dcmstack – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

dcmstack – DICOM-zu-NIfTI-Konverter

BESCHREIBUNG

Verwendung: dcmstack [-h] [--force-read] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-dummies]

[--dest-dir DEST_DIR] [-o OUTPUT_NAME] [--output-ext OUTPUT_EXT] [-d]
[--embed-meta] [-g GROUP_BY] [--voxel-order VOXEL_ORDER] [-t TIME_VAR]
[--vector-var VECTOR_VAR] [--time-order TIME_ORDER] [--vector-order VECTOR_ORDER]
[-l] [--disable-translator DISABLE_TRANSLATOR] [--extract-private] [-i
INCLUDE_REGEX] [-e EXCLUDE_REGEX] [--default-regexes] [-v] [--strict] [--version]
[src_dirs [src_dirs ...]]

Stapeln Sie DICOM-Dateien aus jedem Quellverzeichnis in 2D- bis 5D-Volumen und extrahieren Sie sie optional
Metadaten.

positionell Argumente:
src_dirs
Die Quellverzeichnisse, die DICOM-Dateien enthalten.

optional Argumente:
-h, --help
Diese Hilfemeldung anzeigen und beenden

zufuhr Optionen:
--force-read
Versuchen Sie, alle Dateien als DICOM zu lesen, auch wenn ihnen die Präambel fehlt.

--file-ext DATEI_EXT
Versuchen Sie nur, Dateien mit der angegebenen Erweiterung zu lesen. Standard: .dcm

--allow-dummies
Lassen Sie DICOM-Dateien zu, bei denen Pixeldaten fehlen und diesen Teil der Ausgabe ausfüllen
nifti mit dem maximal darstellbaren Wert.

Output Optionen:
--dest-dir DEST_DIR
Zielverzeichnis, standardmäßig das Quellverzeichnis.

-o OUTPUT_NAME, --Ausgabename OUTPUT_NAME
Python-Formatzeichenfolge, die die Ausgabedateinamen basierend auf DICOM-Tags bestimmt.

--output-ext OUTPUT_EXT
Die Erweiterung für den Ausgabedateityp. Standard: .nii.gz

-d, --dump-meta
Speichern Sie die extrahierten Metadaten in einer JSON-Datei mit demselben Basisnamen wie die
Nifti generiert

--embed-meta
Betten Sie die extrahierten Metadaten in eine Nifti-Header-Erweiterung ein (im JSON-Format).

Stacking Zubehör:
-g GRUPPIERE NACH, --gruppiere nach GRUPPIERE NACH
Durch Kommas getrennte Liste von Metadatenschlüsseln, mit denen Eingabedateien in Stapeln gruppiert werden.

--voxel-order VOXEL_ORDER
Ordnen Sie die Voxel so, dass die räumlichen Indizes im Patienten von diesen Richtungen ausgehen
Raum. Die Anweisungen im Patientenbereich sollten als dreistelliger Code angegeben werden:
(l)eft, (r)right, (a)nterior, (p)osterior, (s)oben, (i)nferior. Ein Leerzeichen übergeben
string wird die Neuausrichtung deaktivieren. Standard: LAS

-t TIME_VAR, --time-var TIME_VAR
Das Schlüsselwort des DICOM-Elements, das zum Ordnen des Stapels entlang der Zeitdimension verwendet werden soll.

--vector-var VECTOR_VAR
Das Schlüsselwort des DICOM-Elements, das zum Ordnen des Stapels entlang der Vektordimension verwendet werden soll.

--time-order TIME_ORDER
Geben Sie eine Textdatei mit der gewünschten Reihenfolge für die Werte (einen pro Zeile) an
Attribut, das als Zeitvariable verwendet wird. Diese Option wird selten benötigt.

--vector-order VECTOR_ORDER
Geben Sie eine Textdatei mit der gewünschten Reihenfolge für die Werte (einen pro Zeile) an
Attribut, das als Vektorvariable verwendet wird. Diese Option wird selten benötigt.

Meta Extrahierung und Filterung Zubehör:
-l, --list-translators
Aktivierte Übersetzer auflisten und beenden

--disable-translator DISABLE_TRANSLATOR
Deaktivieren Sie die Übersetzer für die bereitgestellten Tags. Tags sollten im Format angegeben werden
„0x0_0x0“. In einer durch Kommas getrennten Liste können mehrere angegeben werden. Wenn das Wort „alle“
bereitgestellt wird, werden alle Übersetzer deaktiviert.

--extract-private
Extrahieren Sie Metadaten aus privaten Elementen, auch wenn kein Übersetzer vorhanden ist. Wenn die
Wenn der Wert für das Element Nicht-ASCII-Bytes enthält, wird er dennoch ignoriert. Der
Extrahierte Metadaten können weiterhin durch die regulären Ausdrücke herausgefiltert werden.

-i INCLUDE_REGEX, --include-regex INCLUDE_REGEX
Fügen Sie alle Metadaten ein, bei denen der Schlüssel mit dem bereitgestellten regulären Ausdruck übereinstimmt. Das
überschreibt alle Ausschlussausdrücke. Gilt für alle Metadaten.

-e EXCLUDE_REGEX, --exclude-regex EXCLUDE_REGEX
Schließen Sie alle Metadaten aus, bei denen der Schlüssel mit dem bereitgestellten regulären Ausdruck übereinstimmt. Das
ergänzt die standardmäßigen Ausschlussausdrücke. Gilt für alle Metadaten.

--default-regexes
Drucken Sie die Liste der standardmäßigen Ein- und Ausschlüsse regulärer Ausdrücke aus und beenden Sie sie.

Allgemeines Zubehör:
-v, - ausführlich
Zusätzliche Informationen ausdrucken.

--strikt
Bei der ersten Ausnahme fehlschlagen, anstatt eine Warnung anzuzeigen.

--Version
Version anzeigen und beenden.

Es liegt in Ihrer Verantwortung zu wissen, ob die Metadaten private Gesundheitsinformationen enthalten
VON DIESEM PROGRAMM EXTRAHIERT.

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