jackhmmer - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

jackhmmer - একটি প্রোটিন ডাটাবেসের বিরুদ্ধে পুনরাবৃত্তিমূলকভাবে অনুক্রম(গুলি) অনুসন্ধান করুন

সাইনোপিসিস

jackhmmer [বিকল্প]

বর্ণনাঃ

jackhmmer পুনরাবৃত্তভাবে প্রতিটি প্রশ্নের ক্রম অনুসন্ধান করে লক্ষ্যের বিরুদ্ধে
অনুক্রম(গুলি) ইন . প্রথম পুনরাবৃত্তি একটি অনুরূপ phmmer অনুসন্ধান জন্য
পরবর্তী পুনরাবৃত্তি, সমস্ত টার্গেট সিকোয়েন্স সহ কোয়েরির একাধিক প্রান্তিককরণ
সন্তোষজনক অন্তর্ভুক্তি প্রান্তিক মান একত্রিত হয়, এই প্রান্তিককরণ থেকে একটি প্রোফাইল তৈরি করা হয়
(ব্যবহারের অনুরূপ hmmbuild প্রান্তিককরণের উপর), এবং প্রোফাইল অনুসন্ধান সমাপ্ত
(একটির মতো হুম অনুসন্ধান প্রোফাইল সহ)।

প্রশ্ন '-' (একটি ড্যাশ অক্ষর) হতে পারে, যে ক্ষেত্রে ক্যোয়ারী সিকোয়েন্স হয়
একটি থেকে পড়া একটি ফাইলের পরিবর্তে পাইপ। দ্য ক থেকে পড়া যাবে না
প্রবাহ, কারণ jackhmmer ডাটাবেসের উপর একাধিক পাস করতে হবে।

আউটপুট বিন্যাসটি মানুষের-পাঠযোগ্য হওয়ার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে, তবে প্রায়শই এটি এত বড় হয় যে
এটি পড়া অবাস্তব, এবং এটি পার্স করা একটি বেদনাদায়ক। দ্য --tblout এবং --ডমটব্লাউট অপশন
সহজ সারণী বিন্যাসে আউটপুট সংরক্ষণ করুন যা সংক্ষিপ্ত এবং পার্স করা সহজ। দ্য -o পছন্দ
মূল আউটপুটকে পুনঃনির্দেশিত করার অনুমতি দেয়, এটিকে /dev/null এ ফেলে দেওয়া সহ।

বিকল্প

-h সাহায্য; কমান্ড লাইন ব্যবহার এবং সমস্ত উপলব্ধ বিকল্পগুলির একটি সংক্ষিপ্ত অনুস্মারক মুদ্রণ করুন।

-N পুনরাবৃত্তির সর্বাধিক সংখ্যা সেট করুন . ডিফল্ট হল 5। যদি N=1, ফলাফল
a এর সমতুল্য phmmer অনুসন্ধান করুন।

বিকল্প কন্ট্রোলিং আউটপুট

ডিফল্টরূপে, প্রতিটি পুনরাবৃত্তির জন্য আউটপুট stdout-এ কিছুটা মানব পাঠযোগ্যভাবে প্রদর্শিত হয়,
কিছুটা পার্সযোগ্য বিন্যাস। এই বিকল্পগুলি সেই আউটপুটটি পুনঃনির্দেশ বা সংরক্ষণের অনুমতি দেয়
প্রতিটি পুনরাবৃত্তির জন্য চেকপয়েন্ট ফাইল সহ ফাইলগুলিতে অতিরিক্ত ধরণের আউটপুট।

-o মানব-পাঠযোগ্য আউটপুটকে একটি ফাইলে নির্দেশ করুন .

-A চূড়ান্ত পুনরাবৃত্তির পরে, সমস্ত হিটের একটি টীকাযুক্ত একাধিক প্রান্তিককরণ সংরক্ষণ করুন
সন্তোষজনক অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড (এছাড়াও মূল প্রশ্ন সহ) in
স্টকহোম বিন্যাস।

--tblout
চূড়ান্ত পুনরাবৃত্তির পরে, শীর্ষ ক্রম হিটগুলির একটি সারণী সারাংশ সংরক্ষণ করুন একটি
সহজেই পার্সযোগ্য, কলামার, হোয়াইটস্পেস-ডিলিমিটেড ফরম্যাট।

--ডমটব্লাউট
চূড়ান্ত পুনরাবৃত্তির পরে, শীর্ষ ডোমেন হিটগুলির একটি সারণী সারাংশ সংরক্ষণ করুন৷ একটি
সহজেই পার্সযোগ্য, কলামার, হোয়াইটস্পেস-ডিলিমিটেড ফরম্যাট।

--chkhmm
প্রতিটি পুনরাবৃত্তির শুরুতে, HMM ক্যোয়ারী চেকপয়েন্ট করুন, এটি নামের একটি ফাইলে সংরক্ষণ করুন
- হুম কোথায় পুনরাবৃত্তি সংখ্যা (1..N থেকে)।

--চকালি
প্রতিটি পুনরাবৃত্তির শেষে, সন্তোষজনক সমস্ত ডোমেনের একটি প্রান্তিককরণ চেকপয়েন্ট করুন
অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড (যেমন পরবর্তী পুনরাবৃত্তির জন্য HMM কোয়েরি কী হবে),
নামের একটি ফাইলে সংরক্ষণ করা হচ্ছে <চেকপয়েন্ট ফাইল উপসর্গ>- .sto স্টকহোম ফরম্যাটে,
কোথায় পুনরাবৃত্তি সংখ্যা (1..N থেকে)।

