gtf2gff3p - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

gtf2gff3 - GTF ফর্ম্যাট করা ফাইলগুলিকে বৈধ GFF3 ফাইলে রূপান্তর করে

সংস্করণ

এই নথিটি সংস্করণ 0.1 বর্ণনা করে

সাইনোপিসিস

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file > gff3_file

বর্ণনাঃ

এই স্ক্রিপ্টটি GTF ফর্ম্যাট করা ফাইলগুলিকে বৈধ GFF3 ফর্ম্যাট করা ফাইলগুলিতে রূপান্তর করবে৷ এটা মানচিত্র হবে
কলাম 3 এর মান (\"টাইপ\" কলাম) বৈধ SO থেকে, কিন্তু কারণ অনেক অ-মানক পদ
GTF ফাইলের সেই কলামে প্রদর্শিত হতে পারে, আপনি আপনার নিজস্ব প্রদান করতে কনফিগার ফাইলটি সম্পাদনা করতে পারেন
SO ম্যাপিং থেকে GTF বৈশিষ্ট্য। স্ক্রিপ্টটি এক্সন, সিডিএস এবং থেকে জিন মডেলও তৈরি করবে
GTF ফাইলে দেওয়া অন্যান্য বৈশিষ্ট্য। এটি বর্তমানে Ensemble এবং Twinscan-এ পরীক্ষা করা হয়
GTF, এবং এটি একই স্পেসিফিকেশন অনুসরণ করে এমন অন্য কোনো ফাইলে কাজ করা উচিত। এটা করে
UCSC টেবিল ব্রাউজার থেকে GTF-এ কাজ করে না কারণ সেই ফাইলগুলি জিনের জন্য একই ID ব্যবহার করে
এবং ট্রান্সক্রিপ্ট, তাই একটি জিনে একাধিক ট্রান্সক্রিপ্ট গ্রুপ করা অসম্ভব। দেখুন
আরও তথ্যের জন্য স্ক্রিপ্ট সহ README এসেছে।

বিকল্পগুলি:

--cfg
একটি কনফিগার ফাইলের জন্য ফাইলের নাম প্রদান করুন। এর সাথে প্রদত্ত কনফিগারেশন ফাইলটি দেখুন
বিন্যাস বিবরণ জন্য স্ক্রিপ্ট. এর আচরণ পরিবর্তন করতে এই কনফিগারেশন ফাইলটি ব্যবহার করুন
লিপি. যদি কোন কনফিগারেশন ফাইল না দেওয়া হয় তবে এটি ./gtf2gff3.cfg এর জন্য দেখায়, ~/gtf2gff3.cfg or
সেই ক্রমে /etc/gtf2gff3.cfg।

--help
একটি বিস্তারিত ম্যান পেজ শৈলী সহায়তা বার্তা প্রদান করুন এবং তারপর প্রস্থান করুন।

কারণ নির্ণয়

"ত্রুটি: অনুপস্থিত বা অ-মানক বৈশিষ্ট্য: parse_attributes"
GTF ফাইলের একটি লাইনে কোনো অ্যাট্রিবিউট ছিল না বা এর অ্যাট্রিবিউট কলাম ছিল
অপব্যবহারযোগ্য

"ত্রুটি: নন-ট্রান্সক্রিপ্ট জিন বৈশিষ্ট্য সমর্থিত নয়। সমর্থনের জন্য অনুগ্রহ করে লেখকের সাথে যোগাযোগ করুন:
বিল্ড_জিন"
এই সতর্কতাটি নির্দেশ করে যে একটি লাইন এড়িয়ে গেছে কারণ এতে একটি নন-ট্রান্সক্রিপ্ট রয়েছে
জিন বৈশিষ্ট্য, এবং কোডটি বর্তমানে এই ধরণের বৈশিষ্ট্য পরিচালনা করার জন্য সজ্জিত নয়।
এটি সম্ভবত যোগ করা খুব কঠিন নয়, তাই আপনি যদি এই ত্রুটিটি পান এবং চান তাহলে আমার সাথে যোগাযোগ করুন
এই বৈশিষ্ট্য সমর্থিত আছে চাই.

"ত্রুটি: একটি প্রতিলিপি তৈরি করতে কমপক্ষে এক্সন বা সিডিএস থাকতে হবে: build_trnsc"
কিছু বৈশিষ্ট্যের একটি ট্রান্সক্রিপ্ট_আইডি ছিল এবং তবুও এর সাথে কোনও এক্সন বা সিডিএস যুক্ত ছিল না
যে ট্রান্সক্রিপ্ট_আইডি তাই স্ক্রিপ্ট একটি প্রতিলিপি তৈরি করতে ব্যর্থ হয়েছে।

"ত্রুটি: seq_id দ্বন্দ্ব: validate_and_finish_trnsc"
একই ট্রান্সক্রিপ্টের মধ্যে দুটি বৈশিষ্ট্য পাওয়া গেছে যা একই seq_id ভাগ করেনি।

"ত্রুটি: উৎস দ্বন্দ্ব: validate_and_finish_trnsc"
একই ট্রান্সক্রিপ্টের মধ্যে দুটি বৈশিষ্ট্য পাওয়া গেছে যা একই উত্স ভাগ করেনি।

"ত্রুটি: টাইপ দ্বন্দ্ব: validate_and_finish_trnsc"
একই ট্রান্সক্রিপ্টের মধ্যে দুটি বৈশিষ্ট্য পাওয়া গেছে যা একই ভাগ করার আশা করা হয়েছিল
টাইপ এবং এখনও তারা না.

