anfo-tool - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

anfo-tool - native ANFO-Binärdateien verarbeiten

ZUSAMMENFASSUNG

Anfo-Tool [ ganz ohne irgendetwas tun oder drücken zu müssen. | Anleitungen ... ]

BESCHREIBUNG

Anfo-Tool dient zum Filtern, Verarbeiten und Konvertieren der von anphoJedes Muster
in der Kommandozeile wird Platzhalter erweitert, dann wird für jede Eingabedatei (oder die Standard
Eingabe, wenn kein Muster angegeben ist), Anfo-Tool baut eine Kette von Eingangsfiltern auf und führt dann
Diese Eingabeströme auf eine von mehreren Arten, teilt das Ergebnis in mehrere Ausgabe
Streams, auf die jeweils eine Kette von Ausgabefiltern angewendet werden kann.

OPTIONAL

Allgemein Optionen
Diese Optionen gelten global und beeinflussen das Verhalten des gesamten Programms. Sie können
an einer beliebigen Stelle in der Befehlszeile platziert.

-V, --Version
Versionsnummer drucken und beenden.

-q, --leise
Unterdrückt die gesamte Ausgabe außer schwerwiegenden Fehlermeldungen.

-v, --verbose
Produzieren Sie mehr Ausgabe, einschließlich Fortschrittsanzeigen für die meisten Vorgänge.

--debuggen
Erstellen Sie zusätzlich zu den Fortschrittsinformationen auch Debug-Ausgaben.

-n, --Trockenlauf
Befehlszeile analysieren, optional eine Beschreibung der beabsichtigten Operationen drucken, dann
Ausfahrt.

--vmem X
Begrenzen Sie den virtuellen Speicher auf X Megabyte. Wenn der Speicher ausgeht, Anfo-Tool versucht zu befreien
Speicherverbrauch durch das Vergessen großer Dateien, z. B. Genome. Verwenden Sie diese Option, um
Swapping oder Out-of-Memory-Bedingungen, wenn Operationen große oder mehrere
Genome.

Rahmen Kenngrößen
Ein Parameter kann in der Kommandozeile mehrfach gesetzt werden und überschreibt den vorherigen
Einstellungen. Jede Filteroption, die einen Parameter benötigt, greift die letzte Definition auf, die
erschien vor der Filteroption.

--set-slope S
Stellen Sie den Steigungsparameter auf Sdem „Vermischten Geschmack“. Seine Hang wird zusammen mit dem verwendet abfangen woher
Filter gelten für Ausrichtungsergebnisse; Ausrichtungen, die nicht schlechter sind als Hang * (Länge
- abfangen) gelten als gut. Der Standardwert ist 7.5.

--set-intercept L
Setzen Sie den Intercept-Parameter auf Ldem „Vermischten Geschmack“. Seine abfangen wird zusammen mit dem verwendet Hang
wobei Filter auf Ausrichtungsergebnisse angewendet werden; Ausrichtungen, die nicht schlechter abschneiden als Hang *
(Länge - abfangen) gelten als gut. Der Standardwert ist 20.

--set-context C
Setzen Sie den Kontextparameter auf CDer Kontext ist die Anzahl der umgebenden Basen von
die Referenz, die beim Drucken von Ausrichtungen in Textform einbezogen wird. Der Standardwert ist 0.

--set-genome G
Setzen Sie den Genomparameter auf GViele Filter berücksichtigen nur die besten Ausrichtungen
zu diesem spezifischen Genom, wenn es festgelegt ist. Wenn kein Genom festgelegt ist, wird die global beste
Ausrichtung wird verwendet.

--clear-genome
Löschen Sie den Genomparameter. Filter gelten für die global beste Ausrichtung
danach.

Filter Optionen
Filter können vor dem Zusammenführen der Eingaben oder nach dem Aufteilen der Sicherung angewendet werden.

-s, --sort-pos=n
Sortieren nach Ausrichtungsposition beim Puffern von nicht mehr als n MiB im Speicher. Wenn ein
Genom festgelegt ist, werden Ausrichtungen zu diesem Genom verwendet.

-S, --sort-name=n
Sortieren nach Lesename, während nicht mehr gepuffert wird als n MiB im Speicher.

-l, --filter-length=L
Behalten Sie Ausrichtungen nur für Lesevorgänge von mindestens L Basenlänge. Die Reads selbst
werden aufbewahrt.

