এটি ডায়ালাইন-টিএক্স কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
dialign-tx - সেগমেন্ট-ভিত্তিক একাধিক ক্রম প্রান্তিককরণ
সাইনোপিসিস
dialign-tx [বিকল্প] {conf- ডিরেক্টরি} {fasta-ফাইল} [fasta-out-file]
বর্ণনাঃ
DIALIGN-TX হল সেগমেন্ট-ভিত্তিক একাধিক প্রোটিন প্রান্তিককরণের জন্য একটি উন্নত অ্যালগরিদম।
DIALIGN-TX হল বেশ কয়েকটি সহ সেগমেন্ট-বেস পদ্ধতির একটি সম্পূর্ণ পুনঃপ্রয়োগ
নতুন উন্নতি এবং হিউরিস্টিকস যা উল্লেখযোগ্যভাবে আউটপুটের গুণমানকে উন্নত করে
DIALIGN 2.2 এর তুলনায় প্রান্তিককরণ। এই উল্লেখযোগ্য শ্রেষ্ঠত্ব উপর পরিলক্ষিত হয়েছে
স্থানীয় পাশাপাশি গ্লোবাল অ্যালাইনমেন্ট বেঞ্চমার্কে।
বিকল্প
-d
ডিবাগ-মোড [ডিফল্ট 0]
0 কোন ডিবাগ বিবৃতি নেই
1 প্রক্রিয়াকরণের বর্তমান পর্যায়কে ডিবাগ করে
2 খুব স্পষ্ট ডিবাগিং
5 হার্ডকোর ডিবাগিং
-s
ইনপুট সিকোয়েন্সের সর্বাধিক পরিমাণ [ডিফল্ট 5000]।
-a
একটি FASTA ফাইলে প্রতি লাইনে সর্বাধিক অক্ষর সংখ্যা [ডিফল্ট 100]।
-c
একটি সিকোয়েন্স প্রিন্ট করার সময় প্রতি লাইনে অক্ষরের সর্বোচ্চ পরিমাণ [ডিফল্ট 80]।
-l
সংবেদনশীলতা মোড, উচ্চতর স্তরের কম জাল এলোমেলো টুকরা হওয়ার সম্ভাবনা কম
স্থানীয় প্রান্তিককরণে সারিবদ্ধ [ডিফল্ট 0]
0 বন্ধ
1 স্তর -1, সংবেদনশীলতা হ্রাস
2 স্তর -2, দৃঢ়ভাবে সংবেদনশীলতা হ্রাস
-m
স্কোর ম্যাট্রিক্স ফাইলের নাম (কনফিগারেশন ডিরেক্টরিতে) [ডিফল্ট প্রোটিন: BLOSUM.scr]
/ [ডিফল্ট ডিএনএ: dna_matrix.scr]।
-w
ন্যূনতম ওজন সংজ্ঞায়িত করে যখন ওজন সূত্রটি 1-পাউ (1-সমস্যা, ফ্যাক্টর) এ পরিবর্তিত হয়
[ডিফল্ট 0.000000065]।
-p
সম্ভাব্যতা বিতরণ ফাইলের নাম (কনফিগারেশন ডিরেক্টরিতে) [ডিফল্ট প্রোটিন:
BLOSUM.diag_prob_t10] / [ডিফল্ট ডিএনএ: dna_diag_prob_100_exp_550000]।
-v
প্রতিটি স্কোরে যোগ করুন (নেতিবাচক মান প্রতিরোধ করতে) [ডিফল্ট 0]।
-t
সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্টের জন্য কম স্কোরের জন্য "এমন" থ্রেশহোল্ড [ডিফল্ট প্রোটিন: 4] / [ডিফল্ট
ডিএনএ: 0]।
-n
কম স্কোরিং পজিশন ধারণকারী উইন্ডোর জন্য ক্রমাগত অবস্থানের সর্বাধিক সংখ্যা
[ডিফল্ট প্রোটিন: 4] / [ডিফল্ট ডিএনএ: 1]।
-g
স্টপ মাপদণ্ডের জন্য বিশ্বব্যাপী সর্বনিম্ন খণ্ডের দৈর্ঘ্য [ডিফল্ট প্রোটিন: 40] / [ডিফল্ট
ডিএনএ: 1]।
-m
কম স্কোরিং পজিশন ধারণকারী ফ্র্যাগ উইন্ডোতে ন্যূনতম অনুমোদিত গড় স্কোর [ডিফল্ট
প্রোটিন: 4.0] / [ডিফল্ট ডিএনএ: 0.9]।
-o
ওভারল্যাপ ওজন গণনা করা হয় কি না [ডিফল্ট 0]।
-f
ন্যূনতম খণ্ড দৈর্ঘ্য [ডিফল্ট 1]।
-r
থ্রেশহোল্ড ওজন মোটেও খণ্ডটি বিবেচনা করার জন্য [ডিফল্ট 0.0]।
-u
[ডিফল্ট 0]
1: শুধুমাত্র প্রতিবেশী সিকোয়েন্সের একটি sqrt(amount_of_seqs) স্ট্রাইপ ব্যবহার করুন
যুগলভাবে প্রান্তিককরণ গণনা করুন (কর্মক্ষমতা বৃদ্ধি করুন)।
0: সমস্ত জোড়া সারিবদ্ধকরণ গণনা করা হবে।
-A
ঐচ্ছিক অ্যাঙ্কর ফাইল। [ডিফল্ট কোনোটিই নয়]
-D
ইনপুট হল ডিএনএ-সিকোয়েন্স।
-T
শুরু থেকে শেষ পর্যন্ত ডিএনএকে অ্যামিনোঅ্যাসিডে অনুবাদ করুন (দৈর্ঘ্য 3 = 0 মোড কাটা হবে)।
সতর্কতা
ব্যবহার করবেন না -D এই বিকল্পের সাথে (প্রোটিন ইনপুটের জন্য ডিফল্ট মান লোড করা হবে)।
-L
শুধুমাত্র দীর্ঘতম ওপেন রিডিং ফ্রেমের তুলনা করুন।
সতর্কতা
ব্যবহার করবেন না -D এই বিকল্পের সাথে (প্রোটিন ইনপুটের জন্য ডিফল্ট মান লোড করা হবে)।
-O
অ্যামিনোঅ্যাসিড থেকে ডিএনএ অনুবাদ করুন, প্রতিটি অনুক্রমের জন্য পড়ার ফ্রেম এর কারণে গণনা করা হয়
দীর্ঘতম ORF।
সতর্কতা
ব্যবহার করবেন না -D এই বিকল্পের সাথে (প্রোটিন ইনপুটের জন্য ডিফল্ট মান লোড করা হবে)।
-P
অ্যামিনোঅ্যাসিডের আউটপুট, ডিএনএ সিকোয়েন্সের কোনো পুনঃঅনুবাদ নয় [ডিফল্ট: ইনপুট = আউটপুট]।
-F
দ্রুত মোড (উচিত -l0, যেহেতু এটি ইতিমধ্যে উল্লেখযোগ্যভাবে সংবেদনশীলতা হ্রাস করে)।
-C
/usr/share/dialign-tx/prob_table-এ সংরক্ষিত সম্ভাব্যতা সারণী তৈরি করুন এবং প্রস্থান করুন।
-H, -h
এই বার্তাটি প্রিন্ট করুন।
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে dialign-tx ব্যবহার করুন
