বিনামূল্যে যোগাযোগ - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

freecontact - দ্রুত প্রোটিন যোগাযোগ ভবিষ্যদ্বাণীকারী

সাইনোপিসিস

বিনামূল্যে যোগাযোগ [বিকল্প]

freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] < alignment.aln > contacts.out

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < alignment.fa | বিনামূল্যে যোগাযোগ
--parprof evfold > contacts.out

বিনামূল্যে যোগাযোগ --আলি=আলিফাইল --প্রয়োগ-গ্যাপথ=bool --clustpc=NUM টি --ঘনত্ব=NUM টি --cov20=bool
--estimate-ivcov=bool -- ফাঁক =NUM টি --icme-টাইমআউট=NUM টি --ইনপুট-ফরম্যাট=[ফ্ল্যাট|xml]
--mincontsep=NUM টি --আউটপুট-ফরম্যাট=[evfold|pfrmat_rr|bioxsd] --pseudocnt=NUM টি
--pscount-ওজন=NUM টি --rho=NUM টি --থ্রেড=NUM টি --veczw=bool

freecontact --help --debug --quiet --version

বর্ণনাঃ

FreeContact হল একটি প্রোটিন রেসিডিউ কন্টাক্ট প্রেডিক্টর যা গতির জন্য অপ্টিমাইজ করা হয়েছে। ফ্রি কন্টাক্ট করতে পারেন
EVfold-mfDCA-এর প্রকাশিত পরিচিতি ভবিষ্যদ্বাণীকারীদের জন্য একটি ত্বরিত ড্রপ-ইন হিসাবে কাজ করে
ডি এস. মার্কস এট আল। (2011) [1], এবং D. জোন্স এট আল-এর PSICOV। (2011) [2]।

FreeContact ভেক্টর নির্দেশাবলী, একাধিক থ্রেড এবং এর সমন্বয় দ্বারা ত্বরান্বিত হয়
মূল অংশগুলির দ্রুত বাস্তবায়ন। প্রান্তিককরণের উপর নির্ভর করে, 8-গুণ বা উচ্চতর স্পিডআপ
সম্ভব

অর্থপূর্ণ ফলাফলের জন্য যথেষ্ট বড় সারিবদ্ধকরণ প্রয়োজন। একটি সর্বনিম্ন হিসাবে, একটি
একটি কার্যকরী (আফটার-ওয়েটিং) সিকোয়েন্সের সাথে সারিবদ্ধকরণ দৈর্ঘ্যের চেয়ে বড়
ক্যোয়ারী সিকোয়েন্স ব্যবহার করা উচিত। হাজার হাজার (কার্যকর) অনুক্রমের সাথে সারিবদ্ধকরণ
ভাল ইনপুট হিসাবে বিবেচিত হয়।

jackhmmer(এক্সএনএমএক্স) বা hhblits(1) সারিবদ্ধকরণ তৈরি করতে ব্যবহার করা যেতে পারে, উদাহরণস্বরূপ।

[১] পিএলওএস ওয়ান। 1;6(12):e28766। doi: 10.1371/journal.pone.0028766। Epub 2011 ডিসেম্বর 7।
প্রোটিন 3D গঠন বিবর্তনীয় ক্রম প্রকরণ থেকে গণনা করা হয়েছে। মার্কস ডিএস, কলওয়েল এলজে,
Sheridan R, Hopf TA, Pagnani A, Zecchina R, Sander C.

[২] বায়োইনফরমেটিক্স। 2 জানুয়ারী 2012;28(2):184-90। Epub 2011 নভেম্বর 17. PSICOV: সুনির্দিষ্ট
বড় মাল্টিপলের উপর স্পারস ইনভার্স কোভেরিয়েন্স অনুমান ব্যবহার করে কাঠামোগত যোগাযোগের পূর্বাভাস
ক্রম প্রান্তিককরণ। জোন্স ডিটি, বুকান ডিডব্লিউ, কোজেট্টো ডি, পন্টিল এম।

ইনপুট
নিম্নলিখিত বিন্যাস সমর্থিত:

ফ্ল্যাট
নিম্নলিখিত সহজ ইনপুট ফাইল বিন্যাস ব্যবহার করা হয়:

# querystart=5
# query=QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
QUERYSEQUENCE WITHNOGAPSORINSERTIONS
-সারিবদ্ধ---অনুক্রম--- ফাঁক দিয়ে-----
অন্য-সারিবদ্ধ------------ক্রম

'#' হেডার লাইন ঐচ্ছিক। যোগাযোগের অবশিষ্টাংশ গণনা করতে হেডার লাইন ব্যবহার করা হয়
সংখ্যা এবং নির্দিষ্ট আউটপুট ফরম্যাটের জন্য নিজ নিজ ক্যোয়ারী অবশিষ্টাংশ সন্ধান করতে।

যদি কোন ক্যোয়ারী সংজ্ঞায়িত করা না থাকে, তবে প্রান্তিককরণের প্রথম ক্রমটি ক্যোয়ারী হিসাবে ব্যবহৃত হয়
ক্রম. ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সে সারিবদ্ধকরণে ফাঁক থাকা উচিত নয়।