"ত্রুটি: স্ট্র্যান্ড বিরোধ: validate_and_finish_trnsc"
একই ট্রান্সক্রিপ্টের মধ্যে দুটি বৈশিষ্ট্য পাওয়া গেছে যা একই স্ট্র্যান্ড ভাগ করেনি।

"ত্রুটি: seq_id দ্বন্দ্ব: validate_and_build_gene"
একই জিনের মধ্যে দুটি বৈশিষ্ট্য পাওয়া গেছে যা একই seq_id ভাগ করেনি।

"ত্রুটি: উৎসের দ্বন্দ্ব: validate_and_build_gene"
একই জিনের মধ্যে দুটি বৈশিষ্ট্য পাওয়া গেছে যা একই উত্স ভাগ করেনি।

"ত্রুটি: স্ট্র্যান্ড বিরোধ: validate_and_build_gene"
একই জিনের মধ্যে দুটি বৈশিষ্ট্য পাওয়া গেছে যা একই স্ট্র্যান্ড ভাগ করেনি।

"ত্রুটি: gene_id দ্বন্দ্ব: validate_and_build_gene"
একই জিনের মধ্যে দুটি বৈশিষ্ট্য পাওয়া গেছে যা একই জিন_আইডি ভাগ করেনি।

"মারাত্মক: GTF ফাইল খুলতে পারে না: পড়ার জন্য ফাইল_নাম।"
পড়ার জন্য GTF ফাইল খুলতে অক্ষম৷

"মারাত্মক: ট্রান্সক্রিপ্ট তৈরি করতে এক্সন বা সিডিএস প্রয়োজন: প্রক্রিয়া_শুরু"
একটি start_codon বৈশিষ্ট্য টীকা করা হয়েছে এবং এখনো কোনো এক্সন বা CDS যুক্ত ছিল না
সেই ট্রান্সক্রিপ্ট_আইডি দিয়ে তাই স্ক্রিপ্ট ব্যর্থ হয়েছে।

"মারাত্মক: প্রক্রিয়া_শুরুতে অ-পরীক্ষিত কোড। সমর্থনের জন্য লেখকের সাথে যোগাযোগ করুন।"
স্ক্রিপ্টটি 5' ইউটিআরের উপস্থিতির উপর ভিত্তি করে একটি স্টার্ট কোডন অনুমান করার জন্য লেখা হয়েছে, কিন্তু আমরা
যখন আমরা কোড লিখেছিলাম তখন এই ধরনের GTF এর কোন উদাহরণ ছিল না, তাই আমরা বরং প্রক্রিয়াটিকে মেরে ফেলি
অ-পরীক্ষিত কোড চালানোর চেয়ে। সমর্থনের জন্য লেখকের সাথে যোগাযোগ করুন।

"মারাত্মক: অবৈধ বৈশিষ্ট্য সেট: প্রক্রিয়া_শুরু"
আমরা একটি স্টার্ট কোডন অনুমান করার সমস্ত সম্ভাব্য উপায়গুলি বিবেচনা করার চেষ্টা করেছি বা অনুমান করা aa অ-
কোডিং জিন, এবং তবুও আমরা ব্যর্থ হয়েছি। আপনার জিনের বৈশিষ্ট্যের সমন্বয় তৈরি করে না
আমাদের বোধ. আপনি কখনই এই ত্রুটিটি পাবেন না, এবং আপনি যদি তা করেন তবে আমরা সত্যিই দেখতে চাই
GTF ফাইল যা এটি তৈরি করেছে। সমর্থনের জন্য লেখকের সাথে যোগাযোগ করুন.

"মারাত্মক: ট্রান্সক্রিপ্ট তৈরি করার জন্য এক্সন বা সিডিএসের প্রয়োজন: প্রসেস_স্টপ"
একটি স্টপ_কোডন বৈশিষ্ট্য টীকা করা হয়েছিল এবং এখনও এর সাথে কোনও এক্সন বা সিডিএস যুক্ত ছিল না
যে transscript_id তাই স্ক্রিপ্ট ব্যর্থ হয়েছে.

