গলে যাওয়া - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

গলে যাওয়া - নিউক্লিক অ্যাসিড সংকরনের নিকটতম-প্রতিবেশী গণনা

সাইনোপিসিস

দ্রবণ [অপশন]

বর্ণনাঃ

দ্রবণ একটি নিউক্লিক অ্যাসিড ডুপ্লেক্সের জন্য গণনা করে, হেলিক্সের এনথালপি এবং এনট্রপি-
কুণ্ডলী রূপান্তর, এবং তারপর তার গলে তাপমাত্রা. সংকরায়ন তিন প্রকার
সম্ভব: DNA/DNA, DNA/RNA, এবং RNA/RNA। প্রোগ্রাম কাছাকাছি পদ্ধতি ব্যবহার করে-
প্রতিবেশী. উদাহরণস্বরূপ, থার্মোডাইনামিক পরামিতিগুলির সেট সহজেই পরিবর্তন করা যেতে পারে
একটি পরীক্ষামূলক অগ্রগতি অনুসরণ করে। গলনা উভয় অর্থে একটি বিনামূল্যে প্রোগ্রাম
মেয়াদ এটি কোন খরচ ছাড়াই আসে এবং এটি ওপেন সোর্স। উপরন্তু এটি আইএসও সি এবং কোডেড
যেকোনো অপারেটিং সিস্টেমে কম্পাইল করা যায়। কিছু পার্ল স্ক্রিপ্ট দেওয়া হয় কিভাবে দেখানোর জন্য
আরও উচ্চাভিলাষী প্রোগ্রাম নির্মাণের জন্য গলন একটি ব্লক হিসাবে ব্যবহার করা যেতে পারে।

বিকল্প

বিকল্পগুলি ক্রমানুসারে চিকিত্সা করা হয়। দুটির মান নিয়ে বিরোধ থাকলে
বিকল্পগুলি, পরেরটি সাধারণত পূর্বেরটিকে মুছে দেয়।

-Afile.nn
প্রোগ্রাম ব্যবহারের জন্য অবহিত করে file.nn নিকটতম-প্রতিবেশীর বিকল্প সেট হিসাবে
পরামিতি, নির্দিষ্ট হাইব্রিডাইজেশন টাইপের জন্য ডিফল্টের পরিবর্তে। দ্য
গলানোর মানক বিতরণ কিছু ফাইল ব্যবহার করার জন্য প্রস্তুত প্রদান করে: all97a.nn
(আলাউই এট আল 1997), bre86a.nn (Breslauer et al 1986), san96a.nn (সান্টালুসিয়া এট আল
1996), sug96a.nn (সুগিমোটো এট আল 1996) san04a.nn (সান্টালুসিয়া এট আল 2004) (ডিএনএ/ডিএনএ),
fre86a.nn (ফ্রেয়ার এট আল 1986), xia98a.nn (Xia et al 1998), (RNA/RNA), এবং sug95a.nn
(Sugimoto et al 1995), (DNA/RNA)।

প্রোগ্রামের সময় নির্দিষ্ট করা একটি ডিরেক্টরিতে ফাইলটি সন্ধান করবে
স্থাপন. যাইহোক, যদি একটি পরিবেশ পরিবর্তনশীল NN_PATH সংজ্ঞায়িত করা হয়, গলে যাবে
প্রথমে এটি অনুসন্ধান করুন। সতর্ক থাকুন, বিকল্প -A ডিফল্ট প্যারামিটার পরিবর্তন করে
বিকল্প দ্বারা সংজ্ঞায়িত সেট -এইচ.

-Cপরিপূরক_ক্রম
3' থেকে 5' পর্যন্ত পরিপূরক অনুক্রমে প্রবেশ করে। এই বিকল্পটি বাধ্যতামূলক যদি সেখানে থাকে
দুটি স্ট্র্যান্ডের মধ্যে অমিল। এটি ব্যবহার না করা হলে, প্রোগ্রাম গণনা করা হবে
এটি বিকল্পের সাথে প্রবেশ করা সিকোয়েন্সের পরিপূরক হিসাবে -এনএস।

-Ddnadnade.nn
ফাইলটি ব্যবহার করার জন্য প্রোগ্রামকে জানায় dnadnade.nn এর অবদান গণনা করতে
হেলিক্স-কয়েল ট্রানজিশনের থার্মোডাইনামিকের দিকে ঝুলে থাকে। ঝুলন্ত শেষ হয়
আনুমানিক মোড দ্বারা অ্যাকাউন্টে নেওয়া হয় না.

-Fগুণক
এটি নিউক্লিক অ্যাসিডের প্রভাবকে সংশোধন করতে ব্যবহৃত একটি সংশোধন ফ্যাক্টর
গলে যাওয়া তাপমাত্রার গণনায় ঘনত্ব। বিভাগ ALGORITHM দেখুন
বিস্তারিত জানার জন্য.

