gmt-music-bmr-calc-covgp - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

gmt music bmr calc-covg - প্রতিটি জিনের জন্য আচ্ছাদিত বেস গণনা করতে calcRoiCovg.c ব্যবহার করে
দেওয়া টিউমার-সাধারণ জোড়া BAMs।

সংস্করণ

এই নথিটি বর্ণনা করে gmt music bmr calc-covg সংস্করণ 0.04 (2016-01-01 23:10:19 এ)

সাইনোপিসিস

gmt music bmr calc-covg --gene-covg-dir=? --roi-ফাইল=? --রেফারেন্স-সিকোয়েন্স=? --বাম-তালিকা=?
--output-dir=? [--cmd-list-file=?] [-cmd-prefix=?] [--normal-min-depth=?]
[--টিউমার-মিন-গভীরতা=?] [--মিন-মানচিত্র=?]

সাধারণ ব্যবহার:

... সঙ্গীত bmr calc-covg \
--bam-list input_dir/bam_list \
--output-dir output_dir/ \
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa \
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv

কমান্ডের একটি তালিকা তৈরি করতে যা প্রতিটি টিউমার-স্বাভাবিক জোড়ার প্রক্রিয়াকরণের অনুমতি দেবে
একটি LSF কাজের সময়সূচীর সাথে সমান্তরাল:

... সঙ্গীত bmr calc-covg \
--bam-list input_dir/bam_list \
--output-dir output_dir/ \
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa \
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv \
--cmd_list_file parallelizable_commands \
--cmd_prefix bsub

উপরের ক্ষেত্রে, আউটপুট ফাইলে প্রিন্ট করা কমান্ড "parallelizable_commands" করতে পারে
সমান্তরালভাবে চালানো হবে। সেগুলি সম্পূর্ণ করার পরে, সরাসরি নীচে মুদ্রিত হিসাবে এই স্ক্রিপ্টটি পুনরায় চালান
(--cmd_list_file এবং --cmd_prefix সরানো হয়েছে) সমান্তরাল একত্রিত করতে
গণনা:

... সঙ্গীত bmr calc-covg \
--bam-list input_dir/bam_list \
--output-dir output_dir/ \
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa \
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv

REQUIRED টি যুক্তি

gene-covg-dir পাঠ
ডিরেক্টরি যেখানে প্রতি-নমুনা জিন কভারেজ ফাইলগুলি অবস্থিত

roi-ফাইল পাঠ
ROI-এর ট্যাব সীমাবদ্ধ তালিকা [chr start stop gene_name] (বর্ণনা দেখুন)

রেফারেন্স-ক্রম পাঠ
FASTA বিন্যাসে রেফারেন্স সিকোয়েন্সের পথ

bam-তালিকা পাঠ
বিএএম ফাইলগুলির ট্যাব সীমাবদ্ধ তালিকা [নমুনা_নাম স্বাভাবিক_বাম টিউমার_বাম] (বিবরণ দেখুন)

output-dir পাঠ
ডিরেক্টরি যেখানে আউটপুট ফাইল এবং সাবডিরেক্টরি লেখা হবে

ঐচ্ছিক যুক্তি

cmd-list-file পাঠ
calcRoiCovg কমান্ড লিখতে একটি ফাইল (বর্ণনা দেখুন)

cmd-প্রিফিক্স পাঠ
একটি কমান্ড যা আপনার ক্লাস্টারে একটি কাজ জমা দেয় (বর্ণনা দেখুন)

স্বাভাবিক-মিন-গভীরতা পূর্ণসংখ্যা
একটি সাধারণ BAM বেসকে আচ্ছাদিত হিসাবে বিবেচনা করার জন্য ন্যূনতম পঠিত গভীরতা

টিউমার-মিন-গভীরতা পূর্ণসংখ্যা
টিউমার বিএএম বেসকে আচ্ছাদিত হিসাবে বিবেচনা করার জন্য ন্যূনতম পঠিত গভীরতা

min-mapq পূর্ণসংখ্যা
পঠিত গভীরতা গণনার দিকে বিবেচনা করার জন্য পাঠের ন্যূনতম ম্যাপিং গুণমান

