autodocktools - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

adt - AutoDockTools, ein grafisches Frontend für AutoDock

ZUSAMMENFASSUNG

runAdt [Optionen]

BESCHREIBUNG

Diese Handbuchseite ist eine fast wörtliche Übersetzung der Ausgabe von runAdt -h
Befehl.

OPTIONAL

Nachfolgend finden Sie eine Zusammenfassung der Optionen. Eine vollständige Beschreibung finden Sie in der
Tutorials und Dokumentation, die online verfügbar sind.

-H, --help
Zusammenfassung der Optionen anzeigen.

-a or --wieder
Lastlog-Datei wiedergeben

--overwriteLog
Logdatei überschreiben

--uniqueLog
Erstellen Sie eine Protokolldatei mit einem eindeutigen Namen

--noLog
Logging deaktivieren

--noSplash
schalte den Begrüßungsbildschirm aus

--sterben GUI-Ereignisschleife nicht starten

--Anpasser Datei
Führen Sie die vom Benutzer angegebene Datei aus

--lib Paketnamen
füge eine Bibliothek mit Befehlen hinzu

-v r, --Vision Lauf
Führen Sie Vision-Netzwerke auf der Befehlszeile aus

-v o, --Vision einmal
Führen Sie Vision-Netzwerke aus und beenden Sie ADT

-d or --dmode Modi
einen Anzeigemodus angeben
Modi können eine beliebige Kombination von Anzeigemodi sein
'cpk': cpk
'Linien': Linien
'ss' : Sekundärstrukturband
'sb': Stöcke und Bälle
'lic': Lakritze
'ms': molekulare Oberfläche
'ca': C-Alpha-Spur
'bt': Rückgratspur
'sp' : CA-Spline
'sssb' : Sekundärstruktur für Proteine, Sticks und Bälle für
andere Reste mit Bindungen Linien für andere Reste ohne Bindungen

-c or --cmode Modi
Geben Sie ein Farbschema für den Anzeigemodus an:
'ca': Farbe nach Atom
'cr' : Farbe nach Rückstand (RASMOL-Schema)
'cc': Farbe nach Kette
'cm': Farbe nach Molekül
'cdg': Farbe nach dem Schema von David Goodsell
'cs': Farbreste mit Shapely-Schema
'css': Farbe nach sekundärem Strukturelement

Beispiel:

Zeigen Sie Protein als Band, Nicht-Protein als Stäbchen und Kugeln an und färben Sie nach Atomtyp

adt -i --dmode sssb --cmode cr myprot.pdb

adt -i -m sssb -c cr myprot.pdb

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