hhmake - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

hhmake - একটি ইনপুট প্রান্তিককরণ থেকে একটি HMM তৈরি করুন বা HMMER বিন্যাস এবং HHsearch এর মধ্যে রূপান্তর করুন
বিন্যাস

সাইনোপিসিস

hhmake -i ফাইল [অপশন]

বর্ণনাঃ

HHmake সংস্করণ 2.0.16 (জানুয়ারি 2013) A2M, A3M, বা একটি ইনপুট প্রান্তিককরণ থেকে একটি HMM তৈরি করুন
FASTA বিন্যাস, অথবা HMMER বিন্যাস (.hmm) এবং HHsearch বিন্যাস (.hhm) এর মধ্যে রূপান্তর করুন। রিমার্ট
M, Biegert A, Hauser A, এবং Soding J. HHblits: বিদ্যুত-দ্রুত পুনরাবৃত্তিমূলক প্রোটিন ক্রম
HMM-HMM প্রান্তিককরণ দ্বারা অনুসন্ধান করা হচ্ছে৷ নাট। পদ্ধতি 9:173-175 (2011)। (গ) জোহানেস সোডিং,
মাইকেল রেমার্ট, আন্দ্রেয়াস বিগার্ট, আন্দ্রেয়াস হাউসার

-i
ক্যোয়ারী অ্যালাইনমেন্ট (A2M, A3M, বা FASTA), অথবা কোয়েরি HMM

আউটপুট বিকল্প:
-o
HMM ফাইল লিখতে হবে (default= )

-a
HMM ফাইল সংযুক্ত করতে হবে

-v
ভার্বোজ মোড: 0:কোনও স্ক্রীন আউটপুট নেই 1:শুধুমাত্র ওয়ারিংস 2: ভার্বোস

-সেক
সর্বোচ্চ ক্যোয়ারী/টেমপ্লেট সিকোয়েন্সের সংখ্যা প্রদর্শিত (def=10) ওভারফ্লো থেকে সাবধান! সব
এই ক্রমগুলি মেমরিতে সংরক্ষণ করা হয়।

-অপরাধ ক্যোয়ারী MSA এর সম্মতি ক্রম মাস্টার ক্রম করুন

-আম
HMM এর জন্য এই নামটি ব্যবহার করুন (ডিফল্ট: প্রথম ক্রমটির নাম ব্যবহার করুন)

ফিল্টার ক্যোয়ারী একাধিক ক্রম প্রান্তিককরণ

-আইডি [0,100] সর্বাধিক পেয়ারওয়াইজ সিকোয়েন্স আইডেন্টিটি (%) (def=90)

- পার্থক্য [0, inf[
অন্তত এই অনেকগুলি রেখে সর্বাধিক বৈচিত্র্যপূর্ণ সিকোয়েন্স নির্বাচন করে MSA ফিল্টার করুন
50 (def=100) দৈর্ঘ্যের প্রতিটি MSA ব্লকে seq

-cov [0,100] ক্যোয়ারী সহ সর্বনিম্ন কভারেজ (%) (def=0)

-কিদ [0,100] ক্যোয়ারী সহ ন্যূনতম সিকোয়েন্স আইডেন্টিটি (%) (def=0)

-qsc [0,100] কোয়েরি সহ কলাম প্রতি সর্বনিম্ন স্কোর (def=-20.0)

-নেফ [1, inf]
প্রান্তিককরণের লক্ষ্য বৈচিত্র্য (ডিফল্ট=বন্ধ)

ইনপুট শ্রেণীবিন্যাস বিন্যাস:
-M a2m ব্যবহার করুন A2M/A3M (ডিফল্ট): বড় হাতের অক্ষর = ম্যাচ; Lower case = সন্নিবেশ; '-' = মুছুন; '।' =
সন্নিবেশের সাথে সারিবদ্ধ ফাঁক (বাদ দেওয়া হতে পারে)

-M প্রথম
FASTA ব্যবহার করুন: 1ম অনুক্রমের অবশিষ্টাংশ সহ কলামগুলি হল ম্যাচ স্টেট

-M [0,100]
FASTA ব্যবহার করুন: X% এর কম ফাঁক সহ কলামগুলি হল ম্যাচ স্টেট

সিউডোকাউন্ট (পিসি) বিকল্প:
-পিসিএম পিসি সংমিশ্রণ 'টাউ' এর 0-2 অবস্থান নির্ভরতা (পিসি মোড, ডিফল্ট = 0)

0: কোন ছদ্ম গণনা নেই:
tau = 0

1: ধ্রুবক
tau = a

2: বৈচিত্র-নির্ভর: টাউ = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: সংখ্যা
কলামের চারপাশে স্থানীয় এমএসএ-তে কার্যকর সিকস i) 3: ধ্রুবক বৈচিত্র্য সিউডোকাউন্টস

-পিসিএ [0,1] সামগ্রিক সিউডোকাউন্ট মিশ্রণ (def=1.0)

-পিসিবি [1,inf[ এর জন্য Neff থ্রেশহোল্ড মান -পিসিএম 2 (def=1.5)

-পিসিসি [0,3] বিলুপ্তির সূচক গ এর জন্য -পিসিএম 2 (def=1.0)

-প্রি_পিসিএ [0,1]
প্রিফিল্টার সিউডোকাউন্ট মিশ্রণ (def=0.8)

-প্রি_পিসিবি [1,inf[ নেফের জন্য প্রিফিল্টার থ্রেশহোল্ড (def=1.8)

প্রসঙ্গ-নির্দিষ্ট ছদ্ম-গণনা:
-nocontxt
প্রসঙ্গ-নির্দিষ্ট সিউডোকাউন্টের পরিবর্তে প্রতিস্থাপন-ম্যাট্রিক্স ব্যবহার করুন

-contxt প্রসঙ্গ-নির্দিষ্ট pseudocounts গণনার জন্য প্রসঙ্গ ফাইল
(default=./data/context_data.lib)

-cslib
দ্রুত ডাটাবেস প্রিফিল্টারিংয়ের জন্য কলাম স্টেট ফাইল (default=./data/cs219.lib)

উদাহরণ: hhmake -i test.a3m

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে hhmake অনলাইন ব্যবহার করুন