এটি হল gmx-insert-molecules কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-insert-molecules - বিদ্যমান শূন্যপদগুলিতে অণু সন্নিবেশ করান
সাইনোপিসিস
gmx সন্নিবেশ-অণু [-f [<.gro/.g96/...>]] [-এই [<.gro/.g96/...>]]
[-আইপি [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-বক্স ]
[-nmol ] [- চেষ্টা করুন ] [-বীজ ]
[-রেডিয়াস ] [-স্কেল ] [-ডাঃ ]
[-পচা ]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স সন্নিবেশ-অণু টিপে -nmol সিস্টেমের কপি -এই ইনপুট ফাইল.
সন্নিবেশগুলি হয় খালি স্থানের সাথে প্রদত্ত দ্রবণীয় গঠনে সঞ্চালিত হয়
-f, অথবা প্রদত্ত একটি খালি বাক্সে -বক্স. উভয় নির্দিষ্ট করা -f এবং -বক্স মত আচরণ করে -fকিন্তু
সন্নিবেশের আগে দ্রবণের চারপাশে একটি নতুন বাক্স রাখুন। যে কোন বেগ উপস্থিত হয়
বাতিল করা হয়েছে।
ডিফল্টরূপে, সন্নিবেশের অবস্থানগুলি এলোমেলো হয় (প্রাথমিক বীজ দ্বারা নির্দিষ্ট করা হয়েছে -বীজ)। দ্য
প্রোগ্রাম পর্যন্ত পুনরাবৃত্তি হয় -nmol বাক্সে অণু ঢোকানো হয়েছে। অণু নয়
সন্নিবেশ করা হয়েছে যেখানে বিদ্যমান যে কোনো পরমাণু এবং সন্নিবেশিত কোনো পরমাণুর মধ্যে দূরত্ব
উভয় পরমাণুর ভ্যান ডার ওয়ালস ব্যাসার্ধের উপর ভিত্তি করে অণুটি যোগফলের চেয়ে কম। একটি ডাটাবেস
(vdwradii.dat) van der Waals radii প্রোগ্রাম দ্বারা পড়া হয়, এবং ফলে radii
দ্বারা মাপকাঠি -স্কেল. যদি ডাটাবেসে রেডিআই পাওয়া না যায়, তাহলে সেই পরমাণুগুলিকে বরাদ্দ করা হয়
(প্রি-স্কেল করা) দূরত্ব -রেডিয়াস.
মোট -nmol * - চেষ্টা করুন হাল ছেড়ে দেওয়ার আগে সন্নিবেশের চেষ্টা করা হয়। বৃদ্ধি - চেষ্টা করুন যদি তুমি
পূরণ করার জন্য বেশ কয়েকটি ছোট গর্ত আছে। বিকল্প -পচা সন্নিবেশ অণু কিনা তা নির্দিষ্ট করে
সন্নিবেশ প্রচেষ্টার আগে এলোমেলোভাবে ভিত্তিক হয়.
বিকল্পভাবে, অণুগুলি শুধুমাত্র positions.dat-এ সংজ্ঞায়িত অবস্থানে ঢোকানো যেতে পারে।
(-আইপি) সেই ফাইলটিতে 3টি কলাম (x,y,z) থাকা উচিত, যা এর তুলনায় স্থানচ্যুতি দেয়
ইনপুট অণুর অবস্থান (-এই) অতঃপর, যদি সেই ফাইলটিতে পরম থাকা উচিত
অবস্থান, ব্যবহার করার আগে অণুটি অবশ্যই (0,0,0) এর উপর কেন্দ্রীভূত হতে হবে জিএমএক্স সন্নিবেশ-অণু
(যেমন থেকে জিএমএক্স editconf -কেন্দ্র) # দিয়ে শুরু হওয়া ফাইলের মন্তব্য উপেক্ষা করা হয়।
পছন্দ -ডাঃ সন্নিবেশিত ট্রায়ালের সময় সর্বাধিক অনুমোদিত স্থানচ্যুতি সংজ্ঞায়িত করে। - চেষ্টা করুন এবং
-পচা ডিফল্ট মোডে কাজ করুন (উপরে দেখুন)।
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-f [<.gro/.g96/...>] (protein.gro) (ঐচ্ছিক)
ঢোকানোর জন্য বিদ্যমান কনফিগারেশন: GRO g96 পিডিবি brk ent esp TPR
-এই [<.gro/.g96/...>] (insert.gro)
সন্নিবেশ করার জন্য কনফিগারেশন: GRO g96 পিডিবি brk ent esp TPR
-আইপি [<.dat>] (positions.dat) (ঐচ্ছিক)
পূর্বনির্ধারিত সন্নিবেশ ট্রায়াল অবস্থান
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro)
সন্নিবেশের পরে আউটপুট কনফিগারেশন: GRO g96 পিডিবি brk ent esp
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-বক্স (0 0 0)
বাক্সের আকার (nm এ)
-nmol (২০১০)
সন্নিবেশ করার জন্য অতিরিক্ত অণুর সংখ্যা
- চেষ্টা করুন (২০১০)
ঢোকানোর চেষ্টা করুন -nmol বার - চেষ্টা করুন বার
-বীজ (২০১০)
এলোমেলো জেনারেটর বীজ
-রেডিয়াস (২০১০)
ডিফল্ট ভ্যান ডার ওয়ালস দূরত্ব
-স্কেল (২০১০)
ডাটাবেস থেকে ভ্যান ডের ওয়ালস রেডিআইকে গুণ করার জন্য স্কেল ফ্যাক্টর
share/gromacs/top/vdwradii.dat. 0.57 এর ডিফল্ট মান ঘনত্বের কাছাকাছি দেয়
পানিতে প্রোটিনের জন্য 1000 গ্রাম/লি.
-ডাঃ (0 0 0)
অবস্থান থেকে x/y/z-এ স্থানচ্যুতি অনুমোদিত -আইপি ফাইল
-পচা
ঢোকানো অণুগুলিকে এলোমেলোভাবে ঘোরান: xyz, z, none
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-insert-molecules ব্যবহার করুন
