এটি হল PerM কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
স্থায়ী ঢেউ তোলা - পর্যায়ক্রমিক ব্যবধানযুক্ত বীজ সহ ছোট পাঠের দক্ষ ম্যাপিং
আপনার যদি কোন ব্যবহার প্রশ্ন থাকে, অনুগ্রহ করে ইমেল করুন "ইয়াংহোচ এট usc ডট এডু"।
সাইনোপিসিস
কমান্ড লাইন ব্যবহার করতে, টাইপ করুন স্থায়ী ঢেউ তোলা ক্রম মধ্যে args সঙ্গে.
উদাহরণ
জন্য একক শেষ লেখা আছে:
স্থায়ী ঢেউ তোলা সূত্র রাউন্ডআপ [অপশন]
উদাহরণ:
স্থায়ী ঢেউ তোলা Ref.fasta Reads.fasta -v 5 -o out.mapping -u ummappedReads.fa
স্থায়ী ঢেউ তোলা RefFilesList.txt ReadsSetFilesList.txt -v 5 -u unmappedReads.fa -E
স্থায়ী ঢেউ তোলা Ref.fasta Reads.csfasta -v 5 -m -s my.index --delimiter ´,´ --seed F3
স্থায়ী ঢেউ তোলা my.index SingleEndReads.csfasta -v 5 -o out.sam -k 10 -a ambiguous10.csfasta
জন্য paired-end লেখা আছে:
স্থায়ী ঢেউ তোলা সূত্র -1 F3_পড়া -2 R3_পড়া [অপশন]
উদাহরণ:
স্থায়ী ঢেউ তোলা ref.fa -1 F3.fa -2 R3.fa -U 3000 -L 100 -v 5 -A -m -s -o out.sam
স্থায়ী ঢেউ তোলা ref.txt -1 F3.fq -2 R3.fq -v 5 -m -s my.index -o out.mapping --seed F3
স্থায়ী ঢেউ তোলা my.index -1 F3.fq -2 R3.fq -U 3000 -L 100 -v 5 -A -o out.sam
থেকে নির্মাণ করা an সূচক কেবল:
স্থায়ী ঢেউ তোলা সূত্র পড়া_দৈর্ঘ্য --পড়ুন ফরম্যাট <.csfasta|.fasta> -m -s সূচক পথ --বীজ F3
উদাহরণ:
স্থায়ী ঢেউ তোলা hg18.txt 50 --পড়ুন ফরম্যাট .csfasta -m -s hg18_50_SOLiD.index
বিকল্প
প্রয়োজনীয় আর্গুমেন্ট
· রেফারেন্স ফাইলটি FASTA ফরম্যাটে হতে হবে যেটি হয় ফাস্তা, .fna, বা .ফা
ফাইল এক্সটেনশন. রেফারেন্স হিসাবে একাধিক জিন বা আইসোফর্ম সহ একটি ট্রান্সক্রিপ্টমের জন্য,
একটি একক FASTA ফাইলে সমস্ত FASTA ক্রম সংযুক্ত করুন। বিকল্পভাবে, যদি আছে
অনেক ফাইল, উদাহরণস্বরূপ প্রতি ক্রোমোজোমে একটি, যেমন: chr1.fa থেকে chrY.fa, FASTA তালিকাভুক্ত করুন
একটি ফাইলে প্রতি লাইনে একটি ফাইলের নাম যা আছে .txt এক্সটেনশন দ্য .txt গুরুত্বপূর্ণ
কারণ PerM ইনপুট ফাইলের একটি তালিকা কিনা তা জানতে ফাইল এক্সটেনশন পরীক্ষা করে
ফাইলের নাম ফাইলের নামগুলিতে ফাইল পাথ (আপেক্ষিক বা পরম) অন্তর্ভুক্ত করতে হবে যদি না
