mhap - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

mhap - সম্ভাব্য ক্রম ওভারল্যাপিং

বর্ণনাঃ

সেট করুন -s অথবা -p বিকল্প নীচের বিকল্পগুলি দেখুন: MHAP: MinHash অ্যালাইনমেন্ট প্রোটোকল।
দীর্ঘ-পঠিত ক্রমগুলির (যেমন PacBio বা Nanopore) ওভারল্যাপগুলি খুঁজে বের করার জন্য একটি সরঞ্জাম
জৈব তথ্যবিজ্ঞান

সংস্করণ: 1.6, বিল্ড সময়: 09/12/2015 11:46 PM ব্যবহার 1 (সরাসরি সম্পাদন): java
সার্ভার -এক্সএমএক্স - জার -s[-প্র
ফাইল>] [-f ] ব্যবহার 2 (প্রি-কম্পিউটেড তৈরি করুন
বাইনারি): java সার্ভার -এক্সএমএক্স - জার -p
-q [-চ ]

-- প্রান্তিককরণ, ডিফল্ট = মিথ্যা
পরীক্ষামূলক বিকল্প।

-- প্রান্তিককরণ-অফসেট, ডিফল্ট = -0.535
প্রান্তিককরণ ম্যাচ স্কোরের বৈচিত্র্যের জন্য অ্যাকাউন্টের অফসেট।

-- প্রান্তিককরণ-স্কোর, ডিফল্ট = 1.0E-6
প্রান্তিককরণ ম্যাচের জন্য কাটঅফ স্কোর।

--ফিল্টার-থ্রেশহোল্ড, ডিফল্ট = 1.0E-5
[ডবল], কাটঅফ যেখানে k-mer ফিল্টার ফাইলের k-mer বিবেচনা করা হয়
পুনরাবৃত্তিমূলক একটি নির্দিষ্ট k-mer-এর জন্য এই মানটি দ্বিতীয় কলামে উল্লেখ করা হয়েছে
ফিল্টার ফাইল। কোনো ফিল্টার ফাইল প্রদান করা না হলে, এই বিকল্পটি উপেক্ষা করা হয়।

--help, ডিফল্ট = মিথ্যা
সাহায্য মেনু প্রদর্শন করে।

--max-shift, ডিফল্ট = 0.2
[ডবল], আনুমানিক ওভারল্যাপের বাম এবং ডানে অঞ্চলের আকার, উদ্ভূত হিসাবে
মাঝারি স্থানান্তর এবং ক্রম দৈর্ঘ্য থেকে, যেখানে একটি কে-মের মিল এখনও রয়েছে
বৈধ বলে বিবেচিত। দ্বিতীয় পর্যায়ে ফিল্টার শুধুমাত্র.

--মিনিট-স্টোর-দৈর্ঘ্য, ডিফল্ট = 0
[int], বাক্সে সংরক্ষিত পড়ার ন্যূনতম দৈর্ঘ্য। ফিল্টার আউট ব্যবহার করা হয়
FASTA ফাইল থেকে সংক্ষিপ্ত পাঠ।

--ন্যানোপোর-দ্রুত, ডিফল্ট = মিথ্যা
ন্যানোপুর দ্রুত সেটিংসের জন্য সমস্ত পরামিতি সেট করুন। এটি বর্তমান সেরা
নির্দেশিকা, এবং সতর্কতা ছাড়াই যে কোনো সময় পরিবর্তন হতে পারে।

--না-নিজেকে, ডিফল্ট = মিথ্যা
একটি বাক্সের ভিতরে ক্রমগুলির মধ্যে ওভারল্যাপগুলি গণনা করবেন না৷ ব্যবহার করা উচিত যখন
টু এবং ফ্রম সিকোয়েন্স বিভিন্ন ফাইল থেকে আসছে।

--সংখ্যা-হ্যাশ, ডিফল্ট = 512
[int], MinHashing-এ ব্যবহৃত মিন-মারের সংখ্যা।

--সংখ্যা-মিন-ম্যাচ, ডিফল্ট = 3
[int], ন্যূনতম # min-mer যা অবশ্যই দ্বিতীয় পর্যায়ের ফিল্টার গণনা করার আগে শেয়ার করতে হবে।
এই মানের নীচের যেকোন ক্রমগুলিকে অ-ওভারল্যাপিং হিসাবে বিবেচনা করা হয়।

