cmtk-warp – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

Warp – nicht starre B-Spline-Registrierung

ZUSAMMENFASSUNG

verziehen ReferenceImage FloatingImage InitialXform

BESCHREIBUNG

Dieses Programm führt eine nicht starre Bildregistrierung durch, wobei die Multi-Resolution-Optimierung von
voxelbasierte Bildähnlichkeitsmessungen und eine B-Spline-Transformation mit mehreren Auflösungen
Modell.

OPTIONAL

Global Toolkit Optionen (diese sind von Locals geführtes by alle CMTK Werkzeuge)
--help
Schreiben Sie eine Liste der grundlegenden Befehlszeilenoptionen in die Standardausgabe.

--Hilf allen
Schreiben Sie eine vollständige Liste der grundlegenden und erweiterten Befehlszeilenoptionen in die Standardausgabe.

- Wiki
Schreiben Sie eine Liste der Befehlszeilenoptionen in die Standardausgabe im MediaWiki-Markup.

--Mann
Schreiben Sie die Manpage-Quelle im 'nroff'-Markup in die Standardausgabe.

--xml
Schreiben Sie die Befehlszeilen-Syntaxspezifikation in XML-Markup (für die Slicer-Integration).

--Version
Schreiben Sie die Toolkit-Version in die Standardausgabe.

--Echo
Schreiben Sie die aktuelle Befehlszeile in die Standardausgabe.

--verbose-level
Ausführlichkeitsstufe festlegen.

- ausführlich, -v
Erhöhen Sie die Ausführlichkeitsstufe um 1 (veraltet; aus Gründen der Abwärtskompatibilität unterstützt).

--fäden
Legen Sie die maximale Anzahl paralleler Threads fest (für POSIX-Threads und OpenMP).

Transformation Import Export
--Initial
Transformation vom gegebenen Pfad initialisieren [Standard: KEINER]

--write-itk-xform
Ausgabepfad für die endgültige Transformation im ITK-Format [Standard: KEINER]

--write-reformatted
Schreiben Sie ein neu formatiertes Floating-Image. [Standard: KEINER]

Transformation Parameter
--Rasterabstand , -g
Rasterabstand der Kontrollpunkte [Standard: 15]

--genaue Abstände
Verwenden Sie einen genauen Kontrollpunktabstand; Ändern Sie den Abstand nicht an das Referenzbild
Begrenzungsrahmen

--verfeinern
Anzahl der Verfeinerungen (Kontrollpunktraster-Auflösungsstufen) [Standard: 0]

--delay-refine
Verfeinerung des Kontrollpunktrasters verzögern; zuerst zur nächsthöheren Bildauflösung wechseln

--ignore-edge
Ignorieren Sie n Kontrollpunktebenen entlang jeder Bildfläche [Standard: 0]

--beschränken
Deformation auf Koordinatendimension(en) beschränken [eine oder mehrere von 'x','y','z']
[Standard: KEINER]

--no-adaptive-fix
Deaktivieren Sie die adaptive Fixierung von Kontrollpunkten; Optimierung aller Verformungsparameter

--adaptive-fix-thresh
Schwellenwertfaktor für Entropiekriterium zur Festlegung lokaler Kontrollpunkte [Standard: 0.5]

--präzise
Genauer Berechnungsmodus: kann nach erheblichen etwas bessere Ergebnisse liefern
längere Berechnung [Dies is Ursprünglich]

--schnell
Schneller Berechnungsmodus: Kann etwas schlechtere Ergebnisse liefern als der genaue Modus, spart aber
erhebliche CPU-Zeit

--Schalter, -S
Referenz und schwebendes Bild wechseln

Regulierung Parameter
--jacobian-weight
Gewichtung für Jacobi-basierte lokale Volumenerhaltungsbeschränkung [Standard: 0]

--Energiegewicht
Gewicht für die Energiebeschränkung der Gitterbiegung [Standard: 0]

--rigidity-weight
Gewicht für lokale Steifigkeitsbeschränkung [Standard: 0]

--ic-weight
Gewichtung für inverse Konsistenzbedingung [Standard: 0]

--Entspannen Sie sich
Gewichtsrelaxationsfaktor für abwechselnde Iterationen mit untergeordneten Bedingungen [Standard: -einer]

--entspannen-zu-entfalten
Regularisieren Sie vor jeder Auflösungsstufe negativ-jakobische Bereiche der Deformation
sie zu entfalten.

