idba - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

idba_hybrid - হাইব্রিড সিকোয়েন্সিং ডেটার জন্য পুনরাবৃত্তিমূলক ডি ব্রুইজন গ্রাফ অ্যাসেম্বলার

সাইনোপিসিস

idba_hybrid -r read.fa -o output_dir [-- রেফারেন্স ref.fa]

বর্ণনাঃ

IDBA-Tran হল ট্রান্সক্রিপ্টোমের জন্য একটি পুনরাবৃত্তিমূলক ডি ব্রুইজন গ্রাফ ডি নভো শর্ট রিড অ্যাসেম্বলার।
এটি শুধুমাত্র আরএনএ সিকোয়েন্সিং রিডের উপর ভিত্তি করে সম্পূর্ণরূপে ডি নভো অ্যাসেম্বলার। IDBA-Tran স্থানীয় ব্যবহার করে
কম-প্রকাশিত ট্রান্সক্রিপ্টগুলিতে অনুপস্থিত কে-মার্স পুনর্গঠনের জন্য সমাবেশ এবং তারপর নিয়োগ করা হয়
গ্রাফটিকে কম্পোনেন্টে আলাদা করার জন্য কন্টিগসের উপর প্রগতিশীল কাটঅফ। প্রতিটি উপাদান
বেশিরভাগ ক্ষেত্রে একটি জিনের সাথে মিলে যায় এবং এতে অনেক প্রতিলিপি থাকে না। হিউরিস্টিক
পেয়ার-এন্ড রিডের উপর ভিত্তি করে অ্যালগরিদম তারপর আইসোফর্মগুলি খুঁজে বের করতে ব্যবহৃত হয়।

বিকল্প

-o, --আউট arg (=আউট)
আউটপুট ডিরেক্টরি

-r, --পড়ুন ARG
ফাস্টা রিড ফাইল (<=128)

--পড়া_স্তর_2 ARG
পেয়ারড-এন্ড দ্বিতীয় স্তরের স্ক্যাফোল্ডের জন্য ফাস্টা রিড করে

--পড়া_স্তর_3 ARG
তৃতীয় স্তরের স্ক্যাফোল্ডের জন্য পেয়ারড-এন্ড রিড ফাস্টা

--পড়া_স্তর_4 ARG
পেয়ারড-এন্ড চতুর্থ স্তরের স্ক্যাফোল্ডের জন্য ফাস্তা পড়ে

--পড়া_স্তর_5 ARG
পেয়ারড-এন্ড পঞ্চম স্তরের স্ক্যাফোল্ডের জন্য ফাস্তা পড়ে

-l, --দীর্ঘদিন পড়ুন ARG
ফাস্টা লং রিড ফাইল (>128)

-- রেফারেন্স ARG
রেফারেন্স জিনোম

--মিঙ্ক arg (=20)
সর্বনিম্ন k মান (<=124)

--ম্যাক্স arg (=100)
সর্বোচ্চ k মান (<=124)

--পদক্ষেপ arg (=20)
প্রতিটি পুনরাবৃত্তির k-mer এর বৃদ্ধি

--অভ্যন্তরীণ_মিঙ্ক arg (=10)
ভিতরের সর্বনিম্ন k মান

--অভ্যন্তরীণ_পদক্ষেপ arg (=5)
k-mer এর ভিতরের বৃদ্ধি

-- উপসর্গ arg (=3)
সাব কে-মের টেবিল তৈরি করতে ব্যবহৃত উপসর্গের দৈর্ঘ্য

--মিনিট_গণনা arg (=2)
গ্রাফ তৈরি করার সময় k-mer ফিল্টার করার জন্য ন্যূনতম বহুগুণ

--মিন_সমর্থন arg (=1)
প্রতিটি পুনরাবৃত্তিতে সর্বনিম্ন সমর্থন

--সংখ্যা_থ্রেড arg (=0)
থ্রেড সংখ্যা

--বীজ_কিমি arg (=30)
প্রান্তিককরণের জন্য বীজ kmer আকার

--min_contig arg (=200)
contig ন্যূনতম আকার

--মিন_অঞ্চল arg (=500)
রেফারেন্স জিনোমে অঞ্চলের ন্যূনতম আকার

--অনুরূপ arg (=0.95)
প্রান্তিককরণের জন্য সাদৃশ্য

-- সর্বোচ্চ_অমিল arg (=3)
ত্রুটি সংশোধনের সর্বাধিক অমিল

--মিন_জোড়া arg (=3)
জোড়ার সর্বনিম্ন সংখ্যা

--সর্বোচ্চ_ব্যবধান arg (=50)
রেফারেন্সে সর্বোচ্চ ফাঁক

--নো_স্থানীয়
স্থানীয় সমাবেশ ব্যবহার করবেন না

--নো_কভারেজ
কভারেজ পুনরাবৃত্তি করবেন না

--না_সঠিক
সংশোধন করবেন না

--পূর্ব_সংশোধন
সমাবেশের আগে প্রাক-সংশোধন সঞ্চালন

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে idba ব্যবহার করুন