hhblits - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

hhblits - পুনরাবৃত্তভাবে একটি HMM ডাটাবেস অনুসন্ধান করার জন্য দ্রুত হোমোলজি সনাক্তকরণ পদ্ধতি

সাইনোপিসিস

hhblits -i প্রশ্ন [অপশন]

বর্ণনাঃ

HHblits সংস্করণ 2.0.16 (জানুয়ারি 2013): HMM-HMM-ভিত্তিক বাজ-দ্রুত পুনরাবৃত্তিমূলক ক্রম
অনুসন্ধান HHblits হল একটি সংবেদনশীল, সাধারণ-উদ্দেশ্য, পুনরাবৃত্তিমূলক ক্রম অনুসন্ধান সরঞ্জাম যা
এইচএমএম দ্বারা ক্যোয়ারী এবং ডাটাবেস সিকোয়েন্স উভয়ই উপস্থাপন করে। আপনি HHblits ডাটাবেস অনুসন্ধান করতে পারেন
একটি একক ক্যোয়ারী সিকোয়েন্স, একটি মাল্টিপল সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট (MSA), বা একটি HMM দিয়ে শুরু।
HHblits ডাটাবেস HMMs/MSA-এর একটি র‌্যাঙ্ক করা তালিকা প্রিন্ট করে এবং এর মাধ্যমে একটি MSA তৈরি করতে পারে
গুরুত্বপূর্ণ ডাটাবেস এইচএমএম/এমএসএগুলিকে কোয়েরি MSA-তে মার্জ করা।

Remmert M., Biegert A., Hauser A., ​​and Soding J. HHblits: Lightning-fast iterative
HMM-HMM প্রান্তিককরণ দ্বারা প্রোটিন ক্রম অনুসন্ধান। নাট। পদ্ধতি 9:173-175 (2011) (C)
জোহানেস সোডিং, মাইকেল রেমার্ট, আন্দ্রেয়াস বিগার্ট, আন্দ্রেয়াস হাউসার

-i
ইনপুট/ক্যোয়ারী: a3m, a2m, বা এ একক সিকোয়েন্স বা মাল্টিপল সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট (MSA)
FASTA বিন্যাস, বা HHM বিন্যাসে HMM

জুড়ে 'stdin' বা 'stdout' হতে পারে।

বিকল্প

-d
ডাটাবেসের নাম (যেমন uniprot20_29Feb2012) (default=)

-n [1,8] পুনরাবৃত্তির সংখ্যা (ডিফল্ট=2)

-e [0,1] ফলাফল সারিবদ্ধকরণে অন্তর্ভুক্তির জন্য ই-মান কাটঅফ (def=0.001)

ইনপুট শ্রেণীবিন্যাস বিন্যাস:
-M a2m ব্যবহার করুন A2M/A3M (ডিফল্ট): বড় হাতের অক্ষর = ম্যাচ; Lower case = সন্নিবেশ;

' -' = মুছুন; '।' = সন্নিবেশের সাথে সারিবদ্ধ ফাঁক (বাদ দেওয়া হতে পারে)

-M প্রথম
FASTA ব্যবহার করুন: 1ম অনুক্রমের অবশিষ্টাংশ সহ কলামগুলি হল ম্যাচ স্টেট

-M [0,100]
FASTA ব্যবহার করুন: X% এর কম ফাঁক সহ কলামগুলি হল ম্যাচ স্টেট

আউটপুট বিকল্প:
-o
ফাইলে স্ট্যান্ডার্ড ফরম্যাটে ফলাফল লিখুন (default= )

-oa3 মি
a3m ফরম্যাটে উল্লেখযোগ্য মিল সহ ফলাফল MSA লিখুন

-অপসি
PSI-BLAST ফরম্যাটে উল্লেখযোগ্য ম্যাচের MSA ফলাফল লিখুন

-ওহম
উল্লেখযোগ্য মিলের MSA ফলাফলের জন্য HHM ফাইল লিখুন

-oalis
প্রতিটি পুনরাবৃত্তির পরে A3M বিন্যাসে MSA লিখুন

-অফাস
FASTA ফরম্যাটে অ্যানালগাস-এ উল্লেখযোগ্য ম্যাচের জোড়া সারিবদ্ধকরণ লিখুন
a3m এবং a2m ফরম্যাটে আউটপুট (যেমন -Oa3m)

-qhhm
শেষ পুনরাবৃত্তির ক্যোয়ারী ইনপুট HHM ফাইল লিখুন (ডিফল্ট=বন্ধ)

-সেক
সর্বোচ্চ প্রদর্শিত ক্যোয়ারী/টেমপ্লেট সিকোয়েন্সের সংখ্যা (ডিফল্ট=1)

-আলিউ
প্রান্তিককরণ তালিকায় প্রতি লাইনে কলামের সংখ্যা (ডিফল্ট=80)

-p [0,100]
সারাংশ এবং প্রান্তিককরণ তালিকায় ন্যূনতম সম্ভাবনা (ডিফল্ট=20)

-E [0, inf[
সারাংশ এবং প্রান্তিককরণ তালিকায় সর্বাধিক ই-মান (ডিফল্ট=1E+06)

