cmalign – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

cmalign – Sequenzen an einem Kovarianzmodell ausrichten

ZUSAMMENFASSUNG

bösartig
[Optionen]

BESCHREIBUNG

bösartig richtet die RNA-Sequenzen aus zum Kovarianzmodell (CM) in .
Die neue Ausrichtung wird ausgegeben stdout im Stockholm-Format, kann aber in eine Datei umgeleitet werden
an. Nach der Installation können Sie HEIC-Dateien mit der -o .

Entweder or (aber nicht beides) kann „-“ (Bindestrich) sein, was bedeutet, dass dies gelesen wird
Eingabe von Standard statt einer Datei.

Die Sequenzdatei muss im FASTA- oder Genbank-Format vorliegen.

bösartig verwendet standardmäßig eine HMM-Banding-Technik, um die Ausrichtung wie beschrieben zu beschleunigen
unten für die --hbanded Möglichkeit. HMM-Banding kann mit ausgeschaltet werden --nicht gebändert .

Standardmäßig bösartig berechnet die Ausrichtung mit der maximal erwarteten Genauigkeit
im Einklang mit Einschränkungen (Bändern), die von einem HMM abgeleitet wurden, unter Verwendung einer gebänderten Version des
Durbin/Holmes-Algorithmus für optimale Genauigkeit. Dieses Verhalten kann mit geändert werden --cyk or
--Stichprobe Optionen.

bösartig achtet besonders darauf, verkürzte Sequenzen, in denen sich einige Nukleotide befinden, korrekt auszurichten
vom Anfang (5') und/oder Ende (3') der tatsächlichen biologischen Sequenz voller Länge sind
nicht in der Eingabesequenz vorhanden (siehe DL Kolbe und SR Eddy, Bioinformatics, 25:1236-1243,
2009). Dieses Verhalten ist standardmäßig aktiviert, kann aber mit deaktiviert werden --notrunc. In früheren
Versionen bösartig --sub Option war erforderlich, um abgeschnitten korrekt zu verarbeiten
Sequenzen. Die --sub Die Option ist in dieser Version weiterhin verfügbar, jedoch mit der neuen Standardmethode
für den Umgang mit abgeschnittenen Sequenzen sollte der Sub-Methode in nahezu gleicher Qualität oder überlegen sein
alle Fälle.

Das --mapali Die Option ermöglicht die Einbeziehung der festen Trainingsausrichtung, die zum Erstellen des verwendet wurde
CM aus Datei innerhalb der Ausgabeausrichtung von cmalign.

Mit der Staffelei ist es möglich, zwei oder mehr von demselben CM erstellte Ausrichtungen zusammenzuführen
MiniApp esl-alimerge (im Unterverzeichnis „easel/miniapps/“ von Infernal enthalten). Vorherige
Versionen bösartig enthielt Optionen zum Zusammenführen von Ausrichtungen, diese waren jedoch veraltet
Entwicklung esl-alimerge, was deutlich speichereffizienter ist.

Standardmäßig bösartig gibt die Ausrichtung auf stdout aus. Die Ausrichtung kann umgeleitet werden
in eine Ausgabedatei an. Nach der Installation können Sie HEIC-Dateien mit der -o Möglichkeit. Mit -Ö, Informationen zu jedem ausgerichtet
Die Sequenz, einschließlich der Score- und Modellausrichtungsgrenzen, wird auf stdout gedruckt (mehr).
dazu weiter unten).

Die Ausgabeausrichtung erfolgt standardmäßig im Stockholmer Format. Dies kann in Pfam geändert werden,
ausgerichtetes FASTA- (AFA-), A2M-, Clustal- oder Phylip-Format mit dem --outformat Option,
woher ist der Name des gewünschten Formats. Als Sonderfall gilt die Ausgabeausrichtung
ist größer (mehr als 10,000 Sequenzen oder mehr als 10,000,000 Gesamtnukleotide) als die
Das Ausgabeformat ist das Pfam-Format, wobei jede Sequenz in einer einzelnen Zeile erscheint, z
Gründe der Speichereffizienz. Für Ausrichtungen, die größer sind, verwenden Sie --Ich verließ Willenskraft
Interleaved Stockholm-Format, der Benutzer sollte sich jedoch darüber im Klaren sein, dass dies möglicherweise viel erfordert
Speicher. --Ich verließ funktioniert nur für Alignments mit bis zu 100,000 Sequenzen oder 100,000,000
Gesamtnukleotide.

