mincresample - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

mincresample - নতুন স্থানিক মাত্রা বরাবর একটি minc ফাইলের নমুনা

সাইনোপিসিস

ছোট নমুনা [ ]

বর্ণনাঃ

ক্ষুদ্র নমুনা নতুন ভক্সেলের সাথে নতুন স্থানিক মাত্রা বরাবর একটি মিনক ফাইল পুনরায় নমুনা করা হবে
অবস্থান ইনপুট ফাইলের প্রতিটি ভলিউম (স্থানীয় মাত্রা xspace, yspace দ্বারা প্রদত্ত
এবং zspace) কমান্ড-লাইন বিকল্প অনুযায়ী পুনরায় নমুনা করা হয়। অ-স্থানিক মাত্রা হয়
তাদের মূল ক্রমে সংরক্ষিত, কিন্তু স্থানিক মাত্রা দিতে পুনরায় আদেশ করা যেতে পারে
তির্যক, স্যাজিটাল বা করোনাল ছবি। নতুন ভক্সেল মান ত্রি- ব্যবহার করে গণনা করা হয়
রৈখিক, ট্রাই-কিউবিক বা নিকটতম-প্রতিবেশী ইন্টারপোলেশন।

বিশ্ব সমন্বয়

বিশ্ব স্থানাঙ্কগুলি কিছু ভৌত উৎপত্তির সাপেক্ষে মিলিমেট্রিক স্থানাঙ্ককে বোঝায়
(হয় স্ক্যানার বা কিছু শারীরবৃত্তীয় কাঠামো)। Voxel স্থানাঙ্ক সহজভাবে হয়
একটি প্রদত্ত ভক্সেলের ইমেজ ভলিউমের মধ্যে সূচক। উপযুক্ত নির্দিষ্ট করার জন্য
রিস্যাম্পলিং অপশন, MINC স্থানাঙ্ক রূপান্তর কিভাবে কাজ করে তা বুঝতে হবে।

একটি MINC ছবির ভলিউমের প্রতিটি মাত্রা নামের দ্বারা নির্দিষ্ট করা হয় - স্থানিক মাত্রাগুলি হল
xspace, yspace এবং zspace. কনভেনশন হল যে ইতিবাচক xspace স্থানাঙ্কগুলি থেকে চলে
রোগীর বাম পাশ থেকে ডান দিকে, ইতিবাচক yspace স্থানাঙ্ক রোগীর পশ্চাৎভাগ থেকে সঞ্চালিত হয়
অগ্রবর্তী এবং ধনাত্মক zspace স্থানাঙ্কগুলি নিকৃষ্ট থেকে উচ্চতর পর্যন্ত চলে। প্রতিটি জন্য
এই স্থানিক মাত্রা, বিশ্বের স্থানাঙ্ক রূপান্তর একটি জোড়া দ্বারা নির্দিষ্ট করা হয়
বৈশিষ্ট্য: ধাপ এবং শুরু। এক্সস্পেস ওয়ার্ল্ড কোঅর্ডিনেট, উদাহরণস্বরূপ x ব্যবহার করে গণনা করা হয়
= v*step + start, যেখানে x হল x বিশ্ব স্থানাঙ্ক এবং v হল ভক্সেল গণনা (এ থেকে শুরু
শূন্য)। এইভাবে ধাপের বৈশিষ্ট্যের মাত্রা ভক্সেল এবং এর মধ্যে দূরত্ব নির্দিষ্ট করে
স্টেপ অ্যাট্রিবিউটের চিহ্নটি অক্ষের অভিযোজন নির্দিষ্ট করে।

