Dies ist der Befehl compstruct, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
compstruct – Berechnen Sie die Genauigkeit von Vorhersagen der RNA-Sekundärstruktur
ZUSAMMENFASSUNG
compstruct [Optionen] vertrauenswürdige_Datei Testdatei
BESCHREIBUNG
compstruct bewertet die Genauigkeit von Vorhersagen der RNA-Sekundärstruktur auf einmal
Basenpaarbasis. Der vertrauenswürdige_Datei enthält eine oder mehrere Sequenzen mit vertrauenswürdiger (bekannter) RNA
Anmerkung zur Sekundärstruktur. Der Testdatei enthält die gleichen Sequenzen im gleichen
Reihenfolge, mit vorhergesagter RNA-Sekundärstrukturanmerkung. compstruct liest die Strukturen
und vergleicht sie und berechnet sowohl die Empfindlichkeit (die Anzahl der wahren Basenpaare, die
korrekt vorhergesagt werden) und die Spezifität (positiver Vorhersagewert, die Anzahl der
vorhergesagte Basenpaare, die wahr sind). Die Ergebnisse werden für jede einzelne Sequenz angegeben.
und zusammenfassend für alle Sequenzen zusammen.
Beide Dateien müssen Sekundärstrukturanmerkungen in WUSS-Notation enthalten. Nur SELEX und
Stockholm-Formate unterstützen derzeit Struktur-Markup.
Die Standarddefinition eines korrekt vorhergesagten Basenpaars ist, dass ein wahres Paar (i,j) muss
genau mit einem vorhergesagten Paar (i,j) übereinstimmen.
Mathews, Zuker, Turner und Kollegen (siehe: Mathews et al., JMB 288:911-940, 1999) verwenden a
entspanntere Definition. Mathews definiert „richtig“ wie folgt: Ein wahres Paar (i,j) ist
korrekt vorhergesagt, wenn eines der folgenden Paare vorhergesagt wird: (i,j), (i+1,j), (i-1,j),
(i,j+1) oder (i,j-1). Diese Regel erlaubt „um eine Base abgerutschte Helices“. Der -m
Die Option aktiviert diese Regel sowohl für die Sensitivität als auch für die Spezifität. Aus Gründen der Spezifität ist die
Die Regel wird umgekehrt: Das vorhergesagte Paar (i,j) gilt als wahr, wenn die Struktur wahr ist
enthält eines der fünf Paare (i,j), (i+1,j), (i-1,j), (i,j+1) oder (i,j-1).
OPTIONAL
-h Kurze Hilfe ausdrucken; enthält Versionsnummer und Zusammenfassung aller Optionen, einschließlich
Expertenoptionen.
-m Verwenden Sie die Mathews-Regel für die gelockerte Genauigkeit (siehe oben), anstatt eine genaue Genauigkeit zu fordern
Vorhersage von Basenpaaren.
-p Zählen Sie pseudogeknüpfte Basenpaare zur Genauigkeit, entweder in vertrauenswürdiger oder vorhergesagter Form
Strukturen. Pseudoknoten werden standardmäßig ignoriert.
Normalerweise nur die vertrauenswürdige_Datei hätte eine Pseudoknoten-Annotation, da die meisten RNA
Sekundärstrukturvorhersageprogramme sagen keine Pseudoknoten voraus. Verwendung der -p
Mit dieser Option können Sie das Vorhersageprogramm dafür bestrafen, dass es keine bekannten Vorhersagen trifft
Pseudoknoten. In einem Fall, in dem sowohl die vertrauenswürdige_Datei und für Testdatei haben
Pseudoknoten-Annotation, die -p Mit dieser Option können Sie Pseudoknoten bei der Auswertung zählen
Vorhersagegenauigkeit. Seien Sie jedoch vorsichtig, wenn Sie ein Pseudoknoten-fähiges verwenden
Vorhersageprogramm zur Generierung der test_file, aber die vertrauenswürdige_Datei hat nicht
Pseudoknoten-Anmerkung; in diesem Fall, -p wird alle vorhergesagten Pseudoknoten bestrafen
wenn die Spezifität berechnet wird, auch wenn sie richtig sind, weil sie nicht in auftauchen
die vertrauenswürdige Anmerkung; Das ist wahrscheinlich nicht das, was Sie tun möchten.
EXPERTISE OPTIONAL
--informatieren
Geben Sie an, dass die beiden Sequenzdateien im Format vorliegen . In fehlen uns die Worte. Fall, beide Dateien
sollen be in gleich Format. Standardmäßig werden die Dateiformate automatisch erkannt
In diesem Fall könnten sie unterschiedlich sein (ein SELEX, ein Stockholm).
--ruhig
Drucken Sie keine ausführlichen Header-Informationen aus.
Nutzen Sie compstruct online über die Dienste von onworks.net
