Dies ist der Befehlszirkus, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
____ _
/ ___(_)_ __ ___ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__ \
\____|_|_| \___\___/|___/
rund ist gut
Zirkus - kreisförmig zusammengesetzte Informationsgrafiken erzeugen
ZUSAMMENFASSUNG
# Speicherort der Konfigurationsdatei erraten
Zirkusse
# Verwenden Sie eine bestimmte Konfigurationsdatei
circos -conf circos.conf [-silent]
# Erforderliche Module diagnostizieren
circos -Module
# Manpage
Zirkusmann
# detailliertes Debugging für Codekomponenten
# sehen http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group GRUPPE1,[GRUPPE2,...]
# vollständiges Debugging
circos -debug_group _all
# Konfigurations-Dump eines Blocks (oder Blockbaums) von
# alle Parameter, die mit REGEXP übereinstimmen (optional)
circos -cdump [BLOCK1/[BLOCK2/...]]{:REGEXP}
# überschreibt Konfigurationsparameter
circos -param image/radius=2000p -param ideogram/show=no
# zum Spaß – alle Farben im Bild außer zufällig anordnen
# FARBE1 und FARBE2
circos -randomcolor COLOR1,[COLOR2,...]
BESCHREIBUNG
Circos dient zur Visualisierung von Daten in einem kreisförmigen Layout und eignet sich ideal zum Erkunden von Beziehungen
zwischen Objekten oder Positionen. Es gibt noch andere Gründe für ein kreisförmiges Layout
vorteilhaft, nicht zuletzt weil es attraktiv ist.
Zirkus ist keine Lösung. Es ist ein Werkzeug zur Lösung von Visualisierungsproblemen. Für ein gegebenes
Problem, Sie können nicht garantieren, dass es angemessen ist.
Sie haben eine genaue Kontrolle darüber, wie jedes Datenelement angezeigt wird, was Ihnen bei der Zuordnung hilft
Bedeutung für Relevanz.
CONFIGURATION
Einstellungen sollen mithilfe einer Nur-Text-Konfigurationsdatei übergeben werden. Diese Datei kann sein
manuell oder durch ein anderes Skript erstellt, wodurch Circos vollständig automatisiert werden kann.
Vollständige Dokumentation finden Sie unter
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>
Syntax
Die Konfiguration erfolgt im Klartext und besteht aus hierarchischen Blöcken. Einige Blöcke, wie z
" sind obligatorisch, während andere wie „ sind optional.
Um zu beginnen, sehen Sie sich das Kurzanleitungs-Tutorial an.
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>
Eine typische Konfigurationsdatei könnte so aussehen
# Bildgröße und -format
...
# Position und Größe der Ideogramme
...
# Position, Art und Format der Datenspuren
...
...
# Farben, Schriftarten und Füllmuster
< >
# Systemparameter
< >
Modularität
Das „< >-Direktive importiert eine Konfigurationsdatei in eine andere. Das
Die Funktion trägt dazu bei, Konfigurationsdateien modular zu halten.
Parameterdefinitionen, die sich nicht häufig ändern, wie z. B. Farb- und Schriftartdefinitionen,
werden herkömmlicherweise aus Dateien importiert, die in gefunden werden usw/ bei der Verteilung.
In den Tutorials finden Sie das „ Und " Blöcke werden importiert
die Hauptkonfigurationsdatei. Denn diese Blöcke können ziemlich groß werden, die Hauptsache
Konfigurationsdateien sind besser lesbar, wenn sie in separate Dateien verschoben werden.
Überschreiben mit *
Um einen Parameter zu überschreiben, der aus einer Datei eingefügt wurde, verwenden Sie das Suffix „*“. Das Suffix
ist erforderlich, da mehrere Definitionen eines Parameters außer in bestimmten Fällen nicht zulässig sind
Dabei kann ein Parameter mehr als einen Wert haben.
# enthaltene Datei definiert „Radius“
< >
# Dadurch wird der Radiuswert überschrieben
Radius* = 2500p
Das Suffix „*“ kann wiederholt werden, um anzugeben, welcher Wert in einem Block Vorrang hat.
Radius = 1500p
Radius* = 2500p
radius** = 3000p # Diese Instanz des Radius wird verwendet
Überschreiben mit Befehl Line
Jeder Konfigurationsparameter in einem eindeutigen Blocknamen kann in der Befehlszeile angegeben werden
Verwendung von
-param PATH/PARAM=Wert
Zum Beispiel,
anzeigen = nein
...
-param ideogram/show=no
und
Standard = 0.01r
...