--এসিসি প্রধান আউটপুটে নামের পরিবর্তে অ্যাক্সেসগুলি ব্যবহার করুন, যেখানে প্রোফাইলগুলির জন্য উপলব্ধ
এবং/অথবা ক্রম।

--নোয়ালি
প্রধান আউটপুট থেকে প্রান্তিককরণ বিভাগটি বাদ দিন। এটি ব্যাপকভাবে আউটপুট কমাতে পারে
ভলিউম।

--notextw
মূল আউটপুটে প্রতিটি লাইনের দৈর্ঘ্য সীমাহীন করুন। ডিফল্ট 120 এর সীমা
প্রতি লাইনে অক্ষর, যা টার্মিনালগুলিতে পরিষ্কারভাবে আউটপুট প্রদর্শন করতে সাহায্য করে এবং
এডিটরগুলিতে, কিন্তু টার্গেট প্রোফাইল বর্ণনা লাইন ছেঁটে ফেলতে পারে।

--textw
প্রধান আউটপুট এর লাইন দৈর্ঘ্য সীমা সেট করুন প্রতি লাইনে অক্ষর। ডিফল্ট হয়
120.

বিকল্প কন্ট্রোলিং একক ক্রম স্কোরিং (প্রথম পুনরাবৃত্তি)

ডিফল্টরূপে, প্রথম পুনরাবৃত্তি একটি একক প্রশ্ন থেকে নির্মিত একটি অনুসন্ধান মডেল ব্যবহার করে
ক্রম. এই মডেলটি অবশিষ্টাংশের জন্য একটি স্ট্যান্ডার্ড 20x20 প্রতিস্থাপন ম্যাট্রিক্স ব্যবহার করে নির্মিত হয়েছে
সম্ভাব্যতা, এবং অবস্থান-স্বাধীন ফাঁক খোলা এবং ফাঁকের জন্য দুটি অতিরিক্ত পরামিতি
সম্ভাবনা প্রসারিত। এই বিকল্পগুলি ডিফল্ট একক-সিকোয়েন্স স্কোরিং পরামিতিগুলিকে অনুমতি দেয়
পরিবর্তন করতে.

--পোপেন
একটি একক সিকোয়েন্স কোয়েরি মডেলের জন্য ফাঁক খোলা সম্ভাবনা সেট করুন । ডিফল্ট
0.02 হয় হতে হবে >= 0 এবং <0.5।

--প্রসারিত করা
একটি একক সিকোয়েন্স ক্যোয়ারী মডেলের জন্য ফাঁক প্রসারিত সম্ভাবনা সেট করুন . দ্য
ডিফল্ট 0.4। হতে হবে >= 0 এবং <1.0।

--mx
নামের অন্তর্নির্মিত প্রতিস্থাপন ম্যাট্রিক্স থেকে অবশিষ্টাংশ প্রান্তিককরণ সম্ভাব্যতা প্রাপ্ত করুন
. বেশ কিছু স্ট্যান্ডার্ড ম্যাট্রিক্স অন্তর্নির্মিত, এবং থেকে পড়ার প্রয়োজন নেই
নথি পত্র. ম্যাট্রিক্সের নাম PAM30, PAM70, PAM120, PAM240, BLOSUM45 হতে পারে,
BLOSUM50, BLOSUM62, BLOSUM80, বা BLOSUM90। শুধুমাত্র একটি --mx এবং --mxfile
বিকল্প ব্যবহার করা যেতে পারে।

--mxfile
ফাইলে প্রতিস্থাপন ম্যাট্রিক্স থেকে অবশিষ্টাংশ প্রান্তিককরণের সম্ভাব্যতা পান
. ডিফল্ট স্কোর ম্যাট্রিক্স হল BLOSUM62 (এই ম্যাট্রিক্সটি HMMER-এর অভ্যন্তরীণ
এবং একটি ফাইল হিসাবে উপলব্ধ হতে হবে না)। একটি প্রতিস্থাপন ম্যাট্রিক্সের বিন্যাস
BLAST, FASTA, এবং অন্যান্য ক্রম দ্বারা গৃহীত আদর্শ বিন্যাস
বিশ্লেষণ সফ্টওয়্যার।

বিকল্প কন্ট্রোলিং প্রতিবেদনের তিনটি

রিপোর্টিং থ্রেশহোল্ড নিয়ন্ত্রণ করে কোন হিটগুলি আউটপুট ফাইলগুলিতে রিপোর্ট করা হয় (প্রধান আউটপুট,
--tblout, এবং --ডমটব্লাউট) প্রতিটি পুনরাবৃত্তিতে, সিকোয়েন্স হিট এবং ডোমেন হিট র্যাঙ্ক করা হয়
পরিসংখ্যানগত তাত্পর্য দ্বারা (ই-মান) এবং আউটপুট দুটি বিভাগে উত্পন্ন হয় যাকে বলা হয়-
লক্ষ্য এবং প্রতি-ডোমেন আউটপুট। প্রতি-টার্গেট আউটপুটে, ডিফল্টরূপে, সমস্ত সিকোয়েন্স একটি দিয়ে আঘাত করে
ই-মান <= 10 রিপোর্ট করা হয়. প্রতি-ডোমেন আউটপুটে, প্রতিটি লক্ষ্যের জন্য যা পার হয়েছে-
টার্গেট রিপোর্টিং থ্রেশহোল্ড, সমস্ত ডোমেন প্রতি-ডোমেন রিপোর্টিং থ্রেশহোল্ডগুলিকে সন্তুষ্ট করে
রিপোর্ট ডিফল্টরূপে, এগুলি হল <= 10 এর শর্তসাপেক্ষ ই-মান সহ ডোমেন। নিম্নলিখিত
বিকল্পগুলি আপনাকে ডিফল্ট ই-মান রিপোর্টিং থ্রেশহোল্ড পরিবর্তন করতে বা বিট স্কোর ব্যবহার করতে দেয়
পরিবর্তে থ্রেশহোল্ড

