kalign - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

কালাইন - জৈবিক ক্রমগুলির একাধিক প্রান্তিককরণ করে।

সাইনোপিসিস

কালাইন [infile.fasta] [outfile.fasta] [বিকল্প]

কালাইন [-আমি infile.fasta] [-ও outfile.fasta] [বিকল্প]

কালাইন [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [বিকল্প]

বর্ণনাঃ

কালিন জৈবিক ক্রমগুলির একাধিক প্রান্তিককরণ সঞ্চালনের জন্য একটি কমান্ড লাইন টুল। এটা
নির্ভুলতা এবং গতি উভয়ই উন্নত করতে Muth?Manber স্ট্রিং-ম্যাচিং অ্যালগরিদম ব্যবহার করে
প্রান্তিককরণের এটি বিশ্বব্যাপী, প্রগতিশীল প্রান্তিককরণ পদ্ধতি ব্যবহার করে, একটি নিয়োগ করে সমৃদ্ধ
আনুমানিক স্ট্রিং-ম্যাচিং অ্যালগরিদম ক্রম দূরত্ব গণনা করতে এবং অন্তর্ভুক্ত করে
অন্যথায় বিশ্বব্যাপী প্রান্তিককরণের সাথে স্থানীয় মেলে।

বিকল্প

-s -জিপিও -গপোপেন - ফাঁক_খোলা x
গ্যাপ ওপেন পেনাল্টি।

-e -জিপিই - gap_ext - gapextension x
গ্যাপ এক্সটেনশন পেনাল্টি।

-t -tgpe -টার্মিনাল_গ্যাপ_এক্সটেনশন_পেনাল্টি x
টার্মিনাল ফাঁক জরিমানা.

-m -বোনাস -ম্যাট্রিক্স_বোনাস x
প্রতিস্থাপন ম্যাট্রিক্সে একটি ধ্রুবক যোগ করা হয়েছে।

-c -সাজান <ইনপুট, গাছ, ফাঁক।>
যে ক্রমে আউটপুট সারিবদ্ধকরণে ক্রমগুলি প্রদর্শিত হয়৷

-g - বৈশিষ্ট্য
বৈশিষ্ট্য মোড নির্বাচন করে এবং কোন বৈশিষ্ট্যগুলি ব্যবহার করা হবে তা নির্দিষ্ট করে: যেমন সব, maxplp,
স্ট্রাকট, পিএফএএম-এ?

-একই_বৈশিষ্ট্য_স্কোর
একই বৈশিষ্ট্য সারিবদ্ধ করার জন্য স্কোর।

-diff_feature_score
বিভিন্ন বৈশিষ্ট্য সারিবদ্ধ করার জন্য শাস্তি।

-d -দূরত্ব <উউ, জোড়া >
দূরত্ব পদ্ধতি

-b -ট্রি -গাইড-বৃক্ষ <এনজে, upgma>
গাইড গাছ পদ্ধতি।

-z -zcutoff
উ-ম্যানবার ভিত্তিক দূরত্ব গণনাতে ব্যবহৃত প্যারামিটার।

-i ইন -ইনপুট
ইনপুট ফাইলের নাম।

-o -out -আউটপুট
আউটপুট ফাইলের নাম।

-a - gap_inc
বিদ্যমান ফাঁকের সংখ্যার উপর নির্ভর করে ব্যবধানের শাস্তি বাড়ায়।

-f - বিন্যাস <ফাস্তা, এমএসএফ, আলন, ক্লু, macsim>
আউটপুট বিন্যাস।

-q - শান্ত
STDERR এ কিছুই প্রিন্ট করবেন না। STDIN থেকে কিছুই পড়ুন না।

তথ্যসূত্র

টিমো ল্যাসম্যান এবং এরিক এলএল সোনহ্যামার (2005) কালিন - একটি সঠিক এবং দ্রুত মাল্টিপল
ক্রম প্রান্তিককরণ অ্যালগরিদম। BMC বায়োইনফরমেটিক্স 6:298

· টিমো ল্যাসম্যান, অলিভার ফ্রিংস এবং এরিক এলএল সোনহ্যামার (2009) কালিন২:
প্রোটিন এবং নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্সের উচ্চ-কর্মক্ষমতা একাধিক প্রান্তিককরণ অনুমতি দেয়
বাহ্যিক বৈশিষ্ট্য। নিউক্লিক অ্যাসিড গবেষণা 3:858?865.

লেখক

টিমো ল্যাসম্যান <[ইমেল সুরক্ষিত]>
Kalign এর আপস্ট্রিম লেখক।

চার্লস প্লেসি <[ইমেল সুরক্ষিত]>
ম্যানপেজ লিখেছেন.

কপিরাইট

কপিরাইট © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 টিমো ল্যাসম্যান

Kalign একটি বিনামূল্যের সফটওয়্যার। আপনি এটি পুনরায় বিতরণ করতে পারেন এবং/অথবা এটির শর্তাবলীর অধীনে সংশোধন করতে পারেন৷
ফ্রি সফটওয়্যার ফাউন্ডেশন দ্বারা প্রকাশিত GNU জেনারেল পাবলিক লাইসেন্স।

এই ম্যানুয়াল পৃষ্ঠাটি চার্লস প্লেসি লিখেছেন[ইমেল সুরক্ষিত]> ডেবিয়ান (টিএম) এর জন্য
সিস্টেম (তবে অন্যদের দ্বারা ব্যবহার করা যেতে পারে)। অনুলিপি, বিতরণ এবং/অথবা অনুমতি দেওয়া হয়
এই ডকুমেন্টটি একই শর্তাবলীতে পরিবর্তন করুন যেমন কালাইন নিজেই।

ডেবিয়ান সিস্টেমে, GNU জেনারেল পাবলিক লাইসেন্স সংস্করণ 2 এর সম্পূর্ণ পাঠ্য হতে পারে
পাওয়া /usr/share/common-licenses/GPL-2.

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে কালাইন ব্যবহার করুন