এটি হল কালাইন কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
কালাইন - জৈবিক ক্রমগুলির একাধিক প্রান্তিককরণ করে।
সাইনোপিসিস
কালাইন [infile.fasta] [outfile.fasta] [বিকল্প]
কালাইন [-আমি infile.fasta] [-ও outfile.fasta] [বিকল্প]
কালাইন [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [বিকল্প]
বর্ণনাঃ
কালিন জৈবিক ক্রমগুলির একাধিক প্রান্তিককরণ সঞ্চালনের জন্য একটি কমান্ড লাইন টুল। এটা
নির্ভুলতা এবং গতি উভয়ই উন্নত করতে Muth?Manber স্ট্রিং-ম্যাচিং অ্যালগরিদম ব্যবহার করে
প্রান্তিককরণের এটি বিশ্বব্যাপী, প্রগতিশীল প্রান্তিককরণ পদ্ধতি ব্যবহার করে, একটি নিয়োগ করে সমৃদ্ধ
আনুমানিক স্ট্রিং-ম্যাচিং অ্যালগরিদম ক্রম দূরত্ব গণনা করতে এবং অন্তর্ভুক্ত করে
অন্যথায় বিশ্বব্যাপী প্রান্তিককরণের সাথে স্থানীয় মেলে।
বিকল্প
-s -জিপিও -গপোপেন - ফাঁক_খোলা x
গ্যাপ ওপেন পেনাল্টি।
-e -জিপিই - gap_ext - gapextension x
গ্যাপ এক্সটেনশন পেনাল্টি।
-t -tgpe -টার্মিনাল_গ্যাপ_এক্সটেনশন_পেনাল্টি x
টার্মিনাল ফাঁক জরিমানা.
-m -বোনাস -ম্যাট্রিক্স_বোনাস x
প্রতিস্থাপন ম্যাট্রিক্সে একটি ধ্রুবক যোগ করা হয়েছে।
-c -সাজান <ইনপুট, গাছ, ফাঁক।>
যে ক্রমে আউটপুট সারিবদ্ধকরণে ক্রমগুলি প্রদর্শিত হয়৷
-g - বৈশিষ্ট্য
বৈশিষ্ট্য মোড নির্বাচন করে এবং কোন বৈশিষ্ট্যগুলি ব্যবহার করা হবে তা নির্দিষ্ট করে: যেমন সব, maxplp,
স্ট্রাকট, পিএফএএম-এ?
-একই_বৈশিষ্ট্য_স্কোর
একই বৈশিষ্ট্য সারিবদ্ধ করার জন্য স্কোর।
-diff_feature_score
বিভিন্ন বৈশিষ্ট্য সারিবদ্ধ করার জন্য শাস্তি।
-d -দূরত্ব <উউ, জোড়া >
দূরত্ব পদ্ধতি
-b -ট্রি -গাইড-বৃক্ষ <এনজে, upgma>
গাইড গাছ পদ্ধতি।
-z -zcutoff
উ-ম্যানবার ভিত্তিক দূরত্ব গণনাতে ব্যবহৃত প্যারামিটার।
-i ইন -ইনপুট
ইনপুট ফাইলের নাম।
-o -out -আউটপুট
আউটপুট ফাইলের নাম।
-a - gap_inc
বিদ্যমান ফাঁকের সংখ্যার উপর নির্ভর করে ব্যবধানের শাস্তি বাড়ায়।
-f - বিন্যাস <ফাস্তা, এমএসএফ, আলন, ক্লু, macsim>
আউটপুট বিন্যাস।
-q - শান্ত
STDERR এ কিছুই প্রিন্ট করবেন না। STDIN থেকে কিছুই পড়ুন না।
তথ্যসূত্র
টিমো ল্যাসম্যান এবং এরিক এলএল সোনহ্যামার (2005) কালিন - একটি সঠিক এবং দ্রুত মাল্টিপল
ক্রম প্রান্তিককরণ অ্যালগরিদম। BMC বায়োইনফরমেটিক্স 6:298
· টিমো ল্যাসম্যান, অলিভার ফ্রিংস এবং এরিক এলএল সোনহ্যামার (2009) কালিন২:
প্রোটিন এবং নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্সের উচ্চ-কর্মক্ষমতা একাধিক প্রান্তিককরণ অনুমতি দেয়
বাহ্যিক বৈশিষ্ট্য। নিউক্লিক অ্যাসিড গবেষণা 3:858?865.
লেখক
টিমো ল্যাসম্যান <[ইমেল সুরক্ষিত]>
Kalign এর আপস্ট্রিম লেখক।
চার্লস প্লেসি <[ইমেল সুরক্ষিত]>
ম্যানপেজ লিখেছেন.
কপিরাইট
কপিরাইট © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 টিমো ল্যাসম্যান
Kalign একটি বিনামূল্যের সফটওয়্যার। আপনি এটি পুনরায় বিতরণ করতে পারেন এবং/অথবা এটির শর্তাবলীর অধীনে সংশোধন করতে পারেন৷
ফ্রি সফটওয়্যার ফাউন্ডেশন দ্বারা প্রকাশিত GNU জেনারেল পাবলিক লাইসেন্স।
এই ম্যানুয়াল পৃষ্ঠাটি চার্লস প্লেসি লিখেছেন[ইমেল সুরক্ষিত]> ডেবিয়ান (টিএম) এর জন্য
সিস্টেম (তবে অন্যদের দ্বারা ব্যবহার করা যেতে পারে)। অনুলিপি, বিতরণ এবং/অথবা অনুমতি দেওয়া হয়
এই ডকুমেন্টটি একই শর্তাবলীতে পরিবর্তন করুন যেমন কালাইন নিজেই।
ডেবিয়ান সিস্টেমে, GNU জেনারেল পাবলিক লাইসেন্স সংস্করণ 2 এর সম্পূর্ণ পাঠ্য হতে পারে
পাওয়া /usr/share/common-licenses/GPL-2.
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে কালাইন ব্যবহার করুন
