asn2gb - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

asn2gb - Konvertiert biologische ASN.1-Daten in ein flaches Format im GenBank-Stil

ZUSAMMENFASSUNG

asn2gb [-] [-A Beitritt] [-F] [-a asn-typ] [-b] [-c] [-d] [-f Format] [-g N] [-h N]
[-i Dateinamen] [-j N] [-k N] [-l Dateinamen] [-m Modus] [-n Dateinamen] [-o Dateinamen] [-p]
[-q Dateinamen] [-r] [-s Stil] [-t N] [-u N] [-y N]

BESCHREIBUNG

asn2gb wandelt Beschreibungen biologischer Sequenzen aus dem ASN.1-Format von NCBI in eines von
mehrere Flat-File-Formate und ist der Nachfolger von asn2ff(1).

OPTIONAL

Nachfolgend finden Sie eine Zusammenfassung der Optionen.

- Nutzungsnachricht drucken

-A Beitritt
Beitritt zum Abrufen; kann die Form annehmen Beitritt,Komplexität,Fahnen woher Komplexität
sollte normalerweise sein 0 und einem Fahnen Wert von -1 ermöglicht das Abrufen externer Funktionen
(wie beim Erbe -F Option)

-F Remote-Anmerkungen abrufen (entspricht der Angabe von -A Beitritt,0,-1)

-a asn-typ
ASN.1-Typ:
[Einzeldatensatz]
a Beliebig (automatisch erkannt; Standard)
e seq-Eintrag
b Bioseq
s bioseq-Set
m seq-subMit
q Verkettet
[Datei freigeben; Bauteile einzeln bearbeitet und befreit]
t Batch Bioseq-Set
u Batch seq-sUbmit

-b Eingabedatei ist binär

-c Batchdatei ist komprimiert

-d Seq-loc minus Strang

-f Format
Format:
b GenBank (Standard)
bp oder pb
GenBank und GenPept
und EMBL
p GenPept
q Nukleotid GBSet (XML)
r Protein GBSet (XML)
t Nur Funktionstabelle
x Nukleotid INSDSet (XML)
y kleine seq (XML)
Y SCHNELL
Z-Protein INSDSet (XML)

-g N Bit-Flags (alle standardmäßig deaktiviert):
1 HTML
2.XML
4 ContigFeats
8 ContigSrcs
16 FarTransl

-h N Sperr-/Nachschlage-Flags (alle standardmäßig deaktiviert):
8 LockProd
16 LookupComp
64 LookupProd

-i Dateinamen
Name der Eingabedatei (Standard = stdin)

-j N Startort (Standard ist 0, Beginn der Sequenz)

-k N Endposition (Standard ist 0, Ende der Sequenz)

-l Dateinamen
Logdatei

-m Modus
Modus:
r Freigabe
e Entrez
s Pailletten (Standard)
d Dump

-n Dateinamen
Asn2Flat Ausführbare Datei (Standard = asn2flat)

-o Dateinamen
Name der Ausgabedatei (Standard = stdout)

-p Verbreiten Sie Top-Deskriptoren

-q Dateinamen
Ffdiff Ausführbare Datei (Standard = /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r Remote-Abruf aktivieren

-s Stil
Stil:
n Normal (Standard)
s-Segment
m Meister
c Kontig

-t N Charge:
1-Bericht
2 Pailletten/Freigabe
3 asn2gb SSEC/nocleanup
4 asn2flat BSEC/nocleanup
5 asn2gb/asn2flat
6 asn2gb NEU dbxref/OLD dbxref
7 oldasn2gb/newasn2gb
-u N Benutzerdefinierte Flags (alle standardmäßig deaktiviert):
4 Funktionen ausblenden
1792 Referenzen ausblenden
8192 Quellen ausblenden
262144 Übersetzungen ausblenden

-y N Element-ID des Features

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