ডালিনার - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

daligner - দীর্ঘ পঠিত aligner

সাইনোপিসিস

ডালিনার [-vbAI][-kকোন int(২০১০)] [-wকোন int(২০১০)] [-hকোন int(২০১০)] [-tকোন int] [-Mকোন int] [-eদ্বিগুণ (.70)]
[-lকোন int(২০১০)] [-sকোন int(২০১০)] [-Hকোন int] [-mপথ]+ বিষয়:ডিবি|ড্যাম লক্ষ্য:ডিবি|ড্যাম ...

বর্ণনাঃ

ছাঁটা মধ্যে ক্রম তুলনা বিষয় তালিকাভুক্তদের বিরুদ্ধে ব্লক করুন লক্ষ্য ব্লক
অন্তত জড়িত স্থানীয় প্রান্তিককরণ জন্য অনুসন্ধান -l বেস পেয়ার (ডিফল্ট 1000) বা তার বেশি,
যার গড় পারস্পরিক সম্পর্ক হার আছে -e (ডিফল্ট 70%)। স্থানীয় প্রান্তিককরণ পাওয়া গেছে
একটি বিক্ষিপ্ত এনকোডিংয়ে আউটপুট হবে যেখানে প্রান্তিককরণের একটি ট্রেস পয়েন্ট প্রতি রেকর্ড করা হয়
-s এ-রিডের বেস জোড়া (ডিফল্ট 100bp)। উভয় অভিযোজন এবং রিড তুলনা করা হয়
মানদণ্ড পূরণকারী স্থানীয় প্রান্তিককরণগুলি বর্ণিত কয়েকটি তৈরি করা ফাইলের একটিতে আউটপুট হয়
নিচে. দ্য -v বিকল্পটি একটি ভার্বোস রিপোর্টিং মোড চালু করে যা প্রতিটির পরিসংখ্যান দেয়
গণনার প্রধান ধাপ।

বিকল্পগুলি -k, -h, এবং -w সম্ভাব্য মিলগুলির জন্য প্রাথমিক পরিস্রাবণ অনুসন্ধান নিয়ন্ত্রণ করুন
পড়ার মধ্যে বিশেষভাবে, আমাদের অনুসন্ধান কোড প্রস্থের তির্যক ব্যান্ডগুলির একটি জোড়ার জন্য দেখায়
2^w (ডিফল্ট 2^6 = 64) যাতে সঠিক মিলিত k-mers এর সংগ্রহ থাকে (ডিফল্ট 14)
দুটি পাঠের মধ্যে, যেমন কে-মের হিট দ্বারা আচ্ছাদিত মোট বেসের সংখ্যা হল h
(ডিফল্ট 35)। k বর্তমান বাস্তবায়নে 32 এর চেয়ে বড় হতে পারে না। যদি -b পছন্দ
সেট করা হয়, তারপর ডালিনার অনুমান করে যে ডেটার একটি শক্তিশালী রচনাগত পক্ষপাত রয়েছে (যেমন >65% AT
সমৃদ্ধ), এবং একটু বেশি সময় খরচ করে, গতিশীলভাবে কে-মের মাপ সামঞ্জস্য করে
কম্পোজিশনাল বায়াস, যাতে ব্যবহৃত mers 4^k এর একটি কার্যকর নির্দিষ্টতা থাকে।

যদি এক বা একাধিক ব্যবধান ট্র্যাক এর সাথে নির্দিষ্ট করা থাকে -m বিকল্প, তারপর এর পড়া
যে ডিবি বা ডিবিগুলির জন্য মুখোশ প্রযোজ্য তা অন্তরের মিলনের সাথে নরম মুখোশযুক্ত
প্রযোজ্য সমস্ত ব্যবধানের ট্র্যাকগুলির মধ্যে যেকোনও কে-মেরস যেগুলির যেকোনও বেস রয়েছে৷
একটি ম্যাচ বীজের উদ্দেশ্যে মুখোশযুক্ত ব্যবধানগুলি উপেক্ষা করা হয়। একটি ব্যবধান ট্র্যাক
একটি ট্র্যাক, যেমন DBdust দ্বারা তৈরি "ধুলো" ট্র্যাক, যা বিরতির একটি সেট এনকোড করে
হয় untrimmed বা ছাঁটা DB উপর.

অবিচ্ছিন্নভাবে, কিছু কে-মার্স উল্লেখযোগ্যভাবে বেশি প্রতিনিধিত্ব করে (যেমন হোমোপলিমার রান)।
এই k-mers অত্যধিক সংখ্যক মিলে যাওয়া k-mer জোড়া তৈরি করে এবং কোন ঠিকানা ছাড়াই রেখে দেয়
ডালিনার উপলব্ধ শারীরিক মেমরি উপচে পড়ে। এটি মোকাবেলা করার একটি উপায় হল
স্পষ্টভাবে সেট করুন -t প্যারামিটার যা কোন k-mer এর ব্যবহারকে দমন করে যা বেশি ঘটে
চেয়ে t বিষয় বা লক্ষ্য ব্লক হয় বার. যাইহোক, একটি ভাল উপায় হ্যান্ডেল
পরিস্থিতি স্বয়ংক্রিয়ভাবে প্রোগ্রামের একটি মান নির্বাচন করতে দেওয়া হয় t যে একটি প্রদত্ত পূরণ
মেমরি ব্যবহার সীমা নির্দিষ্ট (Gb মধ্যে) দ্বারা -M প্যারামিটার গতানুগতিক ডালিনার ব্যবহার করা হবে
পছন্দ হিসাবে শারীরিক মেমরির পরিমাণ -M. আপনি যদি কম ব্যবহার করতে চান তবে বলুন মাত্র 8 জিবি
একটি 24Gb HPC ক্লাস্টার নোডে কারণ আপনি 3 চালাতে চান ডালিনার নোডে কাজ, তারপর
উল্লেখ -M8. নির্দিষ্ট করা -M0 মূলত নির্দেশ করে যে আপনি চান না ডালিনার নিজেকে
একটি নির্দিষ্ট পরিমাণ মেমরির মধ্যে মানানসই k-mer দমন সামঞ্জস্য করুন।