বর্ণনাঃ

এই স্ক্রিপ্টটি প্রদত্ত প্রতিটি জিনের ROI তে পর্যাপ্ত কভারেজ সহ বেস গণনা করে
টিউমার-স্বাভাবিক BAM ফাইলের জোড়া এবং সেগুলোকে শ্রেণীভুক্ত করে - AT, CG (নন-CpG), এবং CpG
গণনা এটি প্রতিটি নমুনার জন্য প্রতিটি জিনের সমস্ত ROI জুড়ে এই বেস-গণনাগুলিকে যোগ করে,
কিন্তু ওভারল্যাপিং ROI-এর মধ্যে থাকা কভার বেসগুলিকে একবারের বেশি গণনা করা হয় না
এই মোট গণনা.

ডিফল্টরূপে, এই স্ক্রিপ্টটি প্রতিটি নমুনার জন্য calcRoiCovg নামে একটি C-ভিত্তিক টুল চালায়
আরেকটি, প্রতি ROI কভার বেস কাউন্ট তৈরি করতে নমুনা প্রতি ~30 মিনিট সময় নেয়। যদি
একটি নমুনার জন্য calcRoiCovg-এর ফলাফল ইতিমধ্যেই আউটপুট সাবডিরেক্টরি roi_covgs-এ বিদ্যমান,
পুনঃ গণনা এড়িয়ে গেছে। এটি আপনাকে আপনার নিজস্ব calcRoiCovg কাজগুলি সমান্তরালভাবে চালাতে দেয় বা
একাধিক মেশিনে (পড়তে থাকুন)।

calcRoiCovg কাজগুলিকে সমান্তরালভাবে চালানোর মাধ্যমে গতি বাড়ান: যদি একটি কম্পিউট ক্লাস্টার বা একাধিক
মেশিনগুলি উপলব্ধ, এই স্ক্রিপ্টটি নিম্নরূপ দুবার চালান:

কমান্ড সহ একটি ফাইল তৈরি করতে cmd-list-file এবং cmd-প্রিফিক্স সংজ্ঞায়িত করুন যা হতে পারে
একটি ক্লাস্টারে জমা দেওয়া বা ম্যানুয়ালি চালানো। এই কাজগুলি প্রতি-ROI বেস গণনা লিখবে a
সাবডিরেক্টরি roi_covgs.

· সমস্ত সমান্তরাল calcRoiCovg কাজ শেষ হওয়ার পরে, এই স্ক্রিপ্টটি আবার চালান
তাদের যোগ করুন এবং একটি সাবডিরেক্টরি gene_covgs-এ চূড়ান্ত প্রতি-জিন বেস গণনা তৈরি করুন।
cmd-list-file এবং cmd-প্রিফিক্স আর্গুমেন্টগুলি মুছে ফেলতে মনে রাখবেন নাহলে আপনি আবার-
কমান্ডের একটি তালিকা তৈরি করা।

