gmx-sham - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

gmx-sham - হিস্টোগ্রাম থেকে বিনামূল্যে শক্তি বা অন্যান্য হিস্টোগ্রাম গণনা করুন

সাইনোপিসিস

gmx sham [-f [<.xvg>]] [-জী [<.xvg>]] [-ene [<.xvg>]] [-জেলা [<.xvg>]]
[-হিস্টো [<.xvg>]] [-বিন [<.ndx>]] [-এলপি [<.xpm>]]
[-লস [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-এলএসএস [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.লগ>]] [- [না] w] [-xvg ]
[- [না] সময়] [-b ] [-e ] [-ttol ]
[-n ] [-[না] ঘ] [- [না] শ্যাম] [-টশাম ]
[-পিমিন ] [-অন্ধ ] [-এনগ্রিড ]
[-এক্সমিন ] [-xmax ] [- pmax ]
[-জিম্যাক্স ] [-এমিন ] [-ইম্যাক্স ]
[-নলেভেল ]

বর্ণনাঃ

জিএমএক্স মিথ্যা বহুমাত্রিক মুক্ত-শক্তি, এনথালপি এবং এনট্রপি প্লট তৈরি করে। জিএমএক্স মিথ্যা সার্চ
এক অথবা অধিক .xvg ফাইল এবং ডেটা সেট বিশ্লেষণ করে। এর মূল উদ্দেশ্য জিএমএক্স মিথ্যা চক্রান্ত করা হয়
গিবস ফ্রি এনার্জি ল্যান্ডস্কেপ (বিকল্প -লস) বলজম্যান দ্বারা বহুমাত্রিক উল্টানো
হিস্টোগ্রাম (বিকল্প -এলপি), তবে এটি এনথালপিও তৈরি করতে পারে (বিকল্প -lsh) এবং এনট্রপি (বিকল্প
-এলএসএস) প্লট। হিস্টোগ্রামগুলি ব্যবহারকারীর সরবরাহ করা যেকোনো পরিমাণের জন্য তৈরি করা যেতে পারে। মধ্যে একটি লাইন
ইনপুট ফাইল একটি সময় দিয়ে শুরু হতে পারে (বিকল্প দেখুন -time) এবং যেকোনো সংখ্যা y- মান হতে পারে
অনুসরণ একাধিক সেটকে & (বিকল্প -n), এই
কেস মাত্র একটি y-মান প্রতিটি লাইন থেকে পড়া হয়. # এবং @ দিয়ে শুরু হওয়া সমস্ত লাইন
বাদ পড়ে

পছন্দ -জী এনসেম্বলটি না হলে বিনামূল্যে শক্তি সহ একটি ফাইল সরবরাহ করতে ব্যবহার করা যেতে পারে
বোল্টজম্যান এনসেম্বল, কিন্তু এই বিনামূল্যে শক্তি দ্বারা পক্ষপাতদুষ্ট করা প্রয়োজন. একটি বিনামূল্যে শক্তি মান হয়
প্রতিটি (মাল্টি-ডাইমেনশনাল) ডেটা পয়েন্টের জন্য প্রয়োজনীয় -f ইনপুট.

পছন্দ -ene শক্তি সহ একটি ফাইল সরবরাহ করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। এই শক্তিগুলি একটি হিসাবে ব্যবহৃত হয়
কুমার এট আল দ্বারা একক হিস্টোগ্রাম বিশ্লেষণ পদ্ধতিতে ওজন ফাংশন। কখন
তাপমাত্রা সরবরাহ করা হয় (ফাইলের দ্বিতীয় কলাম হিসাবে), একটি পরীক্ষামূলক ওজন
স্কিম প্রয়োগ করা হয়। এছাড়াও উপত্যকাগুলি এনথালপি এবং এনট্রপি প্লট তৈরিতে ব্যবহৃত হয়।

