bp_papplmaker.plp – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

papplmaker.PLS – Modulgenerator für Analysetools

ZUSAMMENFASSUNG

# Hilfe holen
papplmaker.PLS -h

# Modul für Programm 'seqret' generieren
papplmaker.PLS -n edit.seqret

# dito, aber geben Sie an, wo „seqret“ zu finden ist
papplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://localhost:8080/axis/services

# dito, aber geben Sie eine nicht standardmäßige Zugriffsmethode für „seqret“ an.
papplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
-ein Korba

# Module für alle verfügbaren Analysen generieren
# (unter Verwendung des Standardspeicherorts und der Standardzugriffsmethode)
papplmaker.PLS

# Nicht generieren, aber sehen, was generiert werden würde
papplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS -S

# Modul für Analyse generieren 'edit::seqret'
# aber nennen Sie es „MySeqret“
papplmaker.PLS -n edit::seqret -m MySeqret

# ...und benutze es
verwenden Sie MySeqret;
Neue MySeqret->sequence_direct_data ('tatatacccgt') drucken
->osformat ('embl')
->wait_for
->outseq;

# dito, aber lege das Ergebnis in das Verzeichnis „/tmp/my“
# (Verzeichnisse müssen nicht vorhanden sein)
papplmaker.PLS -n edit::seqret -m MySeqret -d /tmp/my/

# Module für alle Analysen generieren, deren Namen
# stimmt mit dem angegebenen regulären Ausdruck überein (Groß- und Kleinschreibung wird nicht beachtet)
papplmaker.PLS -r 'bearbeiten'

# dito, aber benennen Sie das Modul mit Ihren eigenen Namen
# (lasst papplmaker.PLS Teile eurer Namen ersetzen)
papplmaker.PLS -r 'edit' -m 'My_$ANALYSIS'

BESCHREIBUNG

Das Modul „Bio::Tools::Run::Analysis“ bietet Zugriff auf die lokale und Remote-Analyse
Tools auf einheitliche Weise (definiert in „Bio::AnalysisI“). Das Modul verwendet einen allgemeinen Ansatz
Ermöglicht das Festlegen beliebiger Eingabedaten und das Abrufen von Ergebnissen durch Benennung. Jedoch,
Manchmal ist es bequemer, ein bestimmtes Modul zu verwenden, das ein Analysetool darstellt.
das bereits über die verfügbaren Eingabe- und Ergebnisnamen Bescheid weiß.

Der Generator „papplmaker.PLS“ erstellt solche dedizierten Module.

„papplmaker.PLS“ verwendet die gleiche Zugriffsmethode wie das allgemeine Modul – was bedeutet, dass
Abhängig vom Parameter „access“ kann SOAP, CORBA oder jedes andere (unterstützte) verwendet werden.
Protokoll, oder es kann auf die lokale Analyse zugreifen (verfügbar auf demselben Computer, auf dem
„papplmaker.PLS“ wird aufgerufen).

„papplmaker.PLS“ erledigt seine Aufgabe entweder für eine benannte Analyse (angegeben durch die Option „-n“),
oder es verwendet das Modul „Bio::Tools::Run::AnalysisFactory“, um herauszufinden, was Analysen sind
verfügbar und können ihre Anzahl durch Vergleich mit einem regulären Ausdruck begrenzen, der durch gegeben wird
die Option „-r“.

Das generierte Modul bzw. die generierten Module werden standardmäßig ähnlich den Namen der benannt
entsprechende Analysen, aber dies kann durch die Option „-m“ geändert werden, die eigentlich eine ist
Vorlage, in der die folgenden Zeichenfolgen erkannt und ersetzt werden:

$ANALYSIS oder ${ANALYSIS}
Wird durch den Namen der Analyse ersetzt.

$CATEGORY oder ${CATEGORY}
Wird durch den Namen der Kategorie ersetzt, zu der die Analyse gehört.

$SERVICE oder ${SERVICE}
Wird durch den gesamten Namen des Dienstes ersetzt (normalerweise eine Verkettung).
einer Kategorie und eines Analysenamens, und es wird übrigens auch als Standardmodulname verwendet).

Was ist der Unterschied zwischen „Service“ und „Analyse“ und was bedeutet „Kategorie“?
Manchmal können diese Begriffe verwirrend sein, weil sie möglicherweise etwas anderes bedeuten
abhängig von der Zugriffsmethode, über die mit ihnen kommuniziert wird. Im Allgemeinen handelt es sich um eine „Analyse“.
ein Programm (eine Anwendung, ein Tool), das irgendwo ausgeführt wird, manchmal jedoch auf einem lokalen Computer. Ein
Ein Beispiel für eine Analyse ist „seqret“ (aus dem EMBOSS-Paket). Die Analysen können gruppiert werden
nach ihren Funktionen oder nach der Art der Daten, mit denen sie arbeiten, in Kategorien eingeteilt (aber manchmal auch dort).
sind überhaupt keine Kategorien). Auf jede Analyse kann über eine höhere Ebene zugegriffen werden
Abstraktion, ein „Dienst“. Ein Dienst ist normalerweise ein protokollabhängiger Wrapper, beispielsweise ein Web
Dienst oder ein CORBA-Dienst. Zum Beispiel gibt es einen „edit::seqret“-Dienst, der
stellt die Analyse „seqret“ in der Kategorie „edit“ dar.

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