যুক্তি

--roi-ফাইল
প্রতিটি জিনের আগ্রহের অঞ্চলগুলি (ROIs) সাধারণত অঞ্চলগুলির জন্য লক্ষ্য করা হয়৷
সিকোয়েন্সিং বা 2-bp সহ জিনের এক্সন লোকি (একাধিক ট্রান্সক্রিপ্ট থেকে) একত্রিত করা হয়েছে
flanks (স্প্লিস জংশন)। একই ক্রোমোজোম থেকে ROI সংলগ্ন তালিকাভুক্ত করা আবশ্যক
এই ফাইলে একে অপরকে। এটি অন্তর্নিহিত সি-ভিত্তিক কোডকে আরও অনেক বেশি চালানোর অনুমতি দেয়
দক্ষতার সাথে এবং ওভারল্যাপিং ROI তে দেখা বেস পুনরায় গণনা এড়ান (সামগ্রিক আচ্ছাদিত জন্য
ভিত্তি গণনা)। প্রতি-জিন বেস গণনার জন্য, প্রতিবার একটি ওভারল্যাপিং বেস গণনা করা হবে
এটি একই জিনের একটি ROI-তে প্রদর্শিত হয়। এটি এড়াতে, একসাথে একত্রিত করতে ভুলবেন না
একই জিনের ওভারল্যাপিং ROI. BEDtools' mergeBed সাহায্য করতে পারে যদি প্রতি জিন ব্যবহার করা হয়।
--রেফারেন্স-ক্রম
FASTA বিন্যাসে রেফারেন্স ক্রম। যদি একটি রেফারেন্স ক্রম সূচক পাওয়া যায় না
এই ফাইলের পাশে (একটি .fai ফাইল), এটি তৈরি হবে।
--বাম-তালিকা
প্রতিটির জন্য নমুনা নাম এবং স্বাভাবিক/টিউমার BAM অবস্থান সম্বলিত একটি ফাইল প্রদান করুন। ব্যবহার করুন
ট্যাব- সীমাবদ্ধ বিন্যাস [নমুনা_নাম স্বাভাবিক_বাম টিউমার_বাম] প্রতি লাইন। অতিরিক্ত
ক্লিনিকাল ডেটার মত কলাম অনুমোদিত, কিন্তু উপেক্ষা করা হয়। নমুনা_নাম একই হতে হবে
MAF ফাইলে ব্যবহৃত টিউমার নমুনার নাম হিসাবে (16 তম কলাম, হেডার সহ
টিউমার_নমুনা_বারকোড)।
--আউটপুট-ডির
একটি আউটপুট ডিরেক্টরি নির্দিষ্ট করুন যেখানে নিম্নলিখিতগুলি তৈরি/লিখিত হবে: roi_covgs:
প্রতিটি নমুনার জন্য প্রতি-ROI কভার বেস গণনা ধারণকারী সাবডিরেক্টরি। gene_covgs:
প্রতিটি নমুনার জন্য প্রতি-জিন কভার বেস গণনা ধারণকারী সাবডিরেক্টরি। মোট_covgs:
নমুনা প্রতি সামগ্রিক নন-ওভারল্যাপিং কভারেজ ধারণকারী ফাইল।
--cmd-তালিকা-ফাইল
একটি ফাইল নির্দিষ্ট করুন যেখানে calcRoiCovg কাজের একটি তালিকা লেখা হবে৷ এগুলো হতে পারে
সমান্তরালভাবে নির্ধারিত, এবং আউটপুটে প্রতি-ROI কভার বেস-কাউন্ট লিখবে
সাবডিরেক্টরি roi_covgs. cmd-list-file অনির্দিষ্ট থাকলে, এই স্ক্রিপ্টটি চলে
একের পর এক নমুনা প্রতি calcRoiCovg, প্রতি নমুনা ~30 মিনিট সময় নেয়, কিন্তু তা এড়িয়ে যায়
নমুনা যার আউটপুট ইতিমধ্যেই roi_covgs-এ রয়েছে।
--cmd-প্রিফিক্স
একটি চাকরি জমা দেওয়ার কমান্ড নির্দিষ্ট করুন যা cmd-তালিকার প্রতিটি কমান্ডের সাথে প্রিফিক্স করা হবে-
ফাইল এই ব্যাচ জমা সহজ করে তোলে. শুধু একটি শেল হিসাবে cmd-list-file ফাইলটি চালান
কাজ জমা দেওয়ার জন্য স্ক্রিপ্ট। cmd-প্রিফিক্স হল "bsub" যদি আপনার ক্লাস্টার LSF কাজ ব্যবহার করে
শিডিউলার, বা টর্ক-এ "qsub"। প্রয়োজনে যুক্তি যোগ করুন। উদাহরণস্বরূপ, "bsub -M 4GB"
4GB একটি নরম মেমরি সীমা সেট করে।

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmt-music-bmr-calc-covgp ব্যবহার করুন