prof - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

prof - মাধ্যমিক কাঠামো এবং দ্রাবক অ্যাক্সেসযোগ্যতা ভবিষ্যদ্বাণীকারী

সাইনোপিসিস

অধ্যাপক [ইনপুট ফাইল+] [বিকল্প]

বর্ণনাঃ

সেকেন্ডারি গঠন একটি প্রত্যাশিত এ নিউরাল নেটওয়ার্ক রেটিং একটি সিস্টেম দ্বারা ভবিষ্যদ্বাণী করা হয়
হেলিক্স, স্ট্র্যান্ড এবং লুপ তিনটি অবস্থার জন্য গড় নির্ভুলতা > 72% (রোস্ট এবং স্যান্ডার, পিএনএএস,
1993, 90, 7558-7562; Rost & Sander, JMB, 1993, 232, 584-599; এবং রোস্ট এবং স্যান্ডার,
প্রোটিন, 1994, 19, 55-72; নির্ভুলতার মূল্যায়ন)। একই ডেটা সেটে মূল্যায়ন করা হয়েছে,
PROFsec ব্যবহার করার পদ্ধতির তুলনায় দশ শতাংশ পয়েন্ট বেশি থ্রি-স্টেট নির্ভুলতায় রেট করা হয়েছে
শুধুমাত্র একক সিকোয়েন্স তথ্য, এবং ছয় শতাংশেরও বেশি পয়েন্টে,
যেমন, পরিসংখ্যানের উপর ভিত্তি করে প্রান্তিককরণ তথ্য ব্যবহার করে একটি পদ্ধতি (লেভিন, প্যাসকারেলা, আর্গোস এবং
গার্নিয়ার, প্রোট. ইঞ্জি., 6, 849-54, 1993)। PHDsec ভবিষ্যদ্বাণীগুলির তিনটি প্রধান বৈশিষ্ট্য রয়েছে:

1. একাধিক ক্রম প্রান্তিককরণ থেকে বিবর্তনীয় তথ্যের মাধ্যমে উন্নত নির্ভুলতা
2. একটি সুষম প্রশিক্ষণ পদ্ধতির মাধ্যমে উন্নত বিটা-স্ট্র্যান্ড পূর্বাভাস
3. একটি মাল্টি-লেভেল সিস্টেম ব্যবহার করে সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার সেগমেন্টের আরও সঠিক ভবিষ্যদ্বাণী

দ্রাবক অ্যাক্সেসযোগ্যতা একটি পারস্পরিক সম্পর্কে একটি নিউরাল নেটওয়ার্ক পদ্ধতি রেটিং দ্বারা ভবিষ্যদ্বাণী করা হয়
সহগ (পরীক্ষামূলকভাবে পর্যবেক্ষণ করা এবং পূর্বাভাসিত আপেক্ষিক দ্রাবকের মধ্যে পারস্পরিক সম্পর্ক
0.54টি গ্লোবুলার প্রোটিনের (রোস্ট এবং স্যান্ডার,
প্রোটিন, 1994, 20, 216-226; নির্ভুলতার মূল্যায়ন)। নিউরাল নেটওয়ার্কের আউটপুট
আপেক্ষিক অ্যাক্সেসযোগ্যতার 10টি রাজ্যের কোড। পার্থক্যের এককে প্রকাশ করা হয়
হোমোলজি মডেলিং (সর্বোত্তম পদ্ধতি) দ্বারা ভবিষ্যদ্বাণী এবং এলোমেলোভাবে পূর্বাভাসের মধ্যে (সবচেয়ে খারাপ
পদ্ধতি), PROFacc একটি তুলনীয় নিউরাল নেটওয়ার্ক থেকে 26 শতাংশ পয়েন্ট উচ্চতর
তিনটি আউটপুট অবস্থা ব্যবহার করে (কবর, মধ্যবর্তী, উন্মুক্ত) এবং কোন তথ্য ব্যবহার করে না
একাধিক প্রান্তিককরণ।