আরও একটি মোচড় রয়েছে: MINC ফাইলগুলির সাথে নন-অর্থোগোনাল অক্ষ রাখার অনুমতি দেওয়া হয়
পরিমাপগুলি নামযুক্ত অক্ষের সাথে পুরোপুরি সারিবদ্ধ নয়। একটি দিক_কোসাইন হতে পারে
অ্যাট্রিবিউট যা অক্ষের প্রকৃত অভিযোজন দেয়। উদাহরণস্বরূপ, সাধারণত xspace
মাত্রা বিশ্ব x অক্ষের সাথে সারিবদ্ধ হওয়া উচিত, অর্থাৎ। দিক কোসাইন = (1,0,0); যাহোক,
(0.9, 0.43589, 0) এর একটি দিকনির্দেশক কোসাইন থাকা সম্ভব।

এই বৈশিষ্ট্যগুলি (পদক্ষেপ, শুরু এবং দিক_কোসাইন) ভক্সেল থেকে একটি রূপান্তর প্রদান করে
বিশ্বের সমন্বয়ে স্থানাঙ্ক. একটি বরাবর উপাদান বা নমুনা একটি সংখ্যা সঙ্গে মিলিত
অক্ষ, তারা আউটপুট স্যাম্পলিং কোথায় হওয়া উচিত তার একটি সম্পূর্ণ বিবরণ প্রদান করে।
যাইহোক, যখন আমরা ডেটা পুনরায় নমুনা করি, তখন আমরা প্রায়শই বিশ্বের পরিবর্তনে আগ্রহী হই
স্থানাঙ্ক: একটি এমআরআই স্ক্যানারের স্থানাঙ্ক সিস্টেম থেকে একটি পিইটি স্ক্যানারের স্থানাঙ্ক সিস্টেমে,
উদাহরণস্বরূপ, বা এর অধিগ্রহণ স্থানের একটি ভলিউম থেকে একটি প্রমিত মধ্যে স্থানাঙ্ক
স্থান বিশ্বের স্থানাঙ্কের এই পরিবর্তনটি a ব্যবহারের মাধ্যমে নির্দিষ্ট করা যেতে পারে
রূপান্তর (.xfm) ফাইল। সুতরাং, সাধারণভাবে, পুনরায় নমুনাকরণে তিনটি জড়িত থাকে
রূপান্তর: ইনপুট ফাইলের ভক্সেল স্থানাঙ্ক থেকে এর বিশ্ব স্থানাঙ্কে
(ইনপুট ফাইল দ্বারা নির্দিষ্ট), ইনপুট বিশ্ব স্থানাঙ্ক থেকে আউটপুট বিশ্বে
স্থানাঙ্ক (রূপান্তর ফাইল দ্বারা নির্দিষ্ট), এবং আউটপুট ফাইলের বিশ্ব থেকে
এর ভক্সেল স্থানাঙ্কে স্থানাঙ্ক (কমান্ড-লাইন বিকল্প দ্বারা নির্দিষ্ট)।

সাধারণভাবে, দিকনির্দেশক কোসাইনগুলি খুব কমই ব্যবহৃত হয় - অক্ষের পুনঃঅভিযোজন a দ্বারা নির্দিষ্ট করা হয়
বিশ্বের স্থানাঙ্ক পরিবর্তন (রূপান্তর ফাইল)। সেইসাথে, resampling অবস্থান
(আউটপুট ওয়ার্ল্ড থেকে ভক্সেল রূপান্তর) প্রায়শই একটি মডেল ফাইলের সাপেক্ষে নির্দিষ্ট করা হয় (যেমন।
এই ফাইলটি পুনরায় নমুনা করুন যাতে এটি সেই ফাইলের মতো দেখায়)। যদিও একটি জন্য অনেক অপশন আছে
রূপান্তরের সম্পূর্ণ স্পেসিফিকেশন, একজনকে সাধারণত আরও নির্দিষ্ট করার প্রয়োজন হয় না
তাদের কয়েক থেকে.

