chemtool – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

Chemtool – Editor für chemische Strukturen

ZUSAMMENFASSUNG

Chemtool [Dateinamen]

BESCHREIBUNG

Chemtool ist ein Programm zum Zeichnen organischer Moleküle und zum Exportieren als X-Bitmap, PNG,
PicTeX-, Xfig-, SVG-, SXD-, MDL- oder EPS-Datei. Es läuft unter dem X Window System unter Verwendung des GTK
Widget-Set.

Das Programm bietet im Wesentlichen unbegrenztes Rückgängigmachen/Wiederherstellen, zwei Textschriftarten plus Symbole, sieben
Farben, Zeichnen in mehreren Zoomskalen sowie quadratische und sechseckige Hintergrundgitter zur Vereinfachung
Ausrichtung.

Beispiele:

In allen Zeichen- und Bearbeitungsmodi wird die erste Maustaste (normalerweise die linke Taste) verwendet
Markieren oder zeichnen Sie Objekte, während Taste drei (die rechte Taste) zum Löschen von Objekten verwendet werden kann
des aktuellen Typs. Die mittlere Taste wird hauptsächlich in den Bindungszeichnungsmodi verwendet, in denen sie vorhanden ist
ermöglicht einen schnellen Wechsel der Bindungstypen. Ab Version 1.5 der Standardspeicher
Das Verzeichnis für Datendateien und die zu verwendende Dateinamenerweiterung können über a gespeichert werden
Konfigurationsdialog.

Zeichnung of Fesseln:
Bindungen können in 4 verschiedenen Winkeleinstellungen gezeichnet werden (Sechseck mit 30°-Abständen, zwei).
Fünfecke mit 72°-Abständen (unterschiedliche Ausrichtung) und ein 45°-Achteck. (Dazwischenliegend
Winkel sind in allen diesen Modi ebenfalls möglich – ignorieren Sie dabei einfach die Markierungspunkte
Fall).

Die Auswahl des Bindungsstils in der Mitte der Schaltflächenleiste bestimmt die Art der Bindung
gezogen - zunächst handelt es sich hierbei um eine Einfachbindung. Wenn Sie die Art einer Anleihe später ändern möchten,
Klicken Sie entweder mit der mittleren Maustaste darauf, um zum/zu den nächsten Typ(en) zu gelangen, oder
Wählen Sie den entsprechenden Typ in der Auswahl aus, wechseln Sie dann in den Bondtyp-Modus und wählen Sie alle aus
Anleihen, die Sie auf den neuen Typ umstellen möchten. (Die für die Bindung verwendete Farbe ist
(bei Bedarf auch gleichzeitig aktualisiert.) Durch Drücken der mittleren Maustaste auf eine Bindung, wenn diese vorhanden ist
Der Modus „Bondtype“ kehrt die Richtung dieser Bindung um.

Mit der dritten (normalerweise der rechten) Maustaste wird die Bindung neben dem Cursor gelöscht
Position.

Die verfügbaren Anleihetypen sind:

· Einfachbindung

· Doppelbindung

· Doppelbindung (kürzere Linie auf der anderen Seite)

· zentrierte Doppelbindung

· Dreifachbindung (flankierende Linien kürzer als zentrale)

· Dreifachbindung (mit gleichen Linienlängen)

· Vierfachbindung

· Keilförmiger Verbund

· gestrichelter keilförmiger Verbund

· Schlangenlinie

· halber Pfeil

· normaler Pfeil

· Breite Bindung

· Kreis

· gepunktete Linie

· überlappende Einzelbindung (die aus jeder Bindung, die sie kreuzt, ein Segment herausschneidet)

· leichter Pi-Orbitallappen

· dunkler Pi-Orbitallappen

Halbautomatisch Zeichnung of ringe:
Ringe mit 3 bis 12 Mitgliedern können einfach gezeichnet werden, indem Sie beim Zeichnen eines Ringes die Strg-Taste gedrückt halten
Linie. Diese Linie wird dann zum ersten Segment eines automatisch gezeichneten Rings
im Uhrzeigersinn. Die Größe des Rings wird standardmäßig auf die für die Auswahl geeignete Größe eingestellt
Zeichenmodus (z. B. 5, 6 oder 8 Seiten), kann jedoch durch Drücken von auf Ringbasis eingestellt werden
Strg- vor dem Zeichnen des Rings, wobei die Zahlen 3-9 3 bis 9 Gliedern entsprechen
Ringe, während 0 bis 2 jeweils 10-, 11- und 12-gliedrige Ringe auswählen.