-f, --filter-score
Behalten Sie Ausrichtungen nur bei, wenn ihre Punktzahl gut genug ist. VerwendungHangundabfangen.

--filter-mapq=Q
Entfernen Sie Ausrichtungen mit der unten stehenden Zuordnungsqualität Q.

-h, --filter-hit=SEQ
Behalten Sie nur Lesevorgänge bei, die einen Treffer für eine Sequenz namens SEQ. Wenn SEQ ist leer, liest
werden behalten, wenn sie einen Treffer haben. Wenn die Genom Parameter gesetzt ist, werden nur Treffer auf diesen
Genomzählung.

--delete-hit=SEQ
Ausrichtungen löschen, um SEQ. Wenn SEQ leer ist, werden alle Ausrichtungen gelöscht. Wenn die
Genom Wenn der Parameter gesetzt ist, werden nur Ausrichtungen zu diesem Genom gelöscht.

--filter-qual=Q
Maskieren Sie Basen mit der Qualität darunter QEine solche Basis wird ersetzt durch die N Mehrdeutigkeit
Code.

--multiplicity=N
Behalten Sie nur Reads von Molekülen, die mindestens sequenziert wurden N mal. Lesevorgänge sind
Es wird angenommen, dass sie vom selben ursprünglichen Molekül stammen, wenn ihre ausgerichteten Koordinaten
identisch.

--subsample=F
Unterabtastung eines Bruchteils F der Ergebnisse. Jeder Lesevorgang erfolgt unabhängig und zufällig
ausgewählt, ob es behalten werden soll oder nicht.

--inside-regions=DATEI
Lesen Sie eine Liste der Regionen aus FILE, dann behalten Sie nur Ausrichtungen bei, die sich überschneiden und
kommentierte Region.

--outside-regions=DATEI
Lesen Sie eine Liste der Regionen aus FILE, dann behalten Sie nur Ausrichtungen bei, die sich nicht überschneiden und
kommentierte Region.

Spezial Filter
-d, --rmdup=Q
Entfernen Sie PCR-Duplikate, begrenzen Sie Qualitätsbewertungen auf QZwei Lesevorgänge gelten als
Duplikate, wenn ihre ausgerichteten Koordinaten identisch sind. Wenn ein Genom eingestellt ist, die
Die beste Ausrichtung zu diesem Genom wird verwendet, andernfalls die global beste Ausrichtung. Beide
Ausrichtungen müssen gut sein, wie bestimmt durch HangundabfangenFür eine Reihe von
Duplikate, wird ein Konsens genannt, der im Allgemeinen die Qualitätsbewertungen erhöht. Wenn ein
Der resultierende Qualitätsfaktor übersteigt Q, es ist eingestellt auf QDieser Filter erfordert die Eingabe
sortiert werden nach Ausrichtungskoordinaten auf dem ausgewählten Genom.

--duct-tape=NAME Überlappende Ausrichtungen mit Klebeband zu Contigs zusammenfassen und einen Konsens herbeiführen
für sie. Wenn ein Genom gesetzt ist, werden Alignments zu diesem Genom verwendet, andernfalls
global besten Ausrichtungen. Dieser Filter erfordert die Sortierung der Eingabe nach Ausrichtung
Koordinate auf dem Genom. Die Ausgabe ist eine Reihe von Contigs, jede Position wird zugewiesen
eine Konsensbasis, einen Qualitätsfaktor und Wahrscheinlichkeiten für jedes mögliche Diallele. (Es
wird als Duct-Taping bezeichnet, weil es irgendwie wie eine Montage aussieht, aber nicht annähernd
als Feststoff.)

--edit-header=ED
Aufrufen des Editors ED auf der Textdarstellung des Stream-Headers. Dies kann
wird verwendet, um Header zu bereinigen, in denen sich zu viel Datenmüll angesammelt hat.

Vereinigung Filter
Genau ein Mischfilter sollte in der Kommandozeile angegeben werden, alle Filteroptionen
vorher auftretenden Filtern, die Teil der Eingangsfilterketten sind, werden alle weiteren Filter
Ausgabeketten. Wenn kein Zusammenführungsfilter angegeben ist, --concat angenommen wird und alle Filter
Eingangsfilter.

