এটি WigeoN কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
wigeon - পিনটেল 16S ডিএনএ অসঙ্গতি সনাক্তকরণ ইউটিলিটির পুনরায় প্রয়োগ
বর্ণনাঃ
WigeoN একটি ক্যোয়ারী এবং একটি বিশ্বস্ত রেফারেন্সের মধ্যে ক্রম সংরক্ষণ পরীক্ষা করে
ক্রম, উভয় NAST প্রান্তিককরণ বিন্যাসে। ক্যোয়ারী মধ্যে ক্রম পরিচয়ের উপর ভিত্তি করে
এবং রেফারেন্স ক্রম, প্রান্তিককরণের মধ্যে প্রত্যাশিত পরিমাণে বৈচিত্র্য রয়েছে।
যদি পরিলক্ষিত বৈচিত্র্যটি বিতরণের 95% পরিমাণের চেয়ে বেশি হয়
বৈষম্যহীন ক্রমগুলির মধ্যে প্রকরণ পরিলক্ষিত হয়, তারপর এটি একটি অসঙ্গতি হিসাবে চিহ্নিত করা হয়।
WigeoN হল পিনটেল অ্যালগরিদম অ্যাপলের একটি নমনীয় কমান্ড-লাইন ভিত্তিক পুনঃপ্রয়োগ
এনভায়রন মাইক্রোবায়োল। 2005 ডিসেম্বর;7112:7724-36।
WigeoN শুধুমাত্র কাছাকাছি পূর্ণ-দৈর্ঘ্য 16S rRNA তে কাইমেরা এবং অসঙ্গতিগুলি পতাকাঙ্কিত করার জন্য দরকারী
ক্রম WigeoN এর 1000 bp এর কম সিকোয়েন্স সহ সংবেদনশীলতার অভাব রয়েছে।
WigeoN চালানোর জন্য, আপনার nast-ier ইউটিলিটি দ্বারা উত্পন্ন NAST- বিন্যাসকৃত ক্রম প্রয়োজন।
WigeoN হল microbiomeutil স্যুটের অংশ।
বিকল্প
আবশ্যক:
--query_NAST
সারিবদ্ধ বিন্যাসে ক্যোয়ারী সিকোয়েন্স ধারণকারী মাল্টি-ফাস্ট ফাইল
ঐচ্ছিক:
--db_NAST
NAST বিন্যাসে db
--db_FASTA
ফাস্টা ফরম্যাটে db (মেগাব্লাস্ট ফরম্যাটেড)
--সংখ্যা_শীর্ষ_হিট
ডিফল্ট 1: শুধুমাত্র একক সেরা মিল ব্যবহার করে।
--পটভূমি
--ডিবাগ
--exec_dir
চালানোর আগে exec_dir-এ cd
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে WigeoN অনলাইন ব্যবহার করুন