Neu gezeichnete Ringe können durch gleichzeitiges Drücken von Strg und Maustaste 3 gelöscht werden.

Zeichnung of gebogen Linien:
Gekrümmte Linien für Objekte wie Pfeile oder Orbitalkeulen können im Spline-Kurvenmodus gezeichnet werden
Angabe von vier Kontrollpunkten, die ein begrenzendes Polygon bilden (Startpunkt, zwei Punkte weiter).
auf beiden Seiten des Gipfels, Endpunkt). Von den regulären Anleihetypen, die im Menü „Stil“ verfügbar sind,
Die „einzelne Linie“, der „Halbpfeil“, der Pfeil und die „gestrichelte Linie“ behalten ihre gewohnte Funktion, während
Der Typ „breite Linie“ wird verwendet, um ein gefülltes Polygon zu kennzeichnen. Die Kontrollpunkte sind nur
sichtbar in Bewegung Modus, in dem sie verschoben werden können, um anschließend die Form einer Kurve zu ändern
es ist gezeichnet.

Rahmen Anleihe Stil
Wenn Sie im Bindungsstilmodus auf eine beliebige Bindung im Diagramm klicken, ändert sich deren Darstellung in die
Geben Sie den im Pulldown-Menü neben dem ausgewählten Typ ein Typ .

Der zusätzliche Anleihetyp, der im Pulldown-Menü verfügbar ist,

gebogener Pfeil

steht nur zum Zeichnen zur Verfügung. Es ist eigentlich eine Abkürzung für eine der Kurvenzeichnungen
Die oben beschriebenen Funktionen werden mit dem zweiten und dritten Kontrollpunkt automatisch ausgeführt
generiert. Daher ist eine Umwandlung in oder aus einer der herkömmlichen Anleihearten nicht möglich.

(Man kann es jedoch in jeden anderen Kurventyp umwandeln, z. B. um den Typ zu ändern
Pfeilspitze). Die Form des Pfeils muss normalerweise durch Verschieben angepasst werden
Kontrollpunkt, der im „Verschieben“-Modus daneben erscheint.

Einsetzen Text
In das Textfeld geschriebener Text kann mit dem Cursor positioniert werden und erscheint ggf. links,
in der Zeichnung mittig oder rechtsbündig ausgerichtet werden. Textgröße und -farbe sind aus einem festen wählbar
Liste der Auswahlmöglichkeiten. Es gibt zwei Sonderzeichen, die zum Tief- und Hochstellen verwendet werden können
das folgende Zeichen:

'^' zum Hochschalten (z. B. N^+)

'_' zum Herunterschalten (z. B. CH_3)

Das Steuerzeichen '|' wird verwendet, um das folgende Zeichen kursiv zu schreiben, wie in |t-Bu.

Eine fette Schriftart, die normalerweise für die Nummerierung von Verbindungen verwendet wird, kann durch Voranstellen von ausgewählt werden
Zeichen mit einem „#“.

Das Sonderzeichen „@“ wechselt in den Symbolmodus, der das Standard-X11-Symbol verwendet
Schriftart. Alle alphabetischen Tasten erzeugen in diesem Modus die entsprechenden griechischen Zeichen und
Mehrere andere Symbole sind verfügbar, wenn ihre Standard-Latin1-Entsprechungen bereits vorhanden sind
auf die Tastatur abgebildet:

