āĻāĻāĻŋ āĻšāĻ˛ fftns āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ¯āĻž āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻāĻŦā§āĻ¨ā§āĻā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻĢā§āĻĄā§āĻ°āĻž āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MAC OS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ OnWorks āĻĢā§āĻ°āĻŋ āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻā§āĻ°āĻŽ:
NAME āĻāĻ°
mafft - āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻŽāĻŋāĻ¨ā§ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻŋāĻĄ āĻŦāĻž āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽ
āĻ¸āĻžāĻāĻ¨ā§āĻĒāĻŋāĻ¸āĻŋāĻ¸
mafft [āĻ āĻĒāĻļāĻ¨] āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
āĻ˛āĻŋāĻ¨ā§āĻ¸āĻŋ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¸āĻŋ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
einsi āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
fftnsi āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
fftns āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
nwns āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
nwnsi āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
mafft-āĻĒā§āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛ group1 group2 [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ, group1 āĻāĻŦāĻ group2 FASTA āĻĢāĻ°ā§āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§ āĻšāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§āĨ¤
āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ
MAFFT āĻāĻāĻ¨āĻŋāĻā§āĻ¸-āĻāĻ° āĻŽāĻ¤ā§ āĻ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻ āĻ¸āĻŋāĻ¸ā§āĻā§āĻŽā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻāĻŋ āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĻĒāĻ˛ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽāĨ¤ āĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻŦ
āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒāĻ°āĻŋāĻ¸ā§āĻŽāĻžāĨ¤
āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻā§āĻ˛āĻ¤āĻž-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋ:
¡ L-INS-i (āĻ¸āĻŽā§āĻāĻŦāĻ¤ āĻ¸āĻŦāĻā§āĻ¯āĻŧā§ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻā§āĻ˛; <200 āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻŦāĻŋāĻ¤; āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻŽā§āĻ˛āĻ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŽāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¨
āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĒā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻāĻ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖ āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋ):
mafft --āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĒā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ° -- āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻā§āĻ āĻāĻ°āĻž 1000 āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
āĻ˛āĻŋāĻ¨ā§āĻ¸āĻŋ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
¡ G-INS-i (āĻ āĻ¨ā§āĻ°ā§āĻĒ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ā§āĻ° āĻā§āĻ°āĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻĒāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤; <200 āĻā§āĻ°āĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻŦāĻŋāĻ¤;
āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŽāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¨ āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋ āĻŦāĻŋāĻļā§āĻŦāĻŦā§āĻ¯āĻžāĻĒā§ āĻā§āĻĄāĻŧāĻž āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻžāĻ°ā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°ā§):
mafft --āĻā§āĻ˛ā§āĻŦāĻžāĻ˛āĻĒā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ° -- āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻā§āĻ āĻāĻ°āĻž 1000 āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¸āĻŋ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
¡ āĻ-āĻāĻāĻāĻ¨āĻāĻ¸-āĻāĻ (āĻŦāĻĄāĻŧ āĻ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ¯ā§āĻā§āĻ¯ āĻ āĻā§āĻāĻ˛ āĻ§āĻžāĻ°āĻŖāĻāĻžāĻ°ā§ āĻā§āĻ°āĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻĒāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤; āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻŦāĻŋāĻ¤
<200 āĻā§āĻ°āĻŽ):
mafft --ep 0 --āĻā§āĻ¨āĻžāĻĢāĻĒā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ° -- āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻā§āĻ āĻāĻ°āĻž 1000 āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
einsi āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
E-INS-i āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯, --ep 0 āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ āĻŦāĻĄāĻŧ āĻĢāĻžāĻāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻ¤āĻŋ āĻ¸ā§āĻĒāĻžāĻ°āĻŋāĻļ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ.