OPTIMIERUNG Parameter
--Erkundung , -e
Erkundung des Suchraums (anfängliche Schrittgröße) [Standard: -einer]

--Genauigkeit , -a
Suchgenauigkeit (anfängliche Schrittgröße) [Standard: -einer]

--Schrittfaktor , -f
Faktor für die Reduzierung der Suchschrittgröße. Muss > 0.0 und < 1.0 sein [Standard: 0.5]
[Standard: 0.5]

--delta-f-schwelle
Optionaler Schwellenwert zum Beenden der Optimierung (Stufe) bei relativer Zieländerung
Funktion unter diesen Wert fällt. [Standard: 0]

--no-maxnorm
Verwenden Sie die Euklid-Norm für die Gradientennormierung bei der Optimierung anstelle der maximalen Norm

Bild Auflösung Parameter
--Probenahme , -s
Bildabtastung (feinste neu abgetastete Bildauflösung) [Standard: -einer]

--grobeste
Obergrenze für die Bildabtastung in der Multiresolution-Hierarchie [Standard: -einer]

--Ursprungsdaten weglassen
Verwenden Sie für die letzte Registrierungsphase keine Originaldaten in voller Auflösung.

Bild technische Daten
--registrierungsmetrik
Registrierungsmetrik zur Bewegungsschätzung durch Bild-zu-Bild-Registrierung. Unterstützt
Werte: „nmi“, „mi“, „cr“, „msd“, „ncc“, wobei der Standardwert „nmi“ ist, oder verwenden Sie einen davon
die folgende:

--nmi
Normalisierte Metrik für gegenseitige Informationen [Dies is Ursprünglich]

- mi Standard-Metrik für gegenseitige Informationen

--cr Korrelationsverhältnis-Metrik

--msd
Mean Squared Difference Metrik

--ncc
Normalisierte Kreuzkorrelationsmetrik

--match-histogramme
Passen Sie das Floating-Image-Histogramm an das Referenzbild-Histogramm an.

--force-outside-value
Werte außerhalb des Sichtfelds auf diesen Wert erzwingen, anstatt unvollständige Pixel zu löschen
Paare [Standard: Behinderte]

Referenz Bild Anarbeitung
--class-ref
Datenklasse: grau (Standard) oder Label [Standard: KEINER]

--pad-ref
Polsterwert [Standard: Behinderte]

--thresh-min-ref
Schwellenwert für Mindestwertkürzung [Standard: Behinderte]

--thresh-max-ref
Schwellenwert für das Abschneiden des maximalen Wertes [Standard: Behinderte]

--prune-histogram-ref
Anzahl der Bins für das histogrammbasierte Beschneiden [Standard: Behinderte]

--histogram-equalization-ref
Histogrammausgleich anwenden

--sobel-filter-ref
Wenden Sie den Sobel Kantenerkennungsfilter an

--crop-index-ref
Zuschneidebereich in Pixelindexkoordinaten [geparst als %d,%d,%d,%d,%d,%d für
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [Standard: KEINER]

--crop-world-ref
Zuschneideregion in Weltkoordinaten [geparst als %f,%f,%f,%f,%f,%f für
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [Standard: KEINER]

Concurrent Lizenzen Bild Anarbeitung
--class-flt
Datenklasse: grau (Standard) oder Label [Standard: KEINER]

--pad-flt
Polsterwert [Standard: Behinderte]

--thresh-min-flt
Schwellenwert für Mindestwertkürzung [Standard: Behinderte]

--thresh-max-flt
Schwellenwert für das Abschneiden des maximalen Wertes [Standard: Behinderte]

--prune-histogram-flt
Anzahl der Bins für das histogrammbasierte Beschneiden [Standard: Behinderte]

--histogram-equalization-flt
Histogrammausgleich anwenden

--sobel-filter-flt
Wenden Sie den Sobel Kantenerkennungsfilter an

--crop-index-flt
Zuschneidebereich in Pixelindexkoordinaten [geparst als %d,%d,%d,%d,%d,%d für
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [Standard: KEINER]

--crop-world-flt
Zuschneideregion in Weltkoordinaten [geparst als %f,%f,%f,%f,%f,%f für
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [Standard: KEINER]

Output Parameter
--outlist , -o
Ausgabepfad für die endgültige Transformation [Standard: KEINER]

--Protokoll , -p
Name der Ausgabedatei des Optimierungsprotokolls [Standard: KEINER]

--Zeit , -t
Name der Ausgabedatei für die Berechnungszeitstatistik [Standard: KEINER]

--output-intermediate
Transformation für jede Ebene schreiben [Standard: nur letzte Transformation schreiben]

Bild/Transformation Datenbase
--db
Pfad zur Bild-/Transformationsdatenbank, die mit dem neuen aktualisiert werden soll
Registrierung und/oder neu formatiertes Bild. [Standard: KEINER]

AUTOREN

Torsten Rohlfing, mit Beiträgen von Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakow und Yaroslav Halchenko

Verwenden Sie cmtk-warp online über die Dienste von onworks.net