-E ই-মান <= সহ ক্রম প্রতিবেদন করুন প্রতি-ক্রম আউটপুটে। ডিফল্ট হল 10.0।

-T একটি ই-মান থ্রেশহোল্ডের পরিবর্তে প্রতি-ক্রম আউটপুটের জন্য একটি বিট স্কোর থ্রেশহোল্ড ব্যবহার করুন
(যেকোনো সেটিং -E উপেক্ষা করা হয়)। >= এর বিট স্কোর সহ সিকোয়েন্স রিপোর্ট করুন । দ্বারা
ডিফল্ট এই বিকল্পটি আনসেট করা আছে।

-Z ডাটাবেসের মোট আকার ঘোষণা করুন ক্রম, ই-মানের উদ্দেশ্যে
গণনা সাধারণত ই-মানগুলি ডাটাবেসের আকারের সাপেক্ষে গণনা করা হয়
আপনি আসলে অনুসন্ধান করেছেন (যেমন অনুক্রমের সংখ্যা target_seqdb) কিছু
ক্ষেত্রে (উদাহরণস্বরূপ, আপনি যদি আপনার টার্গেট সিকোয়েন্স ডাটাবেসকে একাধিক ভাগে বিভক্ত করেন
আপনার অনুসন্ধানের সমান্তরালকরণের জন্য ফাইল), প্রকৃত আকার কী তা আপনি ভাল জানেন
আপনার অনুসন্ধান স্থান হল.

--গম্বুজ
শর্তসাপেক্ষ ই-মান <= সহ ডোমেন রিপোর্ট করুন প্রতি-ডোমেন আউটপুটে, উপরন্তু
প্রতি উল্লেখযোগ্য সিকোয়েন্স হিট সর্বোচ্চ স্কোরিং ডোমেনে। ডিফল্ট হল 10.0।

--domT
একটি ই-মান থ্রেশহোল্ডের পরিবর্তে প্রতি-ডোমেন আউটপুটের জন্য একটি বিট স্কোর থ্রেশহোল্ড ব্যবহার করুন
(যেকোনো সেটিং --domT উপেক্ষা করা হয়)। বিট স্কোর >= সহ ডোমেন রিপোর্ট করুন in
প্রতি-ডোমেন আউটপুট, উল্লেখযোগ্য ক্রম প্রতি শীর্ষ-স্কোরিং ডোমেন ছাড়াও
আঘাত ডিফল্টরূপে এই বিকল্পটি আনসেট করা আছে।

--domZ
তাৎপর্যপূর্ণ অনুক্রমের সংখ্যা ঘোষণা কর ক্রম, উদ্দেশ্যে
অতিরিক্ত ডোমেনের তাৎপর্যের জন্য শর্তসাপেক্ষ ই-মান গণনা। সাধারনত
শর্তসাপেক্ষ ই-মান গণনা করা হয় ক্রমিক পাসিং সংখ্যার সাপেক্ষে
প্রতি-ক্রম রিপোর্টিং থ্রেশহোল্ড।

বিকল্প কন্ট্রোলিং অন্তর্ভুক্ত তিনটি

অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড নিয়ন্ত্রণ করে কোন হিটগুলি একাধিক প্রান্তিককরণ এবং প্রোফাইলে অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে
পরবর্তী অনুসন্ধান পুনরাবৃত্তির জন্য নির্মিত। ডিফল্টরূপে, একটি ক্রম অবশ্যই একটি প্রতি-
<= 0.001 এর ক্রম ই-মান (দেখুন -E বিকল্প) অন্তর্ভুক্ত করা হবে, এবং কোনো অতিরিক্ত ডোমেইন
সর্বোচ্চ স্কোর করার পাশাপাশি এটির অবশ্যই <= 0.001 এর শর্তসাপেক্ষ ই-মান থাকতে হবে (দেখুন --গম্বুজ
বিকল্প)। রিপোর্টিং থ্রেশহোল্ড এবং অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ডের মধ্যে পার্থক্য হল
অন্তর্ভুক্তি থ্রেশহোল্ড নিয়ন্ত্রণ করে কোন হিটগুলি আসলে পরবর্তী পুনরাবৃত্তিতে ব্যবহৃত হয় (বা
চূড়ান্ত আউটপুট একাধিক প্রান্তিককরণ যদি -A বিকল্প ব্যবহার করা হয়), যেখানে রিপোর্টিং থ্রেশহোল্ড
আপনি আউটপুটে যা দেখছেন তা নিয়ন্ত্রণ করুন। রিপোর্টিং থ্রেশহোল্ডগুলি সাধারণত আরও আলগা হয় তাই আপনি করতে পারেন
শোরগোলের শীর্ষে বর্ডারলাইন হিটগুলি দেখুন যা আগ্রহের হতে পারে।

--incE
ই-মান <= সহ ক্রম অন্তর্ভুক্ত করুন পরবর্তী পুনরাবৃত্তি বা চূড়ান্ত প্রান্তিককরণে
দ্বারা আউটপুট -A. ডিফল্ট 0.001.

