āĻāĻāĻŋ āĻšāĻ˛ āĻāĻŽā§āĻ° āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ¯āĻž āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻāĻŦā§āĻ¨ā§āĻā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻĢā§āĻĄā§āĻ°āĻž āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MAC OS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ OnWorks āĻĢā§āĻ°āĻŋ āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻā§āĻ°āĻŽ:
NAME āĻāĻ°
āĻā§āĻŽā§āĻ° - āĻā§-āĻŽā§āĻ° āĻāĻŖāĻ¨āĻž, āĻĢāĻŋāĻ˛ā§āĻāĻžāĻ°āĻŋāĻ āĻāĻŦāĻ āĻā§āĻ°āĻžāĻĢ āĻā§āĻ°āĻžāĻāĻžāĻ°ā§āĻ¸āĻžāĻ˛ FTW!
k-mer-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻĄā§āĻāĻžāĻ¸ā§āĻ āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖ āĻāĻŦāĻ āĻ°ā§āĻĒāĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻ° āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻŽā§āĻ° āĻšāĻ˛ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ˛āĻžāĻāĻŦā§āĻ°ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻŦāĻ āĻā§āĻ˛āĻāĻŋāĻ
āĻ¸āĻžāĻāĻ¨ā§āĻĒāĻŋāĻ¸āĻŋāĻ¸
āĻā§āĻŽā§āĻ° [āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ] args
āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨āĨ¤
āĻā§āĻŽā§āĻ° āĻ˛ā§āĻĄ-āĻāĻ¨-āĻāĻžāĻāĻ¨ā§āĻāĻŋāĻ -x 1e8 -k 20 reads.ct reads.fa.gz
, USAGE
āĻāĻ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨āĻĒā§āĻāĻāĻŋ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§ āĻā§āĻŽā§āĻ° āĻŽā§āĻĄāĻŧāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻāĨ¤ āĻ¸āĻĢāĻāĻāĻ¯āĻŧā§āĻ¯āĻžāĻ° āĻ¸āĻŽā§āĻĒāĻ°ā§āĻā§ āĻāĻžāĻ¨āĻ¤ā§ āĻāĻŦāĻ
āĻāĻŋāĻāĻžāĻŦā§ āĻāĻāĻŋ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨ āĻ āĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻš āĻāĻ°ā§ āĻĻā§āĻā§āĻ¨ /usr/share/doc/khmer āĻ āĻĨāĻŦāĻž āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻĨāĻžāĻ¯āĻŧ http://khmer.readthedocs.org/.
āĻĄā§āĻŦāĻŋāĻ¯āĻŧāĻžāĻ¨/āĻāĻŦā§āĻ¨ā§āĻā§āĻ¤ā§, āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ āĻ°āĻā§āĻˇāĻŖāĻžāĻŦā§āĻā§āĻˇāĻŖāĻāĻžāĻ°ā§āĻ°āĻž āĻ¸āĻ°āĻžāĻ¸āĻ°āĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻā§āĻ° āĻŦāĻĄāĻŧ āĻ¸āĻāĻā§āĻ°āĻš āĻāĻ°āĻž āĻāĻĄāĻŧāĻžāĻ¯āĻŧ
āĻ¸āĻŋāĻ¸ā§āĻā§āĻŽ PATH āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§. āĻŦāĻ°āĻ, āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻāĻāĻŋ āĻāĻžāĻ˛ā§ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻ āĻŽā§āĻĄāĻŧāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ¨; āĻ¤āĻžāĻ āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻā§āĻŽāĻžāĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻļāĻ¨āĻž āĻŦāĻ˛ā§ āĻĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻ¤ā§ load-in-counting.py
...āĻ¯āĻžāĻ āĻšā§āĻ... āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻā§ āĻāĻ āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻĢāĻŋāĻā§āĻ¸ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§ āĻā§āĻŽā§āĻ°. āĻāĻĒāĻ°āĻ¨ā§āĻ¤ā§, .py āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨
āĻŦāĻžāĻĻ āĻĻā§āĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§, āĻĢāĻ˛āĻ¸ā§āĻŦāĻ°ā§āĻĒ āĻāĻĒāĻ°ā§ āĻĻā§āĻāĻžāĻ¨ā§ āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄāĨ¤
āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻāĻŋ āĻĒāĻāĻ¨ā§āĻĻ āĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¤āĻŦā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻā§āĻ¤āĻŋāĻāĻ¤ PATH-āĻ /usr/lib/khmer/bin āĻ¯ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
onworks.net āĻĒāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻŦāĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻā§āĻŽāĻžāĻ° āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