āĻāĻ¤āĻŋ-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋ:
¡ FFT-NS-i (āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤ āĻĒāĻ°āĻŋāĻļā§āĻ§āĻ¨ āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋ; āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻĻā§āĻāĻŋ āĻāĻā§āĻ°):
mafft -- āĻŦā§āĻā§āĻˇ 2 -- āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻā§āĻ āĻāĻ°āĻž 2 āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
fftnsi āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
¡ FFT-NS-i (āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤ āĻĒāĻ°āĻŋāĻļā§āĻ§āĻ¨ āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋ; āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻā§āĻ 1000 āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŋ):
mafft -- āĻŦā§āĻā§āĻˇ 2 -- āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻā§āĻ āĻāĻ°āĻž 1000 āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
¡ FFT-NS-2 (āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤; āĻĒā§āĻ°āĻāĻ¤āĻŋāĻļā§āĻ˛ āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋ):
mafft -- āĻŦā§āĻā§āĻˇ 2 -- āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻā§āĻ āĻāĻ°āĻž 0 āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
fftns āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
¡ FFT-NS-1 (āĻā§āĻŦ āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤; >2000 āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻŦāĻŋāĻ¤; āĻ°ā§āĻā§āĻˇ āĻ¸āĻš āĻĒā§āĻ°āĻāĻ¤āĻŋāĻļā§āĻ˛ āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋ
āĻāĻžāĻāĻĄ āĻāĻžāĻ):
mafft -- āĻŦā§āĻā§āĻˇ 1 -- āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻā§āĻ āĻāĻ°āĻž 0 āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
¡ NW-NS-i (āĻāĻĢāĻāĻĢāĻāĻŋ āĻāĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨āĻŋāĻāĻ¤āĻž āĻāĻžāĻĄāĻŧāĻžāĻ āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻŽā§āĻ˛āĻ āĻĒāĻ°āĻŋāĻļā§āĻ§āĻ¨ āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋ; āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻĻā§āĻāĻŋ āĻāĻā§āĻ°):
mafft -- āĻŦā§āĻā§āĻˇ 2 -- āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻā§āĻ āĻāĻ°āĻž 2 --āĻ¨āĻĢā§āĻ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
nwnsi āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
¡ NW-NS-2 (āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤; FFT āĻāĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨āĻŋāĻāĻ¤āĻž āĻāĻžāĻĄāĻŧāĻž āĻĒā§āĻ°āĻāĻ¤āĻŋāĻļā§āĻ˛ āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋ):
mafft -- āĻŦā§āĻā§āĻˇ 2 -- āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻā§āĻ āĻāĻ°āĻž 0 --āĻ¨āĻĢā§āĻ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
nwns āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
¡ NW-NS-PartTree-1 (~10,000 āĻĨā§āĻā§ ~50,000 āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻŦāĻŋāĻ¤; āĻĒā§āĻ°āĻāĻ¤āĻŋāĻļā§āĻ˛ āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋ
PartTree āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽ āĻ¸āĻš):
mafft -- āĻŦā§āĻā§āĻˇ 1 -- āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻā§āĻ āĻāĻ°āĻž 0 --āĻ¨āĻĢā§āĻ --āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
āĻĻāĻ˛ā§ āĻĻāĻ˛ā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ
mafft-āĻĒā§āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛ group1 group2 [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
āĻŦāĻž:
mafft -- āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻā§āĻ āĻāĻ°āĻž 1000 --āĻŦā§āĻ group1 --āĻŦā§āĻ group2 /dev/null [> āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ
āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽ
--āĻ āĻā§
L-INS-i, FFT-NS-i āĻāĻŦāĻ FFT-NS-2 āĻĨā§āĻā§ āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻāĻžāĻŦā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻĒāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤ āĻā§āĻļāĻ˛ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŦāĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ°ā§,
āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻāĻāĻžāĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧā§āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ (āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻĻāĻž FFT-NS-2)
--6 āĻŽāĻžāĻ°āĻā§āĻĄāĻŧ
āĻāĻžāĻ āĻāĻ°āĻž 6mers āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋ āĻāĻ°ā§ āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻāĻžāĻ˛ā§
--āĻā§āĻ˛ā§āĻŦāĻžāĻ˛āĻĒā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°
āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻĒā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻ¨āĻŋāĻĄāĻ˛āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨-āĻāĻ¨ā§āĻ¸ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽ āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤ āĻāĻ°āĻ
āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻā§āĻ˛ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ --6 āĻŽāĻžāĻ°āĻĒā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻā§āĻ¯āĻŧā§ āĻ§ā§āĻ°āĨ¤ āĻŦāĻŋāĻļā§āĻŦāĻŦā§āĻ¯āĻžāĻĒā§ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻĒāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤
āĻā§āĻ°āĻŽ ~200 āĻā§āĻ°āĻŽ āĻĒāĻ°ā§āĻ¯āĻ¨ā§āĻ¤ āĻĒā§āĻ°āĻ¯ā§āĻā§āĻ¯āĨ¤ --maxiterate 1000-āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻāĻŽāĻŋāĻļā§āĻ°āĻŖ
āĻ¸ā§āĻĒāĻžāĻ°āĻŋāĻļ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ (G-INS-i)āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ (6mer āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ)
--āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĒā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°
āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻž āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖ āĻ¸ā§āĻŽāĻŋāĻĨ-āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻāĻžāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤ āĻāĻ°āĻ āĻ¸āĻ āĻŋāĻ
āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ --6 merpair āĻĨā§āĻā§ āĻ§ā§āĻ°āĨ¤ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧāĻāĻžāĻŦā§ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻā§āĻ°āĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻĒāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤āĨ¤
~200 āĻā§āĻ°āĻŽ āĻĒāĻ°ā§āĻ¯āĻ¨ā§āĻ¤ āĻĒā§āĻ°āĻ¯ā§āĻā§āĻ¯āĨ¤ --maxiterate 1000-āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻāĻŽāĻŋāĻļā§āĻ°āĻŖ āĻšāĻ˛
āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻŦāĻŋāĻ¤ (L-INS-i)āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ (6mer āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ)
--āĻā§āĻ¨āĻžāĻĢāĻĒā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°
āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻĒā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻāĻ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ¸āĻžāĻ§āĻžāĻ°āĻŖā§āĻā§āĻ¤ āĻ¸āĻš āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
affine āĻĢāĻžāĻāĻ āĻāĻ°āĻ (Altschul 1998)āĨ¤ āĻāĻ°ā§ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻā§āĻ˛ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ --6merpair āĻāĻ° āĻā§āĻ¯āĻŧā§ āĻ§ā§āĻ°āĨ¤ āĻāĻĒāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤
āĻ¯āĻāĻ¨ āĻŦāĻĄāĻŧ āĻ āĻā§āĻ¯āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻŖ āĻĢāĻžāĻāĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¤ā§āĻ¯āĻžāĻļāĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤ ~200 āĻā§āĻ°āĻŽ āĻĒāĻ°ā§āĻ¯āĻ¨ā§āĻ¤ āĻĒā§āĻ°āĻ¯ā§āĻā§āĻ¯āĨ¤ āĻ
--maxiterate 1000-āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻ¸āĻŽāĻ¨ā§āĻŦāĻ¯āĻŧ āĻŦāĻžāĻā§āĻāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ (E-INS-i)āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ (6mer
āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ)
--āĻĢāĻžāĻ¸ā§āĻāĻĒā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°
āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻž āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖ FASTA (Pearson and Lipman 1988) āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤ FASTA āĻšāĻ˛
āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ (6mer āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ)
--āĻāĻāĻ¨ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
āĻā§āĻĄāĻŧ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻžāĻ°ā§ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖ āĻĨā§āĻā§ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻž āĻ¸āĻžāĻŽāĻā§āĻāĻ¸ā§āĻ¯āĻ¤āĻžāĻ° āĻŽā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻ¯āĻŧā§āĻāĻŋāĻ āĻĢā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻāĻ°āĨ¤ āĻŦā§āĻ§
āĻ¯āĻāĻ¨ --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair āĻŦāĻž --blastpair āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŦāĻžāĻāĻŋāĻ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 2.7
-- āĻŦā§āĻā§āĻˇ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
āĻāĻžāĻāĻĄ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŽāĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻĒā§āĻ°āĻāĻ¤āĻŋāĻļā§āĻ˛ āĻĒāĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧā§ āĻŦāĻžāĻ°. 6mer āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ āĻ¸āĻš āĻŦā§āĻ§āĨ¤
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 2 X
-- āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻŽā§āĻ˛āĻ āĻĒāĻ°āĻŋāĻļā§āĻ§āĻ¨ āĻāĻā§āĻ° āĻ¸āĻā§āĻāĻžāĻ˛āĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ. āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 0
--āĻāĻĢāĻāĻĢāĻāĻŋ
āĻā§āĻ°ā§āĻĒ āĻĨā§āĻā§ āĻā§āĻ°ā§āĻĒ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖā§ FFT āĻāĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨āĻŋāĻāĻ¤āĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻāĻžāĻ˛ā§
--āĻ¨āĻĢā§āĻ
āĻā§āĻ°ā§āĻĒ-āĻā§-āĻā§āĻ°ā§āĻĒ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻā§ FFT āĻāĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨āĻŋāĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻžāĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
--āĻĢāĻ˛āĻžāĻĢāĻ˛āĻļā§āĻ¨ā§āĻ¯
āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻŽā§āĻ˛āĻ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŽāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¨ āĻĒāĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧā§ āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ āĻ¨āĻžāĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ (āĻ¸ā§āĻā§āĻ°
āĻāĻŽāĻŋ āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻž āĻāĻ°ā§ āĻĻā§āĻā§āĻāĻŋ)
--āĻŽā§āĻŽāĻ¸ā§āĻ
Myers-Miller (1988) āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻāĻžāĻŦā§ āĻāĻžāĻ˛ā§ āĻ¯āĻāĻ¨
āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ 10,000 (aa/nt) āĻāĻžāĻĄāĻŧāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻā§āĻā§āĨ¤
--āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻā§āĻ°āĻŋ
2007 āĻŽā§āĻ° āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ āĻ¸āĻš āĻāĻāĻāĻŋ āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤ āĻā§āĻ°āĻŋ-āĻŦāĻŋāĻ˛ā§āĻĄāĻŋāĻ āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨ (PartTree, Katoh and Toh 6)āĨ¤
āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻĄāĻŧ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ° (> ~10,000) āĻ āĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻŽā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻŦāĻŋāĻ¤ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻāĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
--āĻĄāĻŋāĻĒāĻŋāĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻā§āĻ°āĻŋ
PartTree āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽ DP āĻāĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋ āĻāĻ°ā§ āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤ āĻ¸āĻžāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻ°ā§ āĻ¸āĻ āĻŋāĻ āĻāĻŦāĻ
--āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ° āĻā§āĻ¯āĻŧā§ āĻ§ā§āĻ°āĨ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻĄāĻŧ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ° (> ~10,000) āĻ āĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻŽā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻŦāĻŋāĻ¤
āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ. āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
--āĻĢāĻžāĻ¸ā§āĻāĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻā§āĻ°āĻŋ
PartTree āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽ FASTA āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤ āĻāĻāĻā§ āĻŦā§āĻļāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻā§āĻ˛
āĻāĻŦāĻ --parttree āĻāĻ° āĻā§āĻ¯āĻŧā§ āĻ§ā§āĻ°āĨ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻĄāĻŧ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ° (> ~10,000) āĻā§āĻ°āĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻŦāĻŋāĻ¤ā§ˇ
āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻšāĻ¯āĻŧ FASTA āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
--āĻāĻŖā§āĻĄāĻŋāĻ¤ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
PartTree āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 50
--āĻā§āĻ°ā§āĻĒ āĻāĻāĻžāĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
āĻĨā§āĻā§ āĻŦāĻĄāĻŧ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻž āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻā§āĻ°āĻŽ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° --*āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻŦā§āĻ§
āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
āĻ¸ā§āĻĨāĻŋāĻ¤āĻŋāĻŽāĻžāĻĒ
--op āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
āĻā§āĻ°ā§āĻĒ āĻĨā§āĻā§ āĻā§āĻ°ā§āĻĒ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖā§ āĻĢāĻžāĻāĻ āĻā§āĻ˛āĻžāĻ° āĻĒā§āĻ¨āĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 1.53
--ep āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
āĻ āĻĢāĻ¸ā§āĻ āĻŽāĻžāĻ¨, āĻ¯āĻž āĻā§āĻ°ā§āĻĒ-āĻā§-āĻā§āĻ°ā§āĻĒ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨ āĻĒā§āĻ¨āĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĻ° āĻŽāĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ āĻāĻ°ā§āĨ¤
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 0.123 X
--āĻ˛ā§āĻĒ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĒā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻā§ āĻā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻāĻĒā§āĻ¨āĻŋāĻ āĻĒā§āĻ¨āĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĨ¤ āĻŦā§āĻ§ āĻ¯āĻāĻ¨ --localpair āĻŦāĻž
--genafpair āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŦāĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: -2.00
--āĻ˛ā§āĻĒ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻā§āĻĄāĻŧāĻž āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻžāĻ°ā§ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖā§ āĻ āĻĢāĻ¸ā§āĻ āĻŽāĻžāĻ¨āĨ¤ āĻŦā§āĻ§ āĻ¯āĻāĻ¨ --localpair āĻŦāĻž --genafpair
āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŦāĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 0.1
--āĻ˛ā§āĻā§āĻ¸āĻĒ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĒā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻā§ āĻā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨ āĻĒā§āĻ¨āĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĨ¤ āĻŦā§āĻ§ āĻ¯āĻāĻ¨ --localpair āĻŦāĻž