ইন্টিগ্রাল মেমব্রেন প্রোটিনে ট্রান্সমেমব্রেন হেলিসগুলি স্নায়ুতন্ত্রের একটি সিস্টেম দ্বারা পূর্বাভাস দেওয়া হয়
নেটওয়ার্ক নেটওয়ার্ক সিস্টেমের ত্রুটি হল যে প্রায়ই খুব লম্বা হেলিস হয়
ভবিষ্যদ্বাণী এই একটি পরীক্ষামূলক ফিল্টার দ্বারা কাটা হয়. চূড়ান্ত ভবিষ্যদ্বাণী (রোস্ট এট আল।,
প্রোটিন সায়েন্স, 1995, 4, 521-533; নির্ভুলতা মূল্যায়ন) একটি প্রত্যাশিত প্রতি অবশিষ্টাংশ আছে
প্রায় 95% এর নির্ভুলতা। মিথ্যা ধনাত্মক সংখ্যা, অর্থাৎ, ট্রান্সমেমব্রেন হেলিস
গ্লোবুলার প্রোটিনে ভবিষ্যদ্বাণী করা হয়, প্রায় 2%। এর নিউরাল নেটওয়ার্ক পূর্বাভাস
ট্রান্সমেমব্রেন হেলিস (PHDhtm) একটি গতিশীল প্রোগ্রামিং-এর মতো অ্যালগরিদম দ্বারা পরিমার্জিত হয়। এই
পদ্ধতির ফলে 89টির মধ্যে 131% সমস্ত ট্রান্সমেমব্রেন হেলিসের সঠিক ভবিষ্যদ্বাণী করা হয়েছে
ক্রস-ভ্যালিডেশন পরীক্ষায় ব্যবহৃত প্রোটিন; ট্রান্সমেমব্রেন হেলিসের 98% এর বেশি ছিল
সঠিকভাবে ভবিষ্যদ্বাণী করা হয়েছে। এই পদ্ধতির আউটপুট টপোলজির পূর্বাভাস দিতে ব্যবহৃত হয়, অর্থাৎ,
ঝিল্লির সাপেক্ষে N- টার্মের অভিযোজন। প্রত্যাশিত নির্ভুলতা
টপোলজি পূর্বাভাস হল > 86%। ভবিষ্যদ্বাণীর নির্ভুলতা ইউক্যারিওটিকের গড় থেকে বেশি
প্রোটিন এবং প্রোক্যারিওটের জন্য গড় থেকে কম। পিএইচডিটোপোলজি সবার চেয়ে বেশি সঠিক
অভিন্ন ডেটা সেটে পরীক্ষিত অন্যান্য পদ্ধতি।

আউটপুট ফাইল বিকল্প না থাকলে (যেমন --ফাইলআরডিবি or --বাইরে দায়ের) RDB ফরম্যাট দেওয়া হয়
আউটপুট লেখা হয় ./INPUTFILENAME.prof যেখানে 'prof' এর এক্সটেনশন প্রতিস্থাপন করে
ইনপুট ফাইল. এক্সটেনশনের অভাবে ইনপুট ফাইলের নামের সাথে '.prof' যুক্ত করা হয়।

আউটপুট বিন্যাস
RDB বিন্যাস স্ব-টীকা, উদাহরণ আউটপুট দেখুন /share/profphd/prof/exa.

