এটি হল glam2 কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
glam2 - মোটিফের ফাঁকযুক্ত স্থানীয় প্রান্তিককরণ
সাইনোপিসিস
glam2 [অপশন] বর্ণমালা my_seqs.fa
ব্যতীত অন্য একটি বর্ণমালা p or n একটি বর্ণমালা ফাইলের নাম হিসাবে ব্যাখ্যা করা হয়।
বর্ণনাঃ
GLAM2 হল একটি সফ্টওয়্যার প্যাকেজ যাতে ক্রমানুসারে মোটিফ খুঁজে পাওয়া যায়, সাধারণত অ্যামিনো-অ্যাসিড বা
নিউক্লিওটাইড ক্রম। একটি মোটিফ একটি পুনরায় ঘটতে থাকা ক্রম প্যাটার্ন: সাধারণ উদাহরণ হল
TATA বক্স এবং CAAX প্রিনিলেশন মোটিফ। GLAM2 এর প্রধান উদ্ভাবন হল এটি অনুমতি দেয়
মোটিফগুলিতে সন্নিবেশ এবং মুছে ফেলা।
বিকল্প (ডিফল্ট সেটিংস)
-h
সমস্ত বিকল্প এবং তাদের ডিফল্ট সেটিংস দেখান।
-o
আউটপুট ফাইল (stdout).
-r
প্রান্তিককরণ রানের সংখ্যা (10).
-n
উন্নতি ছাড়াই এই অনেক পুনরাবৃত্তির পরে প্রতিটি রান শেষ করুন (10000).
-2
উভয় strands পরীক্ষা করুন - এগিয়ে এবং বিপরীত পরিপূরক।
-z
প্রান্তিককরণে ন্যূনতম সংখ্যক অনুক্রম (2).
-a
সারিবদ্ধ কলামের ন্যূনতম সংখ্যা (2).
-b
সারিবদ্ধ কলামের সর্বাধিক সংখ্যা (50).
-w
সারিবদ্ধ কলামের প্রাথমিক সংখ্যা (20).
-d
Dirichlet মিশ্রণ ফাইল.
-D
সিউডোকাউন্ট মুছে ফেলা (0.1).
-E
নো-ডিলিট সিউডোকাউন্ট (2.0).
-I
সন্নিবেশ সিউডোকাউন্ট (0.02).
-J
নো-ইনসার্টেশন সিউডোকাউন্ট (1.0).
-q
জেনেরিক বনাম সিকোয়েন্স-সেট-নির্দিষ্ট অবশিষ্টাংশ প্রাচুর্যের জন্য ওজন (1e + 99).
-t
প্রাথমিক তাপমাত্রা (1.2).
-c
কুলিং ফ্যাক্টর প্রতি n পুনরাবৃত্তি (1.44).
-u
তাপমাত্রা নিম্ন সীমানা (0.1).
-p
প্রতিটি পুনরাবৃত্তিতে অগ্রগতি তথ্য মুদ্রণ করুন।
-m
সাইট-স্যাম্পলিং মুভ প্রতি কলাম-স্যাম্পলিং মুভ (1.0).
-x
সাইট স্যাম্পলিং অ্যালগরিদম: 0=দ্রুত 1= ধীরে 2= FFT (0).
-s
সিউডো-এলোমেলো সংখ্যার জন্য বীজ (1).
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে glam2 ব্যবহার করুন