এটি হল gmx_d কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx - আণবিক গতিবিদ্যা সিমুলেশন স্যুট
সাইনোপিসিস
gmx [-[না]ঘ] [-[না] শান্ত] [- [কোন] সংস্করণ] [- [কোন] কপিরাইট] [-সুন্দর ]
[-[না]ব্যাকআপ]
বর্ণনাঃ
GROMACS হল আণবিক গতিবিদ্যা সিমুলেশন সঞ্চালনের জন্য প্রোগ্রামগুলির একটি সম্পূর্ণ বৈশিষ্ট্যযুক্ত স্যুট,
অর্থাৎ, শত শত থেকে লক্ষ লক্ষ কণা ব্যবহার করে সিস্টেমের আচরণ অনুকরণ করা
গতির নিউটনীয় সমীকরণ। এটি প্রাথমিকভাবে প্রোটিন, লিপিড এবং গবেষণার জন্য ব্যবহৃত হয়
পলিমার, কিন্তু রাসায়নিক এবং জৈবিক গবেষণার বিস্তৃত বিভিন্ন ক্ষেত্রে প্রয়োগ করা যেতে পারে
প্রশ্ন।
বিকল্প
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-[না]ঘ (NO)
সাহায্য প্রিন্ট করুন এবং প্রস্থান করুন
-[না] শান্ত (NO)
সাধারণ স্টার্টআপ তথ্য বা উদ্ধৃতি মুদ্রণ করবেন না
- [কোন] সংস্করণ (NO)
বর্ধিত সংস্করণ তথ্য প্রিন্ট করুন এবং প্রস্থান করুন
- [কোন] কপিরাইট (হ্যাঁ)
স্টার্টআপে কপিরাইট তথ্য মুদ্রণ করুন
-সুন্দর (19)
সুন্দর স্তর সেট করুন (ডিফল্ট কমান্ডের উপর নির্ভর করে)
-[না]ব্যাকআপ (হ্যাঁ)
আউটপুট ফাইল বিদ্যমান থাকলে ব্যাকআপ লিখুন
GMX কম্যান্ডস
নিম্নলিখিত কমান্ড উপলব্ধ. অনুগ্রহ করে তাদের পৃথক ম্যান পেজ পড়ুন বা জিএমএক্স
সাহায্য বিস্তারি তথ্যের জন্য.
গ্রহনক্ষত্রের নির্দিষ্ট আবক্র পথ বিশ্লেষণ
gmx-গ্যাঙ্গেল(1)
কোণ গণনা করুন
gmx-দূরত্ব(1)
অবস্থানের জোড়ার মধ্যে দূরত্ব গণনা করুন
gmx-মুক্ত আয়তন(1)
বিনামূল্যে ভলিউম গণনা
gmx-pairdist(1)
অবস্থানের গোষ্ঠীর মধ্যে যুগলভাবে দূরত্ব গণনা করুন
gmx-rdf(1)
রেডিয়াল বন্টন ফাংশন গণনা
gmx-sasa(1)
দ্রাবক অ্যাক্সেসযোগ্য পৃষ্ঠ এলাকা গণনা
gmx-নির্বাচন(1)
নির্বাচন সম্পর্কে সাধারণ তথ্য মুদ্রণ করুন
উৎপাদক টপোলজিস এবং স্থানাঙ্ক
gmx-editconf(1)
বক্সটি সম্পাদনা করুন এবং উপগোষ্ঠী লিখুন
gmx-x2top(1)
স্থানাঙ্ক থেকে একটি আদিম টপোলজি তৈরি করুন
gmx-solvate(1)
একটি সিস্টেম সমাধান
gmx-insert-molecules(1)
বিদ্যমান শূন্যপদগুলিতে অণু সন্নিবেশ করান
gmx-genconf(1)
'এলোমেলো' অভিযোজনে একটি গঠন গুণ করুন
gmx-genion(1)
এনার্জেটিকভাবে অনুকূল অবস্থানে মনোআটমিক আয়ন তৈরি করুন
gmx-genrest(1)
সূচক গোষ্ঠীর জন্য অবস্থানের প্রতিবন্ধকতা বা দূরত্ব সীমাবদ্ধতা তৈরি করুন
gmx-pdb2gmx(1)
স্থানাঙ্ক ফাইলগুলিকে টপোলজিতে রূপান্তর করুন এবং এফএফ-সঙ্গতিপূর্ণ স্থানাঙ্ক ফাইলগুলি
চলমান a ব্যাজ
gmx-grompp(1)
একটি রান ইনপুট ফাইল তৈরি করুন
gmx-mdrun(1)
