এটি হল soapdenovo-127mer কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
soapdenovo - সংক্ষিপ্ত-পঠিত সমাবেশ পদ্ধতি যা একটি ডি নভো ড্রাফ্ট সমাবেশ তৈরি করতে পারে
সাইনোপিসিস
soapdenovo_31mer soapdenovo_63mer soapdenovo_127mer
ভূমিকা
SOAPdenovo হল একটি অভিনব স্বল্প-পঠিত সমাবেশ পদ্ধতি যা একটি ডি নভো ড্রাফ্ট সমাবেশ তৈরি করতে পারে
মানুষের আকারের জিনোমের জন্য। প্রোগ্রামটি বিশেষভাবে ইলুমিনা GA একত্রিত করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে
সংক্ষিপ্ত পড়া এটি রেফারেন্স সিকোয়েন্স এবং বহন করার জন্য নতুন সুযোগ তৈরি করে
সাশ্রয়ী উপায়ে অনাবিষ্কৃত জিনোমের সঠিক বিশ্লেষণ।
1) দীর্ঘ পাঠ ব্যবহার করতে 127 পর্যন্ত বড় কিমার সমর্থন করুন। তিনটি সংস্করণ প্রদান করা হয়.
I. 31mer সংস্করণ সমর্থন kmer শুধুমাত্র <=31.
২. 63mer সংস্করণ সমর্থন kmer শুধুমাত্র <=63 এবং মেমরি খরচ দ্বিগুণ
31mer সংস্করণ, এমনকি kmer <=31 এর সাথে ব্যবহার করা হচ্ছে।
III. 127mer সংস্করণ সমর্থন kmer শুধুমাত্র <=127 এবং মেমরি খরচ দ্বিগুণ তুলনায়
63mer সংস্করণ, এমনকি kmer <=63 এর সাথে ব্যবহার করা হচ্ছে।
অনুগ্রহ করে লক্ষ্য করুন যে, দীর্ঘ কিলোমিটারের সাথে, নোডের পরিমাণ উল্লেখযোগ্যভাবে হ্রাস পাবে,
এইভাবে স্থানান্তরিত সংস্করণের সাথে মেমরি খরচ সাধারণত দ্বিগুণের চেয়ে কম হয়।
2) "প্রিগ্রাফ" মডিউলে নতুন প্যারামিটার যোগ করা হয়েছে। এই প্যারামিটারটি মেমরি শুরু করে
আরও পুনঃবন্টন এড়াতে অনুমান। প্যারামিটারের একক হল GB। আরও ছাড়া
রিঅ্যালোকেশন, SOAPdenovo দ্রুত চলে এবং এর সমস্ত মেমরি খাওয়ার সম্ভাবনা প্রদান করে
যন্ত্র. উদাহরণস্বরূপ, যদি ওয়ার্কস্টেশন 50g বিনামূল্যে মেমরি প্রদান করে, তাহলে -a 50 ইঞ্চি ব্যবহার করুন
প্রিগ্রাফ ধাপ, তারপর প্রক্রিয়াকরণের আগে 50g মেমরির একটি স্থির পরিমাণ বরাদ্দ করা হবে
পড়ে এটি একই মেশিন ভাগ করে নেওয়া অন্যান্য ব্যবহারকারীদের দ্বারা বাধাপ্রাপ্ত হওয়া এড়াতে পারে।
3) ফাঁক ভরা ঘাঁটি এখন 'scafSeq' ফাইলে ছোট হাতের অক্ষর দ্বারা উপস্থাপিত হয়।
4) কর্মক্ষমতা বাড়ানোর জন্য SIMD নির্দেশাবলী চালু করা হয়েছে।
কনফিগারেশন ফাইল
গভীর সিকোয়েন্সিং সহ বড় জিনোম প্রকল্পগুলির জন্য, ডেটা সাধারণত একাধিক হিসাবে সংগঠিত হয়
একাধিক লাইব্রেরি থেকে তৈরি অনুক্রম ফাইলগুলি পড়ুন। কনফিগারেশন ফাইলটি বলে
