Dies ist der Befehl anfo, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
anfo – beste Ausrichtung von kurzen Lesevorgängen auf die Datenbank finden
ZUSAMMENFASSUNG
anpho [ ganz ohne irgendetwas tun oder drücken zu müssen. | Datei ... ]
BESCHREIBUNG
anpho Richtet (kurze) Sequenzierungslesevorgänge an einer Datenbank (Gigabase-Größe) aus. Es verwendet eine Heuristik
Seeding-Methode, wendet dann aber einen echten Aligner an, der Lücken zulässt und Schäden erkennt
Muster in der alten DNA und ergibt eine leicht zu interpretierende Partitur.
Eingabedateien können beliebige FastA- oder FastQ-Dateien oder nativ sein anpho Binärdatei,
optional komprimiert mit gziporbzip2. Das Dateiformat wird automatisch erkannt und
Weitere Formate können hinzugefügt werden.
OPTIONAL
-V, --Version
Versionsnummer drucken und beenden.
-o Datei, --Ausgabedatei
Ausgabe schreiben nach Datei. Datei wird in der Muttersprache geschrieben anpho Binärformat, das
kann bei der Verwendung bedient werden Anfo-Tool oder die Bindungen an Arglist.
-c conffile, --config conffile
Konfiguration lesen von Konfile. Diese Datei konfiguriert, welche Indizes verwendet werden und
durch Erweiterung, an welchen Genomen ein Alignment vorgenommen wird, welche Parameter dabei verwendet werden sollen
Aligner und kann Pfade festlegen. Siehe Beispieldatei.
-p Anzahl, --threads Anzahl
Start num Gewinde zur Ausrichtung. Normalerweise gibt es einen solchen Thread pro Prozessorkern
am besten.
-x Anzahl, --ixthreads Anzahl
Start num Threads zur Indizierung. Die Indizierung verbraucht normalerweise weniger CPU-Leistung als
Ausrichtung, daher sind weniger Indexer als Aligner normalerweise am besten.
--solexa-scale
Verwenden Sie beim Lesen von FastQ-Dateien die Solexa-Skala (Log-Odds-Verhältnisse) anstelle von
Standard-Phread-Skala (Wahrscheinlichkeiten). Wenn Sie Solexa/Illumina-Sequenzer verwenden,
Sehen Sie in Ihrer Dokumentation nach, ob Sie dies benötigen. Sonst tust du es nicht.
--fastq-origin ori
Legen Sie den Ursprung für die FastQ-Dekodierung auf fest oder. Der Standard und die Standardeinstellung sind 33, müssen es aber
kann für einige Versionen der Solexa/Illumina-Software auf 64 eingestellt werden. Wenn du benutzt
Informationen zu Solexa/Illumina-Sequenzern finden Sie in Ihrer Dokumentation.
Sonst tust du es nicht.
-q, --leise
Alle Ausgaben außer schwerwiegenden Fehlern unterdrücken.
-v, --verbose
Drucken Sie während des Betriebs eine Fortschrittsanzeige aus.
ANFO_PATH
Durch Doppelpunkte getrennte Liste der nach Genom- und Indexdateien durchsuchten Verzeichnisse.
Nutzen Sie anfo online über die Dienste von onworks.net