একটি সিমুলেশন সঞ্চালন করুন, একটি সাধারণ মোড বিশ্লেষণ করুন বা একটি শক্তি হ্রাস করুন৷
gmx-convert-tpr(1)
একটি পরিবর্তিত রান-ইনপুট ফাইল তৈরি করুন
দেখার গতিপথ
gmx-nmtraj(1)
একটি eigenvector থেকে একটি ভার্চুয়াল oscillating ট্র্যাজেক্টোরি তৈরি করুন
gmx-ভিউ(1)
একটি এক্স-উইন্ডোজ টার্মিনালে একটি গতিপথ দেখুন
প্রসেসিং শক্তির
gmx-enemat(1)
একটি শক্তি ফাইল থেকে একটি শক্তি ম্যাট্রিক্স বের করুন
gmx-শক্তি(1)
xvg ফাইলে শক্তি লেখে এবং গড় প্রদর্শন করে
gmx-mdrun(1)
(পুনরায়) -পুনরায়-এর সাহায্যে ট্রাজেক্টরি ফ্রেমের জন্য শক্তি গণনা করুন
রূপান্তর নথি পত্র
gmx-editconf(1)
রূপান্তর এবং গঠন ফাইল ম্যানিপুলেট
gmx-eneconv(1)
শক্তি ফাইল রূপান্তর
gmx-sigeps(1)
সিগমা/এপসিলনে এবং থেকে c6/12 বা c6/cn সমন্বয় রূপান্তর করুন
gmx-trjcat(1)
ট্রাজেক্টোরি ফাইল সংযুক্ত করুন
gmx-trjconv(1)
ট্র্যাজেক্টরি ফাইলগুলিকে রূপান্তর এবং ম্যানিপুলেট করে
gmx-xpm2ps(1)
XPM (XPixelMap) ম্যাট্রিক্সকে পোস্টস্ক্রিপ্ট বা XPM-এ রূপান্তর করুন
টুলস
gmx-বিশ্লেষণ(1)
ডেটা সেট বিশ্লেষণ করুন
gmx-dyndom(1)
ইন্টারপোলেট এবং এক্সট্রাপোলেট গঠন ঘূর্ণন
gmx-ফিল্টার(1)
ফ্রিকোয়েন্সি ফিল্টার ট্র্যাজেক্টোরি, মসৃণ সিনেমা তৈরির জন্য দরকারী
gmx- মিথ্যা(1)
রৈখিক সংমিশ্রণ থেকে মুক্ত শক্তি অনুমান করুন
gmx-morph(1)
কনফর্মেশনের মধ্যে রৈখিকভাবে ইন্টারপোলেট করুন
gmx-pme_error(1)
একটি প্রদত্ত ইনপুট ফাইলের সাথে PME ব্যবহার করার ত্রুটি অনুমান করুন
gmx-sham(1)
হিস্টোগ্রাম থেকে বিনামূল্যে শক্তি বা অন্যান্য হিস্টোগ্রাম গণনা করুন
gmx-স্থানিক(1)
স্থানিক বন্টন ফাংশন গণনা
gmx-traj(1)
প্লট x, v, f, বক্স, তাপমাত্রা এবং গতিপথ থেকে ঘূর্ণন শক্তি
gmx-tune_pme(1)
সেটিংস অপ্টিমাইজ করার জন্য PME র্যাঙ্কের একটি ফাংশন হিসাবে সময় mdrun
gmx-wham(1)
ছাতার নমুনা নেওয়ার পরে ওজনযুক্ত হিস্টোগ্রাম বিশ্লেষণ করুন
gmx-চেক(1)
পরীক্ষা করুন এবং ফাইল তুলনা
gmx-ডাম্প(1)
বাইনারি ফাইল মানুষের পঠনযোগ্য করুন
gmx-make_ndx(1)
ইনডেক্স ফাইল তৈরি করুন
gmx-mk_angndx(1)
'gmx কোণ'-এর জন্য ইনডেক্স ফাইল তৈরি করুন
gmx-trjorder(1)
একটি গ্রুপ থেকে তাদের দূরত্ব অনুযায়ী অণু অর্ডার করুন
gmx-xpm2ps(1)
XPM (XPixelMap) ম্যাট্রিক্সকে পোস্টস্ক্রিপ্ট বা XPM-এ রূপান্তর করুন
দূরত্ব মধ্যে কাঠামো
gmx- ক্লাস্টার(1)
ক্লাস্টার কাঠামো
gmx-confrms(1)
দুটি কাঠামো ফিট করে এবং RMSD গণনা করে
gmx-rms(1)
একটি রেফারেন্স কাঠামো এবং RMSD ম্যাট্রিক্স সহ RMSD গণনা করুন
gmx-rmsf(1)
পারমাণবিক ওঠানামা গণনা করুন
