āĻāĻāĻŋ fcGENE āĻ¨āĻžāĻŽāĻ āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻžāĻā§āĻ¸ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒ: āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻžāĻā§āĻ¸ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻāĻžāĻāĻĒ āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻāĻžāĻ° āĻ¯āĻžāĻ° āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻļā§āĻˇ āĻĒā§āĻ°āĻāĻžāĻļ fcgene-1.0.7.zip āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ āĻĄāĻžāĻāĻ¨āĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°āĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤ āĻāĻāĻŋ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§ OnWorks-āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻĄāĻžāĻāĻ¨āĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ fcGENE āĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ° āĻāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻāĻŋ: Genotype āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻāĻžāĻ° āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻžāĻā§āĻ¸ā§ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§ OnWorks-āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯āĨ¤
āĻāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻāĻŋ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻļāĻžāĻŦāĻ˛ā§ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ°āĻŖ āĻāĻ°ā§āĻ¨:
- 1. āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻ° āĻĒāĻŋāĻ¸āĻŋāĻ¤ā§ āĻāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻļāĻ¨āĻāĻŋ āĻĄāĻžāĻāĻ¨āĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°ā§āĻ¨ā§ˇ
- 2. āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻāĻžāĻ°ā§ āĻĒā§āĻ°āĻŦā§āĻļ āĻāĻ°ā§āĻ¨ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻ¯ā§ āĻāĻāĻāĻžāĻ°āĻ¨ā§āĻŽ āĻāĻžāĻ¨āĨ¤
- 3. āĻāĻ āĻ§āĻ°āĻ¨ā§āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻāĻžāĻ°ā§ āĻāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻļāĻ¨āĻāĻŋ āĻāĻĒāĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
- 4. āĻāĻ āĻāĻ¯āĻŧā§āĻŦāĻ¸āĻžāĻāĻ āĻĨā§āĻā§ OnWorks Linux āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻŦāĻž Windows āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MACOS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻļā§āĻ°ā§ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
- 5. OnWorks Linux OS āĻĨā§āĻā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻāĻāĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻļā§āĻ°ā§ āĻāĻ°ā§āĻā§āĻ¨, āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻāĻžāĻ°ā§ āĻ¯āĻžāĻ¨ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻ° āĻĒāĻāĻ¨ā§āĻĻā§āĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻ¸āĻšāĨ¤
- 6. āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻļāĻ¨āĻāĻŋ āĻĄāĻžāĻāĻ¨āĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°ā§āĻ¨, āĻāĻāĻŋ āĻāĻ¨āĻ¸ā§āĻāĻ˛ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻāĻāĻŋ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨āĨ¤
āĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¨āĻļāĻāĻā§āĻ˛āĻŋ
Ad
fcGENE: āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻžāĻā§āĻ¸ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻāĻžāĻāĻĒ āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻāĻžāĻ°
āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ
āĻĒā§āĻ°āĻ§āĻžāĻ¨ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻļāĻ¨āĻāĻŋ āĻĻā§āĻŦāĻŋāĻā§āĻŖ: āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽāĻ¤ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻāĻžāĻāĻĒ SNP āĻĄā§āĻāĻžāĻā§ PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE āĻāĻŦāĻ BIMBBAM-āĻāĻ° āĻŽāĻ¤ā§ āĻŦāĻŋāĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻāĻŽā§āĻĒāĻŋāĻāĻā§āĻļāĻ¨ āĻā§āĻ˛ā§āĻ° āĻĢāĻ°ā§āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§ āĻ°ā§āĻĒāĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻ° āĻāĻ°āĻž, āĻĻā§āĻŦāĻŋāĻ¤ā§āĻ¯āĻŧāĻāĻŋ PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT āĻāĻŦāĻ SNPTEST-āĻāĻ° āĻŽāĻ¤ā§ āĻŦāĻŋāĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĢāĻ°ā§āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§ āĻ āĻāĻŋāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤ āĻĄā§āĻāĻž āĻ°ā§āĻĒāĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻ° āĻāĻ°āĻžā§ˇāĻĒāĻ āĻ¨āĻ¯ā§āĻā§āĻ¯ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸: plink-pedigree (ped and map), plink-raw, plink-dosage, mach , minimac, impute, snptest, beagle āĻāĻŦāĻ bimbam. āĻāĻāĻāĻāĻžāĻŦā§ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻ¸āĻŦ āĻ§āĻ°āĻ¨ā§āĻ° āĻ āĻāĻŋāĻ¯ā§āĻāĻ¨āĻ āĻā§āĻšā§āĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤
āĻĢāĻ°ā§āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ¯āĻž fcGENE āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§: plink-pedigree, plink-raw, plink-dosage, mach-inputs, minimac-inputs, impute-inputs, beagle-inputs āĻāĻŦāĻ bimbam-inputs, HAPLOVIEW-āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ, EIGENSOFT-āĻāĻ¨āĻĒā§āĻāĨ¤
āĻāĻ°āĻ āĻāĻŦā§āĻĻāĻ¨:
-?āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻāĻŽā§āĻĒā§āĻ¯ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ° āĻā§āĻŽāĻĒā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻŦāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻŽā§āĻĒā§āĻ¯ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻā§āĻ˛ā§āĻ° āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻĒā§āĻ¤ āĻāĻ°āĻž
- MAF, HWE āĻāĻŦāĻ CALLRATE āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧā§ āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ¯āĻŧāĻ¨ā§āĻ¤ā§āĻ°āĻŖāĨ¤