-Gx.xxe-xx
ম্যাগনেসিয়াম ঘনত্ব (মুহূর্তটির জন্য সর্বাধিক ঘনত্ব নেই)। প্রভাব
নিউক্লিক অ্যাসিড ডুপ্লেক্সের থার্মোডাইনামিক স্থিতিশীলতার উপর আয়ন জটিল,
এবং সংশোধন ফাংশন সর্বোত্তম মোটামুটি আনুমানিক হয়. প্রকাশিত
Owczarzy et এর divalent Mg2+ আয়নের জন্য Tm সংশোধন সূত্র al(2008) পারে
ডিএনএ-তে মনোভ্যালেন্ট এবং ডিভালেন্ট আয়নগুলির প্রতিযোগিতামূলক বাঁধাই বিবেচনা করুন।
তবে এই সূত্রটি শুধুমাত্র ডিএনএ ডুপ্লেক্সের জন্য।

-h একটি সংক্ষিপ্ত সহায়তা প্রদর্শন করে এবং EXIT_SUCCESS দিয়ে প্রস্থান করুন৷

-Hhybridisation_type
হাইব্রিডাইজেশনের ধরন নির্দিষ্ট করে। এটি ব্যবহার করার জন্য নিকটতম-প্রতিবেশী সেট সেট করবে যদি
বিকল্প দ্বারা কোন বিকল্প সেট প্রদান করা হয় না -A (মনে রাখবেন বিকল্পগুলি পড়া হয়েছে
ক্রমানুসারে)। অধিকন্তু এই প্যারামিটারটি যদি ব্যবহার করার সমীকরণ নির্ধারণ করে
অনুক্রমের দৈর্ঘ্য নিকটতম-প্রতিবেশী পদ্ধতির প্রয়োগের সীমা অতিক্রম করে
(লেখক দ্বারা নির্বিচারে সেট আপ)। সম্ভাব্য মান হয় dnadna, dnarna এবং rnadna
(সমার্থক), এবং rnarna. সামঞ্জস্যের কারণে আগের মান
গলে যাওয়া সংস্করণ A, B, C, F, R, S, T, U, W যদিও এখনও উপলব্ধ প্রবলভাবে
অবমূল্যায়ন বিকল্পটি ব্যবহার করুন -A থার্মোডাইনামিক এর একটি বিকল্প সেট প্রয়োজন
পরামিতি গুরুত্বপূর্ণ: ডুপ্লেক্স যদি একটি DNA/RNA হেটেরোডপ্লেক্স হয়, তাহলে এর ক্রম
ডিএনএ স্ট্র্যান্ড বিকল্প দিয়ে প্রবেশ করতে হবে -এনএস।

-Iইনপুট ফাইল
রানের পরামিতি ধারণকারী একটি ইনপুট ফাইলের নাম প্রদান করে। ইনপুট
প্রতি লাইনে একটি প্যারামিটার থাকতে হবে, কমান্ড লাইনের মতো ফরম্যাট করা হয়েছে। ক্রম
গুরুত্বপূর্ণ নয়, পাশাপাশি ফাঁকা লাইন। উদাহরণ:

###শুরু###
-হদনাদনা
-Asug96a.nn
-এসএজিসিটিসিজিএটিসি
-CTCGAGGTGAG
-এন 0.2
-প0.0001
-v
-Ksan96a

###শেষ###

-ifile.nn
ইনোসাইন পেয়ারের বিকল্প সেট হিসেবে file.nn ব্যবহার করার জন্য প্রোগ্রামকে জানায়
পরামিতি, নির্দিষ্ট হাইব্রিডাইজেশন টাইপের জন্য ডিফল্টের পরিবর্তে।
গলানোর মানক বিতরণ কিছু ফাইল ব্যবহার করার জন্য প্রস্তুত প্রদান করে:
san05a.nn
(সান্টালুসিয়া এট আল 2005) ডিএনএ ডুপ্লেক্সে ডিঅক্সিনোসিনের জন্য, bre07a.nn (ব্রেন্ট এম
Znosko
এট আল 2007) আরএনএ ডুপ্লেক্সে ইনোসিনের জন্য। উল্লেখ্য যে সব ইনোসিন নয়
মিল নেই
wobble এর জোড়া তদন্ত করা হয়েছে. তাই এটা অসম্ভব হতে পারে
গনা
ইনোসিন জোড়া সহ একটি ডুপ্লেক্সের টিএম। তাছাড়া ঐ ইনোসিন জোড়া নয়
ধরা
আনুমানিক মোড দ্বারা অ্যাকাউন্টে.