FASTA ফাইলগুলি একই ডিরেক্টরিতে রয়েছে যেখান থেকে PerM চালানো হয়।
· পঠিত ফাইল(গুলি) .fasta, .fastq, .csfasta বা .csfastq ফরম্যাটে হওয়া উচিত। পারএম
একটি ফাইলের এক্সটেনশন অনুযায়ী পার্স করে, অথবা এর দ্বারা স্পষ্টভাবে নির্দিষ্ট করা বিন্যাস
--পড়ুন ফরম্যাট পতাকা একাধিক পঠিত ফাইল থাকলে, প্রতিটি ফাইলের নাম তালিকাভুক্ত করুন, একটি
প্রতি লাইনে, একটি .txt ফাইলে। PerM এটিকে ইনপুট হিসাবে নেয় এবং একাধিক পঠিত সেটকে ম্যাপ করতে পারে
সমান্তরাল দ্বারা [http://en.wikipedia.org/wiki/OpenMP OpenMP]।
সংক্ষিপ্ত অপশন সমূহ (গোষ্ঠীবদ্ধ by সংশ্লিষ্ট কার্যকারিতা)
-A আউটপুট সব অমিল থ্রেশহোল্ডের মধ্যে প্রান্তিককরণ (দেখুন -v বিকল্প), এন্ড-টু-এন্ড।
-B আউটপুট সেরা থ্রেশহোল্ডে অমিলের পরিপ্রেক্ষিতে সারিবদ্ধকরণ (দেখুন -v বিকল্প)। জন্য
উদাহরণ, যদি একটি রিডের কোন নিখুঁত মিল প্রান্তিককরণ না থাকে, দুটি একক বেস অমিল
সারিবদ্ধকরণ, এবং আরও অমিল সহ অতিরিক্ত প্রান্তিককরণ, শুধুমাত্র দুটি একক
বেস অমিল প্রান্তিককরণ আউটপুট হবে। -B ডিফল্ট মোড যদি না হয় -A or -B
উল্লিখিত আছে.
-E আউটপুট শুধুমাত্র অনন্যভাবে ম্যাপ করা রিড অবশিষ্ট পরে দ্য সেরা ডাউন সিলেকশন হয়েছে
প্রযোজ্য হলে প্রয়োগ করা হয়। সঙ্গে মিলিত হলে -A বিকল্প, শুধুমাত্র একটি একক সঙ্গে পড়া
অমিল থ্রেশহোল্ডের মধ্যে প্রান্তিককরণ (দেখুন -v বিকল্প) আউটপুট হবে।
-v সর্বাধিক সংখ্যক অমিল অনুমোদিত (বা জোড়া-এন্ড রিডের জন্য প্রতিটি প্রান্তে অনুমোদিত)।
ডিফল্ট মান হল অমিলের সংখ্যা যা ব্যবহৃত বীজ সম্পূর্ণ সংবেদনশীল
করতে।
-k আউটপুটে সর্বোচ্চ সংখ্যক প্রান্তিককরণ নির্দিষ্ট করে। ডিফল্ট মান হল 200 যদি
-k পতাকা দেওয়া হয় না। ম্যাপিং রিডস ম্যাপিংয়ের জন্য সারিবদ্ধকরণ সর্বাধিক সংখ্যার চেয়ে বেশি
অবস্থান আউটপুট হবে না. রিড সংগ্রহ করতে -a বিকল্পটি ব্যবহার করুন যা অতিক্রম করেছে
সর্বোচ্চ।
-t উপেক্ষা করার জন্য প্রতিটি পড়ার 5´ শেষে ঘাঁটির সংখ্যা। উদাহরণস্বরূপ, যদি প্রথম 5
বেস একটি বারকোড হিসাবে ব্যবহার করা হয় বা একাধিক নমুনা একসাথে সূচী করতে, -t 5 ব্যবহার করুন। যদি না হয়
নির্দিষ্ট, কোন প্রাথমিক ঘাঁটি উপেক্ষা করা হবে না.