āĻŽā§āĻ˛ āĻļāĻŦā§āĻĻ: āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻāĻžāĻāĻĒ āĻā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¸āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻļāĻ¨, āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻāĻžāĻāĻĒ āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻ, āĻāĻŽā§āĻĒā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ, PLINK, IMPUTE, MACH, āĻŽāĻŋāĻ¨āĻŋāĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ, āĻšā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻ˛ā§āĻāĻŋāĻ, āĻŦāĻŋāĻāĻ˛, āĻŦāĻŋāĻŽā§āĻŦāĻžāĻŽ, āĻāĻāĻā§āĻ¨āĻ¸āĻĢā§āĻāĨ¤
āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯
- SNP-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻāĻŦāĻ āĻŦā§āĻ¯āĻā§āĻ¤āĻŋ-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ¯āĻŧāĻ¨ā§āĻ¤ā§āĻ°āĻŖ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§ āĻāĻŦāĻ āĻĄā§āĻāĻž āĻā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¸āĻĢāĻ°ā§āĻŽ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¯āĻŧ āĻ āĻ¯ā§āĻā§āĻ¯ SNP āĻāĻŦāĻ āĻŦā§āĻ¯āĻā§āĻ¤āĻŋāĻĻā§āĻ° āĻĢāĻŋāĻ˛ā§āĻāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
- āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻāĻžāĻāĻĒ SNP āĻĄā§āĻāĻžāĻ° āĻĻā§āĻŦāĻŋ-āĻŽā§āĻā§ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ āĻ°ā§āĻĒāĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻ° āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§ (āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ PLINK -> āĻāĻŽā§āĻĒā§āĻ¯ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻā§āĻ˛ āĻāĻŦāĻ āĻāĻŽā§āĻĒā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻā§āĻ˛ -> PLINK)āĨ¤ āĻāĻāĻŋ plink-āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻĄ āĻĒā§āĻĄāĻŋāĻā§āĻ°āĻŋ āĻāĻŦāĻ āĻŦāĻžāĻāĻ¨āĻžāĻ°āĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻāĻāĻ¯āĻŧāĻ āĻĒāĻĄāĻŧāĻ¤ā§ āĻāĻŦāĻ āĻ˛āĻŋāĻāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
- āĻāĻŽā§āĻĒā§āĻ¯ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ° āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ¤ā§ āĻāĻŽā§āĻĒā§āĻĄ āĻāĻ¸āĻāĻ¨āĻĒāĻŋ āĻĢāĻŋāĻ˛ā§āĻāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
- āĻāĻŋāĻĄāĻŦā§āĻ˛āĻŋāĻāĻ āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖ āĻā§āĻ˛ āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ° āĻā§āĻŽāĻĒā§āĻ˛ā§āĻ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
- āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻāĻžāĻāĻĒ āĻĄā§āĻāĻžāĻā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻŽā§āĻĒā§āĻ¯ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻā§āĻ˛ā§āĻ° āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻĨā§āĻā§ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻāĻŋāĻ¤ā§ āĻ°ā§āĻĒāĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻ° āĻāĻ°ā§āĨ¤
- āĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻ-āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§ āĻāĻŽā§āĻĒā§āĻ¯ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻ°ā§āĻĒāĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻ°āĨ¤ āĻāĻāĻŋ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ˛ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻāĻžāĻāĻĒ āĻĄā§āĻāĻž āĻ¤ā§āĻ˛āĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻ¸āĻšāĻžāĻ¯āĻŧāĻ¤āĻž āĻāĻ°ā§āĨ¤
- āĻŽā§āĻ˛āĻ¤ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦāĻŋāĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§ āĻĻā§āĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻĄā§āĻāĻž āĻĨā§āĻā§ GenABEL āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§ snp āĻĄā§āĻāĻž āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
- āĻā§āĻŖ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻŋāĻ˛ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻ° expeceted āĻĄā§āĻ āĻ§āĻžāĻ°āĻŖāĻāĻžāĻ°ā§ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨āĻāĻžāĻŦā§ āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻāĻ°āĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
- āĻĒāĻ°āĻŋāĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ¨āĻāĻ¤ āĻā§āĻ¨ā§āĻāĻŋāĻā§āĻ¸ā§āĻ° āĻā§āĻˇā§āĻ¤ā§āĻ°ā§ āĻāĻžāĻ āĻāĻ°āĻž āĻāĻŦā§āĻˇāĻāĻĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻā§āĻŦāĻ āĻ¸āĻšāĻžāĻ¯āĻŧāĻāĨ¤
- c++ āĻ āĻ˛ā§āĻāĻž, STL āĻĒāĻžāĻ¤ā§āĻ°ā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°
- gezipped āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĒāĻĄāĻŧāĻ¤ā§ āĻāĻŦāĻ āĻ˛āĻŋāĻāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨
- --fst āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ FST āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
- āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻŋāĻ˛ āĻāĻŦāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻŋāĻ˛ āĻĄā§āĻ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻ¸āĻš āĻ¸ā§āĻā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻĄāĻžāĻ°ā§āĻĄ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻāĻžāĻāĻĒ āĻĄā§āĻāĻž āĻĒāĻĄāĻŧāĻ¤ā§ āĻāĻŦāĻ āĻ˛āĻŋāĻāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
- BEAGLE4 āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤ vcf-āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ āĻāĻžāĻˇāĻž
āĻ¸āĻŋ ++
āĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯āĻž https://sourceforge.net/projects/fcgene/ āĻĨā§āĻā§āĻ āĻāĻ¨āĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤ āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻ āĻ¸āĻŋāĻ¸ā§āĻā§āĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĨā§āĻā§ āĻ¸āĻŦāĻā§āĻ¯āĻŧā§ āĻ¸āĻšāĻ āĻāĻĒāĻžāĻ¯āĻŧā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻŋ OnWorks-āĻ āĻšā§āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