-Kলবণ_সংশোধন
সোডিয়ামের ঘনত্বের জন্য একজনকে অন্য সংশোধন বেছে নেওয়ার অনুমতি দেয়। বর্তমানে,
একজনের মধ্যে বেছে নিতে পারেন wet91a, san96a, san98a. বিভাগ ALGORITHM দেখুন. টিপি বি.আই.
"-k" "x.xxe-xx"
পটাসিয়াম ঘনত্ব (মুহূর্তটির জন্য সর্বাধিক ঘনত্ব নেই)। প্রভাব
আয়নগুলির
নিউক্লিক অ্যাসিড ডুপ্লেক্সের থার্মোডাইনামিক স্থায়িত্ব জটিল, এবং
সংশোধন
ফাংশনগুলি সর্বোত্তম মোটামুটি অনুমানে। প্রকাশিত Tm সংশোধন
জন্য সূত্র
Owczarzy et al (2008) এর সোডিয়াম আয়ন তাই বাফারের ক্ষেত্রেও প্রযোজ্য
Tris বা ধারণকারী
কেসিএল মনোভ্যালেন্ট K+, Na+, Tris+ আয়ন DNA ডুপ্লেক্সকে স্থিতিশীল করে
অনুরূপ শক্তি সহ, এবং ডুপ্লেক্স স্থায়িত্বের উপর তাদের প্রভাব সংযোজক।
তবে এই সূত্র
শুধুমাত্র ডিএনএ ডুপ্লেক্সের জন্য।

-L আইনি তথ্য প্রিন্ট করে এবং EXIT_SUCCESS দিয়ে প্রস্থান করুন।

-Mdnadnamm.nn
ফাইলটি ব্যবহার করার জন্য প্রোগ্রামকে জানায় dnadnamm.nn এর অবদান গণনা করতে
হেলিক্স-কয়েল ট্রানজিশনের থার্মোডাইনামিকের সাথে অমিল। উল্লেখ্য যে সব না
অমিল ক্রিক এর জোড়া তদন্ত করা হয়েছে. তাই এটা অসম্ভব হতে পারে
একটি অমিল ডুপ্লেক্সের Tm গণনা করতে। তাছাড়া ওই গরমিলগুলোও নেওয়া হয় না
আনুমানিক মোড দ্বারা অ্যাকাউন্টে.

-Nx.xxe-xx
সোডিয়াম ঘনত্ব (0 এবং 10 M এর মধ্যে)। থার্মোডাইনামিক উপর আয়ন প্রভাব
নিউক্লিক অ্যাসিড ডুপ্লেক্সের স্থায়িত্ব জটিল, এবং সংশোধন ফাংশন
সর্বোত্তম রুক্ষ আনুমানিক হয়. উপরন্তু, তারা সাধারণত নির্ভরযোগ্য হয়
জন্য [Na+] [0.1,10M] এর অন্তর্গত। যদি অন্য কোন আয়ন না থাকে
সমাধান, আমরা শুধুমাত্র সোডিয়াম সংশোধন ব্যবহার করতে পারেন. অন্য ক্ষেত্রে, আমরা ব্যবহার করি
Owczarzy এর
অ্যালগরিদম।

-Oআউটপুট ফাইল
স্ট্যান্ডার্ড আউটপুটের পরিবর্তে আউটপুট এই ফাইলে নির্দেশিত হয়। নামটি হলো
ফাইল বাদ দেওয়া যেতে পারে। একটি স্বয়ংক্রিয় নাম তারপর তৈরি করা হয়, ফর্ম
meltingYYYYMMMDD_HHhMMm.out (অবশ্যই, POSIX কমপ্লায়েন্ট সিস্টেমে, আপনি অনুকরণ করতে পারেন
এটি প্রোগ্রাম তারিখের সাথে নির্মিত একটি ফাইলে stdout এর পুনঃনির্দেশ সহ)।

-Px.xxe-xx
অতিরিক্ত নিউক্লিক অ্যাসিড স্ট্র্যান্ডের ঘনত্ব (0 এবং 0.1 M এর মধ্যে)।

-p ক্যালোরিমেট্রিক প্যারামিটারের সেট থাকা অনুমিত ডিরেক্টরিটি ফেরত দিন এবং
EXIT_SUCCESS দিয়ে প্রস্থান করুন। পরিবেশ পরিবর্তনশীল NN_PATH সেট করা থাকলে, এটি ফেরত দেওয়া হয়।
অন্যথায়, সংকলনের সময় ডিফল্টরূপে সংজ্ঞায়িত মান ফেরত দেওয়া হয়।

-q ভুলভাবে প্রবেশ করা প্যারামিটারের ইন্টারেক্টিভ সংশোধন বন্ধ করুন। রানের জন্য দরকারী
একটি সার্ভারের মাধ্যমে, বা একটি ব্যাচ স্ক্রিপ্ট। ডিফল্ট বন্ধ (অর্থাৎ ইন্টারেক্টিভ চালু)। দ্য
সুইচ উভয় অর্থেই কাজ করে। অতএব যদি -q একটি ইনপুট ফাইলে সেট করা হয়েছে, অন্যটি
-q কমান্ড লাইনে শান্ত মোড বন্ধ করে দেবে (একই জিনিস যদি দুটি -q নির্ধারণ করা হয়
একই কমান্ড লাইনে)।