-T -t বিকল্প দ্বারা উপেক্ষা করা যেকোনো বেসের পরে শুরু করে ব্যবহার করার জন্য প্রতিটি পঠিত বেসের সংখ্যা।
রিডের 3´-এ পরবর্তী বেসগুলি উপেক্ষা করা হয়। উদাহরণস্বরূপ, -T 30 মানে শুধুমাত্র ব্যবহার
প্রথম 30টি বেস (সিগন্যাল) পরে যেকোন বেস -t বিকল্পের কারণে উপেক্ষা করা হয়।
-m সংরক্ষিত সূচক পুনরায় ব্যবহার না করে রেফারেন্স সূচক তৈরি করুন, এমনকি যদি উপলব্ধ থাকে।
-s পথ
ভবিষ্যতে ম্যাপিংকে ত্বরান্বিত করতে রেফারেন্স সূচকটি সংরক্ষণ করুন। যদি পথ এটি না
নির্দিষ্ট করা হয়েছে, বর্তমান ওয়ার্কিং ডিরেক্টরিতে সূচক তৈরি করা হবে (যেমন যেখানে
PerM থেকে) ডিফল্ট সূচক নাম ব্যবহার করে চালানো হয়। যদি পথ একটি ডিরেক্টরি, সূচক
ডিফল্ট ইনডেক্স নাম ব্যবহার করে নির্দিষ্ট ডিরেক্টরিতে তৈরি করা হবে (ডিরেক্টরি
বিদ্যমান থাকা আবশ্যক; এটি স্বয়ংক্রিয়ভাবে তৈরি হবে না)। যদি পথ একটি ফাইল পাথ,
নির্দিষ্ট নাম দিয়ে index তৈরি করা হবে।
-o ফাইল পাথ
একটি একক পঠিত সেট ম্যাপ করার সময় ম্যাপিং আউটপুট ফাইলের নাম। আউটপুট ফাইল ফরম্যাট
হয় .mapping ট্যাব সীমাবদ্ধ পাঠ্য বিন্যাস বা SAM বিন্যাস হিসাবে
আউটপুট ফাইলের নাম এক্সটেনশন দ্বারা নির্ধারিত হয়। যেমন {{{-o out.sam}}}
SAM ফরম্যাটে আউটপুট হবে; {{{-o /path/to/out.mapping}}} .mapping-এ আউটপুট হবে
বিন্যাস ব্যবহার করুন --আউটপুট ফরমেট এই আচরণ ওভাররাইড করতে. দ্য -o বিকল্প প্রযোজ্য নয়
যখন একাধিক রিডস সেট একসাথে ম্যাপ করা হচ্ছে একাধিক সুবিধা নেওয়ার জন্য
CPUs (কোর); দেখুন -d সেই ক্ষেত্রে বিকল্প।
-d দিরপথ
একাধিক রিড সেট ম্যাপ করার সময় আউটপুট ফাইল ম্যাপ করার জন্য আউটপুট ডিরেক্টরি (আউটপুট
ফাইল স্বয়ংক্রিয়ভাবে নামকরণ করা হবে)। উল্লেখিত ডিরেক্টরি বিদ্যমান না থাকলে,
আউটপুট ডিরেক্টরি তৈরি করা হবে যদি প্যারেন্ট ডিরেক্টরি বিদ্যমান থাকে। যদি -d
সুইচ নির্দিষ্ট করা নেই, ফাইলগুলি PerM যে ডিরেক্টরি থেকে চালানো হয় সেখানে লেখা হবে।
দ্রষ্টব্য: if -d ফাইল পাথ একটি একক পঠিত সেট ম্যাপ করার সময় নির্দিষ্ট করা হয়, দিরপথ হবে
prepended to ফাইল পাথ; যাইহোক, এই ব্যবহার সুপারিশ করা হয় না.
-a ফাইল পাথ
থ্রেশহোল্ডের চেয়ে বেশি অবস্থানে ম্যাপ করা পড়ার জন্য একটি FASTA (FASTQ) ফাইল তৈরি করুন৷
-k বা 200 এর ডিফল্ট দ্বারা নির্দিষ্ট করা হয়েছে।
-b ফাইল পাথ
প্রত্যাশিত দৈর্ঘ্যের চেয়ে ছোট বা সহ পড়ার জন্য একটি FASTA (FASTQ) ফাইল তৈরি করুন৷
অদ্ভুত অক্ষর।
-u ফাইল পাথ
আনম্যাপড রিডের একটি FASTA (FASTAQ) ফাইল তৈরি করুন। যখন একটি একক পঠিত সেট ম্যাপ করা হয়,
ফাইলের নাম আউটপুট ফাইলের নাম উল্লেখ করে। যখন একাধিক পঠিত সেট ম্যাপ করা হয়,