অ্যাসেম্বলার এই ফাইলগুলি এবং প্রাসঙ্গিক তথ্য কোথায় পাবেন। "example.config" হল একটি
এই ধরনের একটি ফাইলের উদাহরণ।
কনফিগারেশন ফাইলটিতে বিশ্বব্যাপী তথ্যের জন্য একটি বিভাগ রয়েছে এবং তারপরে একাধিক লাইব্রেরি রয়েছে
বিভাগ এই মুহূর্তে শুধুমাত্র "max_rd_len" বিশ্বব্যাপী তথ্য বিভাগে অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে। যে কোন
max_rd_len এর চেয়ে দীর্ঘ এই দৈর্ঘ্যে কাটা হবে।
লাইব্রেরি তথ্য এবং লাইব্রেরি থেকে উত্পন্ন তথ্য সিকোয়েন্সিং তথ্য
সংশ্লিষ্ট লাইব্রেরি বিভাগে সংগঠিত করা উচিত। প্রতিটি লাইব্রেরি বিভাগ শুরু হয়
ট্যাগ [LIB] সহ এবং নিম্নলিখিত আইটেমগুলি অন্তর্ভুক্ত করে:
avg_ins
এই মানটি এই লাইব্রেরির গড় সন্নিবেশের আকার বা সর্বোচ্চ মান নির্দেশ করে
সন্নিবেশ আকার বিতরণ চিত্রে অবস্থান।
বিপরীত_সেক
এই বিকল্পটি 0 বা 1 মান নেয়। এটি পাঠ্য ক্রমগুলির প্রয়োজন হলে এটি অ্যাসেম্বলারকে বলে
পরিপূরকভাবে বিপরীত করা ইলুমিমা GA দুই ধরনের পেয়ারড-এন্ড তৈরি করে
লাইব্রেরি: ক) ফরোয়ার্ড-রিভার্স, খণ্ডিত ডিএনএ থেকে উৎপন্ন সাধারণের সাথে শেষ হয়
500 bp এর কম সাইজ সন্নিবেশ করান; b) ফরোয়ার্ড-ফরোয়ার্ড, সার্কুলারাইজিং থেকে উত্পন্ন
সাধারণত 2 Kb-এর বেশি সাইজ সহ লাইব্রেরি। পরামিতি "reverse_seq"
এটি নির্দেশ করতে সেট করা উচিত: 0, ফরোয়ার্ড-রিভার্স; 1, ফরোয়ার্ড-ফরওয়ার্ড।
asm_flags=3
এই সূচকটি সিদ্ধান্ত নেয় যে কোন অংশে পাঠগুলি ব্যবহার করা হবে। এটি মান 1 (শুধুমাত্র
কনটিগ অ্যাসেম্বলি), 2 (শুধু স্ক্যাফোল্ড অ্যাসেম্বলি), 3 (কন্টিগ এবং স্ক্যাফোল্ড অ্যাসেম্বলি উভয়ই),
বা 4 (শুধুমাত্র ফাঁক বন্ধ)।
rd_len_cutoff
অ্যাসেম্বলার বর্তমান লাইব্রেরি থেকে এই দৈর্ঘ্যের রিডগুলি কেটে ফেলবে।
র্যাঙ্ক এটি পূর্ণসংখ্যার মান নেয় এবং সিদ্ধান্ত নেয় কোন ক্রমে রিডগুলি স্ক্যাফোল্ডের জন্য ব্যবহার করা হবে
সমাবেশ একই "র্যাঙ্ক" সহ লাইব্রেরিগুলি ভারা চলাকালীন একই সময়ে ব্যবহৃত হয়
সমাবেশ।
pair_num_cutoff
এই পরামিতি হল একটি নির্ভরযোগ্য সংযোগের জন্য জোড়া সংখ্যার কাটঅফ মান
দুটি কনটিগস বা প্রাক-স্ক্যাফোল্ডস।
map_len
এটি "মানচিত্র" ধাপে কার্যকর হয় এবং এটি একটি এর মধ্যে সর্বনিম্ন প্রান্তিককরণ দৈর্ঘ্য
পড়ুন এবং একটি নির্ভরযোগ্য পঠন অবস্থানের জন্য একটি কনটিগ প্রয়োজন।