তথ্যসূত্র

Rost, B. এবং Sander, C. (1994a)। বিবর্তনীয় তথ্য এবং নিউরাল নেটওয়ার্কের সাথে সমন্বয় করা
প্রোটিন গৌণ গঠন ভবিষ্যদ্বাণী. প্রোটিন, 19(1), 55-72
Rost, B. এবং Sander, C. (1994b)। দ্রাবক অ্যাক্সেসযোগ্যতার সংরক্ষণ এবং পূর্বাভাস
প্রোটিন পরিবার। প্রোটিন, 20(3), 216-26
Rost, B., Casadio, R., Fariselli, P., and Sander, C. (1995)। ট্রান্সমেমব্রেন হেলিস
95% নির্ভুলতায় ভবিষ্যদ্বাণী করা হয়েছে। প্রোটিন বিজ্ঞান, 4(3), 521-33

বিকল্প

আরও সাহায্যের জন্য প্রতিটি কীওয়ার্ড দেখুন। এর বেশির ভাগই ভেঙে যাওয়ার সম্ভাবনা রয়েছে।

একটি বিকল্প সংযোগ নিদর্শন (ডিফল্ট = 3)

3 ভবিষ্যদ্বাণী sec + acc + htm

acc ভবিষ্যদ্বাণী দ্রাবক অ্যাক্সেসযোগ্যতা, শুধুমাত্র

ali 'মানব-পঠনযোগ্য' PROF আউটপুট ফাইলে সারিবদ্ধকরণ যোগ করুন

খিলান
সিস্টেম আর্কিটেকচার (যেমন: SGI64|SGI5|SGI32|SUNMP|ALPHA)

ASCII
'মানব-পাঠযোগ্য' PROF আউটপুট ফাইল(গুলি) লিখুন

সেরা
সেরা নির্ভুলতা এবং দীর্ঘতম রান-টাইম সহ PROF

উভয়
গৌণ কাঠামো এবং দ্রাবক অ্যাক্সেসযোগ্যতার পূর্বাভাস

উপাত্ত
ডেটা= HTML আউটের জন্য: ভবিষ্যদ্বাণীর শুধুমাত্র সেই অংশগুলি লেখা

ডেবাগ্ করা
বেশিরভাগ মধ্যবর্তী ফাইল রাখুন, ডিবাগিং বার্তা মুদ্রণ করুন

dirWork
কাজের ডিরেক্টরি, ডিফল্ট: ফাইল::Temp::tempdir থেকে একটি অস্থায়ী ডিরেক্টরি। সম্পূর্ণ হতে হবে
যোগ্য পথ।

কাজ করতে পরিচিত।

doEval
তালিকার জন্য মূল্যায়ন করুন (শুধুমাত্র পরিচিত কাঠামো এবং তালিকার জন্য)

doFilterHssp
ইনপুট HSSP ফাইলটি ফিল্টার করুন (কিছু জোড়া বাদে)

doHtmfil
ঝিল্লির পূর্বাভাস ফিল্টার করুন (ডিফল্ট)

doHtmisit
পূর্বাভাসিত ঝিল্লি হেলিক্সের শক্তি পরীক্ষা করুন (ডিফল্ট)

doHtmref
ঝিল্লি পূর্বাভাস পরিমার্জন করুন (ডিফল্ট)

doHtmtop
ডিও মেমব্রেন হেলিক্স টপোলজি (ডিফল্ট)

ডিএসএসপি
PROF কে DSSP ফরম্যাটে রূপান্তর করুন

বিস্তৃত করা
আউটপুটকে MSF ফরম্যাটে রূপান্তর করার সময় সন্নিবেশ প্রসারিত করুন

দ্রুত
সর্বনিম্ন নির্ভুলতা এবং সর্বোচ্চ গতি সহ PROF

ফাইলক্যাস্প
CASP ফরম্যাটে PROF আউটপুটের নাম (file.caspProf)

fileDssp
DSSP ফরম্যাটে PROF আউটপুটের নাম (file.dsspProf)

ফাইলএইচটিএমএল
HTML ফরম্যাটে PROF আউটপুটের নাম (file.htmlProf)

ফাইল এমএসএফ
MSF ফরম্যাটে PROF আউটপুটের নাম (file.msfProf)

fileNotHtm
কোন ঝিল্লি হেলিক্স পাওয়া যায়নি যে ফাইল পতাকাঙ্কিত নাম

বাইরে দায়ের
RDB ফরম্যাটে PROF আউটপুটের নাম (file.rdbProf)