দূরত্ব in কাঠামো শেষ সময়
gmx-মনস্ক(1)
দুটি দলের মধ্যে সর্বনিম্ন দূরত্ব গণনা করুন
gmx-mdmat(1)
অবশিষ্ট যোগাযোগ মানচিত্র গণনা
জিএমএক্স-পলিস্ট্যাট(1)
পলিমারের স্ট্যাটিক বৈশিষ্ট্য গণনা করুন
gmx-rmsdist(1)
শক্তি -2, -3 বা -6 দিয়ে গড় পরমাণু জোড়া দূরত্ব গণনা করুন
ভর বিতরণ বৈশিষ্ট্য শেষ সময়
gmx-gyrate(1)
জাইরেশনের ব্যাসার্ধ গণনা করুন
gmx-msd(1)
বর্গাকার স্থানচ্যুতি গণনা করে
জিএমএক্স-পলিস্ট্যাট(1)
পলিমারের স্ট্যাটিক বৈশিষ্ট্য গণনা করুন
gmx-rdf(1)
রেডিয়াল বন্টন ফাংশন গণনা
gmx-rotacf(1)
অণুর জন্য ঘূর্ণন সম্পর্কীয় ফাংশন গণনা করুন
gmx-rotmat(1)
একটি রেফারেন্স কাঠামোতে ফিট করার জন্য ঘূর্ণন ম্যাট্রিক্স প্লট করুন
gmx-sans(1)
ছোট কোণ নিউট্রন স্ক্যাটারিং বর্ণালী গণনা করুন
gmx-saxs(1)
ছোট কোণ এক্স-রে স্ক্যাটারিং স্পেকট্রা গণনা করুন
gmx-traj(1)
প্লট x, v, f, বক্স, তাপমাত্রা এবং গতিপথ থেকে ঘূর্ণন শক্তি
gmx-vanhove(1)
ভ্যান হোভ স্থানচ্যুতি এবং পারস্পরিক সম্পর্ক ফাংশন গণনা করুন
বিশ্লেষণ জোড়া পারস্পরিক ক্রিয়ার
gmx-কোণ(1)
কোণ এবং ডাইহেড্রালের জন্য বিতরণ এবং পারস্পরিক সম্পর্ক গণনা করুন
gmx-mk_angndx(1)
'gmx কোণ'-এর জন্য ইনডেক্স ফাইল তৈরি করুন
কাঠামোগত বৈশিষ্ট্য
gmx-anadock(1)
অটোডক থেকে ক্লাস্টার স্ট্রাকচার চলে
gmx-বান্ডেল(1)
অক্ষের বান্ডিল বিশ্লেষণ করুন, যেমন, হেলিস
gmx-clustsize(1)
পারমাণবিক ক্লাস্টারের আকার বিতরণ গণনা করুন
gmx-disre(1)
দূরত্ব সীমাবদ্ধতা বিশ্লেষণ করুন
gmx-hbond(1)
হাইড্রোজেন বন্ড গণনা ও বিশ্লেষণ করুন
gmx- অর্ডার(1)
কার্বন লেজের জন্য পরমাণু প্রতি অর্ডার প্যারামিটার গণনা করুন
gmx-প্রধান(1)
পরমাণুর একটি গ্রুপের জন্য জড়তার প্রধান অক্ষ গণনা করুন
gmx-rdf(1)
রেডিয়াল বন্টন ফাংশন গণনা
gmx-saltbr(1)
লবণ সেতু গণনা
gmx-sorient(1)
দ্রাবকের চারপাশে দ্রাবক অভিযোজন বিশ্লেষণ করুন
gmx-spol(1)
দ্রাবক ডাইপোল ওরিয়েন্টেশন এবং দ্রাবকের চারপাশে মেরুকরণ বিশ্লেষণ করুন
গতিসম্পর্কিত বৈশিষ্ট্য
gmx-বার(1)
বেনেটের গ্রহণযোগ্যতা অনুপাতের মাধ্যমে বিনামূল্যে শক্তি পার্থক্য অনুমান গণনা করুন
gmx-কারেন্ট(1)
অস্তরক ধ্রুবক এবং বর্তমান স্বয়ংক্রিয় সম্পর্ক ফাংশন গণনা করুন
gmx-dos(1)
তার উপর ভিত্তি করে রাষ্ট্র এবং বৈশিষ্ট্যের ঘনত্ব বিশ্লেষণ করুন
gmx-dyecoupl(1)
ট্রাজেক্টোরি থেকে ডাই ডাইনামিক্স বের করুন
gmx-প্রধান(1)
পরমাণুর একটি গ্রুপের জন্য জড়তার প্রধান অক্ষ গণনা করুন
gmx-tcaf(1)
তরল পদার্থের সান্দ্রতা গণনা করুন
gmx-traj(1)
প্লট x, v, f, বক্স, তাপমাত্রা এবং গতিপথ থেকে ঘূর্ণন শক্তি
