এটি হল gmx-densorder কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-densorder - পৃষ্ঠের ওঠানামা গণনা করুন
সাইনোপিসিস
gmx densorder [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [-অর [<.out> [...]]] [-ওগ [<.xpm> [...]]]
[-স্পেক্ট [<.out> [...]]] [-b ] [-e ]
[-তারিখ ] [- [না] w] [-[না] 1d] [-বিডব্লিউ ]
[-bwn ] [- আদেশ ] [-অক্ষ ]
[-পদ্ধতি ] [-ডি 1 ] [-ডি 2 ]
[-টব্লক ] [- স্তর ]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স ঘনত্ব একটি অক্ষ বরাবর একটি দ্বি-পর্যায়ের ঘনত্ব বন্টন হ্রাস করে, একটি MD এর উপর গণনা করা হয়
ট্র্যাজেক্টোরি, 2D পৃষ্ঠতলের সময় ওঠানামা করে, এর জন্য একটি কার্যকরী প্রোফাইলে ফিট করে
ইন্টারফেসিয়াল ঘনত্ব। ইন্টারফেসের একটি সময়-গড় স্থানিক উপস্থাপনা হতে পারে
বিকল্প সহ আউটপুট -tavg.
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
পোর্টেবল xdr রান ইনপুট ফাইল
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
ইনডেক্স ফাইল
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-o [<.dat>] (Density4D.dat) (ঐচ্ছিক)
জেনেরিক ডেটা ফাইল
-অর [<.out> [...]] (hello.out) (ঐচ্ছিক)
জেনেরিক আউটপুট ফাইল
-ওগ [<.xpm> [...]] (interface.xpm) (ঐচ্ছিক)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল
-স্পেক্ট [<.out> [...]] (intfspect.out) (ঐচ্ছিক)
জেনেরিক আউটপুট ফাইল
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-b (২০১০)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)
-e (২০১০)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)
-তারিখ (২০১০)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)
- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র
-[না] 1d (NO)
Pseudo-1d ইন্টারফেস জ্যামিতি
-বিডব্লিউ (২০১০)
ইন্টারফেসের স্পর্শক ঘনত্ব বন্টনের বিন প্রস্থ
-bwn (২০১০)
ঘনত্ব বন্টনের বিনউইথ ইন্টারফেসে স্বাভাবিক
- আদেশ (২০১০)
গাউসিয়ান ফিল্টারের অর্ডার, অর্ডার 0 নো ফিল্টারিংয়ের সমান
-অক্ষ (Z)
অক্ষের দিক - X, Y বা Z
-পদ্ধতি (দ্বিখণ্ডিত করা)
ইন্টারফেস অবস্থান পদ্ধতি: দ্বিখণ্ডিত, কার্যকরী
-ডি 1 (২০১০)
বাল্ক ঘনত্ব ফেজ 1 (ছোট z এ)
-ডি 2 (২০১০)
বাল্ক ঘনত্ব ফেজ 2 (বড় z এ)
-টব্লক (২০১০)
একটি টাইম-ব্লক গড় ফ্রেমের সংখ্যা
- স্তর (২০১০)
2D-এ উচ্চতা স্তরের সংখ্যা - XPixMaps
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-densorder ব্যবহার করুন