--genafpair āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŦāĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: -0.1
--LOP āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻĄāĻŧāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻ¯āĻžāĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĢāĻžāĻāĻ āĻā§āĻ˛āĻžāĻ° āĻĒā§āĻ¨āĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĨ¤ āĻŦā§āĻ§ āĻ¯āĻāĻ¨ --genafpair āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŦāĻžāĻāĻŋāĻ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: -6.00
--āĻ˛ā§āĻā§āĻ¸āĻĒ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖ āĻāĻĄāĻŧāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻ¯āĻžāĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨ āĻĒā§āĻ¨āĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĨ¤ āĻŦā§āĻ§ āĻ¯āĻāĻ¨ --genafpair āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŦāĻžāĻāĻŋāĻ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 0.00
--āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
āĻŦā§āĻ˛ā§āĻ¸āĻŽ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ (Henikoff and Henikoff 1992) āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž=30, 45, 62 āĻŦāĻž 80āĨ¤
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 62 X
--jtt āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
āĻā§āĻāĻŋāĻāĻŋ āĻĒāĻŋāĻāĻāĻŽ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž (Jones et al. 1992) āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž>0 āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: BLOSUM62
--tm āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
āĻā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¸āĻŽā§āĻŽāĻŦā§āĻ°ā§āĻ¨ PAM āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž (Jones et al. 1994) āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž>0 āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ:
BLOSUM62
--aamatrix āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸āĻĢāĻžāĻāĻ˛
āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§-āĻ¸āĻāĻā§āĻāĻžāĻ¯āĻŧāĻŋāĻ¤ AA āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻāĻ° āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¯ā§ āĻāĻāĻ
āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖ. āĻāĻĒā§āĻā§āĻˇāĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ āĻ¯āĻāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: BLOSUM62
--āĻāĻĢ āĻŽāĻĄā§āĻ˛
āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ā§ AA/nuc āĻ°āĻāĻ¨āĻž āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ
--āĻā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ˛āĻāĻāĻ
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸: āĻā§āĻ˛āĻžāĻ¸āĻžāĻ˛ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ (āĻĢāĻžāĻ¸ā§āĻ āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ)
--āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻ āĻ°ā§āĻĄāĻžāĻ°
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻ āĻ°ā§āĻĄāĻžāĻ°: āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ āĻāĻāĻ. āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻāĻžāĻ˛ā§
--āĻĒā§āĻ¨āĻāĻā§āĻ°āĻŽ
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻ āĻ°ā§āĻĄāĻžāĻ°: āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ (āĻāĻ¨āĻĒā§āĻāĻ°ā§āĻĄāĻžāĻ°)
--āĻŦā§āĻā§āĻˇ
āĻāĻžāĻāĻĄ āĻāĻžāĻ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻšāĻ¯āĻŧ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ.āĻā§āĻ°āĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
-- āĻļāĻžāĻ¨ā§āĻ¤
āĻ āĻā§āĻ°āĻāĻ¤āĻŋ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻžāĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ
--nuc
āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻā§āĻ°āĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄāĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧ
--āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻŽāĻŋāĻ¨ā§
āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻā§āĻ°āĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻŽāĻŋāĻ¨ā§ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻŋāĻĄāĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧ
--āĻŦā§āĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ1 [--āĻŦā§āĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ2 --āĻŦā§āĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ3 ...]
āĻĻā§āĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻŦā§āĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ_n (fasta āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸) āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻ āĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻŽā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ. āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻŦā§āĻā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ¸āĻāĻ°āĻā§āĻˇāĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤
onworks.net āĻĒāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻŦāĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ fftns āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