বিকল্প সহ -অন্ধ, মাত্রা দূরত্ব জন্য দেওয়া যেতে পারে. যখন একটি দূরত্ব 2- বা
3-মাত্রিক, দুটি কণা দ্বারা নমুনাকৃত পরিধি বা পৃষ্ঠের সাথে বৃদ্ধি পায়
ক্রমবর্ধমান দূরত্ব কেউ কী দেখাতে চায় তার উপর নির্ভর করে, কেউ সংশোধন করতে বেছে নিতে পারে
এই ভলিউম প্রভাবের জন্য হিস্টোগ্রাম এবং মুক্ত-শক্তি। সম্ভাব্যতা r দ্বারা স্বাভাবিক করা হয়
এবং যথাক্রমে 2 এবং 2 এর মাত্রার জন্য r^3। -1 এর একটি মান একটি নির্দেশ করতে ব্যবহৃত হয়
দুটি ভেক্টরের মধ্যে ডিগ্রি কোণ: একটি সিন(কোণ) স্বাভাবিককরণ প্রয়োগ করা হবে। বিঃদ্রঃ
যে ভেক্টরের মধ্যে কোণগুলির জন্য অভ্যন্তরীণ পণ্য বা কোসাইন হল প্রাকৃতিক পরিমাণ
ব্যবহার করুন, কারণ এটি একই ভলিউমের বিন তৈরি করবে।

বিকল্প

ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-f [<.xvg>] (graph.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল

-জী [<.xvg>] (gibbs.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-ene [<.xvg>] (esham.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-জেলা [<.xvg>] (ener.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-হিস্টো [<.xvg>] (edist.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-বিন [<.ndx>] (bindex.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল

-এলপি [<.xpm>] (prob.xpm) (ঐচ্ছিক)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল

-লস [<.xpm>] (gibbs.xpm) (ঐচ্ছিক)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল

-lsh [<.xpm>] (enthalpy.xpm) (ঐচ্ছিক)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল

-এলএসএস [<.xpm>] (entropy.xpm) (ঐচ্ছিক)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল

-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (ঐচ্ছিক)
প্রোটিন ডেটা ব্যাংক ফাইল

-g [<.লগ>] (shamlog.log) (ঐচ্ছিক)
লগ ফাইল

অন্যান্য বিকল্পগুলি:

- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র

-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়

- [না] সময় (হ্যাঁ)
ইনপুট একটি সময় আশা

-b (-1)
প্রথমবার সেট থেকে পড়া

-e (-1)
শেষবার সেট থেকে পড়তে হবে

-ttol (২০১০)
উপযুক্ত ইউনিটে সময়মত সহনশীলতা (সাধারণত পিএস)

-n (২০১০)
শুধুমাত্র একটি অ্যাম্পারস্যান্ড ধারণকারী লাইন দ্বারা পৃথক করা সেটের এই সংখ্যা পড়ুন

-[না] ঘ (NO)
ডেরিভেটিভ ব্যবহার করুন

- [না] শ্যাম (হ্যাঁ)
শক্তি দেওয়া হলেও শক্তি ওজন বন্ধ করুন

-টশাম (২০১০)
একক হিস্টোগ্রাম বিশ্লেষণের জন্য তাপমাত্রা

-পিমিন (২০১০)
ন্যূনতম সম্ভাবনা। এর চেয়ে কম যেকোন কিছুকে শূন্যে সেট করা হবে

-অন্ধ (1 1 1)
দূরত্বের জন্য মাত্রা, ভলিউম সংশোধনের জন্য ব্যবহৃত (সর্বোচ্চ 3 মান, মাত্রা > 3
শেষ হিসাবে একই মান পাবেন)

-এনগ্রিড (32 32 32)
শক্তির ল্যান্ডস্কেপের জন্য বিনের সংখ্যা (সর্বোচ্চ 3 মান, মাত্রা > 3 পাবে
শেষ হিসাবে একই মান)

-এক্সমিন (0 0 0)
শক্তির ল্যান্ডস্কেপে অক্ষগুলির জন্য সর্বনিম্ন (> 3 মাত্রার জন্য উপরে দেখুন)

-xmax (1 1 1)
শক্তির ল্যান্ডস্কেপে অক্ষের জন্য সর্বাধিক (> 3 মাত্রার জন্য উপরে দেখুন)

- pmax (২০১০)
আউটপুটে সর্বাধিক সম্ভাব্যতা, ডিফল্ট গণনা করা হয়

-জিম্যাক্স (২০১০)
আউটপুটে সর্বাধিক মুক্ত শক্তি, ডিফল্ট গণনা করা হয়

-এমিন (২০১০)
আউটপুটে ন্যূনতম এনথালপি, ডিফল্ট গণনা করা হয়

-ইম্যাক্স (২০১০)
আউটপুটে সর্বাধিক এনথালপি, ডিফল্ট গণনা করা হয়

-নলেভেল (২০১০)
শক্তি আড়াআড়ি জন্য স্তর সংখ্যা

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-sham ব্যবহার করুন