-Sক্রম
নিউক্লিক অ্যাসিড ডুপ্লেক্সের একটি স্ট্র্যান্ডের ক্রম, 5' থেকে 3' এ প্রবেশ করেছে। গুরুত্বপূর্ণ: যদি
এটি একটি ডিএনএ/আরএনএ হেটেরোডপ্লেক্স, ডিএনএ স্ট্র্যান্ডের ক্রমটি প্রবেশ করাতে হবে।
ইউরিডিন এবং থাইমিডিন অভিন্ন হিসাবে বিবেচিত হয়। ঘাঁটি উপরের বা হতে পারে
ছোট হাতের অক্ষর

-Tরচনা আনুমানিক গণনার আগে আকার থ্রেশহোল্ড। নিকটতম-প্রতিবেশী পন্থা
অনুক্রমের দৈর্ঘ্য এই থ্রেশহোল্ড থেকে নিকৃষ্ট হলেই ব্যবহার করা হবে।

-tx.xxe-xx
Tris বাফার ঘনত্ব (মুহূর্ত জন্য সর্বোচ্চ ঘনত্ব নেই)।
নিউক্লিক অ্যাসিডের থার্মোডাইনামিক স্থিতিশীলতার উপর আয়নগুলির প্রভাব
ডুপ্লেক্সগুলি জটিল, এবং সংশোধন ফাংশনগুলি সর্বোত্তম
মোটামুটি অনুমান। এর সোডিয়াম আয়নগুলির জন্য প্রকাশিত Tm সংশোধন সূত্র
Owczarzy এবং al(2008) তাই Tris বা ধারণ করা বাফারের ক্ষেত্রেও প্রযোজ্য
কেসিএল Monovalent K+, Na+, Tris+ আয়নগুলি DNA ডুপ্লেক্সকে একই রকমের সাথে স্থিতিশীল করে
ক্ষমতা, এবং
ডুপ্লেক্স স্থিতিশীলতার উপর তাদের প্রভাব সংযোজক। যাইহোক এই সূত্র শুধুমাত্র জন্য
ডিএনএ
ডুপ্লেক্স সতর্ক থাকুন, Tris+ আয়ন ঘনত্ব মোটের প্রায় অর্ধেক
tris বাফার
একাগ্রতা.

-v ভার্বোস মোড নিয়ন্ত্রণ করুন, বর্তমান রান সম্পর্কে আরও অনেক তথ্য জারি করে (চেষ্টা করুন
আপনি আকর্ষণীয় কিছু পেতে পারেন কিনা তা একবার দেখুন)। ডিফল্ট বন্ধ। সুইচ
উভয় অর্থে কাজ করে। অতএব যদি -v একটি ইনপুট ফাইলে সেট করা হয়েছে, অন্যটি -v on
কমান্ড লাইনটি ভার্বোজ মোড বন্ধ করে দেবে (একই জিনিস যদি দুটি -v উপর সেট করা হয়
একই কমান্ড লাইন)।

-V সংস্করণ নম্বর প্রদর্শন করে এবং EXIT_SUCCESS দিয়ে প্রস্থান করুন।

-x G+C বিষয়বস্তুর উপর ভিত্তি করে একটি আনুমানিক tm গণনা করতে প্রোগ্রামটিকে বাধ্য করুন। এই বিকল্প
সতর্কতার সাথে ব্যবহার করতে হবে। নোট করুন যে এই ধরনের একটি গণনা ক্রমবর্ধমান ভুল যখন
ডুপ্লেক্সের দৈর্ঘ্য হ্রাস পায়। তদুপরি, এটি নিউক্লিককে বিবেচনায় নেয় না
অ্যাসিড ঘনত্ব, যা একটি শক্তিশালী ভুল।

অ্যালগরিথ

তাপগতিবিদ্যা of হেলিক্স-কুণ্ডলী রূপান্তর of নিউক্লিক অ্যাসিড
নিকটতম-প্রতিবেশী পদ্ধতির উপর ভিত্তি করে যে হেলিক্স-কুণ্ডলী রূপান্তর হিসাবে কাজ করে
একটি জিপার একটি প্রাথমিক সংযুক্তির পরে, সংকরকরণ পার্শ্বীয়ভাবে প্রচারিত হয়।
অতএব, প্রক্রিয়াটি প্রতিটি স্ট্র্যান্ডের সংলগ্ন নিউক্লিওটাইডের উপর নির্ভর করে (ক্রিকের
জোড়া)। একই বেস পেয়ার সহ দুটি ডুপ্লেক্সের বিভিন্ন স্থিতিশীলতা থাকতে পারে এবং চলতে পারে
বিপরীতে, দুটি ডুপ্লেক্স যার বিভিন্ন ক্রম রয়েছে কিন্তু ক্রিকের জোড়ার একই সেট
একই তাপগতিবিদ্যা বৈশিষ্ট্য থাকবে (সুগিমোটো এট আল দেখুন। 1994)। এই প্রোগ্রাম
প্রাথমিক পরামিতি থেকে প্রথমে হাইব্রিডাইজেশন এনথালপি এবং এনট্রপি গণনা করে
প্রতিটি ক্রিক এর জোড়া।