Wenn das Ausgabeausrichtungsformat Stockholm oder Pfam ist, erfolgt die Ausgabeausrichtung
mit A-posteriori-Wahrscheinlichkeiten versehen, die das Konfidenzniveau jeder Ausrichtung abschätzen
Nukleotid. Diese Anmerkung erscheint als Zeilen, die mit „#=GR“ beginnen PP", einer pro
Sequenz, jeweils direkt unter der entsprechenden ausgerichteten Sequenz " ".
Zeichen in PP-Zeilen haben 12 mögliche Werte: „0-9“, „*“ oder „.“ Wenn „.“ die Position
entspricht einer Lücke in der Sequenz. Ein Wert von „0“ gibt eine A-posteriori-Wahrscheinlichkeit an
zwischen 0.0 und 0.05, „1“ bedeutet zwischen 0.05 und 0.15, „2“ bedeutet zwischen 0.15 und
0.25 und so weiter bis zu „9“, was zwischen 0.85 und 0.95 bedeutet. Der Wert „*“ gibt an, dass a
A-posteriori-Wahrscheinlichkeit zwischen 0.95 und 1.0. Höhere A-Posteriori-Wahrscheinlichkeiten entsprechen
zu größerer Sicherheit, dass das ausgerichtete Nukleotid dorthin gehört, wo es in der erscheint
Ausrichtung. Mit --nicht gebändert, Die Berechnung der A-posteriori-Wahrscheinlichkeiten berücksichtigt alle
Mögliche Alignments der Zielsequenz zum CM. Ohne --nicht gebändert (also in Verzug
Modus) berücksichtigt die Berechnung nur mögliche Ausrichtungen innerhalb der HMM-Bänder. Weiter,
Die A-Posteriori-Wahrscheinlichkeiten hängen vom Kürzungsmodus der Ausrichtung ab. Für
Wenn das Sequenzalignment beispielsweise um 5' gekürzt ist, zeigt ein PP-Wert von „9“ dazwischen an
0.85 und 0.95 aller 5'-verkürzten Alignments umfassen das angegebene Nukleotid an der angegebenen Stelle
Position. Die hintere Anmerkung kann mit ausgeschaltet werden --kein Problem Möglichkeit. Wenn --klein
aktiviert ist, muss auch die hintere Anmerkung mit deaktiviert werden --kein Problem.

Die tabellarische Ausgabe, die auf stdout gedruckt wird, wenn die -o Die verwendete Option umfasst eine Zeile
pro Sequenz und zwölf Felder pro Zeile: „idx“: der Index der Sequenz in der Eingabe
Datei, „Seq-Name“: der Sequenzname; „Länge“: die Länge der Sequenz; „cm von“ und
„cm bis“: die Start- und Endpositionen des Modells der Ausrichtung; „trunc“: „Nein“, wenn die Sequenz
wird nicht abgeschnitten, „5‘“, wenn der Anfang der Sequenz um 5‘ abgeschnitten ist, „3‘“, wenn das Ende von
die Sequenz wird abgeschnitten, und „5'&3'“, wenn sowohl der Anfang als auch das Ende abgeschnitten sind;
„bit sc“: der Bit-Score der Ausrichtung, „avg pp“ die durchschnittliche Posterior-Wahrscheinlichkeit von
alle ausgerichteten Nukleotide im Alignment; „band calc“, „alignment“ und „total“: die Zeit
in Sekunden, die für die Berechnung der HMM-Bänder, die Berechnung der Ausrichtung und den Abschluss erforderlich sind
Verarbeitung der Sequenz bzw.; „mem (Mb)“: die Größe aller dynamischen Dateien in MB
Programmiermatrizen, die zum Ausrichten der Sequenz erforderlich sind. Diese tabellarischen Daten können gespeichert werden
einordnen an. Nach der Installation können Sie HEIC-Dateien mit der --sfile .

OPTIONAL

-h Hilfe; Drucken Sie eine kurze Erinnerung an die Verwendung der Befehlszeile und die verfügbaren Optionen.

-o Speichern Sie die Ausrichtung im Stockholm-Format in einer Datei . Standardmäßig wird es geschrieben
zur Standardausgabe.