অ্যাসেম্বলার দুটি ফর্ম্যাটে পঠিত ফাইল গ্রহণ করে: FASTA বা FASTQ। সঙ্গী-যুগলের সম্পর্ক
দুটি উপায়ে নির্দেশ করা যেতে পারে: একই ক্রমে রিড সহ দুটি সিকোয়েন্স ফাইল
একটি জোড়ার জন্য, অথবা একটি একক ফাইলে দুটি সংলগ্ন পাঠ (শুধুমাত্র FASTA) একটি জোড়ার অন্তর্গত।
কনফিগারেশন ফাইলে একক শেষ ফাইলগুলিকে "f=/path/filename" বা দ্বারা নির্দেশ করা হয়
"q=/pah/filename" ফাস্টা বা ফাস্টকিউ ফরম্যাটের জন্য আলাদাভাবে। জোড়া পড়া দুই ফাস্টে
সিকোয়েন্স ফাইলগুলি "f1=" এবং "f2=" দ্বারা নির্দেশিত হয়। জোড়া থাকা অবস্থায় দুটি ফাস্টক সিকোয়েন্সে পড়ে
ফাইলগুলি “q1=” এবং “q2=” দ্বারা নির্দেশিত হয়। একটি একক ফাস্তা সিকোয়েন্স ফাইলে পেয়ারড রিড হয়
"p =" আইটেম দ্বারা নির্দেশিত।
প্রতিটি লাইব্রেরি বিভাগে উপরের সমস্ত আইটেম ঐচ্ছিক। অ্যাসেম্বলার ডিফল্ট নির্ধারণ করে
তাদের অধিকাংশ জন্য মান. আপনি কিভাবে একটি প্যারামিটার সেট করবেন তা নিশ্চিত না হলে, আপনি এটি সরাতে পারেন
আপনার কনফিগারেশন ফাইল থেকে।
পাওয়া it শুরু
কনফিগারেশন ফাইলটি উপলব্ধ হলে, অ্যাসেম্বলার চালানোর একটি সাধারণ উপায় হল: ${bin}
all –s config_file –K 63 –R –o graph_prefix
ব্যবহারকারী অ্যাসেম্বলি প্রক্রিয়া ধাপে ধাপে চালানোর জন্য বেছে নিতে পারেন: ${bin} প্রিগ্রাফ
\[u2013]s config_file \[u2013]K 63 [\[u2013]R -d \[u2013]p -a] \[u2013]o graph_prefix
${bin} contig \[u2013]g graph_prefix [\[u2013]R \[u2013]M 1 -D] ${bin} মানচিত্র \[u2013]s
config_file \[u2013]g graph_prefix [-p] ${bin} স্ক্যাফ \[u2013]g graph_prefix [\[u2013]F -u
-জি -পি]
অপশন সমূহ
-একটি INT আরও পুনঃঅবস্থান এড়াতে মেমরি অনুমান (GB) শুরু করুন
-s STR কনফিগারেশন ফাইল
-o STR আউটপুট গ্রাফ ফাইলের উপসর্গ
-g STR ইনপুট গ্রাফ ফাইল উপসর্গ
-K INT K-mer আকার [ডিফল্ট 23, মিনিট 13, সর্বোচ্চ 127]
-p INT মাল্টিথ্রেড, n থ্রেড [ডিফল্ট 8]
-R ক্ষুদ্র পুনরাবৃত্তি সমাধান করতে রিড ব্যবহার করে [ডিফল্ট নম্বর]
-d INT কম ফ্রিকোয়েন্সি K-mers সরিয়ে দেয় যার ফ্রিকোয়েন্সি [ডিফল্ট 0] এর চেয়ে বড় নয়
-D INT এর কভারেজ সহ প্রান্তগুলি অপসারণ করুন [ডিফল্ট 1]
কনটিজিংয়ের সময় অনুরূপ ক্রমগুলিকে একত্রিত করার M INT শক্তি [ডিফল্ট 1, মিনিট 0, সর্বোচ্চ
3]