DeltaH = deltaH(সূচনা) + SUM(deltaH(ক্রিকের জোড়া))
DeltaS = deltaS(সূচনা) + SUM(deltaS(Crick's pair))

নিউক্লিক অ্যাসিডের গভীর পর্যালোচনার জন্য Wetmur JG (1991) এবং SantaLucia (1998) দেখুন
সংকরকরণ এবং নিকটতম-প্রতিবেশী পরামিতিগুলির বিভিন্ন সেটে।

প্রভাব of অমিল এবং ঝোলা প্রান্ত
অমিল জোড়াও বিবেচনায় নেওয়া হয়। তবে থার্মোডাইনামিক পরামিতি
প্রতিটি সম্ভাব্য ক্ষেত্রে এখনও উপলব্ধ নয় (উল্লেখ্যভাবে যখন উভয় অবস্থানই থাকে
অমিল)। এই ধরনের ক্ষেত্রে, প্রোগ্রামটি, কোনো প্রাসঙ্গিক ফলাফল গণনা করতে অক্ষম, প্রস্থান করবে
একটি সতর্কতা সহ।

প্রথম এবং অবস্থান দুটি অমিল করা যাবে না। যেমন একটি ক্ষেত্রে, ফলাফল
অপ্রত্যাশিত, এবং সব ক্ষেত্রেই সম্ভব। উদাহরণস্বরূপ (Alawi এবং SanLucia 1997 দেখুন),
ডুপ্লেক্স

যেমন AT
জিটিজিএজিসিটিসিএটি
TACTCGAGTG
টিএ

তুলনায় আরও স্থিতিশীল

AGTGAGCTCATT
TTACTCGAGTGA

ঝুলন্ত প্রান্ত, যে অমিলিত টার্মিনাল নিউক্লিওটাইড, অ্যাকাউন্টে নেওয়া যেতে পারে।

উদাহরণ
ডেল্টাএইচ(
AGCGATGAA-
-CGCTGCTTT
) = DeltaH(AG/-C)+DeltaH(A-/TT)
+DeltaH(initG/C)+DeltaH(initA/T)
+DeltaH(GC/CG)+DeltaH(CG/GC)+2xDeltaH(GA/CT)+DeltaH(AA/TT)
+ডেল্টা(AT/TG অমিল) +DeltaG(TC/GG অমিল)

(একই গণনা DeltaS এর জন্য সঞ্চালিত হয়)

সার্জারির দ্রবণ তাপমাত্রা
তারপর গলনের তাপমাত্রা নিম্নলিখিত সূত্র দ্বারা গণনা করা হয়:

Tm = DeltaH / (DeltaS + Rx ln ([নিউক্লিক অ্যাসিড]/F))
Tm in K (এর জন্য [Na+] = 1 M)
+ f([Na+]) - 273.15
সংশোধন লবণের ঘনত্বের জন্য (যদি শুধুমাত্র সোডিয়াম ক্যাশন থাকে
সমাধান) এবং তাপমাত্রা ডিগ্রি সেলসিয়াসে পেতে। (আসলে কিছু সংশোধন হল
সরাসরি DeltaS-এ অন্তর্ভুক্ত সানলুসিয়া 1998 দেখুন)

সংশোধন উন্নত দ্য একাগ্রতা of নিউক্লিক অ্যাসিড
দুটি স্ট্র্যান্ডের ঘনত্ব একই হলে, স্ব-পরিপূরকের ক্ষেত্রে F হল 1
oligonucleotides, 4 অন্যথায়. যদি একটি স্ট্র্যান্ড অতিরিক্ত হয় (উদাহরণস্বরূপ পিসিআরে
পরীক্ষা), F হল 2 (আসলে সূত্রের পার্থক্য ব্যবহার করতে হবে
মোট ঘনত্বের পরিবর্তে ঘনত্ব, তবে অতিরিক্ত যদি যথেষ্ট হয়,
মোট ঘনত্ব স্ট্র্যান্ডের ঘনত্বের অনুরূপ বলে ধরে নেওয়া যেতে পারে
অতিরিক্ত).

তবে মনে রাখবেন, MELTING কোনো স্ব-সমাবেশের অনুমান করে না, অর্থাত গণনা করে
স্ব-পরিপূরকতার জন্য সংশোধন করার জন্য কোনো এনট্রপিক শব্দ গ্রহণ করবেন না।

সংশোধন উন্নত দ্য একাগ্রতা of লবণ
যদি সমাধানে শুধুমাত্র সোডিয়াম আয়ন থাকে তবে আমরা নিম্নলিখিত সংশোধনগুলি ব্যবহার করতে পারি:

এর মধ্যে সংশোধন নির্বাচন করা যেতে পারে wet91a, Wetmur 1991 এ উপস্থাপিত অর্থাত
16.6 x লগ([Na+] / (1 + 0.7 x [Na+])) + 3.85

san96a সান্তালুসিয়া এট আল-এ উপস্থাপিত। 1996 অর্থাত
12.5 x লগ[Na+]

এবং san98a সান্তালুসিয়া 1998 এ উপস্থাপিত অর্থাত এনট্রপিক শব্দের একটি সংশোধন ছাড়া
এনথালপির পরিবর্তন
DeltaS = DeltaS([Na+]=1M) + 0.368 x (N-1) x ln[Na+]

যেখানে N হল ডুপ্লেক্সের দৈর্ঘ্য
টার্মিনাল ফসফেটস, যা কার্যকরভাবে আমাদের N-1 এর সমান)। সাবধান, এই সংশোধন হয়
cal.mol-1.K-1-এ প্রকাশিত এনট্রপি মান সংশোধন করার জন্য বোঝানো হয়েছে!!!