--incT
একটি ই-মানের পরিবর্তে প্রতি-ক্রম অন্তর্ভুক্তির জন্য একটি বিট স্কোর থ্রেশহোল্ড ব্যবহার করুন
থ্রেশহোল্ড (যেকোনো সেটিং --incE উপেক্ষা করা হয়)। এর বিট স্কোর সহ ক্রম অন্তর্ভুক্ত করুন
>= . ডিফল্টরূপে এই বিকল্পটি আনসেট করা আছে।

--incdomE
শর্তসাপেক্ষ ই-মান <= সহ ডোমেন অন্তর্ভুক্ত করুন পরবর্তী পুনরাবৃত্তি বা চূড়ান্ত মধ্যে
দ্বারা প্রান্তিককরণ আউটপুট -A, উল্লেখযোগ্য প্রতি শীর্ষ-স্কোরিং ডোমেন ছাড়াও
সিকোয়েন্স হিট। ডিফল্ট হল 0.001।

--incdomT
একটি ই-মান থ্রেশহোল্ডের পরিবর্তে প্রতি-ডোমেন অন্তর্ভুক্তির জন্য একটি বিট স্কোর থ্রেশহোল্ড ব্যবহার করুন
(যেকোনো সেটিং --incT উপেক্ষা করা হয়)। বিট স্কোর >= সহ ডোমেন অন্তর্ভুক্ত করুন । দ্বারা
ডিফল্ট এই বিকল্পটি আনসেট করা আছে।

বিকল্প কন্ট্রোলিং ত্বরণ হিউরিস্টিকস

HMMER3 অনুসন্ধানগুলি একটি তিন-পদক্ষেপ ফিল্টার পাইপলাইনে ত্বরান্বিত হয়: MSV ফিল্টার,
ভিটারবি ফিল্টার এবং ফরোয়ার্ড ফিল্টার। প্রথম ফিল্টারটি দ্রুততম এবং সর্বাধিক
আনুমানিক; শেষটি সম্পূর্ণ ফরোয়ার্ড স্কোরিং অ্যালগরিদম, সবচেয়ে ধীর কিন্তু সবচেয়ে সঠিক।
MSV এবং Viterbi-এর মধ্যে একটি পক্ষপাত ফিল্টার ধাপও রয়েছে। লক্ষ্য যে সমস্ত ধাপ পাস
ত্বরণ পাইপলাইনে তারপর পোস্টপ্রসেসিং - ডোমেন সনাক্তকরণের বিষয়
এবং ফরোয়ার্ড/ব্যাকওয়ার্ড অ্যালগরিদম ব্যবহার করে স্কোর করা।

মূলত HMMER-এর হিউরিস্টিক ফিল্টার নিয়ন্ত্রণ করে এমন একমাত্র বিনামূল্যের প্যারামিটার হল P-
মান থ্রেশহোল্ডগুলি পাস করে এমন ননহোমোলোগাস সিকোয়েন্সের প্রত্যাশিত ভগ্নাংশ নিয়ন্ত্রণ করে
ফিল্টার উচ্চতর ডিফল্ট থ্রেশহোল্ড সেট করা একটি উচ্চ অনুপাত পাস হবে
nonhomologous ক্রম, গতির খরচে সংবেদনশীলতা বৃদ্ধি; বিপরীতভাবে,
কম পি-মান থ্রেশহোল্ড সেট করা একটি ছোট অনুপাত পাস করবে, সংবেদনশীলতা হ্রাস করবে
এবং গতি বৃদ্ধি। একটি ফিল্টারের P-মান থ্রেশহোল্ড 1.0 এ সেট করা মানে এটি পাস হবে
সমস্ত ক্রম, এবং কার্যকরভাবে ফিল্টার নিষ্ক্রিয় করে।

ফিল্টার থ্রেশহোল্ড পরিবর্তন করা শুধুমাত্র বিবেচনা থেকে লক্ষ্যগুলি সরিয়ে দেয় বা অন্তর্ভুক্ত করে; পরিবর্তন
ফিল্টার থ্রেশহোল্ডগুলি বিট স্কোর, ই-মান, বা প্রান্তিককরণগুলিকে পরিবর্তন করে না, যার সবগুলিই
শুধুমাত্র পোস্টপ্রসেসিং এ নির্ধারিত।

-- সর্বোচ্চ সর্বাধিক সংবেদনশীলতা। বায়াস ফিল্টার সহ সমস্ত ফিল্টার বন্ধ করুন এবং সম্পূর্ণভাবে চালান
প্রতিটি লক্ষ্যে ফরোয়ার্ড/ব্যাকওয়ার্ড পোস্টপ্রসেসিং। এটি সংবেদনশীলতা বাড়ায়
সামান্য, গতিতে একটি বড় খরচে।

--F1
প্রথম ফিল্টার থ্রেশহোল্ড; MSV ফিল্টার ধাপের জন্য P-মান থ্রেশহোল্ড সেট করুন। দ্য
ডিফল্ট হল 0.02, যার মানে সর্বোচ্চ স্কোরিং ননহোমোলোগাসের প্রায় 2%
লক্ষ্য ফিল্টার পাস প্রত্যাশিত.