-F ইন্ট্রা-স্ক্যাফোল্ড গ্যাপ ক্লোজার [ডিফল্ট নম্বর]
স্ক্যাফোল্ডিংয়ের আগে উচ্চ কভারেজ কনটিগস আন-মাস্ক [ডিফউট মাস্ক]
-G INT আনুমানিক এবং ভরাট ফাঁকের মধ্যে দৈর্ঘ্যের পার্থক্যকে অনুমতি দিয়েছে
-L সর্বনিম্ন contigs দৈর্ঘ্য ভারা জন্য ব্যবহৃত
আউটপুট নথি পত্র
এই ফাইলগুলি সমাবেশ ফলাফল হিসাবে আউটপুট হয়:
ক *.কনটিগ
সঙ্গী জোড়া তথ্য ব্যবহার না করেই ক্রমানুসারে
খ. *.scafSeq
স্ক্যাফোল্ড সিকোয়েন্স (চূড়ান্ত কনটিগ সিকোয়েন্স স্ক্যাফোল্ড ভেঙ্গে বের করা যায়
ফাঁক অঞ্চলে ক্রম)
উন্নত ব্যবহারকারীদের জন্য দরকারী তথ্য প্রদান করে যে অন্যান্য কিছু ফাইল আছে, যা
পরিশিষ্ট বি-তে তালিকাভুক্ত।
FAQ
কিভাবে থেকে সেট কে-মের আকার?
প্রোগ্রামটি 13 থেকে 31 এর মধ্যে বিজোড় সংখ্যা গ্রহণ করে। বড় K-mers এর হার বেশি হবে
জিনোমের অনন্যতা এবং গ্রাফটিকে সহজ করে তুলবে, তবে এর জন্য গভীর অনুক্রম প্রয়োজন
যেকোনো জিনোমিক অবস্থানে ওভারল্যাপের গ্যারান্টি দিতে গভীরতা এবং দীর্ঘ পঠিত দৈর্ঘ্য।
কিভাবে থেকে সেট লাইব্রেরি পদমর্যাদা?
SOAPdenovo ছোট থেকে বড় পর্যন্ত ইনসার্ট সাইজ সহ পেয়ার-এন্ড লাইব্রেরি ব্যবহার করবে
ভারা নির্মাণ একই র্যাঙ্ক সহ লাইব্রেরি একই সময়ে ব্যবহার করা হবে। জন্য
উদাহরণস্বরূপ, একটি মানব জিনোমের একটি ডেটাসেটে, আমরা সন্নিবেশ সহ পাঁচটি লাইব্রেরির জন্য পাঁচটি র্যাঙ্ক সেট করি
আকার 200-bp, 500-bp, 2-Kb, 5-Kb এবং 10-Kb, আলাদাভাবে। এটা আকাঙ্ক্ষিত যে জোড়া মধ্যে
প্রতিটি র্যাঙ্ক জিনোমের পর্যাপ্ত শারীরিক কভারেজ প্রদান করে।
পরিশিষ্ট A: an example.config
# সর্বোচ্চ পঠিত দৈর্ঘ্য
max_rd_len=50
[LIB]
# গড় সন্নিবেশের আকার
avg_ins=200
#যদি ক্রম বিপরীত করা প্রয়োজন
বিপরীত_সেক=0
# কোন অংশে রিড ব্যবহার করা হয়
asm_flags=3
#প্রতিটি রিডের শুধুমাত্র প্রথম 50 bps ব্যবহার করুন
rd_len_cutoff=50
# যে ক্রমে রিডগুলি ভারা দেওয়ার সময় ব্যবহার করা হয়
পদ = 1
একটি নির্ভরযোগ্য সংযোগের জন্য জোড়া নম্বরের # কাটঅফ (ডিফল্ট 3)
pair_num_cutoff=3
# একটি নির্ভরযোগ্য পঠিত অবস্থানের জন্য কনটিগের সাথে সর্বনিম্ন প্রান্তিককৃত দৈর্ঘ্য (ডিফল্ট 32)
map_len=32
পড়ার জন্য #fastq ফাইল 1
q1=/path/**LIBNAMEA**/fastq_read_1.fq
রিড 2 এর জন্য #fastq ফাইল সর্বদা রিড 1 এর জন্য fastq ফাইল অনুসরণ করে
q2=/path/**LIBNAMEA**/fastq_read_2.fq