বিকল্প

নোট করুন যে বিকল্পগুলি সংক্ষিপ্ত আকারে নির্দিষ্ট করা যেতে পারে (যতক্ষণ তারা অনন্য) এবং
কমান্ড লাইনের যেকোনো জায়গায় দেওয়া যেতে পারে।

সাধারণ অপশন

-2 MINC 2.0 ফর্ম্যাট আউটপুট ফাইল তৈরি করুন।

-ক্লোবার
একটি বিদ্যমান ফাইল ওভাররাইট করুন।

-নোক্লোবার
একটি বিদ্যমান ফাইল ওভাররাইট করবেন না (ডিফল্ট)।

-ভারবস
গণনা করা প্রতিটি স্লাইসের জন্য অগ্রগতি তথ্য মুদ্রণ করুন (ডিফল্ট)।

- শান্ত অগ্রগতি তথ্য প্রিন্ট আউট করবেন না.

পুনরায় মডেলিং সবিস্তার বিবরণী

বিকল্পগুলি যা আউটপুট স্যাম্পলিং দেয় (নিম্নলিখিত সবগুলি ছাড়া - রূপান্তর) হয়
কমান্ড লাইনে প্রদর্শিত ক্রমানুসারে পার্স করা হয়েছে। এইভাবে একটি আদেশ সঙ্গে -একটি
file.mnc -জেনেলিমেন্টস 34 -zstep 2 ফাইলে এর মতো একটি নমুনা দেবে file.mnc কিন্তু
34 মিমি বরাবর 2টি নমুনা সহ zspace অক্ষ ডিফল্ট নমুনা থেকে নেওয়া হয়
ইনপুট ফাইল, কোনো রূপান্তর অনুযায়ী রূপান্তরিত।

- রূপান্তর file.xfm
বিশ্বের স্থানাঙ্ক রূপান্তর প্রদানকারী একটি ফাইল নির্দিষ্ট করুন (ডিফল্ট হল পরিচয়
রূপান্তর)।

-উল্টানো_রূপান্তর
এটি ব্যবহার করার আগে রূপান্তর বিপরীত.

-noinvert_transformation
কোন রূপান্তর উল্টাতে হবে না (ডিফল্ট)।

-tfm_input_sampling
ইনপুট স্যাম্পলিং ট্রান্সফর্ম করুন (নির্দিষ্ট ট্রান্সফর্ম ব্যবহার করে - রূপান্তর)
ডেটা সহ এবং এটিকে ডিফল্ট স্যাম্পলিং (ডিফল্ট) হিসাবে ব্যবহার করুন।

-ব্যবহার_ইনপুট_স্যাম্পলিং
ইনপুট স্যাম্পলিংকে ডিফল্ট স্যাম্পলিং হিসাবে ব্যবহার করুন, যেমনটি, রূপান্তর ছাড়াই, এমনকি
যদিও ডেটা রূপান্তরিত হচ্ছে (পুরাতন আচরণ)।

-একটি file.mnc
একটি মডেল ফাইল নির্দিষ্ট করুন যা আউটপুট বিশ্বকে ভক্সেল রূপান্তর এবং সংখ্যা দেয়
উপাদানগুলির (যেমন এই ফাইলটিকে রূপান্তর করুন যাতে এটি সেইটির মতো দেখায়)।

-মানক_স্যাম্পলিং
নমুনাকে আদর্শ মানগুলিতে সেট করুন (শুরু = 0, ধাপ = 1, দিক কোসাইন পয়েন্ট
উপযুক্ত অক্ষ বরাবর)।

-স্পেসটাইপ স্ট্রিং
আউটপুট স্থানের নাম সেট করুন (সাধারণত স্থানীয়____ or তালাইরচ_).