-c, --concat
Verketten Sie alle Eingabeströme in der Reihenfolge, in der sie in der Befehlszeile erscheinen.

-m, --merge
Sortierte Eingabeströme zusammenführen, um ein sortiertes Ergebnis zu erhalten. Alle Eingaben müssen sortiert sein
in der gleichen Weise.

-j, --join
Verbinden Sie Eingabeströme und behalten Sie die besten Treffer für jedes Genom bei. Jeder
Der Stream muss für jeden Lesevorgang einen Datensatz enthalten. Die Lesevorgänge werden im Speicher gepuffert, bis alle
ihrer Treffer gesammelt werden. Auf diese Weise funktioniert das Zusammenführen gut, wenn alle Eingaben nahezu
in der gleichen Reihenfolge. Wenn Lesevorgänge in einigen Streams fehlen, wird durch das Zusammenführen dieser Streams
Speicher.

--mega-merge
Zusammenführen mehrerer Streams, wie sie beispielsweise durch Ausführen von anfo-sge. Streams, die
Die mit denselben Lesevorgängen bearbeiteten Daten werden zusammengeführt, anschließend wird alles zusammengeführt.

Ausgang Optionen
Wenn eine Ausgabeoption in der Kommandozeile angegeben wird, wird die aktuelle Ausgabefilterkette beendet
und ein neuer wird gestartet. Wenn keine Ausgabeoption angegeben ist, wird eine Textdarstellung des
Der endgültige Stream wird geschrieben in stdout. Alle Ausgabeoptionen akzeptieren - um in die Standardausgabe zu schreiben.

-o, --output DATEI
Schreiben Sie einen nativen Binärstream (eine komprimierte Protobuf-Nachricht) in FILE. Schreiben eines
Binärstream und das Wiedereinlesen erfolgen verlustfrei.

--output-text DATEI
Schreiben Sie den Protobuf-Textstream in FILEWenn die notwendigen Genome verfügbar sind,
Textdarstellung der Ausrichtungen ist enthalten. Wenn die Kontext Parameter ist
gesetzt, dass viele zusätzliche Basen der Referenz vor und nach der
Ausrichtung sind enthalten.

--output-sam=DATEI
Schreiben Sie Ausrichtungen im SAM-Format in FILE.

--output-glz DATEI
Schreiben Sie Contigs im GLZ 0.9-Format in FILEDie Generierung von GLZ funktioniert erst nach
Anwendung von --Klebeband, jeder Contig wird zu einem GLZ-Datensatz.

--output-3aln DATEI
Schreiben Sie Contigs in einem tabellenbasierten Format, um FILEDas Format unterliegt weiterhin
Änderungen, eine ausführliche Dokumentation finden Sie im Quellcode.

--output-fasta DATEI
Schreiben Sie Alignments(!) im FastA-Format in FILE. Ausrichtungen werden als Paar von
Referenz- und Abfragesequenz, ausgerichtete Koordinaten werden in der Beschreibung angegeben
der Abfragesequenz. Wenn die Kontext Parameter gesetzt ist, dass viele zusätzliche Basen
der Referenz vor und nach der Trasse werden einbezogen. Dies
Das Format wird nicht für den ernsthaften Einsatz empfohlen, es dient der Unterstützung von Legacy-
um weitere Anwendungsbeispiele zu finden.

--output-fastq DATEI
Schreiben Sie Sequenzen(!) im FastQ-Format in FILE. FastQ effektiv schreiben
stellt den Input wieder her für ANFO wenn die Ergebnisse nicht gefiltert wurden.

--output-table DATEI
Schreiben Sie Statistiken pro Ausrichtung in FILEDie Datei hat drei Spalten: Sequenz
Länge, Alignment-Score, Differenz zum nächstbesten Alignment. Es ist vor allem nützlich,
Analysieren/visualisieren Sie die Verteilung der Ausrichtungswerte.

--stats DATEI
Schreiben Sie einfache Statistiken, um FILE. Dies führt zu einigen einfachen zusammenfassenden Statistiken von
ein ganzer Stream: Anzahl der ausgerichteten Sequenzen, durchschnittliche Länge, GC-Inhalt.

ANFO_PATH
Durch Doppelpunkte getrennte Liste der nach Genom- und Indexdateien durchsuchten Verzeichnisse.

ANFO_TEMP
Temporärer Speicherplatz zum Sortieren großer Dateien.

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