Dies ist der Befehl bp_sreformatp, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
bpsreformat - Sequenzformate konvertieren
BESCHREIBUNG
Dieses Skript verwendet das SeqIO-System, das die Konvertierung von Sequenzformaten entweder ermöglicht
Sequenzdaten oder Mehrfachsequenz-Alignment-Daten. Der Name kommt daher, dass Sean
Eddys Programm sreformat (Teil des HMMER-Pakets) tut dies bereits. Seans Programm versucht
Um die Eingabeformate in unserem Code zu erraten, müssen Sie derzeit angeben, was die
Eingabe- und Ausgabeformate sind und wenn die Daten aus einem multiplen Sequenz-Alignment oder aus
gerade Sequenzdateien.
Verwendung:
bpsreformat -if INFORMAT -of OUTFORMAT -i DATEINAME -o Ausgabe.FORMAT
-h/--help Diese Hilfe drucken
-if/--informat Geben Sie das Eingabeformat an
-of/--outformat Geben Sie das Ausgabeformat an
-i/--input Geben Sie den Namen der Eingabedatei an
(um Daten auf STDIN zu übergeben, verwenden Sie das Minuszeichen als Dateinamen)
-o/--out Geben Sie den Namen der Ausgabedatei an
(um Daten auf STDOUT auszugeben, verwenden Sie das Minuszeichen als Dateinamen)
--msa Gibt an, dass dies mehrere Sequenz-Alignment-Daten sind
--special Übergibt spezielle Parameter an AlignIO/SeqIO
Objekt -- die meisten davon sind für Bio::AlignIO-Objekte
Durch Kommas getrennte Liste der folgenden Punkte
nointerleaved – für phylip, non-interleaved-Format
idlinebreak -- für phylip macht es molphy format
Prozentsätze -- für clustalw % ID pro Zeile anzeigen
Verwenden Sie bp_sreformatp online mit den onworks.net-Diensten