--F2
দ্বিতীয় ফিল্টার থ্রেশহোল্ড; ভিটারবি ফিল্টার ধাপের জন্য P-মান থ্রেশহোল্ড সেট করুন।
ডিফল্ট 0.001।

--F3
তৃতীয় ফিল্টার থ্রেশহোল্ড; ফরোয়ার্ড ফিল্টার ধাপের জন্য P-মান থ্রেশহোল্ড সেট করুন। দ্য
ডিফল্ট হল 1e-5।

--নোবিয়াস
বায়াস ফিল্টার বন্ধ করুন। এটি কিছুটা সংবেদনশীলতা বাড়ায়, তবে এ আসতে পারে
গতিতে উচ্চ খরচ, বিশেষ করে যদি ক্যোয়ারীতে পক্ষপাতমূলক অবশিষ্টাংশের গঠন থাকে (যেমন
একটি পুনরাবৃত্ত ক্রম অঞ্চল, অথবা যদি এটি একটি ঝিল্লি প্রোটিন হয় যার বড় অঞ্চল রয়েছে
হাইড্রোফোবিসিটি)। বায়াস ফিল্টার ছাড়া, অনেকগুলো সিকোয়েন্স ফিল্টারটি পাস করতে পারে
পক্ষপাতদুষ্ট প্রশ্নগুলির সাথে, যা প্রত্যাশিত কর্মক্ষমতার চেয়ে ধীর হয়ে যায়
গণনামূলকভাবে নিবিড় ফরোয়ার্ড/ব্যাকওয়ার্ড অ্যালগরিদম একটি অস্বাভাবিকভাবে ভারী
ভার.

বিকল্প কন্ট্রোলিং নথিপত্র নির্মাণ (পরে পুনরাবৃত্তি)

এই বিকল্পগুলি নিয়ন্ত্রণ করে কিভাবে ঐক্যমত্য কলাম একাধিক প্রান্তিককরণে সংজ্ঞায়িত করা হয় যখন
বিল্ডিং প্রোফাইল। গতানুগতিক, jackhmmer সর্বদা আপনার মূল ক্যোয়ারী ক্রম অন্তর্ভুক্ত করে
প্রতিটি পুনরাবৃত্তিতে প্রান্তিককরণ ফলাফল, এবং ঐকমত্য অবস্থানগুলি সেই প্রশ্নের দ্বারা সংজ্ঞায়িত করা হয়
ক্রম: অর্থাৎ, একটি ডিফল্ট jackhmmer প্রোফাইল সবসময় আপনার আসল হিসাবে একই দৈর্ঘ্য
প্রশ্ন, প্রতিটি পুনরাবৃত্তি এ.

--দ্রুত ঐকমত্য কলামগুলিকে সংজ্ঞায়িত করুন যেগুলির একটি ভগ্নাংশ আছে >=৷ symfrac হিসাবে অবশিষ্টাংশ
ফাঁকের বিরোধী। (এর জন্য নীচে দেখুন --সিমফ্রাক বিকল্প।) যদিও এটি ডিফল্ট
প্রোফাইল নির্মাণ বিকল্প অন্যত্র (এ hmmbuild, বিশেষ করে), এটা থাকতে পারে
মধ্যে অবাঞ্ছিত প্রভাব jackhmmer, কারণ একটি প্রোফাইল পুনরাবৃত্তিমূলকভাবে প্রবেশ করতে পারে
আপনার মূল ক্যোয়ারী থেকে সিকোয়েন্স স্পেস দূরে রাখুন, কিছু বা কোন একমত কলাম রেখে
এর অবশিষ্টাংশের সাথে সম্পর্কিত।

--হাত একাধিক রেফারেন্স টীকা ব্যবহার করে পরবর্তী প্রোফাইলে ঐক্যমত্য কলাম সংজ্ঞায়িত করুন
প্রান্তিককরণ jackhmmer আগের প্রোফাইল থেকে রেফারেন্স টীকা প্রচার করে
একাধিক প্রান্তিককরণ, এবং তারপরে পরবর্তী প্রোফাইলে। এটি ডিফল্ট।

--সিমফ্রাক
একটি ঐক্যমত্য কলাম সংজ্ঞায়িত করার জন্য প্রয়োজনীয় অবশিষ্টাংশ ভগ্নাংশ থ্রেশহোল্ড সংজ্ঞায়িত করুন যখন
ব্যবহার করে --দ্রুত বিকল্প ডিফল্ট হল 0.5। প্রতিটি কলামে প্রতীক ভগ্নাংশ হয়
অ্যাকাউন্টে আপেক্ষিক ক্রম ওজন নেওয়ার পরে এবং ফাঁক উপেক্ষা করার পরে গণনা করা হয়
সিকোয়েন্স ফ্র্যাগমেন্টের প্রান্তের সাথে সম্পর্কিত অক্ষর (অভ্যন্তরীণ এর বিপরীতে
সন্নিবেশ/মোছা)। এটিকে 0.0 তে সেট করার অর্থ হল প্রতিটি প্রান্তিককরণ কলাম হবে
সম্মতি হিসাবে বরাদ্দ করা হবে, যা কিছু ক্ষেত্রে কার্যকর হতে পারে। এটি 1.0 এ সেট করা হচ্ছে
মানে যে কলামগুলি 0 ফাঁক (অভ্যন্তরীণ সন্নিবেশ/মুছে ফেলা) অন্তর্ভুক্ত করবে
ঐক্যমত হিসাবে বরাদ্দ করা হয়েছে।