Yen -> unendlich

Bindestrich -> Aufwärtspfeil

Macron -> Abwärtspfeil

Die Symbole „plusminus“ und „eingetragen“ (Marke) liegen bereits in der Standardschrift vor,
obwohl sie normalerweise nicht auf der Tastatur verfügbar sind. Verwenden Sie die folgenden Befehle (oder
Fügen Sie die Erklärungen zu Ihrem hinzu .xmodmaprc ), um sie über verfügbar zu machen +
( + ):

xmodmap -e 'keysym r = r R registriert' \
-e 'keysym o = o O Yen' \
-e 'keysym p = p P plusminus' \
-e 'keysym u = u U Bindestrich' \
-e 'keysym d = d D Macron'

(Dies führt zu AltGr-P = plusminus, AltGr-R = im Normalmodus registriert und AltGr-O =
Unendlich, AltGr-U = Aufwärtspfeil, AltGr-D = Abwärtspfeil in Symbolschrift).

Für „Punkte-und-Kreuz“-Diagramme könnten die folgenden Zuordnungen zur Symbolschriftart gelten
nützlich: akuter Punkt -> Kreuz (z. B. Keysym x = x X akuter Punkt) mittlerer Punkt -> gefüllter Punkt (z. B. Keysym
d = d D periodenzentriert) (unter Verwendung des Gradzeichens für den offenen Punkt).

Eingekreiste Versionen der Plus- und Minuszeichen zur Angabe der Ionenladung sind als @+ verfügbar
Und @- .

Wenn Sie Symbole als Tief- oder Hochstellung verwenden möchten, platzieren Sie die Tief- oder Hochstellung
Zeichen vor dem „@“-Zeichen, z. B. K_@a .

Im Textmodus löscht die rechte Maustaste die Beschriftung an der Cursorposition. Ändern
Die Größe, Schriftart oder Farbe eines Etiketts kann durch Klicken mit der linken Maustaste nach Auswahl des Etiketts festgelegt werden
gewünschte Kombination von Einstellungen. Wenn das Texteingabefeld über dem Zeichenbereich leer ist,
Es werden nur die Einstellungen aktualisiert, ohne den Inhalt des Etiketts zu ändern, andernfalls
Der Beschriftungstext wird ebenfalls ersetzt. Wenn Sie den Text eines vorhandenen Etiketts kopieren möchten
Klicken Sie im Texteingabefeld mit der mittleren Maustaste darauf.

Beschriftung Shortcuts
In allen Bindungszeichnungsmodi stehen mehrere Tastaturkürzel zum Hinzufügen von Atomsymbolen zur Verfügung
ohne den Zeichenmodus verlassen zu müssen. Die Beschriftung wird an der aktuellen Zeichnungsposition platziert
(der Endpunkt der zuletzt gezeichneten Linie oder die Stelle, auf die zuletzt geklickt wurde).

Die Tasten „c“, „h“, „n“, „o“, „s“, „p“ und „r“ fügen den entsprechenden Großbuchstaben „l“ ein.
(Kleinbuchstabe L) fügt „Cl“ ein, während „1“, „2“, „3“ jeweils CH, CH_2 und CH_3 einfügt. Der
Mit der Sternchentaste (*) wird ein gefüllter Kreis eingefügt.

Durch einmaliges Drücken der Leertaste können Sie beliebige Beschriftungen eingeben, die dann platziert werden
die aktuelle Position, wenn Sie die Eingabetaste drücken.

Zeichnung Elektron Paare
Mit den Tasten des Ziffernblocks können neben einem kurze „Elektronenpaar“-Linien gezeichnet werden
Elementsymbol – wenn man sich das Elementsymbol auf der zentralen „5“-Taste vorstellt,
Jeder Schlüssel zeichnet das entsprechende Elektronenpaar für seine Position. Bei Verwendung zusammen mit dem
Mit der Umschalttaste werden statt einer Linie zwei Punkte gezeichnet – ggf. einfach einen der Punkte wieder löschen
Sie benötigen eine ungerade Anzahl an Elektronen.

Nummerierung Atome
Um die Atome in einem Molekül schnell zu nummerieren, wechseln Sie in einen der Textmodi und halten Sie die Taste gedrückt
Halten Sie die Strg-Taste gedrückt und wählen Sie nacheinander jedes Atom mit der linken Maustaste aus. Nummerierung
beginnt bei 1 und die Sequenz kann jederzeit durch Klicken mit der rechten Maustaste zurückgesetzt werden.
Wenn Sie Ihr eigenes Nummerierungsschema verwenden müssen, klicken Sie auf die mittlere Schaltfläche (während noch).
Wenn Sie die Strg-Taste gedrückt halten, wird die Zahl übernommen, die sich im Texteingabefeld befindet.