পড়ার জন্য #fasta ফাইল 1
f1=/path/**LIBNAMEA**/fasta_read_1.fa
রিড 2 এর জন্য #fastq ফাইল সর্বদা রিড 1 এর জন্য fastq ফাইল অনুসরণ করে
f2=/path/**LIBNAMEA**/fasta_read_2.fa
একক পড়ার জন্য #fastq ফাইল
q=/path/**LIBNAMEA**/fastq_read_single.fq
একক পড়ার জন্য #fasta ফাইল
f=/path/**LIBNAMEA**/fasta_read_single.fa
#জোড়া পাঠের জন্য একটি একক ফাস্তা ফাইল
p=/path/**LIBNAMEA**/pairs_in_one_file.fa
[LIB]
avg_ins=2000
বিপরীত_সেক=1
asm_flags=2
পদ = 2
একটি নির্ভরযোগ্য সংযোগের জন্য জোড়া নম্বরের # কাটঅফ
#(বড় সন্নিবেশের আকারের জন্য ডিফল্ট 5)
pair_num_cutoff=5
# একটি নির্ভরযোগ্য পঠিত অবস্থানের জন্য কন্টিগগুলির সাথে সর্বনিম্ন সারিবদ্ধ দৈর্ঘ্য
#(বড় সন্নিবেশের আকারের জন্য ডিফল্ট 35)
map_len=35
q1=/path/**LIBNAMEB**/fastq_read_1.fq
q2=/path/**LIBNAMEB**/fastq_read_2.fq
q=/path/**LIBNAMEB**/fastq_read_single.fq
f=/path/**LIBNAMEB**/fasta_read_single.fa
উপাঙ্গ B: আউটপুট নথি পত্র
1. "প্রিগ্রাফ" কমান্ড থেকে আউটপুট ফাইল
ক *.kmerFreq
প্রতিটি সারি সারি সংখ্যার সমান ফ্রিকোয়েন্সি সহ Kmers সংখ্যা দেখায়।
খ. *. প্রান্ত
প্রতিটি রেকর্ড প্রাক-গ্রাফে একটি প্রান্তের তথ্য দেয়: দৈর্ঘ্য, উভয় প্রান্তে Kmers,
গড় কিলোমিটার কভারেজ, তা বিপরীত-পরিপূরকভাবে অভিন্ন এবং ক্রম।
গ. *.markOnEdge এবং *.পথ
এই দুটি ফাইল ছোট পুনরাবৃত্তি সমাধানের জন্য রিড ব্যবহার করার জন্য
e *.preArc
রিড পাথ দ্বারা প্রতিষ্ঠিত প্রান্তের মধ্যে সংযোগ।
চ *.শীর্ষ
প্রান্তের প্রান্তে Kmers.
g *.প্রিগ্রাফবেসিক
প্রাক-গ্রাফ সম্পর্কে কিছু প্রাথমিক তথ্য: শীর্ষবিন্দুর সংখ্যা, কে মান, প্রান্তের সংখ্যা,
সর্বাধিক পঠিত দৈর্ঘ্য ইত্যাদি
2. "contig" কমান্ড থেকে ফাইল আউটপুট
ক *.কনটিগ
Contig তথ্য: সংশ্লিষ্ট প্রান্ত সূচক, দৈর্ঘ্য, kmer কভারেজ, এটি টিপ কিনা এবং
ক্রম হয় একটি কনটিগ বা এর বিপরীত পরিপূরক প্রতিরূপ অন্তর্ভুক্ত করা হয়। প্রতিটি
বিপরীত পরিপূরক contig সূচক *.ContigIndex ফাইলে নির্দেশিত হয়।
খ. *.আর্ক
প্রতিটি প্রান্ত থেকে বেরিয়ে আসা আর্কস এবং রিড দ্বারা তাদের সংশ্লিষ্ট কভারেজ
গ. *.updated.edge
গ্রাফে প্রতিটি প্রান্তের জন্য কিছু তথ্য: দৈর্ঘ্য, উভয় প্রান্তে Kmers, সূচক পার্থক্য
বিপরীত-পরিপূরক প্রান্ত এবং এই এক মধ্যে.