gmx-vanhove(1)
ভ্যান হোভ স্থানচ্যুতি এবং পারস্পরিক সম্পর্ক ফাংশন গণনা করুন
gmx-velacc(1)
বেগ স্বয়ংক্রিয় সম্পর্ক ফাংশন গণনা
ইলেক্ট্রোস্ট্যাটিক বৈশিষ্ট্য
gmx-কারেন্ট(1)
অস্তরক ধ্রুবক এবং বর্তমান স্বয়ংক্রিয় সম্পর্ক ফাংশন গণনা করুন
gmx-অস্তরক(1)
ফ্রিকোয়েন্সি নির্ভর অস্তরক ধ্রুবক গণনা করুন
gmx-ডাইপোলস(1)
মোট ডাইপোল প্লাস ওঠানামা গণনা করুন
gmx-সম্ভাব্য(1)
বাক্স জুড়ে ইলেক্ট্রোস্ট্যাটিক সম্ভাব্যতা গণনা করুন
gmx-spol(1)
দ্রাবক ডাইপোল ওরিয়েন্টেশন এবং দ্রাবকের চারপাশে মেরুকরণ বিশ্লেষণ করুন
gmx-genion(1)
এনার্জেটিকভাবে অনুকূল অবস্থানে মনোআটমিক আয়ন তৈরি করুন
প্রোটিন-নির্দিষ্ট বিশ্লেষণ
gmx-do_dssp(1)
সেকেন্ডারি গঠন বরাদ্দ করুন এবং দ্রাবক অ্যাক্সেসযোগ্য পৃষ্ঠ এলাকা গণনা করুন
gmx-chi(1)
চি এবং অন্যান্য ডিহেড্রাল সম্পর্কে আপনি যা জানতে চান তার সবকিছু গণনা করুন
gmx-হেলিক্স(1)
আলফা হেলিসের মৌলিক বৈশিষ্ট্য গণনা করুন
gmx-হেলিক্সোরিয়েন্ট(1)
হেলিসের ভিতরে স্থানীয় পিচ/নমন/ঘূর্ণন/ওরিয়েন্টেশন গণনা করুন
gmx-rama(1)
রামচন্দ্রন প্লট গণনা করুন
gmx-চাকা(1)
প্লট হেলিকাল চাকার
ইন্টারফেস
gmx-বান্ডেল(1)
অক্ষের বান্ডিল বিশ্লেষণ করুন, যেমন, হেলিস
gmx-ঘনত্ব(1)
সিস্টেমের ঘনত্ব গণনা করুন
gmx-densmap(1)
2D প্ল্যানার বা অক্ষীয়-রেডিয়াল ঘনত্ব মানচিত্র গণনা করুন
gmx-densorder(1)
পৃষ্ঠের ওঠানামা গণনা করুন
gmx-h2order(1)
জলের অণুর অভিযোজন গণনা কর
gmx-hydroder(1)
একটি প্রদত্ত পরমাণুর চারপাশে টেট্রাহেড্রালিটি প্যারামিটার গণনা করুন
gmx- অর্ডার(1)
কার্বন লেজের জন্য পরমাণু প্রতি অর্ডার প্যারামিটার গণনা করুন
gmx-সম্ভাব্য(1)
বাক্স জুড়ে ইলেক্ট্রোস্ট্যাটিক সম্ভাব্যতা গণনা করুন
সমবায় বিশ্লেষণ
gmx-anaeig(1)
ইজেনভেক্টর বিশ্লেষণ কর
gmx-covar(1)
কোভারিয়েন্স ম্যাট্রিক্স গণনা করুন এবং তির্যক করুন
gmx-make_edi(1)
প্রয়োজনীয় গতিবিদ্যা স্যাম্পলিং এর জন্য ইনপুট ফাইল তৈরি করুন
সাধারণ মোড
gmx-anaeig(1)
স্বাভাবিক মোড বিশ্লেষণ
gmx-nmeig(1)
স্বাভাবিক মোড বিশ্লেষণের জন্য হেসিয়ানকে তির্যক করুন
gmx-nmtraj(1)
একটি eigenvector থেকে একটি ভার্চুয়াল oscillating ট্র্যাজেক্টোরি তৈরি করুন
gmx-nmens(1)
স্বাভাবিক মোড থেকে কাঠামোর একটি ensemble তৈরি করুন
gmx-grompp(1)
একটি রান ইনপুট ফাইল তৈরি করুন
gmx-mdrun(1)
একটি সম্ভাব্য শক্তি ন্যূনতম খুঁজুন এবং হেসিয়ান গণনা করুন
কপিরাইট
2015, GROMACS উন্নয়ন দল
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx_d ব্যবহার করুন
