Dies ist der Befehl bamtools, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
bamtools – Toolkit zur Bearbeitung von BAM-Dateien (Genome Alignment).
ZUSAMMENFASSUNG
Bambuswerkzeuge [--help] BEFEHL [ARGS]
BESCHREIBUNG
BamTools erleichtert die Forschungsanalyse und Datenverwaltung mithilfe von BAM-Dateien. Es kommt damit zurecht
die enorme Datenmenge, die von aktuellen Sequenzierungstechnologien typischerweise erzeugt wird
werden in komprimierten Binärformaten gespeichert, die von textbasierten Parsern nicht einfach verarbeitet werden können
Wird häufig in der Bioinformatikforschung verwendet.
OPTIONAL
verkaufen
Konvertiert zwischen BAM und einer Reihe anderer Formate
count Druckt die Anzahl der Ausrichtungen in BAM-Dateien.
Berichterstattung
Druckt Abdeckungsstatistiken aus der BAM-Eingabedatei
Filter Filtert BAM-Dateien nach benutzerdefinierten Kriterien
header Druckt BAM-Header-Informationen
index Erstellt einen Index für die BAM-Datei
Zusammenführen Mehrere BAM-Dateien zu einer einzigen Datei zusammenführen
random Wählt zufällige Alignments aus vorhandenen BAM-Dateien aus, eher als Test gedacht
Werkzeug.
lösen
Löst Paired-End-Lesevorgänge auf (markiert das IsProperPair-Flag nach Bedarf)
Zurücksetzen Entfernt doppelte Markierungen und stellt die ursprünglichen Grundqualitäten wieder her
sort Sortiert die BAM-Datei nach bestimmten Kriterien
split Teilt eine BAM-Datei anhand einer vom Benutzer angegebenen Eigenschaft und erstellt eine neue BAM-Ausgabedatei für
jeder gefundene Wert
stats Druckt einige grundlegende Statistiken aus eingegebenen BAM-Dateien.
Weitere Informationen zu einem bestimmten Befehl finden Sie unter „bamtools help COMMAND“.
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