-Z
সারাংশ হিট লিস্টে সর্বোচ্চ সংখ্যক লাইন (ডিফল্ট=500)

-z
সারাংশ হিট লিস্টে ন্যূনতম লাইনের সংখ্যা (ডিফল্ট=10)

-B
প্রান্তিককরণ তালিকায় সর্বাধিক সংখ্যক প্রান্তিককরণ (ডিফল্ট = 500)

-b
প্রান্তিককরণ তালিকায় সর্বনিম্ন সংখ্যার প্রান্তিককরণ (ডিফল্ট=10)

প্রিফিল্টার বিকল্প

-নোপ্রিফিল্ট
সমস্ত ফিল্টার পদক্ষেপ নিষ্ক্রিয় করুন

-নোডফিল্টার
সমস্ত ফিল্টার পদক্ষেপ অক্ষম করুন (দ্রুত প্রিফিল্টারিং ব্যতীত)

-নোডবিফিল্টার
প্রিফিল্টার করা HMM-এর অতিরিক্ত ফিল্টারিং অক্ষম করুন

-নোব্লক ফিল্টার ভিটারবিতে সম্পূর্ণ ম্যাট্রিক্স অনুসন্ধান করুন

-ম্যাক্সফিল্ট
২য় প্রিফিল্টার পাস করার জন্য সর্বাধিক হিট অনুমোদিত (ডিফল্ট=2)

MSA, ডাটাবেস MSAs, এবং ফলাফল MSA-এর জন্য ফিল্টার বিকল্পগুলি প্রয়োগ করা হয়েছে

-সব ফলাফল MSA সব ক্রম দেখান; ফলাফল MSA ফিল্টার করবেন না

-আইডি [0,100] সর্বাধিক পেয়ারওয়াইজ সিকোয়েন্স আইডেন্টিটি (def=90)

- পার্থক্য [0, inf[
অন্তত এই অনেকগুলি রেখে সর্বাধিক বৈচিত্র্যপূর্ণ সিকোয়েন্স নির্বাচন করে MSA ফিল্টার করুন
50 (def=1000) দৈর্ঘ্যের প্রতিটি MSA ব্লকে seq

-cov [0,100] মাস্টার সিকোয়েন্স সহ ন্যূনতম কভারেজ (%) (def=0)

-কিদ [0,100] মাস্টার সিকোয়েন্সের সাথে ন্যূনতম সিকোয়েন্স আইডেন্টিটি (%) (def=0)

-qsc [0,100] মাস্টার সিকোয়েন্স সহ কলাম প্রতি ন্যূনতম স্কোর (ডিফল্ট=-20.0)

-নেফ [1, inf]
একাধিক ক্রম প্রান্তিককরণের লক্ষ্য বৈচিত্র্য (ডিফল্ট=বন্ধ)

HMM-HMM শ্রেণীবিন্যাস বিকল্প:
-নরেলাইন
MAC অ্যালগরিদম (def=realign) দিয়ে প্রদর্শিত হিটগুলিকে পুনরায় সাজান না

-ম্যাক্ট [০,১
ম্যাক রি-অ্যালাইনমেন্ট (def=0.350) প্যারামিটার কন্ট্রোলের জন্য পোস্টেরিয়র প্রোবাবিলিটি থ্রেশহোল্ড
প্রান্তিককরণ লোভ: 0: বিশ্ব > 0.1: স্থানীয়

-গ্লোব/-loc
সার্চ/র্যাঙ্কিংয়ের জন্য গ্লোবাল/লোকাল অ্যালাইনমেন্ট মোড ব্যবহার করুন (def=স্থানীয়)

-realign_max
সর্বোচ্চ পুনরায় সাজান। হিট (ডিফল্ট=1000)

-alt
এই অনেকগুলি উল্লেখযোগ্য বিকল্প প্রান্তিককরণ দেখান(def=2)

-প্রিমার্জ একত্রিত করা বাকি হিটগুলিকে সারিবদ্ধ করার আগে MSA-এর জন্য হিটগুলি (def=3)

- শিফট [-১,১]
প্রোফাইল-প্রোফাইল স্কোর অফসেট (def=-0.03)

-ssm {0,...,4}
0: কোন ss স্কোরিং নেই 1,2: ss স্কোরিং পরে বা প্রান্তিককরণের সময় [ডিফল্ট=2] 3,4: ss
প্রান্তিককরণের পরে বা সময় স্কোরিং, পূর্বাভাসিত বনাম পূর্বাভাসিত

-ssw [0,1]
ss স্কোরের ওজন (def=0.11)

ফাঁক মূল্য বিকল্প:
-গপবি [0, inf[
ট্রানজিশন সিউডোকাউন্ট মিশ্রণ (def=1.00)

- gapd [0, inf[
ওপেন গ্যাপের জন্য ট্রানজিশন সিউডোকাউন্ট মিশ্রণ (ডিফল্ট=0.15)

- ফাঁক [0,1.5]
প্রসারিত ব্যবধানের জন্য ট্রানজিশন সিউডোকাউন্ট মিশ্রণ (def=1.00)

