gmx-ঘনত্ব - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

gmx-ঘনত্ব - সিস্টেমের ঘনত্ব গণনা করুন

সাইনোপিসিস

gmx ঘনত্ব [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-ই আই [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-তারিখ ] [- [না] w] [-xvg ] [-d ]
[-sl ] [-ঘন ] [-এনজি ] [- [কোন] কেন্দ্র]
[-[না] সিম] [- [কোন] আত্মীয়]

বর্ণনাঃ

জিএমএক্স ঘনত্ব একটি সূচক ফাইল ব্যবহার করে বাক্স জুড়ে আংশিক ঘনত্ব গণনা করে।

NPT সিমুলেশনের মোট ঘনত্বের জন্য, ব্যবহার করুন জিএমএক্স শক্তি পরিবর্তে.

পছন্দ -কেন্দ্র একটি নির্বিচারে কেন্দ্রের সাপেক্ষে হিস্টোগ্রাম বিনিং সঞ্চালন করে
গ্রুপ, পরম বাক্স স্থানাঙ্কে। আপনি যদি Z অক্ষ বাক্স বরাবর প্রোফাইল গণনা করছেন
ডাইমেনশন bZ, আউটপুট হবে -bZ/2 থেকে bZ/2 যদি আপনি পুরো সিস্টেমের উপর ভিত্তি করে কেন্দ্র করেন।
উল্লেখ্য যে এই আচরণটি GROMACS 5.0 এ পরিবর্তিত হয়েছে; পূর্ববর্তী সংস্করণ শুধুমাত্র একটি সঞ্চালিত
স্ট্যাটিক বিনিং (0,bZ) এবং আউটপুট স্থানান্তরিত করে। এখন আমরা প্রতিটি ফ্রেমের কেন্দ্র গণনা করি
এবং বিন ইন (-bZ/2,bZ/2)।

পছন্দ -সিম কেন্দ্রের চারপাশে আউটপুটকে প্রতিসম করে। এটি স্বয়ংক্রিয়ভাবে চালু হবে
-কেন্দ্র খুব বিকল্প - আপেক্ষিক পরম বাক্সের পরিবর্তে আপেক্ষিকভাবে বিনিং সঞ্চালন করে
স্থানাঙ্ক, এবং আউটপুট বরাবর গড় বক্স মাত্রা সহ চূড়ান্ত আউটপুট স্কেল করে
অক্ষ এই সঙ্গে সমন্বয় ব্যবহার করা যেতে পারে -কেন্দ্র.

ঘনত্ব kg/m^3, এবং সংখ্যা ঘনত্ব বা ইলেকট্রন ঘনত্বও হতে পারে
গণনা করা ইলেকট্রন ঘনত্বের জন্য, প্রতিটির জন্য ইলেকট্রনের সংখ্যা বর্ণনা করে একটি ফাইল
ব্যবহার করে পরমাণুর প্রকার সরবরাহ করা উচিত -ই আই. এটা দেখতে হবে:

2
atomname = nrelectrons
atomname = nrelectrons

প্রথম লাইনে ফাইল থেকে পড়ার জন্য লাইনের সংখ্যা রয়েছে। একটি থাকা উচিত
আপনার সিস্টেমে প্রতিটি অনন্য পরমাণুর নামের জন্য লাইন। প্রতিটি পরমাণুর জন্য ইলেকট্রন সংখ্যা
এর পারমাণবিক আংশিক চার্জ দ্বারা পরিবর্তিত।