ফাইলের নাম অপ্রাসঙ্গিক এবং বাদ দেওয়া উচিত; আনম্যাপ করা সিকোয়েন্সের ফাইল হবে
স্বয়ংক্রিয়ভাবে নামকরণ করা হবে এবং PerM ডিরেক্টরি থেকে সঞ্চালিত হবে।
দীর্ঘ অপশন সমূহ
--অস্পষ্ট শুধুমাত্র পঠনযোগ্য
আউটপুট শুধুমাত্র অস্পষ্ট ম্যাপিং পুনরাবৃত্তি খুঁজতে (প্রতিস্থাপন মধ্যে অনুরূপ অঞ্চল
থ্রেশহোল্ড)। যখন এই বিকল্পটি নির্দিষ্ট করা হয়, তখন ম্যাপ করা ওভার ম্যাপিং নম্বরে পড়ে
-k দ্বারা নির্দিষ্ট করা থ্রেশহোল্ড এখনও মুদ্রিত হবে।
--ambiguosReadInOneLine
utput রিড এক লাইনে k-এর বেশি জায়গায় ম্যাপ করা হয়। এই অপশন যখন
নির্দিষ্ট করা, -k উইল দ্বারা নির্দিষ্ট করা ওভার ম্যাপিং নম্বর থ্রেশহোল্ডে ম্যাপ করা পড়া
এখনও মুদ্রিত হবে কিন্তু এক লাইনে মুদ্রিত।
--নো স্যাম হেডার
একটি SAM হেডার অন্তর্ভুক্ত করবেন না। এটি একাধিক SAM সংযুক্ত করা সহজ করে তোলে
আউটপুট ফাইল।
--includeReadsWN
মানচিত্রটি নির্দিষ্ট থ্রেশহোল্ডের চেয়ে সমান বা কম N বা ´.´ বেস দিয়ে পড়ে
A বা 3 হিসাবে N বা ´.´ এনকোডিং। আরও ´N´ সহ পড়া বাতিল করা হবে। ডিফল্ট
যে কোনো 'N' দিয়ে পড়া বাতিল করা সেট করা হচ্ছে।
--শুধুমাত্র পরিসংখ্যান
ফাইলে প্রান্তিককরণ সংরক্ষণ না করেই ম্যাপিং পরিসংখ্যানকে শুধুমাত্র stdout-এ আউটপুট করুন।
--QS উপেক্ষা করুন
FASTQ বা QUAL ফাইলে মানের স্কোর উপেক্ষা করুন।
--প্রিন্টএনএম
যখন গুণমানের স্কোর পাওয়া যায়, এই পতাকাটি ব্যবহার করুন অমিলের সংখ্যা প্রিন্ট করতে,
ম্যাপিং বিন্যাসে অমিল স্কোরের পরিবর্তে।
--বীজ {চ,,0,, | চ,,1,, | চ,,2,, | চ,,3,, | চ,,4,, | এস,,11,, | এস,,20,, | এস,,12,,}
বীজ প্যাটার্ন উল্লেখ করুন। F,,0,,, F,,1,, F,,2,,, F,,3,,,, এবং F,,4,, বীজ হল
যথাক্রমে 0-4 অমিলের প্রতি সম্পূর্ণ সংবেদনশীল। S,,11,, S,,20,, S,,12,, বীজ
SOLID সিকোয়েন্সারের জন্য ডিজাইন করা হয়েছে। একটি S,,kj,, বীজ k এর প্রতি সম্পূর্ণ সংবেদনশীল
সংলগ্ন অমিল জোড়া (SNP স্বাক্ষর হল রঙের স্থান) এবং j বিচ্ছিন্ন অমিল।
দেখা [http://code.google.com/p/perm/wiki/Algorithms অ্যালগরিদম পৃষ্ঠা] আরো জন্য
বীজ নিদর্শন সম্পর্কে তথ্য।
--refformat {ফাস্তা | তালিকা | সূচক }
অনুমান করুন রেফারেন্স ক্রম(গুলি) অনুমান করার পরিবর্তে নির্দিষ্ট বিন্যাসে রয়েছে
ফাইলের এক্সটেনশন অনুযায়ী।
--পড়ুন ফরম্যাট |{ফাস্তা | fastq | csfasta | csfastq}
অনুমান করুন পাঠগুলি নির্দিষ্ট বিন্যাসে রয়েছে, অনুমান করার পরিবর্তে
ফাইল(গুলি)' এক্সটেনশন।
--আউটপুট ফরমেট { স্যাম | ম্যাপিং }
ডিফল্ট আউটপুট ম্যাপিং ফরম্যাট বিকল্পটিকে ওভাররাইড করুন বা স্পষ্টভাবে উল্লেখ করুন যখন
