Dies ist der Befehl abacas, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
abacas - Algorithm Based Automatic Contigation of Assembled Sequences
ZUSAMMENFASSUNG
Abacas -r ref -q qs -p prog [OPTIONEN]
OR
Abacas -r ref -q psf -e
ref Referenzsequenz in einer einzigen Fasta-Datei
qs Contigs im Multi-Fasta-Format
rog Zu verwendendes MUMmer-Programm: 'nucmer' oder 'promer'
psf Pseudomolekül/geordnete Sequenzdatei im Fasta-Format
OPTIONAL
-h Drucknutzung
-d Verwenden Sie die Standard-Ziffer-/Promer-Parameter
-s int Mindestlänge des exakt passenden Wortes (Zahlenvorgabe = 12, Promervorgabe
4 =)
-m Drucken Sie bestellte Contigs in eine Datei im Multifasta-Format
-b Contigs in bin in Datei drucken
-N drucke ein Pseudomolekül ohne "N"s
-i int minimale prozentuale Identität [Standard 40]
-v int minimale Contig-Abdeckung [Standard 40]
-V int minimale Contig-Abdeckungsdifferenz [Standard 1]
-l int minimale Contig-Länge [Standard 1]
-t Führen Sie tblastx auf Contigs aus, die nicht zugeordnet sind
-g string (Dateiname) druckt nicht abgedeckte Bereiche (Lücken) auf Referenz zum Dateinamen
-a füge Contigs in bin an das Pseudomolekül an
-o Präfix Ausgabedateien haben dieses Präfix
-P Wählen Sie Primer-Sets, um Lücken zu schließen
-f int Anzahl flankierender Basen auf beiden Seiten einer Lücke für das Primerdesign (Standard
350)
-R int Run mummer [Standard 1, use -R 0, um Laufgeräusche zu vermeiden]
-e Entgehen Sie der Contig-Bestellung, dh gehen Sie zum Primer-Design
-c Referenzsequenz ist zirkulär
BESCHREIBUNG
ABACAS soll schnell aneinanderhängen (ausrichten, ordnen, orientieren), visualisieren und gestalten
Primer zum Schließen von Lücken auf mit Schrotflinten zusammengesetzten Contigs basierend auf einer Referenzsequenz.
ABACAS verwendet MUMmer, um Ausrichtungspositionen zu finden und Syntenien von zusammengesetzten Contigs zu identifizieren
gegen den Verweis. Die Ausgabe wird dann verarbeitet, um ein Pseudomolekül zu erzeugen, das
überlappende Contigs und Lücken zu berücksichtigen. ABACAS erzeugt eine Vergleichsdatei, die
verwendet werden, um geordnete und orientierte Contigs in ACT zu visualisieren. Synteny wird durch Rot dargestellt
Balken, bei denen die Farbintensität mit niedrigeren Werten der prozentualen Identität zwischen
vergleichbare Blöcke. Informationen zu Contigs wie Orientierung, prozentuale Identität,
Abdeckung und Überlappung mit anderen Contigs können auch durch Laden der ausgegebenen
Feature-Datei auf ACT.
Verwenden Sie Abacas online mit den onworks.net-Diensten