সংশোধন উন্নত দ্য একাগ্রতা of আয়ন কখন অন্যান্য একচেটিয়া আয়ন এমন as ট্রিস+ এবং K+ or
দ্বিগুণ Mg2 + + আয়ন হয় যোগ
যদি শুধুমাত্র Na+ আয়ন থাকে, তাহলে আমরা লবণের ঘনত্বের জন্য সংশোধন ব্যবহার করতে পারি (দেখুন
উপরে)। বিপরীত ক্ষেত্রে, আমরা ম্যাগনেসিয়াম এবং মনোভ্যালেন্ট আয়ন সংশোধন ব্যবহার করব
Owczarzy et al (2008) থেকে। (শুধুমাত্র ডিএনএ ডুপ্লেক্সের জন্য)

[সোম+] = [Na+] + [K+] + [Tris+]

যেখানে [Tris+] = [Tris বাফার]/2. (বিকল্প -t-এ, এটি ট্রিস বাফার ঘনত্ব
যা প্রবেশ করানো হয়)।

যদি [Mon+] = 0 হয়, তাহলে ডিভালেন্ট আয়নগুলিই একমাত্র আয়ন থাকে
এবং গলে যাওয়া তাপমাত্রা হল:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + a - bx ln([Mg2+]) + Fgc x (c + dx ln([Mg2+]) + 1/(2 x (Nbp -
1)) x (- e +fx ln([Mg2+]) + gx ln([Mg2+]) x ln([Mg2+]))

যেখানে: a = 3.92/100000। b = 9.11/1000000। c = 6.26/100000। d = 1.42/100000। e =
4.82/10000। f = 5.25/10000। g = 8.31/100000। Fgc হল GC বেস জোড়ার ভগ্নাংশ
ক্রম এবং Nbp হল অনুক্রমের দৈর্ঘ্য (বেস জোড়ার সংখ্যা)।

যদি [Mon+] > 0 হয়, তবে বেশ কিছু ক্ষেত্রে আছে কারণ আমাদের একটি প্রতিযোগিতামূলক DNA বাঁধাই থাকতে পারে
মনোভ্যালেন্ট এবং ডিভালেন্ট ক্যাশনের মধ্যে:

যদি অনুপাত [Mg2+]^(0.5)/[Mon+] 0.22 এর থেকে নিকৃষ্ট হয়, তাহলে মনোভ্যালেন্ট আয়ন প্রভাব
প্রভাবশালী, ডিভালেন্ট ক্যাটেশন উপেক্ষা করা যেতে পারে এবং গলে যাওয়া তাপমাত্রা হল:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + (4.29 x Fgc - 3.95) x 1/100000 x ln([mon+]) + 9.40 x 1/1000000
x ln([Mon+]) x ln([Mon+])

যেখানে : ক্রমানুসারে Fgc হল GC বেস জোড়ার ভগ্নাংশ।

যদি [Mg2+]^(0.5)/[Mon+] অনুপাতটি [0.22, 6[-এর মধ্যে অন্তর্ভুক্ত করা হয়, তাহলে আমাদের উভয়কেই বিবেচনা করতে হবে
Mg2+ এবং monovalent cations ঘনত্ব। গলে যাওয়া তাপমাত্রা হল:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + a - bx ln([Mg2+]) + Fgc x (c + dx ln([Mg2+]) + 1/(2 x (Nbp -
1)) x (- e + fx ln([Mg2+]) + gx ln([Mg2+]) x ln([Mg2+]))

যেখানে : a = 3.92/100000 x (0.843 - 0.352 x [Mon+]0.5 x ln([Mon+]))।
b = 9.11/1000000। c = 6.26/100000।
d = 1.42/100000 x (1.279 - 4.03/1000 x ln([mon+]) - 8.03/1000 x ln([mon+] x
ln([mon+])। e = 4.82/10000। f = 5.25/10000। g = 8.31/100000 x (0.486 -
0.258 x ln([mon+]) + 5.25/1000 x ln([mon+] x ln([mon+] x ln([mon+])।

Fgc হল অনুক্রমের GC বেস জোড়ার ভগ্নাংশ এবং Nbp হল অনুক্রমের দৈর্ঘ্য
(বেস জোড়ার সংখ্যা)।