আউটপুট ফাইল এক্সটেনশন .sam বা .mapping নয়।
--বিভেদক গৃহস্থালির কাজ
গৃহস্থালির কাজ পঠিত আইডি আলাদা করতে বিভেদক হিসাবে ব্যবহৃত একটি অক্ষর, এবং
FASTA বা CSFASTA ফাইল পড়ার সময় > এর সাথে লাইনে অতিরিক্ত তথ্য।
--লগ ফাইল পাথ
ফাইল পাথ লগ ফাইলের নাম উল্লেখ করে যা ম্যাপিং পরিসংখ্যান ধারণ করে
যেটি স্ক্রিনেও প্রিন্ট করা হবে।
--শুধুমাত্র
মানচিত্র শুধুমাত্র ফরোয়ার্ড স্ট্র্যান্ডের জন্য পড়ে: (এটি SOLiD Strand নির্দিষ্ট করার জন্য
সিকোয়েন্সিং)।
-- শুধুমাত্র বিপরীত
মানচিত্র শুধুমাত্র বিপরীত স্ট্র্যান্ডে পড়ে: (এটি নির্দিষ্ট SOLiD স্ট্র্যান্ডের জন্য
সিকোয়েন্সিং)
অপশন সমূহ উন্নত পেয়ারড-এন্ড রাউন্ডআপ
PerM প্রতিটি প্রান্তকে আলাদাভাবে ম্যাপ করে সঙ্গী-জোড়া পাঠের সাথে ডিল করে। সব সমন্বয়
একই রেফারেন্স সিকোয়েন্সে মিলিত জোড়া ম্যাপিং আউটপুট হবে যদি তাদের বিচ্ছেদ হয়
দ্বারা উল্লিখিত হিসাবে অনুমোদিত পরিসীমা মধ্যে -L এবং -U পতাকা।
-e অস্পষ্ট জোড়া বাদ দিন।
-L / --নিম্ন সীমা int
সঙ্গী-জোড়া বিচ্ছেদ দূরত্বের জন্য নিম্ন আবদ্ধ
-U / --ঊর্ধ্বসীমা int
সঙ্গী-জোড়া বিচ্ছেদ দূরত্বের জন্য উপরের আবদ্ধ
উপরের আবদ্ধ এবং নিম্ন সীমা নেতিবাচক হতে পারে, যা পুনরায় বিন্যাস ধরতে পারে
বৈচিত্র ব্যবহার -A সঠিক জোড়া অনুপস্থিত এড়াতে যুক্তি. যাইহোক, এই হতে পারে
উভয় প্রান্ত পুনরাবৃত্তিমূলক অঞ্চলে থাকলে চলমান সময়কে ব্যাপকভাবে বৃদ্ধি করুন।
--fr ম্যাপ পেয়ারড-এন্ড শুধুমাত্র বিভিন্ন স্ট্র্যান্ডে পড়ে
--ff ম্যাপ পেয়ারড-এন্ড শুধুমাত্র একই স্ট্র্যান্ডে পড়ে
--printRefSeq
ম্যাপিং-এ দুটি শেষ কলাম হিসাবে ম্যাপ করা রেফারেন্স জোড়া ক্রম প্রিন্ট করুন
বিন্যাস | একই বা ভিন্ন স্ট্র্যান্ড উভয় ক্ষেত্রেই ডিফল্ট বিকল্প আউটপুট ম্যাপিং।
ডিফল্ট সেটিংস
নিম্নলিখিত ডিফল্ট সেটিংস যখন সংশ্লিষ্ট কমান্ড লাইন বিকল্প না হয়
নির্দিষ্ট করা ডিফল্ট সেটিংস পরিবর্তন করার বিকল্পটি উল্লেখ করুন।
· প্রতিটি প্রান্তে শুধুমাত্র দুটি অমিলের অনুমতি দিন এবং F,,2,, S,,11,, বা F,,3,,
,পঠিত দৈর্ঘ্য এবং প্রকার অনুসারে নির্বাচিত।
· অমিলের সংখ্যার পরিপ্রেক্ষিতে প্রতিটি পড়ার জন্য সেরা প্রান্তিককরণ মুদ্রণ করুন।
· আউটপুট ফাইল *.ম্যাপিং বিন্যাস।
· নতুন সূচী তৈরি করার আগে ডিফল্ট ফাইলের নামের সাথে একটি সংরক্ষিত সূচক অনুসন্ধান করে।
· {{{-s}}} উল্লেখ না করা পর্যন্ত, ফাইলে সূচী সংরক্ষণ করা হবে না।
পেয়ারড এন্ড রিডের জন্য, ডিফল্ট অনুমোদিত বিচ্ছেদ দূরত্ব 0-3000 bp। পরিবর্তন
সাথে -L এবং -U অপশন।
সমান্তরাল ম্যাপিং
