Dies ist der Befehl cmfetch, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
cmfetch - Kovarianzmodell(e) aus einer Datei abrufen
ZUSAMMENFASSUNG
cmfetch [Optionen]
(ruft CM namens ab )
cmfetch -f [Optionen]
(ruft alle in . aufgelisteten CMs ab )
cmfetch --Index [Optionen]
(Indizes zum holen)
BESCHREIBUNG
Ruft einen oder mehrere CMs von einem . ab (zum Beispiel eine große Rfam-Datenbank).
Um einen sehr schnellen Abruf zu ermöglichen, indizieren Sie die zuerst mit cmfetch --Index. Der Index
ist eine Binärdatei namens .ssi.
Der Standardmodus besteht darin, einen einzelnen CM nach Namen oder Zugang abzurufen, der als bezeichnet wird . Aussichten für
Beispiel:
% cmfetch Rfam.cm-tRNA
% cmfetch Rfam.cm RF00005
Mit der -f Option, a Stattdessen wird gelesen, die eine Liste mit einem oder mehreren Schlüsseln enthalten.
Das erste durch Leerzeichen getrennte Feld in jeder nicht leeren Nicht-Kommentarzeile des
wird verwendet als , und alle verbleibenden Daten auf der Leitung werden ignoriert. Dies ermöglicht eine Vielzahl
von durch Leerzeichen getrennten Datendateien, die als S.
Beim Benutzen -f und einem , if indiziert wurde, werden die Schlüssel im
Reihenfolge, in der sie vorkommen , doch wenn ist nicht indiziert, Schlüssel werden abgerufen in
in der Reihenfolge, in der sie auftreten . Dies ist ein Nebeneffekt einer Implementierung, die
ermöglicht das Abrufen mehrerer Schlüssel, auch wenn die ist ein nicht rückspulbarer Stream, wie
ein Standard-Eingangsrohr.
Bei normalem Gebrauch (ohne --Index or -f Optionen), kann '-' (Bindestrich) sein, was bedeutet
Eingabe von lesen Standard statt einer Datei. Mit dem --Index Option, möglicherweise nicht
'-'; es macht keinen Sinn, einen Standard-Eingabestream zu indizieren. Mit dem -f wahlweise auch
or (aber nicht beides) kann '-' sein. Es ist oft besonders nützlich zu lesen
von der Standardeingabe, da dies die Verwendung einer beliebigen Befehlszeile ermöglicht
Aufrufe, um eine Liste von CM-Namen oder -Zugängen zu erstellen und sie dann alle in eine neue Datei zu holen,
nur mit einem Befehl.
Standardmäßig wird die CM auf der Standardausgabe im Infernal-1.1-Format gedruckt.
OPTIONAL
-h Hilfe; Drucken Sie eine kurze Erinnerung an die Verwendung der Befehlszeile und alle verfügbaren Optionen.
-f Das zweite Kommandozeilenargument ist a statt einer einzigen . Das
erstes Feld in jeder Zeile des wird als Abruf verwendet (ein CM-Name
oder Beitritt). Leerzeilen und Kommentarzeilen (die mit einem #-Zeichen beginnen) sind
ignoriert.
-o CM(s) in Datei ausgeben statt zur Standardausgabe.
-O CM(s) in einzelne(n) Datei(en) mit Namen ausgeben statt Standardausgabe. Mit dem
-f Option kann dies dazu führen, dass viele Dateien erstellt werden.
--Index
Anstatt ein oder mehrere Profile von . abzurufen , indexieren für
zukünftige Abrufe. Dadurch entsteht ein .ssi binäre Indexdatei.
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