পরিশেষে, যদি অনুপাত [Mg2+]^(0.5)/[Mon+] 6-এর থেকে উচ্চতর হয়, তাহলে দ্বিভাজক আয়ন প্রভাব
প্রভাবশালী, মনোভ্যালেন্ট ক্যাটেশনকে উপেক্ষা করা যেতে পারে এবং গলে যাওয়া তাপমাত্রা হল:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + a - bx ln([Mg2+]) + Fgc x (c + dx ln([Mg2+]) + 1/(2 x (Nbp -
1)) x (- e + fx ln([Mg2+]) + gx ln([Mg2+]) x ln([Mg2+]))

যেখানে: a = 3.92/100000। b = 9.11/1000000। c = 6.26/100000। d = 1.42/100000। e =
4.82/10000। f = 5.25/10000। g = 8.31/100000।

Fgc হল অনুক্রমের GC বেস জোড়ার ভগ্নাংশ এবং Nbp হল অনুক্রমের দৈর্ঘ্য
(বেস জোড়ার সংখ্যা)।

দীর্ঘ সিকোয়েন্স
এটা উপলব্ধি করা গুরুত্বপূর্ণ যে নিকটতম-প্রতিবেশী পদ্ধতির উপর প্রতিষ্ঠিত হয়েছে
ছোট অলিগোনিউক্লিওটাইডস। অতএব নন-অনুমানিক মোডে গলানোর ব্যবহার
শুধুমাত্র অপেক্ষাকৃত ছোট সিকোয়েন্সের জন্য সত্যিই সঠিক (যদিও যদি সিকোয়েন্স দুটি হয়
সংক্ষেপে, ধরা যাক < 6 bp, extremities এর প্রভাব খুব গুরুত্বপূর্ণ হয়ে ওঠে এবং
নির্ভরযোগ্যতা অনেক কমে যায়)। দীর্ঘ ক্রমগুলির জন্য একটি আনুমানিক মোড ডিজাইন করা হয়েছে৷
এই মোডটি চালু করা হয় যদি ক্রম দৈর্ঘ্য বিকল্প দ্বারা প্রদত্ত মানের থেকে বেশি হয়
-T (ডিফল্ট থ্রেশহোল্ড 60 bp)।

গলনের তাপমাত্রা নিম্নলিখিত সূত্র দ্বারা গণনা করা হয়:

DNA/DNA:
Tm = 81.5+16.6*log10([Na+]/(1+0.7[Na+]))+0.41%GC-500/size

DNA/RNA:
Tm = 67+16.6*log10([Na+]/(1.0+0.7[Na+]))+0.8%GC-500/size

RNA/RNA:
Tm = 78+16.6*log10([Na+]/(1.0+0.7[Na+]))+0.7%GC-500/size

এই মোড তবুও প্রবলভাবে নিরুৎসাহিত

বিবিধ মন্তব্য
গলন বর্তমানে সঠিক তখনই যখন সংকরকরণ pH 71 এ সঞ্চালিত হয়।

গণনা শুধুমাত্র জলীয় মাধ্যমে সঞ্চালিত হাইব্রিডাইজেশনের জন্য বৈধ।
তাই ফরমামাইডের মতো ডিনাচারিং এজেন্টের ব্যবহার সম্পূর্ণরূপে বাতিল করে দেয়
ফলাফল.

তথ্যসূত্র

আলাউই এইচটি, সান্তালুসিয়া জে. (1997)। অভ্যন্তরীণ GT-এর থার্মোডাইনামিক্স এবং NMR অমিল
ডিএনএ। প্রাণরসায়ন 36: 10581 10594

আলাউই এইচটি, সান্তালুসিয়া জে. (1998)। এর জন্য নিকটতম প্রতিবেশী তাপগতিবিদ্যার পরামিতি
ডিএনএ-তে অভ্যন্তরীণ GA অমিল। প্রাণরসায়ন 37: 2170 2179

আলাউই এইচটি, সান্তালুসিয়া জে. (1998)। ডিএনএ-তে অভ্যন্তরীণ সিটি অমিলের তাপগতিবিদ্যা।
নিউক্লিক অ্যাসিড রেস 26: 2694-2701

আলাউই এইচটি, সান্তালুসিয়া জে. (1998)। অভ্যন্তরীণ এসির নিকটতম প্রতিবেশী তাপগতিবিদ্যা
ডিএনএ-তে অমিল: ক্রম নির্ভরতা এবং পিএইচ প্রভাব। প্রাণরসায়ন 37: 9435-9444

বোমারিটো এস., পেয়ারেট এন., সান্তালুসিয়া জে. (2000)। ডিএনএ সিকোয়েন্সের জন্য থার্মোডাইনামিক প্যারামিটার
ঝুলন্ত শেষ সঙ্গে. নিউক্লিক অ্যাসিড রেস 28: 1929 1934

Breslauer KJ, Frank R., Bl�ker H., Marky LA (1986)। ডিএনএ ডুপ্লেক্স স্থিতিশীলতার পূর্বাভাস
বেস সিকোয়েন্স থেকে। proc Natl আকদ বিজ্ঞান মার্কিন 83: 3746 3750

