিবাগিং

--সিপিইউ
তা উল্লেখ করুন সমান্তরাল CPU কর্মীদের ব্যবহার করা হবে। যদি "0" হিসাবে সেট করা হয়, তারপর
প্রোগ্রামটি থ্রেড ব্যবহার না করে সিরিয়াল মোডে চালানো হবে। আপনিও নিয়ন্ত্রণ করতে পারেন
একটি পরিবেশ পরিবর্তনশীল সেট করে এই সংখ্যা, INFERNAL_NCPU এই বিকল্প হবে
ইনফার্নাল যে মেশিনে তৈরি করা হয়েছিল তা ব্যবহার করতে সক্ষম হলেই কেবল পাওয়া যাবে
POSIX থ্রেডিং (আরো তথ্যের জন্য ব্যবহারকারী গাইডের ইনস্টলেশন বিভাগটি দেখুন
তথ্য)।

--এমপিআই একটি MPI সমান্তরাল প্রোগ্রাম হিসাবে চালান। ইনফারনাল থাকলেই এই বিকল্পটি পাওয়া যাবে
কনফিগার করা হয়েছে এবং "--enable-mpi" পতাকা দিয়ে তৈরি করা হয়েছে (ইনস্টলেশন দেখুন
আরও তথ্যের জন্য ব্যবহারকারী গাইডের বিভাগ)।

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে cmalign ব্যবহার করুন