--ফ্রাগ্রেশ
সারিবদ্ধ ক্রমটি জানা থাকলে আমরা কেবল টার্মিনাল ফাঁকগুলিকে মুছে ফেলা হিসাবে গণনা করতে চাই
পূর্ণ-দৈর্ঘ্য হতে হবে, যদি এটি একটি খণ্ড না হয় (উদাহরণস্বরূপ, কারণ এটির শুধুমাত্র একটি অংশ
ক্রম ছিল)। HMMER টুকরা অনুমান করার জন্য একটি সহজ নিয়ম ব্যবহার করে: যদি অনুক্রমের দৈর্ঘ্য
L একটি ভগ্নাংশের চেয়ে কম বা সমান কলামে প্রান্তিককরণ দৈর্ঘ্যের গুণ,
তারপর ক্রমটি একটি খণ্ড হিসাবে পরিচালনা করা হয়। ডিফল্ট হল 0.5। বিন্যাস
--ফ্রাগ্রেশ0 একটি খণ্ড হিসাবে no (শূন্য) ক্রম সংজ্ঞায়িত করবে; আপনি চাইতে পারেন
এটি করুন যদি আপনি জানেন যে আপনি পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের একটি সাবধানে কিউরেটেড সারিবদ্ধতা পেয়েছেন
ক্রম বিন্যাস --ফ্রাগ্রেশ1 সমস্ত ক্রমকে খণ্ড হিসাবে সংজ্ঞায়িত করবে; আপনি হতে পারে
এটি করতে চান যদি আপনি জানেন যে আপনার প্রান্তিককরণ সম্পূর্ণরূপে টুকরো দিয়ে গঠিত, যেমন
মেটাজেনোমিক শটগান ডেটাতে অনুবাদিত সংক্ষিপ্ত পাঠ।

বিকল্প কন্ট্রোলিং RELATIVE ওজন

যখনই একটি একাধিক প্রান্তিককরণ থেকে একটি প্রোফাইল তৈরি করা হয়, HMMER একটি অ্যাডহক সিকোয়েন্স ব্যবহার করে
ওজন কমানোর অ্যালগরিদম ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত সিকোয়েন্স এবং আপওয়েট দূরবর্তীভাবে সম্পর্কিত
বেশী এটি অসম ফাইলোজেনেটিক দ্বারা মডেল কম পক্ষপাতদুষ্ট করার প্রভাব আছে
প্রতিনিধিত্ব উদাহরণস্বরূপ, দুটি অভিন্ন ক্রম সাধারণত প্রতিটি অর্ধেক পাবে
ওজন যে একটি ক্রম হবে (এবং এই কেন jackhmmer সবসময় সম্পর্কে উদ্বিগ্ন নয়
প্রতিটি পুনরাবৃত্তির প্রান্তিককরণে আপনার মূল ক্যোয়ারী ক্রম সহ, এমনকি যদি এটি এটি খুঁজে পায়
আবার ডাটাবেসে আপনি অনুসন্ধান করছেন)। এই বিকল্পগুলি কোন অ্যালগরিদম ব্যবহার করা হয় তা নিয়ন্ত্রণ করে।

--wpb হেনিকফ পজিশন-ভিত্তিক সিকোয়েন্স ওয়েটিং স্কিম ব্যবহার করুন [হেনিকফ এবং হেনিকফ,
জে. মো. বায়োল 243:574, 1994]। এটি ডিফল্ট।

--wgsc Gerstein/Sonnhammer/chothia ওয়েটিং অ্যালগরিদম ব্যবহার করুন [Gerstein et al, J. Mol.
বায়োল 235:1067, 1994]।

--wblosum
একই ক্লাস্টারিং স্কিম ব্যবহার করুন যা BLOSUM গণনা করার জন্য ডেটা ওজন করতে ব্যবহৃত হয়েছিল
সাবসিটিউশন ম্যাট্রিক্স [হেনিকফ এবং হেনিকফ, প্রক। Natl. আকদ। Sci 89:10915, 1992]।
সিকোয়েন্সগুলি একটি পরিচয় থ্রেশহোল্ডে একক-লিঙ্কেজ ক্লাস্টার করা হয় (ডিফল্ট 0.62; দেখুন
--প্রশস্ত) এবং c ক্রমগুলির প্রতিটি ক্লাস্টারের মধ্যে, প্রতিটি ক্রম আপেক্ষিক ওজন পায়
1/c.

--ওয়ান
আপেক্ষিক ওজন নেই। সমস্ত ক্রম অভিন্ন ওজন বরাদ্দ করা হয়.

--প্রশস্ত
ব্যবহার করার সময় একক-লিঙ্কেজ ক্লাস্টারিং দ্বারা ব্যবহৃত পরিচয় থ্রেশহোল্ড সেট করে --wblosum.
অন্য কোনো ওজন স্কিম সঙ্গে অবৈধ. ডিফল্ট 0.62।

বিকল্প কন্ট্রোলিং কার্যকর ক্রম NUMBER টি

আপেক্ষিক ওজন নির্ধারণ করার পরে, তাদের মোট কার্যকরী যোগফলের জন্য স্বাভাবিক করা হয়
ক্রমিক নম্বর, eff_nseq. এই সংখ্যাটি অনুক্রমের প্রকৃত সংখ্যা হতে পারে৷
প্রান্তিককরণ, কিন্তু এটি প্রায় সবসময় তার চেয়ে ছোট। ডিফল্ট এনট্রপি ওজন
পদ্ধতি (--ইন্ট) তথ্য বিষয়বস্তু কমাতে কার্যকর ক্রম সংখ্যা হ্রাস করে
(আপেক্ষিক এনট্রপি, বা সত্যিকারের হোমোলজগুলিতে গড় প্রত্যাশিত স্কোর) প্রতি ঐক্যমত্য অবস্থান। দ্য
লক্ষ্য আপেক্ষিক এনট্রপি একটি দুই-প্যারামিটার ফাংশন দ্বারা নিয়ন্ত্রিত হয়, যেখানে দুটি
পরামিতি সঙ্গে সেট করা হয় --এরে এবং --এসিগমা.

