cmtk-dwi_mask_bad_slices – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

dwi_mask_bad_slices – Finden Sie fehlerhafte Slices in einer Reihe diffusionsgewichteter Bilder.

ZUSAMMENFASSUNG

dwi_mask_bad_slices DiffusionImagePaths

BESCHREIBUNG

Dieses Tool liest einen Satz diffusionsgewichteter 3D-MR-Bilder und findet fehlerhafte Schichten. Ein schlechtes Stück
in einem Diffusionsbild wird als eines erkannt, dessen mittlere Intensität außerhalb eines spezifizierten Bereichs liegt
Intervall um den Mittelwert aller entsprechenden Slices aus dem Rest
Diffusionsbilder.

OPTIONAL

Global Toolkit Optionen (diese sind von Locals geführtes by alle CMTK Werkzeuge)
--help
Schreiben Sie eine Liste der grundlegenden Befehlszeilenoptionen in die Standardausgabe.

--Hilf allen
Schreiben Sie eine vollständige Liste der grundlegenden und erweiterten Befehlszeilenoptionen in die Standardausgabe.

- Wiki
Schreiben Sie eine Liste der Befehlszeilenoptionen in die Standardausgabe im MediaWiki-Markup.

--Mann
Schreiben Sie die Manpage-Quelle im 'nroff'-Markup in die Standardausgabe.

--Version
Schreiben Sie die Toolkit-Version in die Standardausgabe.

--Echo
Schreiben Sie die aktuelle Befehlszeile in die Standardausgabe.

--verbose-level
Ausführlichkeitsstufe festlegen.

- ausführlich, -v
Erhöhen Sie die Ausführlichkeitsstufe um 1 (veraltet; aus Gründen der Abwärtskompatibilität unterstützt).

--fäden
Legen Sie die maximale Anzahl paralleler Threads fest (für POSIX-Threads und OpenMP).

zufuhr Optionen
--b0count
Anzahl der b=0 Bilder am Anfang der Bildliste. Diese sind nicht im Lieferumfang enthalten
die fehlerhafte Slice-Erkennung oder -Maskierung, werden aber auch in das Ausgabeverzeichnis geschrieben
Bequemlichkeit. Es wird davon ausgegangen, dass alle b=0-Bilder am Anfang der Liste stehen
Eingabebilder, aber nicht am Ende oder in der Mitte. [Standard: 0]

--slice-orientation
Definieren Sie die Schichtausrichtung der Diffusionsbilder. Unterstützte Werte: „axial“,
„sagittal“, „koronal“, „slice-x“, „slice-y“, „slice-z“, wobei der Standardwert „axial“ ist,
oder verwenden Sie eines der folgenden:

--axial
Axiale Scheiben [Dies is Ursprünglich]

--sagittal
Sagittale Schnitte

--koronale
Koronale Schnitte

--slice-x
Die X-Koordinatenachse ist die Schnittrichtung

--slice-y
Die Y-Koordinatenachse ist die Schnittrichtung

--slice-z
Die Z-Koordinatenachse ist die Schnittrichtung [Dies is Ursprünglich]

Badewanne Slice Entdeckung
--stdev
Schwellenwert für eine schlechte Schichterkennung in Einheiten der Intensitätsstandardabweichungen darüber
alle entsprechenden Schnitte aus den verbleibenden Diffusionsbildern. [Standard: 3]

Output Optionen
--konvertieren zu
Skalarer Datentyp für die Ausgabebilder. Wenn Ihr Füllwert negativ ist, aber Ihr
Wenn Sie beispielsweise Daten ohne Vorzeichen eingeben, stellen Sie sicher, dass Sie einen vorzeichenbehafteten Datentyp für auswählen
Ausgabe. Standardmäßig ist der Ausgabedatentyp derselbe wie der Eingabetyp. Unterstützt
Werte: „char“, „byte“, „short“, „ushort“, „int“, „uint“, „float“, „double“ oder use
einer der folgenden:

--verkohlen
8 Bit, signiert

--Byte
8 Bit, ohne Vorzeichen

--kurz
16 Bit, signiert

--ukurz
16 Bit, ohne Vorzeichen

--int
32 Bit signiert

--uint
32 Bit ohne Vorzeichen

--schweben
32-Bit-Gleitkomma

--doppelt
64-Bit-Gleitkomma

--padding-value , -p
Füllwert zum Ersetzen von Daten erkannter fehlerhafter Slices in Ausgabebildern. [Standard: -einer]

--Ausgabe Verzeichnis , -o
Dateisystempfad zum Schreiben von Bildern mit maskierten fehlerhaften Slices (d. h. gefüllt mit a
Füllwert). [Standard: KEINER]

AUTOREN

Torsten Rohlfing, mit Beiträgen von Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakow und Yaroslav Halchenko

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