- gapf ]0, inf]
মুছে ফেলার জন্য ফাঁক ওপেন পেনাল্টি বাড়াতে/কমানোর ফ্যাক্টর (def=0.60)

- gapg ]0, inf]
সন্নিবেশের জন্য ফাঁক ওপেন পেনাল্টি বাড়াতে/কমানোর ফ্যাক্টর (def=0.60)

-গফ ]0, inf]
ব্যবধান বাড়াতে/কমানোর ফ্যাক্টর ডিলিট করার জন্য জরিমানা বাড়ায়(def=0.60)

-গাপি ]0, inf]
সন্নিবেশের জন্য জরিমানা বাড়াতে/কমানোর ফ্যাক্টর (def=0.60)

-egq [0,inf[ জরিমানা (বিট) কোয়েরির অবশিষ্টাংশের সাথে সারিবদ্ধ শেষ ফাঁকগুলির জন্য (def=0.00)

-যেমন টেমপ্লেট অবশিষ্টাংশের সাথে সারিবদ্ধ শেষ ফাঁকগুলির জন্য [0,inf[ জরিমানা (বিট) (def=0.00)

সিউডোকাউন্ট (পিসি) বিকল্প:
-পিসিএম {0,...,2}
পিসি মিশ্রনের অবস্থান নির্ভরতা 'টাউ' (পিসি মোড, ডিফল্ট = 2) 0: কোন ছদ্ম গণনা নেই:
tau = 0 1: ধ্রুবক tau = a 2: বৈচিত্র্য-নির্ভর: tau = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: কলাম i এর আশেপাশে স্থানীয় MSA-তে কার্যকর সিকিউয়ের সংখ্যা)

-পিসিএ [0,1] সামগ্রিক সিউডোকাউন্ট মিশ্রণ (def=1.0)

-পিসিবি [1,inf[ এর জন্য Neff থ্রেশহোল্ড মান -পিসিএম 2 (def=1.5)

-পিসিসি [0,3] বিলুপ্তির সূচক গ এর জন্য -পিসিএম 2 (def=1.0)

-প্রি_পিসিএ [0,1]
প্রিফিল্টার সিউডোকাউন্ট মিশ্রণ (def=0.8)

-প্রি_পিসিবি [1,inf[ নেফের জন্য প্রিফিল্টার থ্রেশহোল্ড (def=1.8)

প্রসঙ্গ-নির্দিষ্ট ছদ্ম-গণনা:
-nocontxt
প্রসঙ্গ-নির্দিষ্ট সিউডোকাউন্টের পরিবর্তে প্রতিস্থাপন-ম্যাট্রিক্স ব্যবহার করুন

-contxt প্রসঙ্গ-নির্দিষ্ট pseudocounts গণনার জন্য প্রসঙ্গ ফাইল
(default=./data/context_data.lib)

-cslib
দ্রুত ডাটাবেস প্রিফিল্টারিংয়ের জন্য কলাম স্টেট ফাইল (default=./data/cs219.lib)

সেকেন্ডারি গঠন ভবিষ্যদ্বাণী

- যোগ করে MSA ফলাফলের জন্য PSIPRED এর সাথে ভবিষ্যদ্বাণী করা দ্বিতীয় কাঠামো যোগ করুন

- psired PSIPRED এক্সিকিউটেবল সহ ডিরেক্টরি (ডিফল্ট=)

-psipred_data
PSIPRED ডেটা সহ ডিরেক্টরি (ডিফল্ট=)

অন্যান্য বিকল্প:
-v
ভার্বোজ মোড: 0:কোনও স্ক্রীন আউটপুট নেই 1:শুধুমাত্র ওয়ারিংস 2: ভার্বোস (def=2)

- নেফম্যাক্স ]1,20] আরও অনুসন্ধানের পুনরাবৃত্তি এড়িয়ে যান যখন ডাইভারসিটি নেফ অফ কোয়েরি MSA

নেফম্যাক্সের চেয়ে বড় হয়ে যায় (ডিফল্ট=10.0)

-সিপিইউ
ব্যবহার করার জন্য CPU এর সংখ্যা (শেয়ার করা মেমরি এসএমপিগুলির জন্য) (ডিফল্ট = 2)

-স্কোর ফাইলে সব জোড়ার তুলনার জন্য স্কোর লিখুন

-একটি ট্যাব ফাইলে ট্যাবুলার লেআউটে সমস্ত প্রান্তিককরণ লিখুন

-maxres
HMM কলামের সর্বাধিক সংখ্যা (def=15002)

-ম্যাক্সমেম [1,inf[ GB তে সর্বাধিক উপলব্ধ মেমরি (def=3.0)

উদাহরণ

hhblits -i query.fas -o query.hhr -d ./uniprot20

hhblits -i query.fas -o query.hhr -oa3m query.a3m -n 1 -d ./uniprot20

থেকে ডাটাবেস ডাউনলোড করুনftp://toolkit.genzentrum.lmu.de/pub/HH-suite/databases/>.

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে hhblits ব্যবহার করুন