Zentrierung
Wenn für Ihr Molekül nicht genügend Platz vorhanden ist, können Sie es in die Mitte des Blattes legen
mit der mittleren Taste.

Exportieren zu fremd Formate:
Sie können Ihre Moleküle als X-Bitmap, als PNG- oder EMF-Bild oder als gekapseltes Bild exportieren
Postscript-Datei, eine Eingabedatei für Brian Smith' xfig(1) Programm, eine MDL-Version. 2000 Molfile
zum Datenaustausch mit kommerziellen Paketen, einer SVG-Datei für XHTML-Webseiten oder im
PicTeX-Format zur direkten Einbindung in LaTeX-Dokumente. Die Formate PicTeX, PNG, EMF und
Postscript-Ausgabefunktionen basieren auf der fig2dev81) Programm aus dem transfig(1 Paket
und sind nur verfügbar, wenn dieses Programm beim Start erkannt wurde. Wenn die fig2sxd(1)
Wenn das Programm installiert ist, steht eine zusätzliche Exportoption für das OpenOffice SXD-Format zur Verfügung.
Wenn das Programm (open)babel installiert ist, steht ebenfalls ein zusätzliches Exportmenü zur Verfügung
Zugriff auf alle von diesem Tool unterstützten Dateitypen wird verfügbar.

Sie können die Ausgaben je nach aktuellem Zoommaßstab in unterschiedlichen Größen erstellen.
Postscript- und PicTeX-Dateien können auch in beliebigen, auf der auswählbaren Maßstäben erstellt werden
Menü „Datei exportieren“.

Eine Option im Konfigurationsmenü kann auf Anruf eingestellt werden fig2dev in internationaler Sprache
Modus, der automatisch jeden Text rendert, der in der alternativen Schriftart (Times) geschrieben ist
die für das aktuelle Gebietsschema geeignete Postscript-Schriftart (derzeit Kroatisch, Kyrillisch,
Tschechisch, Ungarisch, Japanisch, Koreanisch, Polnisch). Siehe die fig2dev Dokumentation für Details.

Um die PicTeX-Datei in Ihr LaTeX-Dokument einzubinden, benötigen Sie das Makropaket pictex.
Abhängig von den von Ihnen verwendeten Versionen müssen Sie möglicherweise auch das Paket „color“ in laden
Präambel Ihrer LaTeX-Datei. Wenn die Fehlermeldung „TeX-Kapazität überschritten“ angezeigt wird,
Erhöhen Sie den Parameter extra_mem_bot in Ihrem texmf.cnf Datei (normalerweise in
/usr/share/texmf/web2c, /usr/local/texmf or /etc/texmf). Pictex ist für seine Ungewöhnlichkeit bekannt
(nach Tex-Standards) Speicherbedarf, und die Standardeinstellungen berücksichtigen dies nicht
(obwohl Sie möglicherweise einen Kommentar wie „Ändern Sie dies, wenn Sie Pictex verwenden“ finden texmf.cnf
Datei). Etwas wie extra_mem_bot=400000 sollte auf keinem einigermaßen modernen Rechner schaden
System funktionieren.

Druck Zeichnungen
Seit Version 1.5 ist das direkte Drucken von Diagrammen auf ein Postscript-fähiges Druckgerät (bzw
Typischerweise ist eine Druckwarteschlange mit Ghostscript möglich. Das Papierformat,
Vergrößerung, Druckername und der zu verwendende Druckbefehl (derzeit entweder lp(1) lpr(1)
or kprinter(1)) können im Konfigurationsdialog hinterlegt werden.

Auswahl alle or Teile of a Zeichnung für Transformationen:
Mit der Schaltfläche „Markieren“ können Sie Teile der aktuellen Zeichnung ganz einfach durch Einschließen markieren
sie mit einem „Gummiband“-Rechteck.