-তাইরাছ
আউটপুট স্থানের নাম তালাইরচ_তে সেট করুন।

- ইউনিট স্ট্রিং
আউটপুট স্থানের একক সেট করুন।

-উৎপত্তি ox oy oz
প্রথম ভক্সেলের স্থানাঙ্ক উল্লেখ করুন। এটি প্রারম্ভিক মান হিসাবে একই নয়
যদি দিক কোসাইনগুলি অ-মানক হয়। পাশাপাশি, শুরুটা শুধু ক
অক্ষের উপর উৎপত্তির লম্ব অভিক্ষেপ, এটি একটি সমান্তরাল অভিক্ষেপ
(একটি বহুমাত্রিক সমান্তরাল প্রক্ষেপণের মতো)। রূপান্তর পরিচালনা করা হয়
এই বিকল্প দ্বারা সঠিকভাবে।

-নেলিমেন্টস nx ny nz
বিশ্বের প্রতিটি মাত্রা বরাবর উপাদানের সংখ্যা।

-xnelements nx
xspace মাত্রা বরাবর উপাদানের সংখ্যা।

- ynelements ny
yspace মাত্রা বরাবর উপাদানের সংখ্যা।

-জেনেলিমেন্টস nz
zspace মাত্রা বরাবর উপাদানের সংখ্যা।

-পদক্ষেপ xstep ystep zstep
বিশ্বের প্রতিটি মাত্রা বরাবর voxels মধ্যে ধাপ.

-এক্সস্টেপ xstep
xspace মাত্রা বরাবর ভক্সেলের মধ্যে ধাপ।

-ystep ystep
yspace মাত্রা বরাবর ভক্সেলের মধ্যে ধাপ।

-zstep zstep
zspace মাত্রা বরাবর ভক্সেলের মধ্যে ধাপ।

-শুরু xstart ystart zstart
বিশ্বের প্রতিটি মাত্রা বরাবর প্রথম ভক্সেলের কেন্দ্রের অবস্থান।

-এক্সস্টার্ট xstart
xspace মাত্রা বরাবর প্রথম ভক্সেলের কেন্দ্রের অবস্থান।

-স্টার্ট ystart
yspace মাত্রা বরাবর প্রথম ভক্সেলের কেন্দ্রের অবস্থান।

-zstart zstart
zspace মাত্রা বরাবর প্রথম ভক্সেলের কেন্দ্রের অবস্থান।

-ডিরকোস x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
বিশ্বের প্রতিটি অক্ষের জন্য দিকনির্দেশ কোসাইন।

-এক্সডিরকোস x1 x2 x3
xspace মাত্রার জন্য দিকনির্দেশ কোসাইন।

-ইডিরকোস y1 y2 y3
yspace মাত্রার জন্য দিকনির্দেশ কোসাইন।

-জডিরকোস z1 z2 z3
zspace মাত্রার জন্য দিকনির্দেশ কোসাইন।

মাত্রা ক্রম

ডিফল্ট হল মূল মাত্রার ক্রম সংরক্ষণ করা।

- ট্রান্সভার্স
তির্যক স্লাইস লিখুন।

-সাজিটাল
স্যাজিটাল স্লাইস লিখুন।

-করোনাল
করোনাল স্লাইস লিখুন।

আউটপুট উপাত্ত আদর্শ এবং পরিসর

টাইপ, সাইন এবং বৈধ পরিসরের জন্য ডিফল্ট হল ইনপুট ফাইল ব্যবহার করা। যদি টাইপ হয়
নির্দিষ্ট করা হয়েছে, তারপর চিহ্ন এবং বৈধ পরিসীমা উভয়ই সেই প্রকারের জন্য ডিফল্টে সেট করা আছে। যদি চিহ্ন থাকে
নির্দিষ্ট, তারপর বৈধ পরিসীমা টাইপ এবং চিহ্নের জন্য ডিফল্টে সেট করা হয়।

-বাইট 8-বিট পূর্ণসংখ্যা বিন্যাসে আউটপুট ভক্সেল সংরক্ষণ করুন।

- সংক্ষিপ্ত 16-বিট পূর্ণসংখ্যা বিন্যাসে আউটপুট ভক্সেল সংরক্ষণ করুন।

-int 32-বিট পূর্ণসংখ্যা বিন্যাসে আউটপুট ভক্সেল সংরক্ষণ করুন।

-লম্বা দ্বারা বাতিল করা -int.