--সংখ্যা-থ্রেড, ডিফল্ট = 12
[int], গণনার জন্য ব্যবহার করার জন্য থ্রেডের সংখ্যা। সাধারণত 2 x # কোরে সেট করা হয়।

--প্যাকবিও-দ্রুত, ডিফল্ট = মিথ্যা
PacBio দ্রুত সেটিং এর জন্য সমস্ত পরামিতি সেট করুন। এটি বর্তমান সেরা
নির্দেশিকা, এবং সতর্কতা ছাড়াই যে কোনো সময় পরিবর্তন হতে পারে।

--প্যাকবায়ো-সংবেদনশীল, ডিফল্ট = মিথ্যা
PacBio সংবেদনশীল সেটিংসের জন্য সমস্ত পরামিতি সেট করুন। এটি বর্তমান সেরা
নির্দেশিকা, এবং সতর্কতা ছাড়াই যে কোনো সময় পরিবর্তন হতে পারে।

--স্টোর-পূর্ণ-আইডি, ডিফল্ট = মিথ্যা
FASTA ফাইলে দেখা হিসাবে সম্পূর্ণ আইডি সংরক্ষণ করুন, শুধুমাত্র অনুক্রম সংরক্ষণ করার পরিবর্তে
ফাইলে অবস্থান। কিছু FASTA ফাইলের দীর্ঘ IDS আছে, ফলে ফলাফলের আউটপুট ধীর হয়ে যায়।
সংকুচিত ফাইল বিন্যাস ব্যবহার করার সময় এই বিকল্পগুলি উপেক্ষা করা হয়।

-- প্রান্তিক, ডিফল্ট = 0.04
[ডবল], দ্বিতীয় পর্যায়ের সাজানোর-একত্রীকরণের জন্য থ্রেশহোল্ড সাদৃশ্য স্কোর কাটঅফ
ছাঁকনি. এটি ওভারল্যাপিংয়ে k-mers মিলের গড় সংখ্যার উপর ভিত্তি করে
অঞ্চল।

--সংস্করণ, ডিফল্ট = মিথ্যা
সংস্করণ এবং বিল্ড সময় প্রদর্শন করে।

--ভারিত, ডিফল্ট = মিথ্যা
ওজনযুক্ত MinHashing সঞ্চালন.

-f, ডিফল্ট = ""
k-mer ফিল্টার ফাইলটি অত্যন্ত পুনরাবৃত্তিমূলক k-mers ফিল্টার করার জন্য ব্যবহৃত হয়। সাজাতে হবে
ফ্রিকোয়েন্সি অবরোহী ক্রমে (দ্বিতীয় কলাম)।

-h, ডিফল্ট = মিথ্যা
সাহায্য মেনু প্রদর্শন করে।

-k, ডিফল্ট = 16
[int], k-mer সাইজ MinHashing-এর জন্য ব্যবহৃত হয়। দ্বিতীয় পর্যায়ের ফিল্টারের জন্য k-mer আকার
আলাদা, এবং সংশোধন করা যাবে না।

-p, ডিফল্ট = ""
ব্যবহার 2 শুধুমাত্র. FASTA ফাইল ধারণকারী ডিরেক্টরি যা রূপান্তর করা উচিত
স্টোরেজ জন্য বাইনারি বিন্যাস.

-q, ডিফল্ট = ""
ব্যবহার 1: পড়ার FASTA ফাইল, বা ফাইলগুলির একটি ডিরেক্টরি, যেটির সাথে তুলনা করা হবে
বাক্সে পড়ার সেট (দেখুন -s) ব্যবহার 2: বাইনারি জন্য আউটপুট ডিরেক্টরি
ফরম্যাট করা dat ফাইল।

-s, ডিফল্ট = ""
ব্যবহার 1 শুধুমাত্র. FASTA বা বাইনারি dat ফাইল (ব্যবহার 2 দেখুন) এর রিড হবে
একটি বাক্সে সংরক্ষিত, এবং যে সমস্ত পরবর্তী পঠিত তুলনা করা হবে.

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে mhap অনলাইন ব্যবহার করুন