PerM একই সাথে একই সূচক অনুসন্ধান করে একটি তালিকায় একাধিক পঠিত সেট ম্যাপ করে। এটা হবে
কতগুলি সিপিইউ (কোর) উপলব্ধ তা সনাক্ত করুন এবং তাদের প্রত্যেককে একটি পঠিত সেট বরাদ্দ করুন। যদি একটি পড়া
সেট করা হয়, তালিকার পরবর্তী পঠিত সেটটি স্বয়ংক্রিয়ভাবে প্রক্রিয়া করা হবে। প্রতিটি পঠিত সেট
এর নিজস্ব ম্যাপিং আউটপুট ফাইল থাকবে। একটি নোডে সমস্ত সিপিইউকে আরও ভালভাবে ব্যবহার করতে, বড় রিডগুলি
সেটকে অনেক ছোট রিড সেটে বিভক্ত করে একটি তালিকা করা উচিত। যখন একাধিক নোড হয়
একই ফাইল সিস্টেমে ব্যবহৃত, সূচীটি প্রথমে একটি নোড দ্বারা প্রি-বিল্ট করা উচিত; অন্যটি
নোডগুলি আবার বিল্ডিং সূচক ছাড়াই প্রি-বিল্ট ইনডেক্স পড়বে। পূর্ব-নির্মিত সূচক ছাড়া,
প্রতিটি মেশিন তার নিজস্ব সূচক তৈরি করার চেষ্টা করবে, CPU সময় এবং স্টোরেজ স্পেস নষ্ট করবে।
প্রস্থান কোডগুলি
PerM সফলভাবে সমাপ্তির পর প্রস্থান কোড 0 এ সেট করে, সাধারণ ইউনিক্স আচরণ। যদি
প্রোগ্রামটি Ctrl-C (SIGINT) এর মাধ্যমে বন্ধ করা হয়, প্রস্থান কোড হবে 2, SIGINT-এর জন্য নম্বর
(দেখুন এক বধ) আপনি যদি অন্য ভাষা থেকে PerM আহ্বান করেন, আপনি রিটার্ন কোড চেক করতে পারেন
এবং বুদ্ধিমান কিছু করুন। এখানে একটি পার্ল ছদ্ম-কোড উদাহরণ:
যখন (... কিছু ধরণের লুপ ...) {
my $cmd = "PerM... আর্গুমেন্ট এবং সুইচ";
আমার $ec = সিস্টেম($cmd);
যদি ($ec == 2) {
প্রিন্ট STDERR "Ctrl-C এর মাধ্যমে PerM বন্ধ করা হয়েছে। চালানো বন্ধ করা হচ্ছে।\n\n";
# হয়তো কিছু ক্লিনআপ করুন যেমন পঠিত ফাইলটি ছোট ফাইল মুছে ফেলা
# সমান্তরাল প্রক্রিয়াকরণের জন্য বিভক্ত।
প্রস্থান ($ec);
}
}
ব্যবহার পারএম on আকাশগঙ্গা
PSU-তে অধ্যাপক অ্যান্টন নেকরুটেনকো এবং কেলি ভিনসেন্টকে ধন্যবাদ, আপনি এখন PerM ব্যবহার করতে পারেন
[http://test.g2.bx.psu.edu/ গ্যালাক্সির পরীক্ষা সার্ভার]। গ্যালাক্সির পৃষ্ঠায় হাইপারলিঙ্ক অনুসরণ করুন,
এবং টুল মেনুতে NGS:Mapping-এ ক্লিক করুন। পছন্দ কর মানচিত্র সঙ্গে পারএম উন্নত সোলিড এবং
Illumina. আপনি আপনার নিজস্ব রেফারেন্স আপলোড করতে পারেন বা সিস্টেমে পূর্ব-নির্মিত hg19 সূচক ব্যবহার করতে পারেন।
আপনি কোন অসুবিধা সম্মুখীন হলে আমাকে ইমেল করুন. একবার সিস্টেমটি তার স্থিতিশীলতা প্রমাণ করে,
এটি আরও প্রাক-নির্মিত রেফারেন্স সূচক সহ গ্যালাক্সির প্রধান সার্ভারে সরানো হবে।
একক পরীক্ষা
যখন PerM তৈরি করা হয়েছিল, তখন একটি ইউনিট cppUnit পরীক্ষা মডিউলও প্রস্তুত করা হয়েছিল। যদি তুমি হও
PerM জন্য পরীক্ষার কোড আগ্রহী, আমাকে ইমেল করুন.
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে PerM ব্যবহার করুন
