compalign - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

compalign - Vergleichen Sie zwei Mehrfachausrichtungen

ZUSAMMENFASSUNG

komplementieren [-Optionen]

BESCHREIBUNG

komplementieren berechnet die gebrochene "Identität" zwischen dem vertrauenswürdigen Alignment und dem Test
Ausrichtung. Die beiden Dateien müssen genau die gleichen Sequenzen enthalten, in genau den gleichen
Ordnung.

Die Identität der multiplen Sequenz-Alignments ist definiert als die gemittelte Identität über
alle N(N-1)/2 paarweise Ausrichtungen.

Die gebrochene Identität von zwei Sätzen von paarweisen Ausrichtungen ist wiederum wie folgt definiert
(für ausgerichtete bekannte Sequenzen k1 und k2 und ausgerichtete Testsequenzen t1 und t2):

übereinstimmende Spalten / Gesamtspalten

wobei gesamtspalten = die gesamtanzahl der spalten, in denen sich befindet
ein gültiges (nongap) Symbol in k1 oder k2;

übereinstimmende Spalten = die Anzahl der Spalten, in denen eine der
folgendes ist wahr:

k1 und k2 haben beide gültige Symbole in einer gegebenen Spalte; t1 und t2
haben die gleichen Symbole in einer Spalte der t1/t2
Ausrichtung;

k1 hat ein Symbol, das auf eine Lücke in k2 ausgerichtet ist; dieses Symbol in t1 ist
auch auf eine Lücke ausgerichtet;

k2 hat ein Symbol, das auf eine Lücke in k1 ausgerichtet ist; dieses Symbol in t2 ist
auch auf eine Lücke ausgerichtet.

Da Scores für alle möglichen Paare berechnet werden, hat der Algorithmus die Ordnung (N^2)L für
N Sequenzen der Länge L; große Sequenz-Sets werden eine Weile dauern.

OPTIONAL

Verfügbare Optionen:

-h Drucken Sie kurze Hilfe- und Nutzungsinformationen.

-c Vergleichen Sie nur unter markiertem #=CS-Konsensusstruktur.

--informatieren
Geben Sie an, dass beide Ausrichtungen im Format vorliegen (z. B. MSF).

--ruhig
Ausführliche Kopfzeile unterdrücken (wird bei Regressionstests verwendet).

Nutzen Sie compalign online mit den onworks.net-Diensten