কাজ করতে পরিচিত।

ফাইলপ্রফেসর
মানব পাঠযোগ্য বিন্যাসে PROF আউটপুটের নাম (file.prof)

ভাঙ্গা।

ফাইলআরডিবি
RDB ফরম্যাটে PROF আউটপুটের নাম (file.rdbProf)

কাজ করতে পরিচিত।

ফাইলসাফ
SAF ফরম্যাটে PROF আউটপুটের নাম (file.safProf)

ছাঁকনি
ইনপুট HSSP ফাইলটি ফিল্টার করুন (কিছু জোড়া বাদে)

ভাল
ভাল নির্ভুলতা এবং মাঝারি গতি সঙ্গে PROF

চিত্রলেখ
'মানব-পাঠযোগ্য' PROF আউটপুট ফাইলে ASCII গ্রাফ যোগ করুন

htm ব্যবহার করুন: 'htm= ' ন্যূনতম ট্রান্সমেমব্রেন হেলিক্স সনাক্ত করা ডিফল্ট হল 'htm=0'
(resp. htm=0.8) ছোট সংখ্যা বেশি মিথ্যা ইতিবাচক এবং কম মিথ্যা নেতিবাচক!

html যুক্তি
'hmtl' বা 'html= ভবিষ্যদ্বাণীর এইচটিএমএল ফরম্যাট লিখলে 'এইচটিএমএল' হবে
যে PROF আউটপুট HTML এ রূপান্তরিত হয় 'html=body' HTML ফাইলকে সীমাবদ্ধ করে
HTML_BODY ট্যাগ অংশ 'html=head' HTML ফাইলকে HTML_HEADER ট্যাগ অংশে সীমাবদ্ধ করে
'html=all' HEADER এবং BODY উভয়ই দেয়

Keep Conv
ইনপুট ফাইলের রূপান্তরটি HSSP ফরম্যাটে রাখুন

KeepFilter আর্গুমেন্ট
<*|doKeepFilter=1> ফিল্টার করা HSSP ফাইলটি রাখুন

keepHssp যুক্তি
<*|doKeepHssp=1> মধ্যবর্তী HSSP ফাইলটি রাখুন

KeepNetDb আর্গুমেন্ট
<*|doKeepNetDb=1> মধ্যবর্তী DbNet ফাইল(গুলি) রাখুন

তালিকা যুক্তি
<*|isList=1> ইনপুট ফাইল হল ফাইলের তালিকা

msf PROF কে MSF ফরম্যাটে রূপান্তর করুন

সুন্দর
কাজের চমৎকার মান (অগ্রাধিকার) সেট করতে 'nice-D' দিন

কোন প্রফহেড
স্থানীয় ডিরেক্টরিতে টেবিল সহ ফাইল কপি করবেন না

কোন অনুসন্ধান
doSearchFile=0 এর জন্য সংক্ষিপ্ত, অর্থাত্ DB ফাইল অনুসন্ধান করা নেই

noascii
ASCII (অর্থাৎ মানুষের পঠনযোগ্য) ফলাফল ফাইল লিখতে চাপুন

nohtml
এইচটিএমএল ফলাফল ফাইল লিখতে চাপা

ভালো নেই
চাকরি সুন্দর হবে না অর্থাৎ কম অগ্রাধিকার দিয়ে চলবে না

নোট ইভাল
এমনকি যখন পরিচিত কাঠামো নির্ভুলতা পরীক্ষা করবেন না

এইচটিএমফিল নয়
ঝিল্লি পূর্বাভাস ফিল্টার করবেন না

Htmisit নয়
মেমব্রেন হেলিক্স যথেষ্ট শক্তিশালী কিনা তা পরীক্ষা করবেন না

Htmref না
ঝিল্লি পূর্বাভাস পরিমার্জিত করবেন না

এইচটিএমটপ নয়
ঝিল্লি হেলিক্স টপোলজি করবেন না

nresPerLineAli
MSF ফাইলের জন্য ব্যবহৃত অক্ষরের সংখ্যা। ডিফল্ট: 50।

সংখ্যা মিনিট
নেটওয়ার্ক চালানোর জন্য অবশিষ্টাংশের ন্যূনতম সংখ্যা, অন্যথায় prd=symbolPrdShort। ডিফল্ট: 9।