-g Konfigurieren Sie das Modell für die globale Ausrichtung des Abfragemodells am Ziel
Sequenzen. Standardmäßig ist das Modell für die lokale Ausrichtung konfiguriert. Lokal
Ausrichtungen können große Einfügungen und Löschungen enthalten, die als „lokale Enden“ bezeichnet werden
Struktur wird anders bestraft als normale Indels. Diese sind mit Anmerkungen versehen
„~“-Spalten in der RF-Zeile der Ausgabeausrichtung. Der -g Option kann verwendet werden, um
diese lokalen Zwecke nicht zulassen. Der -g Option ist erforderlich, wenn die --sub Option ist auch
benutzt.

OPTIONAL FÜR STEUERN AUSRICHTUNG ALGORITHM

--optacc
Richten Sie Sequenzen mithilfe des Durbin/Holmes-Algorithmus für optimale Genauigkeit aus. Dies ist das
Standard. Die optimale Genauigkeitsausrichtung wird durch HMM-Bänder eingeschränkt
Beschleunigung, es sei denn, die --nicht gebändert Option ist aktiviert. Die optimale Genauigkeit
Der Algorithmus bestimmt die Ausrichtung, die die A-Posteriori-Wahrscheinlichkeiten maximiert
die ausgerichteten Nukleotide darin. Die A-posteriori-Wahrscheinlichkeiten werden mit bestimmt
(möglicherweise HMM-gebänderte) Varianten der Inside- und Outside-Algorithmen.

--cyk Verwenden Sie nicht die Durbin/Holmes-Ausrichtung mit optimaler Genauigkeit, um die Sequenzen auszurichten.
Verwenden Sie stattdessen den CYK-Algorithmus, der die optimale Bewertung (maximal) ermittelt
Wahrscheinlichkeit) Ausrichtung der Sequenz an das Modell unter Berücksichtigung der HMM-Bänder (es sei denn
--nicht gebändert ist ebenfalls aktiviert).

--Stichprobe
Probieren Sie eine Ausrichtung aus der hinteren Verteilung der Ausrichtungen aus. Der hintere
Die Verteilung wird mithilfe eines HMM-Bandes bestimmt (es sei denn --nonbanded) Variante der
Insider-Algorithmus.

--Samen
Setzen Sie den Zufallszahlengenerator mit , eine Ganzzahl >= 0. Diese Option kann nur
in Kombination mit verwendet werden --Probe. If ist eine stochastische Stichprobe ungleich Null von
Ausrichtungen werden reproduzierbar sein; Der gleiche Befehl führt zu den gleichen Ergebnissen. Wenn
Ist 0, wird der Zufallszahlengenerator willkürlich und stochastisch gesät
Die Stichproben können von Ausführung zu Ausführung desselben Befehls variieren. Der Standardstartwert ist 181.

--notrunc
Deaktivieren Sie abgeschnittene Ausrichtungsalgorithmen. Alle Sequenzen in der Eingabedatei werden sein
Es wird davon ausgegangen, dass sie in voller Länge vorliegen, es sei denn --sub wird ebenfalls verwendet, in diesem Fall kann das Programm
Behandeln Sie weiterhin abgeschnittene Sequenzen, verwenden Sie jedoch eine alternative Strategie für sie
Ausrichtung.

--sub Schalten Sie den Untermodellkonstruktions- und Ausrichtungsvorgang ein. Für jede Sequenz eine
HMM wird zunächst verwendet, um die Anfangs- und Endkonsensspalten des Modells vorherzusagen, und dann ein neues
sub CM ist so aufgebaut, dass nur Konsensspalten vom Anfang bis zum Ende modelliert werden. Der
Die Sequenz wird dann an diesem Sub-CM ausgerichtet. Die Unterausrichtung ist eine ältere Methode als die
Standardeinstellung zum Ausrichten von Sequenzen, die möglicherweise abgeschnitten sind. Standardmäßig, bösartig
verwendet spezielle DP-Algorithmen, um abgeschnittene Sequenzen zu verarbeiten, die mehr sein sollten
in den meisten Fällen genauer als die Untermethode. --sub ist weiterhin als Option enthalten
Hauptsächlich zum Testen dieser Standardverarbeitung abgeschnittener Sequenzen. Dieser „Sub-CM“
Das Verfahren ist nicht das gleiche wie bei den von Weinberg und Ruzzo beschriebenen „Sub-CMs“.