-param ideogram/spacing/default=0.01r
Wann conf() wird in der Konfigurationsdatei verwendet, um den Wert eines Parameters (beliebig) abzurufen
Parameter, nicht nur die durch -param gesetzten), erhalten Sie ein flexibles System zum Ändern der
Konfiguration über die Befehlszeile.
Spezies = Mensch
karytotype = data/karyotype/karyotype.conf(species).txt
-param Species=Ratte
Mehrere Parameter können neu definiert werden, jeder mit seinem eigenen „-param“-Flag
-param show_ticks=nein -param image/radius=2000p
Vereinigung Blockiert
Mehrere Instanzen der folgenden Blöcke werden automatisch zusammengeführt: „ ,
" , " , " , " , " , " Und " .
Der Zweck besteht darin, Ihnen die Möglichkeit zu geben, kanonische Definitionen zu ergänzen.
# Diese Datei definiert den Standard , Und
< >
# zum Farbblock hinzufügen
meineFarbe = 150,25,25
OPTIONAL
Konfiguration
-configfile DATEI
Name der Konfigurationsdatei. Dies ist erforderlich.
Circos wird versuchen, den Speicherort dieser Datei zu erraten, indem es nach „circos.conf“ sucht
".", "..", Und "../ ..".
Output Format
-png, -nopng
-svg, -nosvg
Schaltet die Ausgabe von PNG- und SVG-Dateien um.
Bild verschiedenste Komponenten
-show_ticks, -noshow_ticks
-show_tick_labels, -noshow_tick_labels
Überschreiben Sie die Anzeige von Häkchen und deren Beschriftungen. Diese werden normalerweise beide im definiert
Block.
Output Paths
-outputdir DIR, -dir DIR
-outputfile DATEI, -file DATEI
Ändern Sie das Ausgabeverzeichnis und den Dateinamen. Die DATEI kann einen Pfad enthalten.
Fehlerbeseitigung
-debuggen
Aktivieren Sie die grundlegende Debugging-Ausgabe. Meldet Informationen von
Bild, io, Ebene, Zusammenfassung, Timer
Debug-Gruppen (siehe unten).
-debug_group {+-}GRUPPE1,[{+-}GRUPPE2,...]
Aktivieren Sie die Debugging-Ausgabe für bestimmte Gruppen. Eine Liste der Gruppen finden Sie unter
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>
Um eine Gruppe zur Ausgabe hinzuzufügen, stellen Sie ihr ein + voran. Um es zu entfernen, mit -.
# Standard-Debugging-Gruppen verwenden, aber Layer und Io ausschließen
-debug -debug_group -layer,-io
# Standard-Debugging-Gruppen verwenden und Abstände hinzufügen
-debug -debug_group +spacing
# Geben Sie die Gruppen explizit an
-debug_group png,io,timer
Um die unterstützten Gruppen aufzulisten, verwenden Sie das Flag ohne Argument
-debug_group
-Zeit
Zeitinformationen melden. Identisch mit -debug_group +timer
-Leise
Keine Berichterstattung erstellen.
-paranoid, -noparanoid
Im paranoiden Modus (Standard) ausführen oder nicht. Der Standardwert für diese Einstellung ist definiert durch
'paranoid' in etc/housekeeping.conf.
-Warnungen, -noWarnungen
Warnungen anzeigen oder nicht (Standard). Der Standardwert für diese Einstellung ist definiert durch
'Warnungen' in etc/housekeeping.conf.
-fakeerror =item -fakeerror CAT =item -fakeerror ,ID =item -fakeerror CAT,ID
Täuschen Sie einen Fehler vor, indem Sie die Fehlermeldung für die Kategorie CAT und die Fehlernamen-ID anzeigen. Wenn
Wenn einer oder keiner angegeben ist, werden die verfügbaren Fehler aufgelistet.
Wenn Sie Fehlermeldungen nicht wirklich gerne sehen, sollte es für Sie kaum einen Grund dafür geben
möchte das nutzen.
Anwendungsbereich
-Ausführung
Zeigen Sie die Version an.
-Hilfe
Kurze Nutzungszusammenfassung anzeigen.
-Mann
Manpage anzeigen.
Blödsinn Um
-randomcolor [Farbe1, Farbe2,...]
Randomisieren Sie die Farbe jedes Elements im Bild, mit Ausnahme einer optionalen Liste von
Farben.
Um beispielsweise den Hintergrund weiß und alles, was schwarz ist, beizubehalten,
-zufällige Farbe weiß, schwarz
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