"মারাত্মক: প্রসেস_স্টপে অ-পরীক্ষিত কোড। সমর্থনের জন্য লেখকের সাথে যোগাযোগ করুন।"
স্ক্রিপ্টটি একটি 3' ইউটিআর উপস্থিতির উপর ভিত্তি করে একটি স্টপ কোডন অনুমান করার জন্য লেখা হয়েছে, কিন্তু আমরা
যখন আমরা কোড লিখেছিলাম তখন এই ধরনের GTF এর কোন উদাহরণ ছিল না, তাই আমরা বরং প্রক্রিয়াটিকে মেরে ফেলি
অ-পরীক্ষিত কোড চালানোর চেয়ে। সমর্থনের জন্য লেখকের সাথে যোগাযোগ করুন।

"মারাত্মক: অবৈধ বৈশিষ্ট্য সেট: process_stop"
আমরা একটি স্টপ কোডন অনুমান করার সমস্ত সম্ভাব্য উপায়গুলি বিবেচনা করার চেষ্টা করেছি বা অনুমান করা aa অ-
কোডিং জিন, এবং তবুও আমরা ব্যর্থ হয়েছি। আপনার জিনের বৈশিষ্ট্যের সমন্বয় তৈরি করে না
আমাদের বোধ. আপনি কখনই এই ত্রুটিটি পাবেন না, এবং আপনি যদি তা করেন তবে আমরা সত্যিই দেখতে চাই
GTF ফাইল যা এটি তৈরি করেছে। সমর্থনের জন্য লেখকের সাথে যোগাযোগ করুন.

"মারাত্মক: অবৈধ বৈশিষ্ট্য সেট: process_exon_CDS_UTR"
আমরা এক্সন, সিডিএস এবং ইউটিআর অনুমান করার সমস্ত সম্ভাব্য উপায় বিবেচনা করার চেষ্টা করেছি এবং এখনও আমরা করেছি
ব্যর্থ হয়েছে. আপনার জিনের বৈশিষ্ট্যগুলির সংমিশ্রণ আমাদের কাছে বোধগম্য নয়। সত্যি তুমি
কখনও এই ত্রুটি পাওয়া উচিত, এবং যদি আপনি করেন, আমরা সত্যিই GTF ফাইল দেখতে চাই যে
এটি তৈরি করেছে। সমর্থনের জন্য লেখকের সাথে যোগাযোগ করুন.

"মারাত্মক: অ্যারে রেফারেন্স প্রয়োজন: sort_features।"
একজন ব্যবহারকারী এই ত্রুটিটি ট্রিগার করতে সক্ষম হবেন না। এটি প্রায় অবশ্যই একটি নির্দেশ করে
সফ্টওয়্যার বাগ। লেখকের সাথে যোগাযোগ করুন.

"মারাত্মক: স্ট্র্যান্ড নির্ধারণ করা যাচ্ছে না: sort_feature_types।"
এটি নির্দেশ করতে পারে যে আপনার GTF ফাইল বৈশিষ্ট্যগুলির জন্য স্ট্র্যান্ড নির্দেশ করে না
এটা প্রয়োজন এটি একটি সফ্টওয়্যার বাগ নির্দেশ করতে পারে। লেখকের সাথে যোগাযোগ করুন.

"মারাত্মক: হ্যাশ রেফারেন্স প্রয়োজন: sort_feature_types।"
একজন ব্যবহারকারী এই ত্রুটিটি ট্রিগার করতে সক্ষম হবেন না। এটি প্রায় অবশ্যই একটি নির্দেশ করে
সফ্টওয়্যার বাগ। লেখকের সাথে যোগাযোগ করুন.

"ফেটাল: অবৈধ মান স্ট্র্যান্ডে পাস করা হয়েছে: স্ট্র্যান্ড।"
এটি নির্দেশ করতে পারে যে আপনার GTF ফাইল বৈশিষ্ট্যগুলির জন্য স্ট্র্যান্ড নির্দেশ করে না
এটা প্রয়োজন কনফিগার ফাইলে DEFAULT_STRAND প্যারামিটার ব্যবহার করার কথা বিবেচনা করুন। হতে পারে
এছাড়াও একটি সফ্টওয়্যার বাগ নির্দেশ করে। লেখকের সাথে যোগাযোগ করুন.

কনফিগারেশন এবং পরিবেশ

এই স্ক্রিপ্টের সাথে একটি কনফিগারেশন ফাইল প্রদান করা হয়েছে। স্ক্রিপ্ট সেটাই খুঁজবে
./gtf2gff3.cfg এ কনফিগারেশন ফাইল, ~/gtf2gff3.cfg অথবা /etc/gtf2gff3.cfg সেই ক্রমে।
যদি কনফিগারেশন ফাইল সেই অবস্থানগুলির একটিতে পাওয়া না যায় এবং একটি প্রদান করা হয় না
--cfg পতাকার মাধ্যমে এটি কিছু বুদ্ধিমান ডিফল্ট বেছে নেওয়ার চেষ্টা করবে, কিন্তু আপনার সত্যিই প্রদান করা উচিত
কনফিগারেশন ফাইল। সরবরাহকৃত কনফিগারেশন ফাইলের পাশাপাশি README দেখুন
কনফিগারেশন ফাইলের বিন্যাস এবং বিশদ বিবরণের জন্য এই প্যাকেজের সাথে এসেছে।

নির্ভরতা

এই স্ক্রিপ্টের জন্য নিম্নলিখিত পার্ল প্যাকেজগুলি প্রয়োজন যা CPAN থেকে উপলব্ধ
(www.cpan.org)।

Getopt::লং; Config::Std ব্যবহার করুন;

অসঙ্গতি

কেউ রিপোর্ট করেনি।

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gtf2gff3p ব্যবহার করুন