OPTIONAL FÜR STEUERN SPEED UND SPEICHER VORAUSSETZUNGEN

--hbanded
Diese Option ist standardmäßig aktiviert. Beschleunigen Sie die Ausrichtung, indem Sie Regionen wegschneiden
der CM DP-Matrix, die von einem HMM als vernachlässigbar erachtet werden. Erstens ist jede Sequenz
wurde mit einem CM-Plan-9-HMM bewertet, das vom CM unter Verwendung des Vorwärts- und Rückwärts-HMM abgeleitet wurde
Algorithmen zur Berechnung der A-Posteriori-Wahrscheinlichkeit, dass jedes Nukleotid mit jedem übereinstimmt
Zustand des HMM. Diese A-posteriori-Wahrscheinlichkeiten werden zur Ableitung von Einschränkungen verwendet
(Bänder) auf der CM DP-Matrix. Abschließend wird die Zielsequenz an der CM ausgerichtet
unter Verwendung der gebänderten DP-Matrix, wobei Zellen außerhalb der Bänder ignoriert werden.
Normalerweise liegt der größte Teil der gesamten DP-Matrix außerhalb der Bänder (oft mehr als 95 %).
Dadurch wird diese Technik schneller, da weniger DP-Berechnungen erforderlich sind und mehr
Speichereffizient, da nur Zellen innerhalb der Bänder zugewiesen werden müssen.

Wichtig ist, dass beim HMM-Banding die Garantie, das Optimum zu bestimmen, verloren geht
genaue oder optimale Ausrichtung, die übersehen wird, wenn sie außerhalb der Bänder liegt.
Der Tau-Parameter ist der Betrag der Wahrscheinlichkeitsmasse, der währenddessen als vernachlässigbar angesehen wird
HMM-Bandberechnung; Niedrigere Tau-Werte führen zu größeren Beschleunigungen, aber auch zu einer höheren Geschwindigkeit
Chance, die optimale Ausrichtung zu verpassen. Der Standard-Tau ist 1E-7, bestimmt
empirisch als guter Kompromiss zwischen Empfindlichkeit und Geschwindigkeit, obwohl dieser Wert möglich ist
mit dem geändert werden --tau Möglichkeit. Die Beschleunigung nimmt mit zu
sowohl die Länge als auch den Erhaltungsgrad der Primärsequenz der Familie. Zum Beispiel,
mit dem Standard-Tau von 1E-7, tRNA-Modellen (geringe Primärsequenzkonservierung mit
Länge von etwa 75 Nukleotiden) zeigen eine etwa 10-fache Beschleunigung und SSU-bakterielle rRNA
Modelle (hohe Primärsequenzkonservierung mit einer Länge von etwa 1500 Nukleotiden)
zeigen etwa 700X. HMM-Banding kann mit ausgeschaltet werden --nicht gebändert .

--tau
Legen Sie die bei der HMM-Bandberechnung verwendete Tail-Loss-Wahrscheinlichkeit auf fest . Dies ist die
Menge der Wahrscheinlichkeitsmasse innerhalb der HMM-Posteriori-Wahrscheinlichkeiten
als vernachlässigbar angesehen. Der Standardwert ist 1E-7. Im Allgemeinen gilt dies für höhere Werte
Dies führt zu einer größeren Beschleunigung, erhöht jedoch die Wahrscheinlichkeit, dass das Optimum verfehlt wird
Ausrichtung aufgrund der HMM-Bänder.

