Dies ist der Befehl bp_biofetch_genbank_proxyp, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
bp_biofetch_genbank_proxy.pl – Caching BioFetch-kompatibler Web-Proxy für GenBank
ZUSAMMENFASSUNG
Im cgi-bin-Verzeichnis eines Webservers installieren. Treten Sie zurück.
BESCHREIBUNG
Dieses CGI-Skript fungiert als Serverseite des BioFetch-Protokolls, wie in beschrieben
http://obda.open-bio.org/Specs/. Es bietet zwei Datenbankzugriffsdienste, einen für Daten
Quelle „genbank“ (Nukleotideinträge) und der andere für die Datenquelle „genpep“ (Protein).
Einträge).
Dieses Skript funktioniert, indem es seine Anfragen an das eutils-Skript von NCBI weiterleitet, das sich unter befindet
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi. Anschließend wird die Ausgabe neu formatiert
entsprechend dem BioFetch-Format, sodass die Sequenzen vom verarbeitet und zurückgegeben werden können
Bio::DB::BioFetch-Modul. Zurückgegebene Einträge werden vorübergehend auf dem Webserver zwischengespeichert
Dateisystem, sodass häufig aufgerufene Einträge ohne eine weitere Runde abgerufen werden können
Reise zum NCBI.
INSTALLATION
Um dieses Skript ausführen zu können, muss Folgendes installiert sein:
1) Perl
2) die Perl-Module LWP und Cache::FileCache
3) ein Webserver (Apache empfohlen)
Um dieses Skript zu installieren, kopieren Sie es in das cgi-bin-Verzeichnis des Webservers. Vielleicht möchten Sie
seinen Namen verkürzen; „dbfetch“ wird empfohlen.
Oben im Skript befinden sich mehrere Konstanten, die Sie möglicherweise anpassen möchten.
Diese sind:
CACHE_LOCATION
Dies ist der Speicherort im Dateisystem, an dem die zwischengespeicherten Dateien gespeichert werden. Der
Der Standardwert ist /usr/tmp/dbfetch_cache.
MAXIMALE GRÖSSE
Dies ist die maximale Größe, auf die der Cache anwachsen kann. Wenn der Cache diese Größe überschreitet
Ältere Einträge werden automatisch gelöscht. Die Standardeinstellung ist 100,000,000 Byte
(100 MB).
ABLAUF
Einträge, auf die in diesem Zeitraum nicht zugegriffen wurde, werden aus dem Cache entfernt.
Der Standardwert ist 1 Woche.
SPÜLEN
Diese Konstante gibt an, wie oft der Cache für ältere Einträge geleert wird. Der Standard
beträgt 1 Stunde.
PRÜFUNG
Um zu sehen, ob dieses Skript wie erwartet funktioniert, können Sie es mit diesem Skript testen:
verwenden Sie Bio::DB::BioFetch;
my $db = Bio::DB::BioFetch->new(-baseaddress=>'http://localhost/cgi-bin/dbfetch',
-format =>'genbank',
-db =>'genbank');
my $seq = $db->get_Seq_by_id('DDU63596');
print $seq->seq,"\n";
Dies sollte eine DNA-Sequenz ausdrucken.
Verwenden Sie bp_biofetch_genbank_proxyp online über die Dienste von onworks.net