Wenn Sie Ihrer Auswahl Atome außerhalb des rechteckigen Bereichs hinzufügen müssen, zeichnen Sie einfach
Legen Sie ein weiteres Gummiband um sie, während Sie die Strg-Taste gedrückt halten.

Die ausgewählten Teile werden blau hervorgehoben und stehen sofort zur Verfügung

ziehen um Ziehen Sie das Fragment einfach mit gedrückter Maustaste an die gewünschte Position
drücken Sie die linke Maustaste. (Wenn Sie nur einzelne Atome bewegen müssen oder
Anleihen können Sie einfach auswählen und im „Verschieben“-Modus ziehen, ohne sie markieren zu müssen
sie zuerst).

rotierenden Die horizontale Bewegung der Maus führt zu einer sanften Drehung um die Maus
Drehpunkt, der beim Drücken der Maustaste ausgewählt wird

Flipping (Spiegeln) des Fragments um eine horizontale oder vertikale Spiegelebene hindurch
seine Mitte: Dies geschieht durch Klicken auf die entsprechende Menüschaltfläche

Kopieren Durch Klicken auf die Menüschaltfläche „Kopieren“ wird eine exakte Kopie der ausgewählten Datei erstellt
Fragment leicht versetzt zum Original. Die Markierung erfolgt automatisch
auf die neue Kopie übertragen.

neu skalieren Die horizontale Mausbewegung wird in eine sanfte Erhöhung oder Verringerung von übersetzt
Größe des markierten Fragments

löschen Um das markierte Fragment zu löschen, klicken Sie einfach auf das dritte (normalerweise das rechte)
Klicken Sie nach der Markierung auf die Maustaste.

Umrahmung Wählen Sie eines der Symbole aus der Dropdown-Liste der Rahmen- und Klammerstile aus
Zeichnet das entsprechende Objekt, z. B. ein Paar runde Klammern, um das
hervorgehobenes Fragment.

Optimierung Durch Klicken auf das Symbol „Eimer und Besen“ wird eine Funktion zum Entfernen aufgerufen
überlappende (doppelte) Bindungen und Beschriftungen aus der Zeichnung und richtet sie aus
Linien, die fast horizontal oder vertikal verlaufen.

Hinzufügen vorher Gerettet Zahlen:
Um ein weiteres Molekül aus einer zuvor gespeicherten Chemtool-Zeichnung hinzuzufügen, wählen Sie es in der Datei aus
Auswahlfenster, das erscheint, wenn Sie auf die Schaltfläche „Hinzufügen“ klicken. Klicken Sie einmal auf ein beliebiges
Wenn Sie in der Liste den Dateinamen eingeben, wird eine kleine Vorschau des Moleküls angezeigt, um die Auswahl zu erleichtern. Der
Das neu hinzugefügte Molekül wird automatisch aktiviert, sodass es neu positioniert werden kann
erwünscht.

Wenn Sie es an einer vordefinierten Position auf einem anderen Molekül hinzufügen möchten, können Sie diese markieren
Klicken Sie dazu mit der linken Maustaste auf die Anhangsseite, anstatt das Markierungsrechteck zu ziehen. Ein kleines
Ein grüner Punkt erscheint an der aktuellen Referenzposition für das neue Teil. Wenn Sie sparen
Moleküle mit einem solchen Markersatz definieren wiederum ihre Bindungsstelle, wenn sie
werden einer anderen Zeichnung hinzugefügt.

Hinzufügen dank One of vordefiniert Vorlagen:
Wenn Sie im Menü „Extras“ „Vorlagen“ auswählen, wird ein zweites Fenster mit einer kleinen Sammlung geöffnet
von vordefinierten Strukturen. Klicken Sie einfach auf das Bild des gewünschten Moleküls, um es hinzuzufügen
Deine Zeichnung. Das Vorlagenfenster kann während einer Chemtool-Sitzung geöffnet bleiben – sofern vorhanden
von einem anderen Fenster verdeckt wird, können Sie es durch Auswahl des Menüs „Vorlage“ in den Vordergrund verschieben
wieder in Chemtool.