BILAYERS জন্য গুরুত্বপূর্ণ বিবেচনা

সর্বাধিক সাধারণ ব্যবহারের পরিস্থিতিগুলির মধ্যে একটি হল বিভিন্ন গোষ্ঠীর ঘনত্ব গণনা করা
একটি লিপিড বাইলেয়ার জুড়ে, সাধারণত z অক্ষের সাথে স্বাভাবিক দিক। অল্পের জন্য
সিমুলেশন, ছোট সিস্টেম এবং ফিক্সড বাক্সের আকার এটি ঠিক কাজ করবে, কিন্তু আরও অনেক কিছুর জন্য
সাধারণ ক্ষেত্রে লিপিড বাইলেয়ারগুলি জটিল হতে পারে। প্রথম সমস্যা যে যখন উভয়
প্রোটিন এবং লিপিডগুলির আয়তনের সংকোচন কম, লিপিডগুলির ক্ষেত্রফল বেশ উচ্চ
সংকোচনশীলতা এর মানে হল বাক্সের আকৃতি (বেধ এবং এলাকা/লিপিড) ওঠানামা করবে
এমনকি একটি সম্পূর্ণ শিথিল সিস্টেমের জন্যও যথেষ্ট। যেহেতু GROMACS এর মধ্যে বক্স রাখে
উৎপত্তি এবং ধনাত্মক স্থানাঙ্ক, এর মানে হল বাক্সে কেন্দ্রীভূত একটি বাইলেয়ার
এই অস্থিরতার কারণে একটু উপরে/নিচে সরে যাবে, এবং আপনার প্রোফাইল বাদ দেবে। সহজতম টি
এটি ঠিক করার উপায় (যদি আপনি প্রেসার কাপলিং চান) ব্যবহার করা -কেন্দ্র বিকল্প যে
বাক্সের কেন্দ্রের সাপেক্ষে ঘনত্বের প্রোফাইল গণনা করে। উল্লেখ্য যে আপনি পারেন
bilayer অংশের উপর কেন্দ্রীভূত করুন এমনকি যদি আপনার a এর সাথে একটি জটিল নন-সিমেট্রিক সিস্টেম থাকে
bilayer এবং, বলুন, মেমব্রেন প্রোটিন - তাহলে আমাদের আউটপুটে একটিতে আরও মান থাকবে
(কেন্দ্র) মূল রেফারেন্সের পাশে।

এমনকি কেন্দ্রীভূত গণনা কিছু আউটপুট প্রোফাইল smearing আউট হতে হবে, হিসাবে
লিপিড নিজেই সংকুচিত এবং প্রসারিত হয়। বেশিরভাগ ক্ষেত্রে আপনি সম্ভবত এটি চান (যেহেতু
এটি ম্যাক্রোস্কোপিক পরীক্ষার সাথে মিলে যায়), কিন্তু আপনি যদি আণবিক বিবরণ দেখতে চান
আপনি ব্যবহার করতে পারেন - আপেক্ষিক ভলিউমের আরও বেশি প্রভাব অপসারণের চেষ্টা করার বিকল্প
ওঠানামা।

অবশেষে, বৃহৎ বাইলেয়ার যেগুলি পৃষ্ঠের উত্তেজনার অধীন নয় সেগুলি অস্বস্তিকর প্রদর্শন করবে
ওঠানামা, যেখানে সিস্টেমে 'তরঙ্গ' তৈরি হয়। এটি একটি মৌলিক
জৈবিক সিস্টেমের সম্পত্তি, এবং যদি আপনি পরীক্ষাগুলির বিরুদ্ধে তুলনা করেন তবে আপনি সম্ভবত
undulation smearing প্রভাব অন্তর্ভুক্ত করতে চান.

বিকল্প

ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
পোর্টেবল xdr রান ইনপুট ফাইল

-ই আই [<.dat>] (electrons.dat) (ঐচ্ছিক)
জেনেরিক ডেটা ফাইল

আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-o [<.xvg>] (density.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল

অন্যান্য বিকল্পগুলি:

-b (২০১০)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)

-e (২০১০)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)

-তারিখ (২০১০)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)

- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র

-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়

-d (Z)
X, Y বা Z দিক দিয়ে ঝিল্লিতে স্বাভাবিক নিন।

-sl (২০১০)
বক্সটিকে এই সংখ্যক স্লাইসে ভাগ করুন।

-ঘন (ভর)
ঘনত্ব: ভর, সংখ্যা, চার্জ, ইলেকট্রন

-এনজি (২০১০)
ঘনত্ব গণনা করার জন্য গ্রুপের সংখ্যা।

- [কোন] কেন্দ্র (NO)
(পরিবর্তন) বাক্সের কেন্দ্রের সাপেক্ষে বিনিং সম্পাদন করুন। উপকারী
bilayers

-[না] সিম (NO)
কেন্দ্রের সাপেক্ষে অক্ষ বরাবর ঘনত্ব প্রতিসাম্য করুন। উপকারী
bilayers

- [কোন] আত্মীয় (NO)
গড় মাত্রা দ্বারা বাক্স এবং স্কেল আউটপুট পরিবর্তনের জন্য আপেক্ষিক স্থানাঙ্ক ব্যবহার করুন।

জানা সমস্যা

· ইলেক্ট্রন ঘনত্ব গণনা করার সময়, প্রকারের পরিবর্তে পরমাণুর নাম ব্যবহার করা হয়। এইটা খারাপ.

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-ঘনত্ব ব্যবহার করুন