এটি হল gmx-confrms কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-confrms - দুটি কাঠামো ফিট করে এবং RMSD গণনা করে
সাইনোপিসিস
gmx confrms [-f1 [<.tpr/.gro/...>]] [-f2 [<.gro/.g96/...>]]
[-n1 [<.ndx>]] [-n2 [<.ndx>]] [-o [<.gro/.g96/...>]]
[-না [<.ndx>]] [- [না] w] [-[কেউ না] [-[না] মেগাওয়াট] [-[না]পিবিসি]
[-[না] ফিট] [-[নামহীন] [- [কোন] লেবেল] [- [না] bfac]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স নিশ্চিত করে পরের দুটি কাঠামোর মূল গড় বর্গাকার বিচ্যুতি (RMSD) গণনা করে
প্রথমটির উপর দ্বিতীয় কাঠামোর সাথে মানানসই সর্বনিম্ন বর্গক্ষেত্র। দুটি কাঠামো তা করে না
একই সংখ্যক পরমাণু থাকতে হবে, শুধুমাত্র দুটি সূচক গ্রুপের জন্য ফিট করতে হবে
অভিন্ন হতে সঙ্গে -আম শুধুমাত্র নির্বাচিত গ্রুপ থেকে মিলিত পরমাণুর নাম ব্যবহার করা হবে
ফিট এবং RMSD গণনার জন্য। প্রোটিনের মিউট্যান্টদের তুলনা করার সময় এটি কার্যকর হতে পারে।
সুপারইমপোজড স্ট্রাকচার ফাইলে লেখা হয়। এ .পিডিবি ফাইল দুটি কাঠামো হবে
পৃথক মডেল হিসাবে লেখা (ব্যবহার করুন rasmol -এনএমআরপিডিবি) এছাড়াও ক .পিডিবি ফাইল, বি-ফ্যাক্টর গণনা করা হয়েছে
পারমাণবিক থেকে MSD মান দিয়ে লেখা যেতে পারে -বিএফএসি.
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-f1 [<.tpr/.gro/...>] (conf1.gro)
গঠন+ভর(db): TPR GRO g96 পিডিবি brk ent
-f2 [<.gro/.g96/...>] (conf2.gro)
কাঠামো ফাইল: GRO g96 পিডিবি brk ent esp TPR
-n1 [<.ndx>] (fit1.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল
-n2 [<.ndx>] (fit2.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-o [<.gro/.g96/...>] (fit.pdb)
কাঠামো ফাইল: GRO g96 পিডিবি brk ent esp
-না [<.ndx>] (match.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র
-[কেউ না (NO)
ফাইলে শুধুমাত্র লাগানো কাঠামো লিখুন
-[না] মেগাওয়াট (হ্যাঁ)
ভর ভারযুক্ত ফিটিং এবং RMSD
-[না]পিবিসি (NO)
আবার অণু সম্পূর্ণ করার চেষ্টা করুন
-[না] ফিট (হ্যাঁ)
রেফারেন্সে লক্ষ্য কাঠামোর ন্যূনতম বর্গক্ষেত্র সুপারপজিশন করুন
-[নামহীন (NO)
শুধুমাত্র মিলে যাওয়া পরমাণুর নাম তুলনা করুন
- [কোন] লেবেল (NO)
প্রথমটির জন্য A এবং দ্বিতীয় কাঠামোর জন্য B চেইন লেবেল যুক্ত করা হয়েছে৷
- [না] bfac (NO)
পারমাণবিক MSD মান থেকে বি-ফ্যাক্টর আউটপুট
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-confrms ব্যবহার করুন