--ইন্ট প্রতি একটি নির্দিষ্ট আপেক্ষিক এনট্রপি অর্জন করতে কার্যকর ক্রম সংখ্যা সামঞ্জস্য করুন
অবস্থান (দেখুন --এরে) এটি ডিফল্ট।

--এক্লাস্ট
একটিতে একক-লিঙ্কেজ ক্লাস্টারের সংখ্যায় কার্যকর ক্রম সংখ্যা সেট করুন
নির্দিষ্ট পরিচয় থ্রেশহোল্ড (দেখুন --ঈদ) এই বিকল্পটি সুপারিশ করা হয় না; এটার জন্য
পরীক্ষা মূল্যায়ন কত ভাল --ইন্ট হয়।

--এনোন
কার্যকর ক্রম সংখ্যা নির্ধারণ বন্ধ করুন এবং শুধুমাত্র প্রকৃত সংখ্যা ব্যবহার করুন
ক্রম আপনি এটি করতে চাইতে পারেন এমন একটি কারণ হল আপেক্ষিককে সর্বাধিক করার চেষ্টা করা
আপনার মডেলের এনট্রপি/পজিশন, যা ছোট মডেলের জন্য উপযোগী হতে পারে।

--eset
স্পষ্টভাবে সমস্ত মডেলের জন্য কার্যকর ক্রম সংখ্যা সেট করুন .

--এরে
ন্যূনতম আপেক্ষিক এনট্রপি/পজিশন টার্গেট সেট করুন । প্রয়োজন --ইন্ট. ডিফল্ট
ক্রম বর্ণমালার উপর নির্ভর করে; প্রোটিন সিকোয়েন্সের জন্য, এটি 0.59 বিট/অবস্থান।

--এসিগমা
একটি সম্পূর্ণ মডেল সারিবদ্ধকরণ দ্বারা অবদান রাখা ন্যূনতম আপেক্ষিক এনট্রপি সেট করে, ওভার
এর পুরো দৈর্ঘ্য। এই ছোট মডেল তৈরির প্রভাব উচ্চ আপেক্ষিক আছে
তুলনায় অবস্থান প্রতি এনট্রপি --এরে একাই দেবে। ডিফল্ট হল 45.0 বিট।

--ঈদ
এর সাথে একক লিঙ্কেজ ক্লাস্টারিং দ্বারা ব্যবহৃত ভগ্নাংশ পেয়ারওয়াইজ আইডেন্টিটি কাটঅফ সেট করে
দ্য --এক্লাস্ট বিকল্প ডিফল্ট হল 0.62।

বিকল্প কন্ট্রোলিং PRIORS

প্রোফাইল নির্মাণে, ডিফল্টরূপে, ওজনযুক্ত গণনাগুলিকে পোস্টেরিয়র মানে রূপান্তর করা হয়
সম্ভাব্যতা পরামিতি অনুমান মিশ্রণ Dirichlet priors ব্যবহার করে. ডিফল্ট মিশ্রণ Dirichlet
প্রোটিন মডেল এবং নিউক্লিক অ্যাসিড (RNA এবং DNA) মডেলগুলির জন্য পূর্বের পরামিতিগুলি তৈরি করা হয়
in. নিম্নলিখিত বিকল্পগুলি আপনাকে পূর্বনির্ধারিত পূর্ববর্তীগুলিকে ওভাররাইড করতে দেয়৷

--pnone কোনো priors ব্যবহার করবেন না. সম্ভাব্যতা পরামিতিগুলি কেবল পর্যবেক্ষণ করা হবে
ফ্রিকোয়েন্সি, আপেক্ষিক ক্রম ওজন করার পরে।

--প্লেসপ্লেস ডিফল্ট মিশ্রণ ডিরিচলেটের জায়গায় একটি ল্যাপ্লেস +1 আগে ব্যবহার করুন।

বিকল্প কন্ট্রোলিং E-VALUE ক্যালিব্রেশন

MSV ফিল্টারের জন্য প্রত্যাশিত স্কোর বিতরণের জন্য অবস্থানের পরামিতি অনুমান করা হচ্ছে
স্কোর, ভিটারবি ফিল্টার স্কোর এবং ফরোয়ার্ড স্কোরের জন্য তিনটি ছোট র্যান্ডম ক্রম প্রয়োজন
সিমুলেশন

--ইএমএল
সিমুলেশনে অনুক্রমের দৈর্ঘ্য সেট করে যা অবস্থান প্যারামিটার mu এর জন্য অনুমান করে
MSV ফিল্টার ই-মান। ডিফল্ট হল 200।

--এমএন
সিমুলেশনে সিকোয়েন্সের সংখ্যা সেট করে যা অবস্থান প্যারামিটার mu অনুমান করে
MSV ফিল্টার ই-মানগুলির জন্য। ডিফল্ট হল 200।

--ইভিএল
সিমুলেশনে অনুক্রমের দৈর্ঘ্য সেট করে যা অবস্থান প্যারামিটার mu এর জন্য অনুমান করে
ভিটারবি ফিল্টার ই-মান। ডিফল্ট হল 200।

