এটি হল gmt-music-cosmic-omimp কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmt music cosmic-omim - সরবরাহকৃত মিউটেশনের অ্যামিনো অ্যাসিড পরিবর্তনগুলি COSMIC-এর সাথে তুলনা করুন এবং
OMIM ডাটাবেস।
সংস্করণ
এই নথিটি জিএমটি সঙ্গীত মহাজাগতিক-ওমিম বর্ণনা করে (2016-01-01 23:10:19 এ)
সাইনোপিসিস
gmt music cosmic-omim --maf-file=? --আউটপুট-ফাইল=? --রেফারেন্স-বিল্ড=? [-ওমিমা-দির=?]
[--মহাজাগতিক-দির=?] [--ভার্বোস] [--উউ-টীকা-শিরোনাম] [--আ-রেঞ্জ=?] [--nuc-রেঞ্জ=?]
[-শো-জানা-হিট]
... সঙ্গীত মহাজাগতিক-ওমিম \
--maf-file input_dir/myMAF.tsv \
--output-file output_dir/myMAF_output.tsv \
--কোন শব্দহীন
... সঙ্গীত মহাজাগতিক-ওমিম \
--maf-file input_dir/myMAF.tsv \
--output-file output_dir/myMAF_output.tsv \
--ওমিমা-দির ওমিম_দির/ \
--মহাজাগতিক-দির cosmic_dir/ \
--কোন শব্দহীন
REQUIRED টি যুক্তি
maf-ফাইল পথ
MAF ফরম্যাটে টীকাকৃত মিউটেশনের তালিকা (বা MAF+টীকা শিরোনাম সহ যেকোনো ফাইল)
আউটপুট ফাইল পথ
আউটপুট ফাইলের শেষে দুটি কলাম যুক্ত ইনপুট ফাইল রয়েছে,
যথাক্রমে মহাজাগতিক এবং ওমিম মিউটেশন তুলনার সাথে সম্পর্কিত
রেফারেন্স-বিল্ড পাঠ
হয় "Build36" বা "Build37" রাখুন
নির্দিষ্ট না থাকলে ডিফল্ট মান 'Build37'
ঐচ্ছিক যুক্তি
omimaa-dir পথ
omim অ্যামিনো অ্যাসিড মিউটেশন ডাটাবেস ফোল্ডার
মহাজাগতিক-ডির পথ
মহাজাগতিক অ্যামিনো অ্যাসিড মিউটেশন ডাটাবেস ফোল্ডার
ভার্বোস বুলিয়ান
বড় কাজের আউটপুট প্রদর্শন করতে এটি ব্যবহার করুন
ডিফল্ট মান 'false' (--noverbose) নির্দিষ্ট না থাকলে
noverbose বুলিয়ান
ক্রিয়াপদকে 'মিথ্যা' করুন
wu-টীকা-শিরোনাম বুলিয়ান
ইনপুট MAF এ WUSTL টীকা বিন্যাস হেডার থাকলে এটি ব্যবহার করুন
ডিফল্ট মান 'মিথ্যা' (--nowu-টীকা-শিরোনাম) নির্দিষ্ট না থাকলে
nowu-টীকা-হেডার বুলিয়ান
wu-টীকা-শিরোনামকে 'মিথ্যা' করুন
aa-পরিসীমা পূর্ণসংখ্যা
হিটের কাছাকাছি অ্যামিনো অ্যাসিড অনুসন্ধান করার সময় একটি 'নিকট' ম্যাচ কতটা কাছাকাছি তা সেট করুন৷
নির্দিষ্ট না থাকলে ডিফল্ট মান '2'
nuc-পরিসীমা পূর্ণসংখ্যা
হিট কাছাকাছি নিউক্লিওটাইড অবস্থান অনুসন্ধান করার সময় একটি 'নিকট' মিল কত কাছাকাছি সেট করুন
নির্দিষ্ট না থাকলে ডিফল্ট মান '5'
শো-পরিচিত-হিট বুলিয়ান
যখন একটি অনুসন্ধান উপন্যাস হয়, সেই জিনে পরিচিত AA দেখান
ডিফল্ট মান 'সত্য' যদি নির্দিষ্ট না করা হয়
noshow-পরিচিত-হিট বুলিয়ান
শো-জানা-হিট 'মিথ্যা' করুন