ফ্রেয়ার এসএম, কিয়েরজেক আর., জেগার জেএ, সুগিমোটো এন., ক্যারুথারস এমএইচ, নিলসন টি., টার্নার ডিএইচ
(1986)। RNA ডুপ্লেক্স স্থায়িত্বের পূর্বাভাসের জন্য উন্নত মুক্ত-শক্তি পরামিতি।
প্রাণরসায়ন 83: 9373-9377

Owczarzy R., Moreira BG, You Y., Behlke MB, Walder JA (2008) Predicting Stability
ম্যাগনেসিয়াম এবং মনোভ্যালেন্ট ক্যাশন ধারণকারী দ্রবণে ডিএনএ ডুপ্লেক্সের। বায়োকেমিস্ট্রি 47:
5336-5353।

Peyret N., Seneviratne PA, Allawi HT, SantaLucia J. (1999)। নিকটতম প্রতিবেশী
অভ্যন্তরীণ AA, CC, GG এবং TT অমিল সহ DNA ক্রমগুলির তাপগতিবিদ্যা এবং NMR।
নির্ভরতা এবং পিএইচ প্রভাব। প্রাণরসায়ন 38: 3468 3477

সান্তালুসিয়া জে. জুনিয়র, আলাউই এইচটি, সেনেভিরাত্নে পিএ (1996)। উন্নত নিকটতম-প্রতিবেশী
ডিএনএ ডুপ্লেক্স স্থায়িত্বের পূর্বাভাসের জন্য পরামিতি। প্রাণরসায়ন 35: 3555 3562

Sugimoto N., Katoh M., Nakano S., Ohmichi T., Sasaki M. (1994)। RNA/DNA হাইব্রিড ডুপ্লেক্স
অভিন্ন নিকটতম-প্রতিবেশী বেস-পেয়ারগুলির সাথে অভিন্ন স্থিতিশীলতা রয়েছে। ফেবস চিঠিপত্র 354:
74-78

সুগিমোটো এন., নাকানো এস., কাতোহ এম., মাতসুমুরা এ., নাকামুতা এইচ., ওহমিচি টি., ইয়োনিয়ামা এম.,
সাসাকি এম. (1995)। RNA/DNA হাইব্রিডের স্থায়িত্বের পূর্বাভাস দিতে থার্মোডাইনামিক প্যারামিটার
ডুপ্লেক্স প্রাণরসায়ন 34: 11211 11216

Sugimoto N., Nakano S., Yoneyama M., Honda K. (1996)। উন্নত থার্মোডাইনামিক পরামিতি
এবং হেলিক্স ইনিশিয়েশন ফ্যাক্টর ডিএনএ ডুপ্লেক্সের স্থিতিশীলতার পূর্বাভাস দিতে। নিউক অ্যাসিড রেস 24:
4501-4505

Watkins NE, Santalucia J. Jr. (2005)। ডিঅক্সিনোসিনের নিকটতম-প্রতিবেশী টি- হারমোডাইনামিক্স
ডিএনএ ডুপ্লেক্সে জোড়া। নিউক্লিক অ্যাসিড গবেষণা 33: 6258-6267

রাইট ডিজে, রাইস জেএল, ইয়াঙ্কার ডিএম, জনোস্কো বিএম (2007)। জন্য নিকটতম প্রতিবেশী পরামিতি
আরএনএ ডুপ্লেক্সে ইনোসিন-ইউরিডিন জোড়া। বায়োকেমিস্ট্রি 46: 4625-4634

Xia T., SantaLucia J., Burkard ME, Kierzek R., Schroeder SJ, Jiao X., Cox C., Turner
DH (1998)। একটি প্রসারিত নিকটতম-প্রতিবেশী মডেলের জন্য তাপগতিবিদ্যার পরামিতি
ওয়াটসন-ক্রিক বেস জোড়ার সাথে আরএনএ ডুপ্লেক্সের গঠন। প্রাণরসায়ন 37: 14719 14735

পর্যালোচনার জন্য দেখুন:

সান্টালুসিয়া জে. (1998) পলিমার, ডাম্বেল, এবং অলিগোনিউক্লিওটাইড ডিএনএ-এর নিকটতম-
প্রতিবেশী তাপগতিবিদ্যা। proc Natl আকদ বিজ্ঞান মার্কিন 95: 1460 1465

সান্তালুসিয়া জে., হিক্স ডোনাল্ড (2004) ডিএনএ স্ট্রাকচারাল মোটিফের তাপগতিবিদ্যা। আন্নু।
রেভ. বায়োফিস। গঠন. 33: 415 -440

ওয়েটমুর জেজি (1991) ডিএনএ প্রোব: নিউক্লিক অ্যাসিডের নীতিগুলির প্রয়োগ
শঙ্কর। সমালোচক এনজিনের পার বায়োকিম আঁচিল বাইওল 26: 227 259

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে মেলটিং ব্যবহার করুন