-ভাসা 32-বিট ফ্লোটিং পয়েন্ট ফরম্যাটে আউটপুট ভক্সেল সংরক্ষণ করুন।

- দ্বিগুণ
64-বিট ফ্লোটিং পয়েন্ট ফরম্যাটে আউটপুট ভক্সেল সংরক্ষণ করুন।

- স্বাক্ষরিত
স্বাক্ষরিত পূর্ণসংখ্যা হিসাবে মানগুলি লিখুন (সংক্ষিপ্ত এবং দীর্ঘের জন্য ডিফল্ট)। জন্য উপেক্ষিত
ফ্লোটিং পয়েন্ট প্রকার।

- স্বাক্ষরবিহীন
স্বাক্ষরবিহীন পূর্ণসংখ্যা হিসাবে মানগুলি লিখুন (বাইটের জন্য ডিফল্ট)। ভাসমান জন্য উপেক্ষিত
পয়েন্ট প্রকার।

-আরঙ্গ মিনিট সর্বোচ্চ
আউটপুট ভক্সেল মানগুলির বৈধ পরিসীমা নির্দিষ্ট করে। ডিফল্ট হল এর জন্য সম্পূর্ণ পরিসর
টাইপ করুন এবং সাইন করুন। ফ্লোটিং পয়েন্ট মানের জন্য এই বিকল্পটি উপেক্ষা করা হয়।

-রিয়েল_রেঞ্জ
ইনপুট ভলিউম থেকে প্রকৃত সর্বনিম্ন এবং সর্বোচ্চ সংরক্ষণ করুন, যাতে মানগুলি থাকে
আউটপুটে একই ভাবে স্কেল করা হয়েছে। এটি লেবেল পুনরায় নমুনা করার জন্য বিশেষভাবে কার্যকর
ভলিউম যেখানে ইন্টারপোলেট করা তীব্রতার মান বোঝা যায় না।

-nokeep_real_range
প্রতিটি আউটপুট স্লাইসের জন্য প্রকৃত সর্বনিম্ন এবং সর্বোচ্চ পুনরায় গণনা করুন। এটি ডিফল্ট।

হ্যান্ডলিং of অনির্দিষ্ট (অবৈধ) ভক্সেল মূল্যবোধ

-ভর্তি আউটপুট ভক্সেল যা ইনপুট ভলিউমের বাইরে পড়ে তাদের অনির্ধারিত মান থাকে। যখন
-ভর্তি বিকল্প ব্যবহার করা হয়, এই ভক্সেলগুলিকে একটি মান দেওয়া হয় যা বৈধের বাইরে
পরিসীমা (বৈধ ন্যূনতম থেকে কম, যদি প্রকার, সাইন এবং বৈধ পরিসীমা অনুমতি) তাই
যে তারা অন্যান্য সফ্টওয়্যার দ্বারা সনাক্ত করা যেতে পারে. এই ভক্সেলের মান নেই
অন্তর্ভুক্ত ইমেজ-সর্বোচ্চ এবং ইমেজ-মিন ভেরিয়েবল।

- নোফিল
ইনপুটের বাইরের পয়েন্টগুলির জন্য শূন্যের একটি বাস্তব/ভৌতিক মান (ভক্সেল মান নয়) ব্যবহার করুন
আয়তন এই পয়েন্টগুলি গণনার অন্তর্ভুক্ত ইমেজ-সর্বোচ্চ এবং ইমেজ-মিন
ভেরিয়েবল এটি ডিফল্ট।

-পূর্ণ মান পূরণ মান
ইনপুটের বাইরের পয়েন্টগুলির জন্য একটি বাস্তব/ভৌতিক মান (ভক্সেল মান নয়) নির্দিষ্ট করে
আয়তন পয়েন্টের হিসাবের অন্তর্ভুক্ত করা হয় না ইমেজ-সর্বোচ্চ এবং ছবি-
মিনিট ভেরিয়েবল।