d *. ContigIndex
প্রতিটি রেকর্ড *.contig-এ প্রতিটি কনটিগ সম্পর্কে তথ্য দেয়: এটি প্রান্ত সূচক, দৈর্ঘ্য,
এর বিপরীত-পরিপূরক প্রতিরূপ এবং নিজের মধ্যে সূচক পার্থক্য।
3. "মানচিত্র" কমান্ড থেকে আউটপুট ফাইল
ক *.পিগ্রেডস
প্রতিটি ক্লোন লাইব্রেরির জন্য তথ্য: ইনসার্ট-সাইজ, রিড ইনডেক্স আপার বাউন্ড, র্যাঙ্ক এবং পেয়ার
একটি নির্ভরযোগ্য লিঙ্কের জন্য নম্বর কাটঅফ।
স্ক্যাফোল্ডিং টিউনিংয়ের জন্য এই ফাইলটি ম্যানুয়ালি সংশোধন করা যেতে পারে।
খ. *.readOnContig
Contigs অবস্থানগুলি পড়ুন. এখানে contigs তাদের প্রান্ত সূচক দ্বারা উল্লেখ করা হয়. Howerver সম্পর্কে
তাদের অর্ধেক তাদের বিপরীত-পরিপূরকের জন্য *.contig ফাইলে তালিকাভুক্ত নয়
প্রতিপক্ষ ইতিমধ্যে অন্তর্ভুক্ত করা হয়.
গ. *.readInGap
এই ফাইলটিতে এমন রিড রয়েছে যা কনটিগের মধ্যে ফাঁকে অবস্থিত হতে পারে। এই তথ্য
ভারা মধ্যে ফাঁক বন্ধ করতে ব্যবহার করা হবে.
4. "স্ক্যাফ" কমান্ড থেকে আউটপুট ফাইল
ক *.newContigIndex
স্ক্যাফোল্ডিংয়ের আগে কন্টিগগুলি তাদের দৈর্ঘ্য অনুসারে সাজানো হয়। তাদের নতুন সূচক তালিকাভুক্ত করা হয়
এই ফাইলে। এটি দরকারী যদি কেউ তাদের সাথে *.contig-এ contigs-এর সাথে মিল রাখতে চায়
* লিঙ্কে।
খ. *।লিংক
কন্টিগের মধ্যে লিঙ্ক যা পঠিত জোড়া দ্বারা প্রতিষ্ঠিত হয়। নতুন সূচক ব্যবহার করা হয়.
গ. *.স্ক্যাফ_গ্যাপ
কন্টিগ গ্রাফের মাধ্যমে পাওয়া ফাঁকের মধ্যে কন্টিগগুলি কন্টিগিং পদ্ধতির দ্বারা আউটপুট করা হয়েছে। এখানে নতুন সূচক
ব্যবহৃত.
d *.স্ক্যাফ
প্রতিটি স্ক্যাফোল্ডের জন্য কন্টিগ: কন্টিগ ইনডেক্স (*.contig-এ সূচকের সাথে সঙ্গতিপূর্ণ), আনুমানিক
স্ক্যাফোল্ড, ওরিয়েন্টেশন, কনটিগ দৈর্ঘ্য এবং অন্যদের সাথে এর লিঙ্কগুলিতে শুরুর অবস্থান।
e *. gapSeq
কন্টিগের মধ্যে গ্যাপ সিকোয়েন্স।
চ *.scafSeq
প্রতিটি ভারার ক্রম।
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে soapdenovo-127mer ব্যবহার করুন