সমস্ত প্রান্তিককরণ সারি একই দৈর্ঘ্যের হতে হবে এবং শুধুমাত্র থাকতে পারে
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ-]। [B] ম্যাপ করা হয়েছে [D], [Z] ম্যাপ করা হয়েছে [E], [JOUX] হল
[X] এ ম্যাপ করা হয়েছে। [X] সম্পূর্ণ প্রোগ্রামের জন্য শুধুমাত্র নিজের সাথে মেলে।

A2M ইনপুট সারিবদ্ধকরণগুলি ব্যবহার করে উপরের বিন্যাসে রূপান্তর করা যেতে পারে
/usr/share/freecontact/a2m2aln. a2m2aln সরাসরি প্রান্তিককরণ পাইপ করতে ব্যবহার করা যেতে পারে
বিনামূল্যে যোগাযোগ

তারা xml একটি সহ XML নথিhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
উপাদান, বায়োএক্সএসডি [৫] থেকে প্রাপ্ত FreeContact স্কিমা [4] এ সংজ্ঞায়িত করা হয়েছে।

উদাহরণ: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

আউটপুট
মূল EVfold-mfDCA বা PSICOV আউটপুট বিন্যাস ডিফল্টরূপে ব্যবহৃত হয় যখন সংশ্লিষ্ট
প্যারামিটার প্রোফাইল নির্বাচন করা হয়েছে।

evfold (EVfold-mfDCA)
5 কে 6 এল 0.332129 3.59798
| | | | | + সংশোধন করা আদর্শ (CN) যোগাযোগের স্কোর
| | | | + পারস্পরিক তথ্য (MI) স্কোর
| | | + যোগাযোগ অ্যামিনো অ্যাসিড অবশিষ্টাংশ কোড
| | + যোগাযোগের অবশিষ্টাংশ নম্বর
| + যোগাযোগ অ্যামিনো অ্যাসিড অবশিষ্টাংশ কোড
+ যোগাযোগের অবশিষ্টাংশ নম্বর

পরিচিতি অবশিষ্ট নম্বরের উপর সাজানো হয়.

pfrmat_rr (PSICOV)
CASP অবশিষ্টাংশ-অবশিষ্ট পৃথকীকরণ পূর্বাভাস (PFRMAT RR) বিন্যাস [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + যোগাযোগের স্কোর
| | Cb-Cb দূরত্বের +-+ পরিসর [Å] অবশিষ্টাংশ জোড়ার জন্য পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছে
| | (গ্লাইসিনের জন্য সি-আলফা)
| | এই দুটি ক্ষেত্র আউটপুটে অপরিবর্তনীয়।
| + যোগাযোগের অবশিষ্টাংশ নম্বর
+ যোগাযোগের অবশিষ্টাংশ নম্বর

পরিচিতিগুলি স্কোরের ভিত্তিতে সাজানো হয়, নিচের দিকে।

[৩]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?page=format>

bioxsd
একটি সহ XML নথিhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
উপাদান, বায়োএক্সএসডি [৫] থেকে প্রাপ্ত FreeContact স্কিমা [4] এ সংজ্ঞায়িত করা হয়েছে।

উদাহরণ: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

দ্রষ্টব্য: যেহেতু বায়োএক্সএসডি ফ্রি কন্টাক্টের সাথে সহযোগিতায় সক্রিয় বিকাশের অধীনে রয়েছে,
FreeContact স্কিমা আসলে এমন একটি সংস্করণ থেকে উদ্ভূত হতে পারে যা এখনও [5] এ উপলব্ধ নয়।

[৪]

[৩]http://bioxsd.org>

আউটপুট সব সম্ভাব্য পরিচিতি তালিকাভুক্ত নাও হতে পারে.

তথ্যসূত্র

জমা দেওয়া হয়েছে। FreeContact: দ্রুত এবং বিনামূল্যে সরাসরি অবশিষ্টাংশ-অবশিষ্ট যোগাযোগের পূর্বাভাস।
Kaján L, Sustik MA, Marks DS, Hopf TA, Kalaš M, Rost B.

বিকল্প

-একটি [ --থ্রেড ] আর্গ
ব্যবহার করার জন্য থ্রেড [0-)। 0 মানে যতগুলি কোর।

--প্রয়োগ-গ্যাপ্থ আর্গ
সত্য হলে, একটি ওজনযুক্ত ফাঁক ফ্রিকোয়েন্সি সহ অবশিষ্ট কলাম এবং সারিগুলি বাদ দিন > -- ফাঁক
কোভেরিয়েন্স ম্যাট্রিক্স [বুলিয়ান] থেকে।

-c [ --clustpc ] arg
BLOSUM ক্লাস্টারিং শতাংশ [0-100]।

--cov20 arg
সত্য হলে, কোভেরিয়েন্স ম্যাট্রিক্স থেকে একটি অ্যামিনো অ্যাসিড ছেড়ে দিন, এটিকে অ-অধিনির্ধারিত করে
[বুলিয়ান]।

-d [ -- ঘনত্ব ] arg
লক্ষ্য নির্ভুলতা ম্যাট্রিক্স ঘনত্ব [0-1]। সেট 0 ঘনত্ব নিয়ন্ত্রণ না করার জন্য।

--ডিবাগ
ডিবাগিং চালু করুন।

--estimate-ivcov arg
ম্যাট্রিক্স ইনভার্সন [বুলিয়ান] এর পরিবর্তে ইনভার্স কোভেরিয়েন্স ম্যাট্রিক্স অনুমান ব্যবহার করুন।

-f [ --আলি] আরগ (=-)
প্রান্তিককরণ ফাইল [পথ]। যদি '-', স্ট্যান্ডার্ড ইনপুট। ডিফল্ট: '-'.