প্রতিটি বিষয়ের জন্য, ব্লকের টার্গেট জোড়া, X এবং Y বলুন, প্রোগ্রামটি কোথায় প্রান্তিককরণের প্রতিবেদন করে
a-রিড X-এ এবং b-রিড Y-এ এবং এর বিপরীতে। যাইহোক, যদি -A বিকল্প হয়
সেট করুন ("অসমমিতিক" এর জন্য "এ") তারপর ওভারল্যাপ করুন যেখানে a-রিডটি X-এ এবং b-রিড
Y-তে রিপোর্ট করা হয়, এবং যদি X = Y, তাহলে এটি শুধুমাত্র সেই ওভারল্যাপগুলিকে রিপোর্ট করে যেখানে
a-পঠিত সূচক b-read সূচকের চেয়ে কম। উভয় ক্ষেত্রে, যদি -I বিকল্প সেট করা হয়েছে ("আমি"
"পরিচয়") তখন যখন X = Y, একই রিড উইলের বিভিন্ন অংশের মধ্যে ওভারল্যাপ হয়
এছাড়াও পাওয়া এবং রিপোর্ট করা.

প্রতিটি পাওয়া সারিবদ্ধকরণ হিসাবে রেকর্ড করা হয় -- a[ab,ae] x bo[bb,be] -- যেখানে a এবং b হয়
ওভারল্যাপ হওয়া রিডগুলির সূচকগুলি (ছাঁটা ডিবি-তে), o নির্দেশ করে যে বি-রিড হচ্ছে কিনা
একই বা বিপরীত স্ট্র্যান্ড থেকে, এবং [ab,ae] এবং [bb,be] হল a এবং bo এর ব্যবধান,
যথাক্রমে, যে সারিবদ্ধ. প্রোগ্রাম এই প্রান্তিককরণ রেকর্ড ফাইল যার নাম রাখে
X.Y ফর্মের হয়।
নির্দেশ করে যে তারা নয় (উভয় তুলনা করা হয়) এবং # হল থ্রেড যা সনাক্ত করা হয়েছে
এবং ফাইলের মধ্যে থাকা প্রান্তিককরণের সংগ্রহ লিখেছে। সেটি হলো ফাইল
X.Y.O#.las থ্রেড # দ্বারা উত্পাদিত প্রান্তিককরণ ধারণ করে যার জন্য এ-রিড হল X থেকে এবং
বি-রিড Y থেকে এবং ওরিয়েন্টেশনে O. কমান্ড ডালিনার -A X Y 2*NTHREAD উৎপন্ন করে
থ্রেড ফাইল X.Y.?.las এবং ডালিনার X Y X.Y.?.las এবং Y.X.?.las 4*NTHREAD ফাইল তৈরি করে
(যদি না X=Y যে ক্ষেত্রে শুধুমাত্র NTHREAD ফাইল, X.X.?.las, উত্পাদিত হয়)।

গতানুগতিক, ডালিনার বৃহত্তর ডাটাবেসের রিডের মধ্যে সমস্ত ওভারল্যাপ তুলনা করে
DB বা DB বিভক্ত হওয়ার সময় ন্যূনতম কাটঅফ সেটের চেয়ে, সাধারণত 1 বা 2 Kbp। যাহোক,
HGAP সমাবেশ পাইপলাইন শুধুমাত্র বড় রিড সংশোধন করতে চায়, বলুন 8Kbp বা তার বেশি
শুধুমাত্র ওভারল্যাপ প্রয়োজন যেখানে a-read বড় রিডগুলির মধ্যে একটি। সেট করে -H
N বলতে পরামিতি, একটি পরিবর্তন করে ডালিনার যাতে এটি শুধুমাত্র ওভারল্যাপ রিপোর্ট করে যেখানে a-রিড হয়
N বেস-পেয়ারের বেশি লম্বা।

যদিও ডিফল্ট প্যারামিটার সেটিংস কাঁচা Pacbio ডেটার জন্য ভাল, ডালিনার ব্যবহার করা যেতে পারে
সঠিক পঠন বা অন্যান্য কম শোরগোল পাঠে দক্ষতার সাথে প্রান্তিককরণ খুঁজে বের করার জন্য। জন্য
উদাহরণস্বরূপ, ড্যামের বিরুদ্ধে ম্যাপিং অ্যাপ্লিকেশনের জন্য, আমরা চালাই

ডালিনার -k20 -h60 -e.85

এবং সংশোধন করা পড়ার উপর, আমরা সাধারণত চালাই

ডালিনার -k25 -w5 -h60 -e.95 -s500

এবং এই সেটিংসে এটি খুব দ্রুত।

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে ডালিনার ব্যবহার করুন