cpgplote - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

cpgplot - নিউক্লিওটাইড ক্রম(গুলি) মধ্যে CpG দ্বীপগুলি সনাক্ত করুন এবং প্লট করুন

সাইনোপিসিস

cpgplot -ক্রম seqall -জানলা পূর্ণসংখ্যা -মিনলেন পূর্ণসংখ্যা -মিনো ভাসা -মিনপিসি ভাসা
-আউটফাইল আউটফাইল -পটভূমি টগ্ল -চিত্রলেখ xygraph -obsexp বুলিয়ান -cg বুলিয়ান
-পিসি বুলিয়ান -আউটফিট featout

cpgplot -হেল্প

বর্ণনাঃ

cpgplot এটি EMBOSS এর একটি কমান্ড লাইন প্রোগ্রাম ("ইউরোপীয় আণবিক জীববিজ্ঞান ওপেন
সফটওয়্যার স্যুট"). এটি "নিউক্লিক: সিপিজি দ্বীপপুঞ্জ" কমান্ড গ্রুপ(গুলি) এর অংশ।

বিকল্প

ইনপুট অধ্যায়
-ক্রম seqall

প্রয়োজনীয় অধ্যায়
-জানলা পূর্ণসংখ্যা
শতকরা CG বিষয়বস্তু এবং CG এর পর্যবেক্ষিত ফ্রিকোয়েন্সি a এর মধ্যে গণনা করা হয়
উইন্ডো যার আকার এই প্যারামিটার দ্বারা সেট করা হয়। উইন্ডো ক্রম নিচে সরানো হয় এবং
এই পরিসংখ্যানগুলি প্রতিটি অবস্থানে গণনা করা হয় যেখানে উইন্ডোটি সরানো হয়েছে। ডিফল্ট
মান: 100

-মিনলেন পূর্ণসংখ্যা
এটি রিপোর্ট করার আগে একটি CpG দ্বীপের ন্যূনতম দৈর্ঘ্য সেট করে।
ডিফল্ট মান: 200

-মিনো ভাসা
এটি একটি সেটে C প্লাস G থেকে CpG-এর প্রত্যাশিত অনুপাতের সর্বনিম্ন গড় পরিলক্ষিত করে
একটি CpG দ্বীপ রিপোর্ট করার আগে 10টি উইন্ডো প্রয়োজন। ডিফল্ট মান: 0.6

-মিনপিসি ভাসা
এটি জি প্লাস সি এর ন্যূনতম গড় শতাংশ সেট করে 10টি উইন্ডোর সেট
একটি CpG দ্বীপ রিপোর্ট করার আগে প্রয়োজন. ডিফল্ট মান: 50।

আউটপুট অধ্যায়
-আউটফাইল আউটফাইল
এটি ইনপুট সিকোয়েন্স নাম, CpG এর রিপোর্ট ধারণ করা ফাইলের নাম সেট করে
দ্বীপের পরামিতি এবং যে কোনো CpG দ্বীপের আউটপুট বিবরণ পাওয়া যায়।

-পটভূমি টগ্ল
ডিফল্ট মান: Y

-চিত্রলেখ xygraph

-obsexp বুলিয়ান
যদি এটি সত্য হিসাবে সেট করা হয় তবে C প্লাস G-এর প্রত্যাশিত অনুপাতের গ্রাফ পর্যবেক্ষণ করা হয়
একটি উইন্ডোর মধ্যে CpG প্রদর্শিত হয়। ডিফল্ট মান: Y

-cg বুলিয়ান
যদি এটি সত্য হিসাবে সেট করা হয় তবে অঞ্চলগুলির গ্রাফ যা নির্ধারণ করা হয়েছে
CpG দ্বীপপুঞ্জ প্রদর্শিত হয়. ডিফল্ট মান: Y

-পিসি বুলিয়ান
যদি এটি সত্য হিসাবে সেট করা হয় তবে একটি উইন্ডোর মধ্যে শতাংশ সি প্লাস G এর গ্রাফটি হয়
প্রদর্শিত ডিফল্ট মান: Y

-আউটফিট featout
আউটপুট বৈশিষ্ট্য জন্য ফাইল

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে cpgplote ব্যবহার করুন