Die Daten im Vorlagensystem unterscheiden sich von normalen Chemtool-Zeichnungen nur dadurch
Sie werden im Programm und in einem etwas umständlichen Format (X- und Y-Koordinaten) gespeichert
werden separat in der Quelldatei templates.h aufgeführt). Diese sollen a
komfortabler Basissatz, der allen Benutzern zur Verfügung steht, jedoch nicht individuell erweiterbar ist (Sie können verwenden
die Funktion „Hinzufügen“ für eigene Strukturen). Bitte teilen Sie uns mit, wenn Sie bestimmte Wünsche haben
Moleküle, die den Vorlagen hinzugefügt wurden – ihr Name oder idealerweise eine normale Chemtool-Zeichnungsdatei
ist alles was wir brauchen. (Schicke eine Email an [E-Mail geschützt] )

Einfuhr fremd Datei Formate:
Chemtool bietet Funktionen zum Importieren von Dateien im vom Protein verwendeten PDB-Format
Datenbank (und von den meisten molekularen Modellierungspaketen) und das proprietäre MDL-Molfile-Format
Wird von ISISdraw verwendet und von anderen Strukturzeichnungspaketen und Datenbanken verstanden
Frontends.

Da es sich bei beiden um 3D-Dateiformate handelt, verarbeitet Chemtool nur importierte 2D-Projektionen
Moleküle werden zunächst in einen Zwischenspeicher eingelesen und blau auf der Leinwand dargestellt.
Diese 3D-Darstellung kann dann mit der Maus gedreht werden. Erst nach Drücken der Return-Taste
Mit der Taste auf der Tastatur wird es in die endgültige 2D-Projektion umgewandelt, die bearbeitet werden kann. Während
Wenn ein solcher 3D-Import läuft, sind alle normalen Zeichen- und Bearbeitungsfunktionen deaktiviert.

Beim MDL-Molfile-Import werden die Kohlenstoffatommarkierungen automatisch verworfen. Für PDB
Beim Import kann der Umfang der Beschriftung im angebotenen Dateiauswahldialog gewählt werden
Beibehaltung entweder aller Markierungen, nur derjenigen von Nicht-Wasserstoffatomen oder nur der nicht numerischen
Teil der Etiketten.

Wenn das Programm babel installiert ist – entweder die Originalversion von Pat Walters oder
Das neuere OpenBabel-Projekt – Chemtool bietet automatisch eine Menüoption für an
Importieren aus einem der unterstützten Dateiformate.

Festlegung Summe Formel und Molekular- Gewicht:
Die Distribution enthält ein Hilfsprogramm, cht(1), von Radek Liboska (Prag) zu berechnen
Summenformel und (exaktes) Molekulargewicht aus einer Chemtool-Zeichnungsdatei. Es ist auch
in Chemtool verfügbar, um diese Daten für die aktuelle Struktur zu berechnen oder a
markiertes Fragment davon. cht kann durch doppelte Bindungen in die Irre geführt werden (Chemtool entfernt nicht).
überlappende Bindungen, wie sie durch die Verschmelzung von Ringsystemen entstehen können, automatisch) und
B. durch das Symbol „aromatischer Ring“, daher sollten Sie diese meiden und die Plausibilität prüfen
Generierte Summenformel, sofern möglich.

Zeichnung Funktionen nicht verfügbar . Chemtool:
Für Funktionen, die derzeit von chemtool nicht unterstützt werden, wie allgemeine Linienzeichnungsfunktionen,
Holen Sie sich das XFig-Zeichenpaket von Brian Smith xfig ist sehr zu empfehlen. Über das Einzige
Was es nicht bietet, ist die Unterstützung „chemischer“ Linientypen und Zeichnungswinkel – was ja der Fall ist
warum Chemtool als eine Art Begleitprogramm geschrieben wurde. (Es wird wahrscheinlich noch mehr davon geben
Die am dringendsten benötigten Zeichenoptionen wurden im Laufe der Zeit zu Chemtool hinzugefügt, duplizieren jedoch die
allgemeinere Funktionen von xfig scheint eher sinnlos.)

Nutzen Sie Chemtool online über die Dienste von onworks.net