বর্ণনাঃ
এই টুলটি প্রদত্ত মিউটেশনের সেটের জন্য অ্যামিনো অ্যাসিডের পরিবর্তনগুলি দেখে এবং তুলনা করে
জিনোমিক স্থানাঙ্কের পাশাপাশি প্রভাবিত অ্যামিনো অ্যাসিড স্থানাঙ্ক এবং অ্যামিনো অ্যাসিড
কসমিক এবং OMIM ডাটাবেসে তালিকাভুক্ত সমস্ত ক্যান্সার-নির্দিষ্ট মিউটেশনের। ডাটাবেস
ফাইলগুলি এই কাজের জন্য বিশেষভাবে প্রস্তুত করা হয় এবং MuSiC স্যুটের সাথে সরবরাহ করা হয়। যন্ত্রটি
বিভিন্ন ধরনের ম্যাচ রিপোর্ট করে, যার মধ্যে মিলগুলি "কাছের কাছাকাছি", যেখানে "কাছের"
প্রক্সিমিটি" বর্তমানে 5টি বেস বা 2টি অ্যামিনো অ্যাসিডের একটি রৈখিক ডিএনএ দূরত্ব হিসাবে সংজ্ঞায়িত করা হয়েছে।
(এই ধরণের মিল সূক্ষ্ম পার্থক্যের সম্ভাবনার জন্য অ্যাকাউন্টে সহায়তা করে
ট্রান্সক্রিপ্ট সংজ্ঞা বা অন্যান্য পার্থক্যের কারণে বৈকল্পিকগুলির জন্য রিপোর্ট করা অবস্থান
এই প্রকৃতির জিনিস.) একটি নির্দিষ্ট ডাটাবেস একটি মিল ছাড়া যে কোনো সাইট হিসাবে রিপোর্ট করা হয়
"উপন্যাস" যে ডাটাবেস সাপেক্ষে.
এই স্ক্রিপ্টের আউটপুট প্রতিটি সারিতে দুটি কলাম সহ আসল ইনপুট MAF ফাইল প্রদান করে
প্রতিটি ডাটাবেসের জন্য একটি কলাম, প্রতিটি শেষে সংযুক্ত। এছাড়াও অন্তর্ভুক্ত একটি
ইনপুট MAF এ যা পাওয়া গেছে তার একটি সারাংশের STDOUT প্রিন্টআউট। আউটপুটও হতে পারে না
বর্তমান সংস্করণে চাপা। --verbose বিকল্পটি কাজের নোট প্রদর্শন করতে ব্যবহৃত হয়
যেগুলি সম্ভাব্য MAF সমস্যাগুলি ডিবাগ করার জন্য বিভিন্ন উদ্দেশ্যে কার্যকর। ওমিম এবং
মহাজাগতিক ডিরেক্টরিগুলিকে অবশ্যই ডাউনলোডারের আউটপুট নির্দেশ করতে হবে, যথাযথভাবে নামকরণ করা হয়েছে, হিসাবে
তারা কাঁচা ডাউনলোড বিন্যাসে OMIM ডাটাবেস চিনতে পারে না।
এই টুলটি শুধুমাত্র বিল্ড 36 বা বিল্ড 37 কোঅর্ডিনেটের তুলনা করে যা কসমিক-এ নির্দিষ্ট করা হয়েছে
আপনার maf ফাইলের স্থানাঙ্ক। এটি মহাজাগতিক ডাটাবেসের একটি দুর্বলতা (সব নয়
অবস্থান এন্ট্রি বর্তমানে উভয় বিল্ডের জন্য উপলব্ধ) যা আমাদের নিয়ন্ত্রণের বাইরে।
স্ট্যান্ডার্ড সংস্করণ 2.3 MAF শিরোনাম ছাড়াও, 3টি কলাম যুক্ত করা প্রয়োজন।
টুলটির জন্য এমএএফ-এর এই কলাম শিরোনামগুলির হেডারে এই নামগুলি থাকতে হবে
তাদের খুঁজে পেতে:
ট্রান্সক্রিপ্ট_নাম - প্রতিলিপি নাম, যেমন NM_000028 amino_acid_change - অ্যামিনো
অ্যাসিড পরিবর্তন, যেমন p.R290H
c_position - নিউক্লিওটাইডের অবস্থান পরিবর্তিত হয়েছে, যেমন c.869
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmt-music-cosmic-omimp ব্যবহার করুন