--EvN
সিমুলেশনে সিকোয়েন্সের সংখ্যা সেট করে যা অবস্থান প্যারামিটার mu অনুমান করে
ভিটারবি ফিল্টার ই-মানগুলির জন্য। ডিফল্ট হল 200।

--ইএফএল
সিমুলেশনে ক্রম দৈর্ঘ্য সেট করে যা অবস্থান প্যারামিটার টাউ অনুমান করে
ফরোয়ার্ড ই-মানগুলির জন্য। ডিফল্ট হল 100।

--EfN
সিমুলেশনে সিকোয়েন্সের সংখ্যা সেট করে যা অবস্থানের প্যারামিটার অনুমান করে
ফরওয়ার্ড ই-মানগুলির জন্য tau. ডিফল্ট হল 200।

--ইফ্ট
অবস্থান অনুমান করে এমন সিমুলেশনে ফিট করার জন্য পুচ্ছ ভর ভগ্নাংশ সেট করে
ফরোয়ার্ড মূল্যায়নের জন্য প্যারামিটার tau. ডিফল্ট 0.04।

অন্যান্য বিকল্প

--nonull2
পক্ষপাতদুষ্ট রচনার জন্য null2 স্কোর সংশোধন বন্ধ করুন।

-Z আপনার অনুসন্ধানে লক্ষ্যের মোট সংখ্যা নিশ্চিত করুন , উদ্দেশ্যে
লক্ষ্যের প্রকৃত সংখ্যার পরিবর্তে প্রতি-ক্রম ই-মান গণনার
দেখা

--domZ
আপনার অনুসন্ধানে লক্ষ্যের মোট সংখ্যা নিশ্চিত করুন , উদ্দেশ্যে
প্রতি-ডোমেন শর্তসাপেক্ষ ই-মান গণনার, লক্ষ্য সংখ্যার পরিবর্তে
যে রিপোর্টিং থ্রেশহোল্ড পাস.

--বীজ
সঙ্গে র্যান্ডম সংখ্যা জেনারেটর বীজ , একটি পূর্ণসংখ্যা >= 0। যদি হল >0, যেকোনো
স্টোকাস্টিক সিমুলেশনগুলি পুনরুত্পাদনযোগ্য হবে; একই আদেশ একই দেবে
ফলাফল যদি হল 0, এলোমেলো সংখ্যা জেনারেটরকে নির্বিচারে বীজ দেওয়া হয়, এবং
স্টোকাস্টিক সিমুলেশন একই কমান্ডের রান থেকে রানে পরিবর্তিত হবে। ডিফল্ট
বীজ হল 42।

--qformat
ইনপুট যে ঘোষণা query_seqfile বিন্যাসে আছে . গৃহীত অনুক্রম ফাইল
ফর্ম্যাটের মধ্যে রয়েছে FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm, এবং SELEX। ডিফল্ট
ফাইলের বিন্যাস স্বয়ংক্রিয়ভাবে সনাক্ত করা হয়।

--tformat
ইনপুট যে ঘোষণা target_seqdb বিন্যাসে আছে . গৃহীত অনুক্রম ফাইল
ফর্ম্যাটের মধ্যে রয়েছে FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm, এবং SELEX। ডিফল্ট
ফাইলের বিন্যাস স্বয়ংক্রিয়ভাবে সনাক্ত করা হয়।

--সিপিইউ
সমান্তরাল কর্মী থ্রেডের সংখ্যা সেট করুন . ডিফল্টরূপে, HMMER এটি সেট করে
এটি আপনার মেশিনে সনাক্ত করা CPU কোরের সংখ্যা - অর্থাৎ, এটি সর্বাধিক করার চেষ্টা করে
আপনার উপলব্ধ প্রসেসর কোর ব্যবহার. বিন্যাস সংখ্যার চেয়ে বেশি
উপলব্ধ কোর সামান্য, যদি কোন মান, কিন্তু আপনি এটি কিছু সেট করতে চাইতে পারেন
কম আপনি একটি পরিবেশ পরিবর্তনশীল সেট করে এই সংখ্যা নিয়ন্ত্রণ করতে পারেন,
HMMER_NCPU.

এই বিকল্পটি শুধুমাত্র তখনই পাওয়া যায় যদি HMMER POSIX থ্রেড সমর্থন সহ কম্পাইল করা হয়।
এটি ডিফল্ট, কিন্তু এটি আপনার সাইটের কম্পাইল-টাইমে বন্ধ হয়ে থাকতে পারে
বা কোনো কারণে মেশিন।

--স্টল
MPI মাস্টার/কর্মী সংস্করণ ডিবাগ করার জন্য: শুরু করার পরে বিরতি, সক্রিয় করতে
চলমান মাস্টার এবং কর্মী(গুলি) প্রক্রিয়াগুলিতে ডিবাগার সংযুক্ত করতে বিকাশকারী৷ পাঠান
বিরতি ছেড়ে দিতে SIGCONT সংকেত। (জিডিবির অধীনে: (GDB) সংকেত SignCont) (কেবল
কম্পাইল-টাইমে ঐচ্ছিক MPI সমর্থন সক্ষম হলে উপলব্ধ।)

--এমপিআই ব্যবহার করে MPI মাস্টার/কর্মী মোডে চালান mpirun. (ঐচ্ছিক MPI হলেই উপলব্ধ
কম্পাইল-টাইমে সমর্থন সক্ষম করা হয়েছিল।)

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে jackhmmer ব্যবহার করুন