এটি প্রোটিন-লিগ্যান্ড গ্রাফের ভিজ্যুয়ালাইজেশন নামে লিনাক্স অ্যাপ যার সর্বশেষ প্রকাশ vplg_2016_07_18.zip হিসাবে ডাউনলোড করা যেতে পারে। এটি ওয়ার্কস্টেশনের জন্য বিনামূল্যের হোস্টিং প্রদানকারী OnWorks-এ অনলাইনে চালানো যেতে পারে।
ডাউনলোড করুন এবং অনলাইনে চালান এই অ্যাপটি নামক Visualization of Protein-Ligand Graphs with OnWorks বিনামূল্যে।
এই অ্যাপটি চালানোর জন্য এই নির্দেশাবলী অনুসরণ করুন:
- 1. আপনার পিসিতে এই অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন৷
- 2. আমাদের ফাইল ম্যানেজারে প্রবেশ করুন https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনি যে ইউজারনেম চান।
- 3. এই ধরনের ফাইল ম্যানেজারে এই অ্যাপ্লিকেশনটি আপলোড করুন।
- 4. এই ওয়েবসাইট থেকে OnWorks Linux অনলাইন বা Windows অনলাইন এমুলেটর বা MACOS অনলাইন এমুলেটর শুরু করুন।
- 5. OnWorks Linux OS থেকে আপনি এইমাত্র শুরু করেছেন, আমাদের ফাইল ম্যানেজারে যান https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনার পছন্দের ব্যবহারকারীর নাম সহ।
- 6. অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন, এটি ইনস্টল করুন এবং এটি চালান।
স্ক্রীনশটগুলি
Ad
প্রোটিন-লিগ্যান্ড গ্রাফের ভিজ্যুয়ালাইজেশন
বর্ণনাঃ
প্রোটিন-লিগ্যান্ড গ্রাফের ভিজ্যুয়ালাইজেশন (ভিপিএলজি) সফ্টওয়্যার প্যাকেজ প্রোটিন গ্রাফগুলি গণনা করে এবং কল্পনা করে। এটি সুপার-সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার লেভেলে কাজ করে এবং PDB ফাইল এবং DSSP অ্যালগরিদমের SSE অ্যাসাইনমেন্ট থেকে পরমাণু স্থানাঙ্ক ব্যবহার করে।
VPLG হল কমান্ড লাইন সফটওয়্যার। আপনি যদি টাইপিং কমান্ড পছন্দ না করেন তবে আমাদের PTGL ওয়েব সার্ভার ব্যবহার করে দেখুন: http://ptgl.uni-frankfurt.de/
বৈশিষ্ট্য
- PDB ফাইল থেকে 3-মাত্রিক পরমাণু ডেটা এবং DSSP ফাইল থেকে সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার অ্যাসাইনমেন্ট পড়ে
- ডেটা থেকে একটি প্রোটিন-লিগ্যান্ড গ্রাফ গণনা করে এবং গ্রাফটি কল্পনা করে
- বিটম্যাপ (.png) এবং ভেক্টর (.svg) ফর্ম্যাটে গ্রাফ চিত্রগুলির আউটপুট সমর্থন করে
- প্রোটিন-লিগ্যান্ড গ্রাফগুলিকে একটি প্লেইন টেক্সট ফাইলের নিজস্ব ফরম্যাটে (.plg) রপ্তানি করে যা কম্পিউটার প্রোগ্রামের পাশাপাশি বেশ কয়েকটি স্ট্যান্ডার্ড গ্রাফ ফাইল ফরম্যাটে সম্পাদনা, পার্স এবং জেনারেট করা সহজ।
- .plg-ফাইল থেকে প্রোটিন গ্রাফ পড়তে এবং সরাসরি কল্পনা করতে পারে
- ফ্রি ওপেন সোর্স সফটওয়্যার (FOSS)
- ডাটাবেস সমর্থন (সম্পূর্ণ ঐচ্ছিক, ডিফল্টরূপে কোনো ডাটাবেস সার্ভারের প্রয়োজন নেই)
- কমান্ড লাইন ইন্টারফেস শেল স্ক্রিপ্টের মাধ্যমে সহজ ব্যাচ প্রক্রিয়াকরণের জন্য অনুমতি দেয়
- পরমাণু সংখ্যা দ্বারা ligands ফিল্টার করার অনুমতি দেয়
- জাভাতে লেখা নতুন GUI, আর কনসোল কমান্ড টাইপ করার দরকার নেই!
- যে সফ্টওয়্যারটি PTGL ওয়েব সার্ভারকে শক্তি দেয়: http://ptgl.uni-frankfurt.de/
পাঠকবর্গ
বিজ্ঞান/গবেষণা, শিক্ষা, উন্নত শেষ ব্যবহারকারী
ব্যবহারকারী ইন্টারফেস
জাভা সুইং, কনসোল/টার্মিনাল, কমান্ড-লাইন
প্রোগ্রামিং ভাষা
জাভা
ডাটাবেস পরিবেশ
জেডিবিসি
বিভাগ
এটি এমন একটি অ্যাপ্লিকেশন যা https://sourceforge.net/projects/vplg/ থেকেও আনা যেতে পারে। আমাদের বিনামূল্যের অপারেটিভ সিস্টেমগুলির মধ্যে একটি থেকে সবচেয়ে সহজ উপায়ে অনলাইনে চালানোর জন্য এটি OnWorks-এ হোস্ট করা হয়েছে।