-g [ --gapth ] arg
ওয়েটেড গ্যাপ ফ্রিকোয়েন্সি থ্রেশহোল্ড (0-1]।

-ঘ [ -- সাহায্য ]
এই সাহায্য বার্তা উত্পাদন.

-i [ --ইনপুট-ফরম্যাট] আরগ (=ফ্ল্যাট)
ইনপুট বিন্যাস [ফ্ল্যাট|xml]।

--icme-টাইমআউট আর্গ (=1800)
সেকেন্ডে ইনভার্স কোভেরিয়েন্স ম্যাট্রিক্স অনুমান সময়সীমা [0-)। প্রতিটি পরিবর্তন প্রয়োগ করা হয়
স্বাধীনভাবে কল করুন। যদি একটি টাইমআউট ঘটে, প্রোগ্রামটি স্ট্যাটাস সহ প্রস্থান করে 2.

--mincontsep arg
ন্যূনতম ক্রম অনুসারে অ্যামিনো অ্যাসিডগুলিতে প্রদত্ত যোগাযোগের অবশিষ্টাংশ জোড়া বিচ্ছেদ
(জি>=আর্গ)। 1 সংলগ্ন অবশিষ্টাংশের জন্য। [1-)।

-o [ --output-format ] arg
আউটপুট বিন্যাস [evfold|pfrmat_rr|bioxsd]।

--parprof arg (=ডিফল্ট)
প্যারামিটার প্রোফাইল (ঐচ্ছিক) [ডিফল্ট|evfold|psicov]। ডিফল্ট প্রোফাইল হল evfold.

কমান্ড লাইন আর্গুমেন্ট প্রোফাইল মান ওভাররাইড করতে ব্যবহার করা যেতে পারে.

evfold
EVfold-mfDCA [1] সামঞ্জস্য মোড ট্রিগার করে।

সাইকোভ
PSICOV [2] সামঞ্জস্য মোড ট্রিগার করে।

psicov-sd
PSICOV ট্রিগার করে [২] সেন্সিবল ডিফল্ট মোড: ফিক্সড ডিফল্ট rho, কোন ঘনত্ব নিয়ন্ত্রণ নেই।

-w [ --pscount-weight] arg
সিউডোকাউন্ট ওজন [0-1]।

-p [ -- pseudocnt ] arg
সিউডোকাউন্ট [0-)।

--পেপ
স্ট্যান্ডার্ড ত্রুটিতে কার্যকরী পরামিতি মুদ্রণ করুন। কি পরামিতি দেখতে এই বিকল্পটি ব্যবহার করুন
বিনামূল্যে যোগাযোগ(1) বিস্তারিত সঙ্গে চালানো হয়. এটি বিশেষভাবে দরকারী যখন -- parprof
বিকল্পটি অন্যান্য বিকল্পগুলির সাথে একত্রে ব্যবহৃত হয়।

--আরহো আর্গ
গ্লাসো নিয়মিতকরণ প্যারামিটারের প্রাথমিক মান [0-)। যদি নেতিবাচক, মান চয়ন করুন
স্বয়ংক্রিয়ভাবে.

-- শান্ত আর্গ (=0)
স্ট্যান্ডার্ড ত্রুটিতে ত্রুটি বার্তা ছাড়া কিছুই প্রিন্ট করবেন না। ক্ষতি করে না --ডিবাগ.

--veczw arg
[বুলিয়ান] উপলব্ধ হলে ভেক্টরাইজড সিকোয়েন্স ওয়েটিং ব্যবহার করুন।

--সংস্করণ
প্রিন্ট সংস্করণ।

প্রস্থান করুন স্থিতি

0 কোন ত্রুটি - সাফল্য.

1 অসংশোধিত ভুল.

2 একটি সময়সীমা (দেখুন --icme-টাইমআউট) ঘটেছে।

উদাহরণ

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
freecontact --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > demo_1000.psicov

নোট

সর্বোত্তম কর্মক্ষমতার জন্য, স্বয়ংক্রিয়ভাবে টিউন করা লিনিয়ার অ্যালজেব্রা সফ্টওয়্যার (ATLAS) ব্যবহার করুন
লাইব্রেরি প্রণীত on দ্য মেশিন যেখানে বিনামূল্যে যোগাযোগ চালানো হয়।

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে বিনামূল্যে যোগাযোগ ব্যবহার করুন