ক্ষেপক অপশন

-ত্রিলিখিক
ভক্সেলের মধ্যে একটি ত্রি-রৈখিক ইন্টারপোলেশন করুন। আয়তনের প্রান্তগুলি হল
একটি মাত্রার প্রথম এবং শেষ ভক্সেলের কেন্দ্র। এটি ডিফল্ট।

-ট্রিকিউবিক
ভক্সেলের মধ্যে ট্রাই-কিউবিক ইন্টারপোলেশন করুন। আয়তনের প্রান্তগুলি হল
একটি মাত্রার প্রথম এবং শেষ ভক্সেলের কেন্দ্র।

- নিকটতম_প্রতিবেশী
ভক্সেলের মধ্যে নিকটতম প্রতিবেশী ইন্টারপোলেশন করুন (অর্থাৎ সবচেয়ে কাছের ভক্সেলটি খুঁজুন
পয়েন্ট এবং এর মান ব্যবহার করুন)। আয়তনের প্রান্তগুলি প্রথমটির প্রান্তে রয়েছে
এবং একটি মাত্রার শেষ ভক্সেল (কেন্দ্র +/- অর্ধেক ভক্সেল বিচ্ছেদ)।

-sinc ভক্সেলের মধ্যে উইন্ডোড-সিঙ্ক ইন্টারপোলেশন পুনঃনির্ধারিত করুন, যেমন থ্যাকার বর্ণনা করেছেন
ইত্যাদি JMRI 10:582-588 (1999)।

-প্রস্থ n
1 থেকে সীমার মধ্যে sinc ইন্টারপোলেশন কার্নেলের অর্ধ-প্রস্থ নির্দিষ্ট করে
10. সম্পূর্ণ sinc কার্নেলের প্রস্থ হল n * 2 + 1, এবং তাই 3 থেকে 21 পর্যন্ত পরিবর্তিত হয়।
ডিফল্ট মান হল 5 যার পূর্ণ-প্রস্থ 11।

- হ্যানিং
সিঙ্ক ইন্টারপোলান্ট সহ একটি হ্যানিং উইন্ডো ব্যবহার করুন। এটি ডিফল্ট।

- হ্যামিং
সিঙ্ক ইন্টারপোলান্ট সহ একটি হ্যামিং উইন্ডো ব্যবহার করুন।

জাতিবাচক অপশন

-হেল্প কমান্ড-লাইন বিকল্পগুলির সারাংশ মুদ্রণ করুন এবং প্রস্থান করুন।

-version
প্রোগ্রামের সংস্করণ নম্বর প্রিন্ট করুন এবং প্রস্থান করুন।

উদাহরণ

একটি স্ট্যান্ডার্ড স্যাম্পলিং গ্রিডে একটি প্রমিত জায়গায় একজন ব্যক্তির মস্তিষ্কের পুনরায় নমুনা করুন:

mincresample individual.mnc in_std_space.mnc \
-transform transform_to_standard_space.xfm \
-যেমন standard_sampling.mnc

একটি পিইটি ভলিউমের সাথে মিলিত হওয়ার জন্য একটি এমআরআই ভলিউম পুনরায় নমুনা করুন, তবে সূক্ষ্ম রেজোলিউশন সহ:

mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-রুপান্তর mri_to_pet.xfm -like pet.mnc \
-ধাপ 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-নেলিমেন্টস 256 256 64

একটি তির্যক ভলিউমকে একটি ধনুর্ভলিউমে পরিণত করুন:

mincresample transverse.mnc sagittal.mnc \
-সাজিটাল -সর্বনিম্ন

একটি 256x256x64 (1x1x2mm) ট্রান্সভার্স ভলিউমকে 256x128x256 (1x1x1mm) স্যাজিটাল ভলিউমে পরিণত করুন:

mincresample transverse.mnc sagittal.mnc -sagittal \
-zstep 1 -znelem 128

একটি PET ভলিউমে একটি সূক্ষ্ম অক্ষীয় নমুনা পান:

mincresample pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-zstep 2 -znelements 46

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে mincresample ব্যবহার করুন