--mxsize
Stellen Sie die maximal zulässige Gesamtgröße der DP-Matrix auf ein Megabyte. Standardmäßig ist dies der Fall
Die Größe beträgt 1028 MB. Dies sollte für die überwiegende Mehrheit der Ausrichtungen groß genug sein.
Wenn dies jedoch nicht der Fall ist bösartig Ich werde versuchen, die HMM-Bänder iterativ zu straffen
Wird verwendet, um die Ausrichtung durch Erhöhen des Tau-Parameters und Neuberechnen des Parameters einzuschränken
Bänder, bis die benötigte Gesamtmatrixgröße unterschritten wird Megabyte oder das Maximum
Zulässiger Tau-Wert (standardmäßig 0.05, aber änderbar mit --maxtau) ist erreicht. Bei
Bei jeder Iteration der Bandstraffung wird Tau mit 2.0 multipliziert. Das Band wird enger
Die Strategie kann mit ausgeschaltet werden --fixedtau Möglichkeit. Wenn das maximale Tau ist
erreicht und die erforderliche Matrixgröße immer noch überschritten oder wenn HMM-Banding nicht vorhanden ist
verwendet wird und die erforderliche Matrixgröße überschreitet dann bösartig wird aussteigen
vorzeitig und melden eine Fehlermeldung, dass die Matrix ihr Maximum überschritten hat
zulässige Größe. In diesem Fall ist die --mxsize kann verwendet werden, um die Größenbeschränkung zu erhöhen oder
Das maximale Tau kann mit erhöht werden --maxtau. Der Grenzwert wird häufig überschritten
wenn das --nicht gebändert Option wird ohne verwendet --klein Option, kann aber trotzdem auftreten
wann --nicht gebändert ist nicht benutzt. Beachten Sie, dass wenn bösartig wird eingefahren mehrere
Threads auf einer Multicore-Maschine, dann kann jedem Thread eine zugewiesene Matrix von up zugewiesen werden
messen MB zu einem bestimmten Zeitpunkt.

--fixedtau
Deaktivieren Sie die in der Erläuterung beschriebene HMM-Band-Straffungsstrategie
--mxsize Option oben.

--maxtau
Stellen Sie den maximal zulässigen Wert für Tau beim Spannen des Bandes ein, wie im beschrieben
Erklärung von --mxsize oben, zu . Standardmäßig beträgt dieser Wert 0.05.

--nicht gebändert
Schaltet das HMM-Banding aus. Die zurückgegebene Ausrichtung ist garantiert die globale
optimal genaue (standardmäßig) oder die global optimal bewertende (wenn --cyk
aktiviert). Der --klein Option wird in Kombination mit dieser Option empfohlen,
weil die Standardausrichtung ohne HMM-Banding viel Speicher erfordert (siehe
--klein ).

--klein
Verwenden Sie den Divide-and-Conquer-CYK-Ausrichtungsalgorithmus, der in SR Eddy, BMC beschrieben ist
Bioinformatik 3:18, 2002. Die --nicht gebändert Die Option muss in Kombination mit verwendet werden
diese Optionen. Außerdem wird es jederzeit empfohlen --nicht gebändert wird das verwendet --klein is
Wird auch verwendet, weil die Standard-CM-Ausrichtung ohne HMM-Bandierung viel erfordert
Speicher, insbesondere für große RNAs. --klein ermöglicht die CM-Ausrichtung innerhalb praktischer Grenzen
Speichergrenzen, wodurch der für die Ausrichtung der LSU-rRNA erforderliche Speicher am größten ist
bekannte RNAs, von 150 Gb bis weniger als 300 Mb. Diese Option kann nur in verwendet werden
Kombination mit --nicht gebändert, --notrunc, und --cyk.

OPTIONAL AUSGABE DATEIEN

--sfile
Speichern Sie den Alignment-Score pro Sequenz und die Timing-Informationen in einer Datei . Das Format von
Diese Datei ist oben beschrieben (es sind die gleichen Daten im gleichen Format wie die Tabelle).
stdout-Ausgabe, wenn die -o Option verwendet wird).

--tfile
Speichern Sie tabellarische Sequenz-Tracebacks für jede einzelne Sequenz in einer Datei .
In erster Linie nützlich zum Debuggen.

--ifile
Speichern Sie die Einfügungsinformationen pro Sequenz in einer Datei . Das Format der Datei ist
beschrieben durch Kommentarzeilen mit „#“-Präfix am Anfang der Datei . Das
Die Einfügungsinformationen sind auch dann gültig, wenn die --matchonly Option verwendet wird.

--elfile
Geben Sie den EL-Status pro Sequenz (lokales Ende) aus und fügen Sie Informationen in die Datei ein . Das Format
Der Inhalt der Datei wird durch Kommentarzeilen mit vorangestelltem „#“ am Anfang der Datei beschrieben
Datei . Die EL-Einfügungsinformationen sind auch dann gültig, wenn die --matchonly Option ist
benutzt.

anderes OPTIONAL

--mapali
Liest die Ausrichtung aus der Datei Das zum Erstellen des Modells verwendete Element richtet es als Ganzes aus
Einspruch gegen den CM einlegen; z.B. die Ausrichtung in festgehalten wird. Dies ermöglicht Ihnen
Sequenzen an einem Modell ausrichten mit bösartig und betrachten Sie sie im Kontext eines bestehenden
vertrauenswürdige Mehrfachausrichtung. muss die Ausrichtungsdatei sein, mit der der CM erstellt wurde
aus. Das Programm überprüft, ob die Prüfsumme der Datei mit der der Datei übereinstimmt
zur Konstruktion des CM verwendet. Eine ähnliche Option wie diese wurde aufgerufen --withali in
frühere Versionen von cmalign.