optJury
জুরিতে পিএইচডি যোগ করে। ডিফল্ট: `স্বাভাবিক, ব্যবহার পিএইচডি'।

অন্যান্য অনেক পরামিতি এটির জন্য একটি পার্শ্ব-প্রতিক্রিয়া হিসাবে ডিফল্ট পরিবর্তন করে, তালিকাটি হল
ব্যাপক নয়:

phd, nophd, /^para(3|উভয়|Sec|Acc|Htm|CapH|CapE|CapHE)/, /^para?/, jct

para3
sec+acc+htm-এর জন্য প্যারামিটার ফাইল। ডিফল্ট: ` /net/PROFboth_best.par'।

paraAcc
acc জন্য প্যারামিটার ফাইল। ডিফল্ট: ` /net/PROFacc_best.par'।

paraBoth
sec+acc-এর জন্য প্যারামিটার ফাইল। ডিফল্ট: ` /net/PROFboth_best.par'।

প্যারাসেক
সেকেন্ডের জন্য প্যারামিটার ফাইল। ডিফল্ট: ` /net/PROFsec_best.par'।

riSubAcc
উপসেট PROFacc-এর জন্য ন্যূনতম নির্ভরযোগ্যতা সূচক (RI)। ডিফল্ট: 4.

riSubSec
উপসেট PROFsec-এর জন্য ন্যূনতম নির্ভরযোগ্যতা সূচক (RI)। ডিফল্ট: 5।

riSubSym
RI < riSubSec/Acc দিয়ে ভবিষ্যদ্বাণী করা অবশিষ্টাংশের জন্য প্রতীক। ডিফল্ট: `.'।

s_k_i_p
সমস্যা, ম্যানুয়াল, ইঙ্গিত, স্বরলিপি, txt, পরিচিত, সম্পন্ন, তারিখ, তারিখ, aa, Lhssp, numaa,
কোড

saf PROF কে SAF ফরম্যাটে রূপান্তর করুন

scrAddHelp
scr গোল
নিউরাল নেটওয়ার্ক স্যুইচিং

scrHelpTxt
ইনপুট ফাইল ফর্ম্যাট গৃহীত:
hssp,dssp,msf,saf,fastamul,pirmul,fasta,pir,gcg,swiss

scrIn
list_of_files (বা একক ফাইল) প্যারামিটার_ফাইল

scrName
অধ্যাপক

scrNarg
2

সেকেন্ড গৌণ গঠন ভবিষ্যদ্বাণী, শুধুমাত্র

নীরব
স্ক্রীনে লেখা কোন তথ্য নেই - এটি ডিফল্ট

স্কিপ মিসিং
ইনপুট ফাইল অনুপস্থিত থাকলে গর্ভপাত করবেন না!

উৎস ফাইল
অধ্যাপক

পরীক্ষা
শুধু একটি পরীক্ষা (দ্রুত)

অনুবাদ-জব-ইন-পরম-মান
স্ট্রিং 'jobid' $par{jobid} দিয়ে প্রতিস্থাপিত হয়

প্রোগ্রামের মাধ্যমে tst দ্রুত রান, কম নির্ভুলতা

ব্যবহারকারী
ব্যবহারকারীর নাম

--সংস্করণ
মুদ্রণ সংস্করণ

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে প্রফেসর ব্যবহার করুন