Dies ist der Befehl bp_search2tribep, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
bp_search2tribe - Verwandeln Sie durchsuchbare SearchIO-Berichte in eine TRIBE-Matrix
ZUSAMMENFASSUNG
Verwendung:
bp_search2tribe [-o Ausgabedatei] [-f Berichtsformat] [-w/--Gewicht] Datei1 Datei2 ..
BESCHREIBUNG
Dieses Skript ist wahrscheinlich für die meisten Benutzer zu langsam. Es ist besser, etwas zu verwenden
wie scripts/searchio/fastam9_to_table, -m 9 -Ausgabe von BLAST oder die blast2table von
das BLAST O'Reilly-Buch, um eine tabellarische Ausgabe von diesen Programmen zu erhalten und dann die
-Tabelle in MCL mit dem mcxdeblast-Skript und der Option --m9.
Dieses Skript verwandelt einen Proteinsuchbericht (BLASTP, FASTP, SSEARCH) in ein Markov
Matrix für TribeMCL-Clustering.
Die Optionen sind:
-o Dateiname - der Ausgabedateiname [Standard STDOUT]
-f format - Suchergebnisformat (blast, fasta)
(Suche ist Fasta-Format). Standard ist Explosion.
-w oder --weight VALUE - Ändern Sie die Standardgewichtung für E(0.0)-Treffer
zu WERT (Standard=200 (dh 1e-200) )
-h - dieses Hilfemenü
Geben Sie außerdem die Dateinamen an, die Sie in der Befehlszeile verarbeiten möchten. Wenn keine Dateien
angegeben werden, wird die STDIN-Eingabe angenommen. Sie geben dies an, indem Sie Folgendes tun: bp_search2tribe
Datei1 Datei2 Datei3
Verwenden Sie bp_search2tribep online mit den onworks.net-Diensten