--mapstr
Muss in Kombination mit verwendet werden --mapali . Strukturelle Informationen verbreiten
für alle Pseudoknoten, die in existieren zur Ausgabeausrichtung. Eine ähnliche Option wie
dieser hieß --withstr in früheren Versionen von cmalign.

--informatieren
Stellen Sie sicher, dass die Eingabe ist im Format . Führen Sie das Babelfish-Format nicht aus
Autoerkennung. Dies erhöht die Zuverlässigkeit des Programms etwas, da die
Babelfish kann Fehler machen; besonders empfehlenswert für unbeaufsichtigte, hochintensive
Durchsatzläufe von Infernal. Akzeptable Formate sind: FASTA, GENBANK und DDBJ.
Groß- und Kleinschreibung wird nicht berücksichtigt.

--outformat
Geben Sie das Ausgabeausrichtungsformat an als . Akzeptable Formate sind: Pfam, AFA,
A2M, Clustal und Phylip. AFA ist fasta ausgerichtet. Nur Pfam- und Stockholm-Ausrichtung
Zu den Formaten gehören Konsensstrukturanmerkungen und Posterior-Wahrscheinlichkeiten
Annotation ausgerichteter Reste.

--dnaout
Geben Sie die Alignments als DNA-Sequenz-Alignments statt als RNA-Alignments aus.

--kein Problem
Kommentieren Sie die Ausgabeausrichtung nicht mit A-posteriori-Wahrscheinlichkeiten.

--matchonly
Beziehen Sie nur Übereinstimmungsspalten in die Ausgabeausrichtung ein, schließen Sie keine Einfügungen ein
relativ zum Konsensmodell. Diese Option kann beim Erstellen sehr großer Dateien hilfreich sein
Ausrichtungen, die viel Arbeitsspeicher und Speicherplatz erfordern, was größtenteils notwendig ist
Nur um Einfügespalten zu behandeln, die in den meisten Sequenzen Lücken darstellen.

--Ich verließ
Geben Sie die Ausrichtung im interleaved Stockholm-Format mit einer festen Breite aus
bequemer für die Untersuchung. Dies war das Standardausgabeausrichtungsformat von
frühere Versionen von cmalign. Beachten Sie, dass bösartig erfordert mehr Speicher, wenn dies der Fall ist
Option verwendet wird. Aus diesem Grund, --Ich verließ funktioniert nur für Ausrichtungen von bis zu
100,000 Sequenzen oder insgesamt 100,000,000 ausgerichtete Nukleotide.

--Regress
Speichern Sie eine zusätzliche Kopie der Ausgabeausrichtung ohne Autoreninformationen in der Datei
.

- ausführlich
Geben Sie zusätzliche Informationen in der tabellarischen Ergebnisausgabe aus (Ausgabe an stdout, wenn -o
verwendet wird, oder zu if --sfile wird eingesetzt). Diese dienen hauptsächlich zum Testen und
Debuggen.

--Zentralprozessor
Geben Sie das an parallele CPU-Worker eingesetzt werden. Wenn auf „0“ gesetzt ist, dann die
Das Programm wird im seriellen Modus ausgeführt, ohne Threads zu verwenden. Sie können auch steuern
diese Zahl durch Festlegen einer Umgebungsvariablen, INFERNAL_NCPU. Diese Option wird
nur verfügbar sein, wenn die Maschine, auf der Infernal gebaut wurde, dazu in der Lage ist
POSIX-Threading (weitere Informationen finden Sie im Abschnitt „Installation“ des Benutzerhandbuchs).
Information).

--mpi Als MPI-Parallelprogramm ausführen. Diese Option ist nur verfügbar, wenn Infernal dies getan hat
wurde mit dem Flag „--enable-mpi“ konfiguriert und erstellt (siehe Installation
Weitere Informationen finden Sie im Abschnitt des Benutzerhandbuchs.

Verwenden Sie cmalign online über die Dienste von onworks.net